View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5544-Insertion-1 (Length: 940)

Name: NF5544-Insertion-1
Description: NF5544
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5544-Insertion-1
NF5544-Insertion-1
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (77-572)||(224717-225212)
chr3 (569-922)||(224335-224689)
chr3 (77-462)||(210345-210733)
chr3 (128-462)||(221893-222227)
chr3 (128-462)||(216948-217282)
chr3 (128-462)||(197070-197404)
chr3 (128-462)||(204789-205123)
chr3 (317-415)||(198274-198372)
chr3 (128-423)||(226108-226403)
chr3 (8-53)||(225238-225283)
chr3 (317-423)||(211665-211771)
chr3 (254-415)||(203521-203682)
chr3 (8-49)||(210747-210788)
chr3 (598-649)||(216723-216774)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (130-462)||(29838223-29838555)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (128-462)||(6903370-6903704)
chr4 (254-415)||(6904803-6904964)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (254-436)||(3808344-3808527)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 452; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 77 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 225212 - 224717
Alignment:
Q  77 taatagtataactgatgagttgttttataatcaattaaacaagtgataataactgcagagaattcctgaagtctttataacaatatatgggagcgaactc 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  225212 taatagtataactgatgagttgttttataatcaattaaacaagtgataataactgcagagaattcctgaagtctttataacaatatatgggagcgaactc 225113  T
Q  177 aagaatgttgctacaattactgtaccggatggtcttacttggaaattggaattgaagaaacgtggggaggatgttcacttttgcaacaaatggaaacagt 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  225112 aagaatgttgctacaattactgtaccggatggtcttacttggaaattggaattgaagaaacgtggggaggatgtttacttttgcaacaaatggaaacaat 225013  T
Q  277 ttgcagaatactattctttaagatacggttgcttcatgtctttcaaatatgaagggaattcaaagtttaatgttattatatttgatgtaacttctgttga 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  225012 ttgcagaatactattctttaagatatggttgcttcatgtctttcaaatatgaagggaattcaaagtttagtgttattatatttgatgtaacttctgttga 224913  T
Q  377 gatttgctatccattaaaaactccaagtactagtggagaaacaaacaccaagtgtcctaggcctatgaaaaggtccagggttgaaatcaattatgctgat 476  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  224912 gatttgctatccactcaaaactccaagtactaatggagaaacaaacacagagtgtcctagacctacgaaaaggtccagggttgaaatcaattatgctgat 224813  T
Q  477 gattcaccaagtgaggatgaaggaacagaattaaacccttcttttacttctacctataagtatagaactctggtgagtgaggattttagtttttaa 572  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  224812 gattcaccaagtgaggatgaaggaacagaattaaacccttcttttacttctacctataagtatagaactctggtgagtgaggattttagtttttaa 224717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 569 - 922
Target Start/End: Complemental strand, 224689 - 224335
Alignment:
Q  569 ttaaattgatgtgtcctccctcgctcccttgtgcagtatattaatgctgattttgcatcaaagcatctgaaacgaaatgttgttgtgaagctcgaaaatt 668  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  224689 ttaaattgatgtgtcctacctcgctcccttgtgcagtatattaatgctgattttgcatcaaagcatctgaaacgaaatgttgttgtgaagctccaaaatt 224590  T
Q  669 gcaatggag---agcaatgggatgtttgttgtacacgtttaggtcgttcaggactgcgattggggaaaggattcattaaatttgcaacggacaacaattt 765  Q
    |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  224589 gcaatggaggagagcaatgggatgtttgttgtacacgtttaggtcgttcaggactgcgattggggaaaggattcattaaatttgcaacgtacaacaattt 224490  T
Q  766 gtcaaacggtgataaatgcaaggttgagttgattaagaaatcatcgccagttgtgttacaacttgatcgtgtttgatattttacaatttacattcaccaa 865  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||      
T  224489 gtcaaacggtgataaatgcaaggttgagttgattaagaaatcatcgccagttgtgttacaacttgatcttgtttgatattttacaatttacattcacc-- 224392  T
