View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5549-Insertion-1 (Length: 892)

Name: NF5549-Insertion-1
Description: NF5549
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5549-Insertion-1
NF5549-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-892)||(2794612-2795496)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (8-740)||(29262277-29263009)
chr2 (505-566)||(29189686-29189747)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 857; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 857; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 892
Target Start/End: Complemental strand, 2795496 - 2794612
Alignment:
Q  8 acaatcccaccaaccgaatatagtccttcgttgtttcaatctgcctgactgttctagcaatgatactttcaagaacaggccctctgttatcatgaagaag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2795496 acaatcccaccaaccgaatatagtccttcgttgtttcaatctgcctgactgttctagcaatgatactttcaagaacaggccctctgttatcatgaagaag 2795397  T
Q  108 atgaatctcatcaatgataagaagcttcacaagctgagtataaattcgatcacccgactttcgtgtaataatatcccacttctcaggagttgtgacaata 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2795396 atgaatctcatcaatgataagaagcttcacaagctgagtataaattcgatcacccgactttcgtgtaataatatcccacttctcaggagttgtgacaata 2795297  T
Q  208 atttgagtctcttccatctgtttctgtgttagtgactggtctccactaagctccctaaccttaacatcatattcacgcagacgattagataaattgccaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  2795296 atttgagtctcttccatctgtttctgtgttagtgactggtctccactaagctccctaaccttaacatcatattcctgcagacgattagataaattgccaa 2795197  T
Q  308 caatctcagttacaagagctttcataggcgcaacataaacaattttataagcactatggtcaattgaaccatcaccaggatttctatgccgtgcaatctc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2795196 caatctcagttacaagagctttcataggcgcaacataaacaattttataagcactatggtcaattgaaccatcaccaggatttctatgccgtgcaatctc 2795097  T
Q  408 ttgaagtatggtaagaacagcaacattggtttttccagcaccagttgtagcacaaagtaaaagattatccgatttaaacagagcagtctcgtataccttg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2795096 ttgaagtatggtaagaacagcaacattggtttttccagcaccagttggagcacaaagtaaaagattatccgatttaaacagagcagtctcatataccttg 2794997  T
Q  508 ctctgcactctattcaattgtatcattcctttgaaggctggttgtgcccaatccggcatataaccaatattcacaagtttctcattaggatcaatgggtt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2794996 ctctgcactctattcaattgtatcattcctttgaaggctggttgtgcccaatccggcatataaccaatattcacaagtttctcattaggatcaatgggtt 2794897  T
Q  608 tagccttcaaggcaggcacatgaatttcttgataaccttttctcggaagcctgtaagacccatcaggaagatcacattttccctttgtcataaacaaacc 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2794896 tagccttcaaggcaggcacatgaatttcttgataaccttttctcggaagcctgtaagacccatcaggaagatcacattttccctttgtcataaacaaacc 2794797  T
Q  708 accttgttcaaaagcaaggttatccaaatcaagtatccggcattgacccccattttccccaactccatcaccagttcccctatcaatgtccatgtccccg 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2794796 accttgttcaaaagcaaggttatccaaatcaagcatccggcgttgacccccattttccccaactccatcaccagttcccctatcaatgtccatgtccccg 2794697  T
Q  808 tctttcaaccttcgagcctcgtaccttatactcttctccaagttcttctccctctctatagtagaggctttcacaacatataact 892  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2794696 tctttcaaccttcgagcctcgtaccttatactcttctccaagttcttctccctctctatagtagaggctttcacagcatataact 2794612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 29263009 - 29262277
Alignment:
Q  8 acaatcccaccaaccgaatatagtccttcgttgtttcaatctgcctgactgttctagcaatgatactttcaagaacaggccctctgttatcatgaagaag 107  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  29263009 acaatcccaccaaacgaatataatccttagatgtttcaatctgcctaactgttctagcaacaatactttcaagaacaggccctctgttatcatgaaggag 29262910  T
Q  108 atgaatctcatcaatgataagaagcttcacaagctgagtataaattcgatcacccgactttcgtgtaataatatcccacttctcaggagttgtgacaata 207  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29262909 atgaatttcatcaatgatgacaagcttcacaagctgcgtataagttcgatctcccgactttcgggtgataatatcccacttctcaggagttgtcacaata 29262810  T
Q  208 atttgagtctcttccatctgtttctgtgttagtgactggtctccactaagctccctaaccttaacatcatattcacgcagacgattagataaattgccaa 307  Q
    |||||||||||||| ||||| | |   ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  |||  |||||||| ||||| ||||    
T  29262809 atttgagtctcttcgatctgctgcctggttagtgactggtctccactaagctccctaaccgtaacattatagtcctgcaaccgattagacaaattcccaa 29262710  T
Q  308 caatctcagttacaagagctttcataggcgcaacataaacaattttataagcactatggtcaattgaaccatcaccaggatttctatgccgtgcaatctc 407  Q
    ||| ||| |  |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| | | ||| |||||||| |||||||     
T  29262709 caacctccgccacaagagctttcattggtgcaacatatacaattttatatgcactgtggtcaatagaaccatcatcggtattcctatgccgcgcaatctg 29262610  T
Q  408 ttgaagtatggtaagaacagcaacattggtttttccagcaccagttgtagcacaaagtaaaagattatccgatttaaacagagcagtctcgtataccttg 507  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |  |||||||| || | |||||| | ||| || |||||||| || || ||||||    
T  29262609 ttgaaggatagtaagaacagcaacattcgtttttccagcaccggtaggggcacaaagcaacaaattatcaggtttgaagagagcagtttcataaaccttg 29262510  T
Q  508 ctctgcactctattcaattgtatcattcctttgaaggctggttgtgcccaatccggcatataaccaatattcacaagtttctcattaggatcaatgggtt 607  Q
    ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||||| |||||      ||| |||| ||| |||||||||||||||| |||||    
T  29262509 ctctgaactctattcaactgtgtcattcctttgaaagccggttgtgcccaatcaggcatggcggaaatcttcaaaagcttctcattaggatcaaggggtt 29262410  T
Q  608 tagccttcaaggcaggcacatgaatttcttgataaccttttctcg-gaagcctgtaagacccatcaggaagatcacattttccctttgtcataaacaaac 706  Q
    |||||||||| || || |||||||| |||| |||||||||| ||| || |||| ||||||||||||||||| |||||||||  ||||| |||||| || |    
T  29262409 tagccttcaatgctggaacatgaatctcttcataacctttt-tcgagatgcctataagacccatcaggaaggtcacattttttctttgccataaataacc 29262311  T
Q  707 caccttgttcaaaagcaaggttatccaaatcaag 740  Q
    |||||||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  29262310 caccttgttcaaaagtgaggttatctaaatcaag 29262277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 505 - 566
Target Start/End: Original strand, 29189686 - 29189747
Alignment:
Q  505 ttgctctgcactctattcaattgtatcattcctttgaaggctggttgtgcccaatccggcat 566  Q
    |||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  29189686 ttgctctgcactctattcaggtgagtcattcctttgaaagctggttgtgcccaatcaggcat 29189747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University