View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5549-Insertion-3 (Length: 847)

Name: NF5549-Insertion-3
Description: NF5549
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5549-Insertion-3
NF5549-Insertion-3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-847)||(49927264-49928118)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 594; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 594; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 847
Target Start/End: Original strand, 49927264 - 49928118
Alignment:
Q  8 ttttcatcatcattcaagtaccttaaaacggagggtgtttatttccttttcataaatgtgatatgggctactaaannnnnnn-attttccacaatgccct 106  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||    
T  49927264 ttttcatcatcattcaagtaccttcaaactgagggtgtttatttccttttcataaatgtgatatgggctactaatttttttttattttccacaatgccct 49927363  T
Q  107 cataaaacaaaaacactagaaatagatcttgaaagagaaatgttgaaaaagtagcctcaagaacaggtaaatggtttaataaatgtgttacaaaaccggt 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49927364 cataaaacaaaaacactagaaatagatcttgaaagagaaatgttgacaaagtagcctcaagaacaggtaaatggtttaataaatgtgttacaaaaccggt 49927463  T
Q  207 tcaacaaacataaaaatcataaaggttgataattcttttaaaaattctttagaaaacaacagttgaatgaactaatgtgattgtcacaattacttgggat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49927464 tcaacaaacataaaaatcataaaggttgataattcttttaaaaattctttagaaaacaacagttgaatgaactaatgtgattgtcacaattacttgggat 49927563  T
Q  307 ggttctatatttgtagcctaatcatatgactttaggtgttagttgcaacaaatataaggggcagtatagagtggccacaacaacatttagttcaaatatt 406  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  49927564 ggttctatatttgcagcctaatcatatgactttaggtgttagttgcaacaaatataaggggcagtatagagtggccaaaacaacatttagttcaaatatc 49927663  T
Q  407 acctaatatctaaatatataaaagaaggtttttagttgaattaaatccagtt------------tnnnnnnnntatatttaatagcacgtggatgagatg 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |         | ||| ||||||||||||||||||||    
T  49927664 acctaatatctaaatatataaaagaaggtttttagttgaattaaatccagttaaaaaaaaaaaatcttaaaaaaaaattcaatagcacgtggatgagatg 49927763  T
Q  495 gtttgagcttctttcaacttaactagaggtcttatgttcggattcagttaataaaatgcaatagtattatgagagagagagttttatcgtttattacggc 594  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  49927764 gtttgaacttctttcaacttaactagaggtcttatgttcggattcagttattagaatgcaacagtattat--gagagagagttttatcgtttattacggc 49927861  T
Q  595 tcgatgaaatagtttatctagctagttgtaaacaaaatatctaatttacacnnnnnnnntattaa---tattaaaaggccaaatgcaccctatctctaaa 691  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |  ||   || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  49927862 tcgatgaaataatttatctagctagttgtaaacaaaatatctaatttacacaaaaaaaaaaaaaaaattaataaaaggccaaatgcaccctatctctaaa 49927961  T
Q  692 ttgctatccttaacaaataatgccatttggagagattaacgttaacctctccaaatatctctctaatnnnnnnnncttttctgttcctaccaacaactga 791  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||    
T  49927962 ttgctatccttaacaaataatgccatttggagagattaacgttaacctctccaaatatctctctaat-aaaaaaacttttctgttcctaccaacaactga 49928060  T
Q  792 tcaagtatcaaaaatctcctccgc-aaggttgttgg-tttttcctaaccgctaaaccc 847  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  49928061 tcaagtatcaaaaatctcctccgcaaaggttgttggttttttcctaaccgctaaaccc 49928118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University