Q  866 aattatggcattgttaggctttaatggaatgcttttgctcatttggatcttgaagca 922  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  224391 aactatggcattgttaggctttaatggaatgcttttgctcatttggttcttgaagca 224335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 77 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 210733 - 210345
Alignment:
Q  77 taatagtataactgatgagttgttttataatcaattaaacaagtgataataactgcagagaattcctgaagtctttataacaatatatgggagcgaactc 176  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||||| | |||||  ||||||    
T  210733 taatagtataactgatgagttattttataatcaattaaacaagtgatgataactgcagagaattccagaaaactttataacaatgtttgggaatgaactc 210634  T
Q  177 aagaatgttgctacaattactgtaccggatggtcttacttggaaattggaattgaagaaacgtggggaggatgttcacttttgcaacaa---atggaaac 273  Q
     |||||||||||||| ||||||| || ||||||  |  |||| || |||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||   |||| |||    
T  210633 gagaatgttgctacagttactgttcccgatggttgtgattgggaaatggacttgaagaaatgtggcgaggatgtttacttttgcaacaaggaatggcaac 210534  T
Q  274 agtttgcagaatactattctttaagatacggttgcttcatgtctttcaaatatgaagggaattcaaagtttaatgttattatatttgatgtaacttctgt 373  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  210533 agtttgcagaatactattctttaagatacggttgcttcctgtctttcagatacgaagggaattcaaattttagcgttattatatttgatgcaacttctgt 210434  T
Q  374 tgagatttgctatccattaaaaactccaagtactagtggagaaacaaacaccaagtgtcctaggcctatgaaaaggtccagggttgaaa 462  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  210433 tgaaatttgctatccattaaaaactccaagtactagtggagaaacaaacaccgagtgtcctaggcctatgaaaaggtccaaggttgaaa 210345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 128 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 222227 - 221893
Alignment:
Q  128 actgcagagaattcctgaagtctttataacaatatatgggagcgaactcaagaatgttgctacaattactgtaccggatggtcttacttggaaattggaa 227  Q
    ||||||||||||||| || |  ||||||| || || |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||   |  |||| || |||||    
T  222227 actgcagagaattccagatggatttataaaaagatttgggaatgaactcaagaatgttgctacaattactgttcccgatggctgtgattgggaaatggaa 222128  T
Q  228 ttgaagaaacgtggggaggatgttcacttttgcaacaaatggaaacagtttgcagaatactattctttaagatacggttgcttcatgtctttcaaatatg 327  Q
     |||||||| | ||  | || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || | || |||| |||| ||  |||||||||||    
T  222127 ctgaagaaatgcggcaacgacgtttacttttgcaacaaatggcaacagtttgcagaatactattctatagggtatggttccttcttgcgtttcaaatatg 222028  T
Q  328 aagggaattcaaagtttaatgttattatatttgatgtaacttctgttgagatttgctatccattaaaaactccaagtactagtggagaaacaaacaccaa 427  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||    
T  222027 aaggggattcaaagtttaatgttgttatatttgatgtaacttctgttgagatttgctatccattcaaaactcaaagtattaatggagaaacaaacacaaa 221928  T
Q  428 gtgtcctaggcctatgaaaaggtccagggttgaaa 462  Q
    ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  221927 gtgtcatagtcctaggaaaaggtccaaggttgaaa 221893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 128 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 217282 - 216948
Alignment:
Q  128 actgcagagaattcctgaagtctttataacaatatatgggagcgaactcaagaatgttgctacaattactgtaccggatggtcttacttggaaattggaa 227  Q
    |||| |||||||||| || |  ||||||| || || |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |  |||| || || ||    
T  217282 actgtagagaattccagatgaatttataaaaagatttgggaatgaactcaagaatgttgctacaattactgttcccgatggttgtgattgggaaatgaaa 217183  T
Q  228 ttgaagaaacgtggggaggatgttcacttttgcaacaaatggaaacagtttgcagaatactattctttaagatacggttgcttcatgtctttcaaatatg 327  Q
     |||||||| | ||  | || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || | || |||| |||| ||| |||||||||||    
T  217182 ctgaagaaatgcggcaatgacgtttacttttgcaacaaatggcaacagtttgcagaatactattctatagggtatggttccttcctgtgtttcaaatatg 217083  T
Q  328 aagggaattcaaagtttaatgttattatatttgatgtaacttctgttgagatttgctatccattaaaaactccaagtactagtggagaaacaaacaccaa 427  Q
    ||||| |||||||||||| |||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | |||||||||||| || ||    
T  217082 aaggggattcaaagtttagtgtctttatatttgatgcaacttctattgagatttgctatccattcaaaactcaaagtacaaatggagaaacaaaaacaaa 216983  T
Q  428 gtgtcctaggcctatgaaaaggtccagggttgaaa 462  Q
    || || ||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  216982 gtttcatagtcctaggaaaaggtccaaggttgaaa 216948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 128 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 197404 - 197070
Alignment:
Q  128 actgcagagaattcctgaagtctttataacaatatatgggagcgaactcaagaatgttgctacaattactgtaccggatggtcttacttggaaattggaa 227  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||  |||||| |||| ||||||||| |||| || || ||||||| |  ||||||| ||  |    
T  197404 actgcagagaattcctgaagactttataacaatgtttgggaatgaactcgagaaagttgctacagttacagttcccgatggtcgtgattggaaaatgaga 197305  T
Q  228 ttgaagaaacgtggggaggatgttcacttttgcaacaaatggaaacagtttgcagaatactattctttaagatacggttgcttcatgtctttcaaatatg 327  Q
    ||||||||||| ||  | ||  ||  ||||| |||| ||||| || |||| ||| |||||||||| ||| | || ||||||| | | ||||||||||| |    
T  197304 ttgaagaaacgcggcaatgacattttcttttccaacgaatgggaagagttcgcaaaatactattcattagggtatggttgctacctatctttcaaatacg 197205  T
Q  328 aagggaattcaaagtttaatgttattatatttgatgtaacttctgttgagatttgctatccattaaaaactccaagtactagtggagaaacaaacaccaa 427  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  || ||||||| ||||||| ||    
T  197204 aagggaattcaaagtttagtgttattatatttgacgtaacttatgttgagatttgttatccattaaaaactccaagtgttaatggagaaccaaacacaaa 197105  T
Q  428 gtgtcctaggcctatgaaaaggtccagggttgaaa 462  Q
     ||| |||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  197104 atgtgctagtcctacgaaaaggtccaaggttgaaa 197070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 128 - 462
Target Start/End: Original strand, 204789 - 205123
Alignment:
Q  128 actgcagagaattcctgaagtctttataacaatatatgggagcgaactcaagaatgttgctacaattactgtaccggatggtcttacttggaaattggaa 227  Q
    ||||||||||||| | || |  |||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||| ||||||   | ||||||| |  ||||| | ||  |    
T  204789 actgcagagaatttcagatgagtttataacaagatttgggatagaactcaagaatgttgctacagttactgctactgatggtcgtgattggagaatgaga 204888  T
Q  228 ttgaagaaacgtggggaggatgttcacttttgcaacaaatggaaacagtttgcagaatactattctttaagatacggttgcttcatgtctttcaaatatg 327  Q
    ||||||||||  ||  | ||  ||  ||||| |||| ||||| || |||||||| |||||||||| ||| |||  ||||||| | | ||||||||||| |    
T  204889 ttgaagaaacacggcaatgacattttcttttacaacgaatggcaagagtttgcaaaatactattcgttaggatgtggttgctacctatctttcaaatacg 204988  T
Q  328 aagggaattcaaagtttaatgttattatatttgatgtaacttctgttgagatttgctatccattaaaaactccaagtactagtggagaaacaaacaccaa 427  Q
    |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| |||||||||||| ||  |    
T  204989 aaggaaattcaaagtttagtgttgttatatttgatgtaacttcggttgagatttgctatccactcaaaactccgagtactaatggagaaacaaatacaca 205088  T
Q  428 gtgtcctaggcctatgaaaaggtccagggttgaaa 462  Q
     |||||||  ||||  ||||| || ||||||||||    
T  205089 atgtcctactcctagaaaaagttcaagggttgaaa 205123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 317 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 198372 - 198274
Alignment:
Q  317 tttcaaatatgaagggaattcaaagtttaatgttattatatttgatgtaacttctgttgagatttgctatccattaaaaactccaagtactagtggaga 415  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  198372 tttcaactatcaagggaattcaaagtttaatgttgttatatatgatacaacttctgttgagatttcttattcattcaaaactccaagtactaatggaga 198274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 128 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 226403 - 226108
Alignment:
Q  128 actgcagagaattcctgaagtctttataacaatatatgggagcgaactcaagaatgttgctacaattactgtaccggatggtcttacttggaaattggaa 227  Q
    ||||||||||||||| || |  |||||||||| || |||||  |||||| | ||||||||||| |||||||| || ||||||| |   |||||  |||||    
T  226403 actgcagagaattccagatgagtttataacaagatttgggaatgaactcgacaatgttgctaccattactgttcccgatggtcgtgagtggaatatggaa 226304  T
Q  228 ttgaagaaacgtggggaggatgttcacttttgcaacaaatggaaacagtttgcagaatactattctttaagatacggttgcttcatgtctttcaaatatg 327  Q
     | |||||| |||| |   |  ||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| | |    || ||||| |   |   |||||||||||    
T  226303 ctaaagaaatgtggcggccaaattttcttttgcaacaattggcaacagtttgcagaatactattgtatttattatggttgttatttagatttcaaatatg 226204  T
Q  328 aagggaattcaaagtttaatgttattatatttgatgtaacttctgttgagatttgctatccattaaaaactccaagtactagtggagaaacaaaca 423  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||  |||  |||||||||||||||||  ||||||||  ||||||  || |||| ||||||| ||||||    
T  226203 aagggaattcaaagttcaatgttgttatatacgatagaacttctgttgagatttcttatccattccaaactcggaggactaatggagaaccaaaca 226108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 8 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 225283 - 225238
Alignment:
Q  8 atacttccctcacccattcatgacaaagaaattgtaaaattcacta 53  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  225283 atacttccctcacccattcatgacaaagaaattgtaaaattcacta 225238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 317 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 211771 - 211665
Alignment:
Q  317 tttcaaatatgaagggaattcaaagtttaatgttattatatttgatgtaacttctgttgagatttgctatccattaaaaactccaagtactagtggagaa 416  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||  |||  |||||||||||||||||  ||||||||  ||||||  || |||| |||||||    
T  211771 tttcaaatacgaagggaattcaaagttcaatgttgttatatacgatacaacttctgttgagatttcttatccattccaaactcggaggactaatggagaa 211672  T
Q  417 acaaaca 423  Q
     ||||||    
T  211671 gcaaaca 211665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 254 - 415
Target Start/End: Original strand, 203521 - 203682
Alignment:
Q  254 cttttgcaacaaatggaaacagtttgcagaatactattctttaagatacggttgcttcatgtctttcaaatatgaagggaattcaaagtttaatgttatt 353  Q
    |||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||  | || |||||||| |   |   |||||| |||||||| |||||||| ||    ||| ||    
T  203521 cttttgcaacaattggcaacactttgcagaatactattccatcagttacggttgttatttagatttcaagtatgaaggaaattcaaatttcgtagttgtt 203620  T
Q  354 atatttgatgtaacttctgttgagatttgctatccattaaaaactccaagtactagtggaga 415  Q
    |||| ||||  ||||| |||||||||||  |||||||| |||||| ||||||||| ||||||    
T  203621 atatatgatccaacttttgttgagatttcttatccattcaaaacttcaagtactaatggaga 203682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 8 - 49
Target Start/End: Complemental strand, 210788 - 210747
Alignment:
Q  8 atacttccctcacccattcatgacaaagaaattgtaaaattc 49  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  210788 atacttccctcacccatttatgacaaagaaattgtaaaattc 210747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 598 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 216774 - 216723
Alignment:
Q  598 tgtgcagtatattaatgctgattttgcatcaaagcatctgaaacgaaatgtt 649  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||    
T  216774 tgtgcagtatgttaatgctgattttgcttcaaagcatctgaatccaaatgtt 216723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 141; Significance: 2e-73; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 130 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 29838555 - 29838223
Alignment:
Q  130 tgcagagaattcctgaagtctttataacaatatatgggagcgaactcaagaatgttgctacaattactgtaccggatggtcttacttggaaattggaatt 229  Q
    ||||||||||||| || |  |||||||||| || ||| |  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |   |||||| ||||| |    
T  29838555 tgcagagaattccagatgaatttataacaagatttggaaatgaactcaataatgttgctacaattactgttccagatggtcgtgtatggaaaatggaact 29838456  T
Q  230 gaagaaacgtggggaggatgttcacttttgcaacaaatggaaacagtttgcagaatactattctttaagatacggttgcttcatgtctttcaaatatgaa 329  Q
    |||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||| || |||||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  29838455 gaagaaacgtggcgagaatgttttcttttgcaacaaatggcaagagtttgtagaatattattctataggatatggttgcttcatttctttcaaatatgaa 29838356  T
Q  330 gggaattcaaagtttaatgttattatatttgatgtaacttctgttgagatttgctatccattaaaaactccaagtactagtggagaaacaaacaccaagt 429  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||  ||||||||||||||| ||||||| |||| || || |    
T  29838355 gggaattcaaagtttagtgttattatatttgatgcaacttctgttgaaatttcctatcctttcgaaactccaagtactaatggagaaccaaaaacaaatt 29838256  T
Q  430 gtcctaggcctatgaaaaggtccagggttgaaa 462  Q
     ||||||  |||  |||||||||| ||||||||    
T  29838255 atcctagttctagaaaaaggtccaaggttgaaa 29838223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 103; Significance: 9e-51; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 128 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 6903704 - 6903370
Alignment:
Q  128 actgcagagaattcctgaagtctttataacaatatatgggagcgaactcaagaatgttgctacaattactgtaccggatggtcttacttggaaattggaa 227  Q
    ||||||||||||| | || |  |||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||||| |  ||||| | ||  |    
T  6903704 actgcagagaatttcagatgagtttataacaagatttgggatagaactcaagaatgttgctacagttactgctcctgatggtcgtgattggagaatgaga 6903605  T
Q  228 ttgaagaaacgtggggaggatgttcacttttgcaacaaatggaaacagtttgcagaatactattctttaagatacggttgcttcatgtctttcaaatatg 327  Q
    ||||||||||  ||  |  |  ||  ||||| |||| ||||| || |||||||| |||||||||| ||| |||| ||||||| | | ||||||||||| |    
T  6903604 ttgaagaaacacggcaattacattttcttttacaacgaatggcaagagtttgcaaaatactattcattaggatatggttgctacctatctttcaaatacg 6903505  T
Q  328 aagggaattcaaagtttaatgttattatatttgatgtaacttctgttgagatttgctatccattaaaaactccaagtactagtggagaaacaaacaccaa 427  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| |||||||||||| ||  |    
T  6903504 aaggaaattcaaagtttagtgttattatatttgatgtaacttcggttgagatttgctatccactcaaaactccgagtactaatggagaaacaaatacaca 6903405  T
Q  428 gtgtcctaggcctatgaaaaggtccagggttgaaa 462  Q
     |||||||  ||||  ||||| |||||||||||||    
T  6903404 atgtcctactcctagaaaaagttccagggttgaaa 6903370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 254 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 6904964 - 6904803
Alignment:
Q  254 cttttgcaacaaatggaaacagtttgcagaatactattctttaagatacggttgcttcatgtctttcaaatatgaagggaattcaaagtttaatgttatt 353  Q
    |||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||  | || ||| |||| |   |   |||||| ||||||| ||||||||| ||    ||| ||    
T  6904964 cttttgcaacaattggcaacactttgcagaatactattccatcagttacagttgttatttagatttcaagtatgaagagaattcaaatttcgtagttgtt 6904865  T
Q  354 atatttgatgtaacttctgttgagatttgctatccattaaaaactccaagtactagtggaga 415  Q
    |||| ||||  ||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  6904864 atatatgatccaacttttgttgagatttcttatccattcaaaactccaagtactaatggaga 6904803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 72; Significance: 3e-32; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 254 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 3808527 - 3808344
Alignment:
Q  254 cttttgcaacaaatggaaacagtttgcagaatactattctttaagatacggttgcttcatgtctttcaaatatgaagggaattc-aaagtttaatgttat 352  Q
    |||||||||||||||| || ||||   ||||||||| ||  || |||| ||||| | | | |||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  3808527 cttttgcaacaaatggcaagagttcatagaatactactcaataggatatggttggtacctttctttcaattatgaaggaaattccaaagtttagtgttat 3808428  T
Q  353 tatatttgatgtaacttctgttgagatttgctatccattaaaaactccaagtactagtggagaaacaaacaccaagtgtcctag 436  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||| ||||||    
T  3808427 tatatttgacgtaacttctgttgggatttgctatccgttcaaaactccaagtactaatagagaaccaaacacaaagtatcctag 3808344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University