View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5549-Insertion-5 (Length: 700)

Name: NF5549-Insertion-5
Description: NF5549
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5549-Insertion-5
NF5549-Insertion-5
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (8-700)||(47717742-47718431)
chr1 (23-684)||(47745547-47746208)
chr1 (8-694)||(47712945-47713640)
chr1 (90-676)||(47759878-47760473)
chr1 (150-307)||(6512957-6513114)
chr1 (188-430)||(6521560-6521808)
chr1 (150-271)||(6500263-6500384)
chr1 (152-299)||(6517364-6517511)
chr1 (147-254)||(47772876-47772983)
chr1 (145-307)||(6507056-6507218)
chr1 (196-393)||(6523570-6523767)
chr1 (150-247)||(47777840-47777937)
chr1 (147-270)||(47764486-47764609)
chr1 (226-277)||(47673751-47673802)
chr1 (347-391)||(47778037-47778081)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (142-389)||(28861785-28862032)
chr5 (142-386)||(28856511-28856755)
chr5 (165-379)||(28831322-28831536)
chr5 (150-283)||(27371748-27371881)
[»] scaffold0341 (2 HSPs)
scaffold0341 (145-307)||(1081-1243)
scaffold0341 (145-307)||(8735-8897)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 667; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 667; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 47718431 - 47717742
Alignment:
Q  8 agatcaatatacacgaatgacaactgtttctagcaagctattattttccttttattctgttcttctttttattatcattatcgtatctcaagcccaaggc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47718431 agatcaatatacacgaatgacaactgtttctagcaagctattattttccttttattctgttctt---tttattatcattatcgtatctcaagcccaaggc 47718335  T
Q  108 caaccaaattttttgcgcaactattgtataaacaataatggcaactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcagcacccttttgtccaatctaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47718334 caaccaaattttttgcgcaactattgtataaacaataatggcaactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcagcacccttttgtccaatctaa 47718235  T
Q  208 cttccaacacagaaatcaactacggtttctacaatttctcttatggccaaaacactgacaaagtaaatgccgttggcctctgcagaggagatgttaaacc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47718234 cttccaacacagaaatcaactacggtttctacaatttctcttatggccaaaacactgacaaagtaaacgccgttggcctctgcagaggagatgttaaacc 47718135  T
Q  308 tgacgtttgccgaagttatctcaatgattcaagagttcttctcacaaaactttgtccaaaccaaaaagaagcgattggttggtatgttgactgcatgttg 407  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47718134 tgacgtttgccgaagttgtctcaatgattcaagagttcttctcacaaaactttgtccaaaccaaaaagaagcgattggttggtatgttgactgcatgttg 47718035  T
Q  408 cgttactcaaaccgatcaatattcggcgttatggaagcttcaccttcatatttaaagtggaccttgaaaaatgcaaccgaggtggatcaatttaatcaag 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47718034 cgttactcaaaccgatcaatattcggcgttatggaagcttcaccttcatatttaaagtggaccttgaaaaatgcaaccgaggtggatcaatttaatcaag 47717935  T
Q  508 ttcttgggaacttgatgaggaaactcaaagaaatagcagcatcaagtgattctcgtcgtaagtttgctaccgctaatgcaactttgaattttgaaaccac 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47717934 ttcttgggaacttgatgaggaaactcaaagaaatagcagcatcaagtgattctcgtcgtaagtttgctaccgctaatgcaactttgaattttgaaaccac 47717835  T
Q  608 atatggtcttgtgcagtgtacacctgatttatcacagcaagattgcaatgattgtttagagcgtgctattttagaaattcctatttattttaa 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  47717834 atatggtcttgtgcagtgtacacctgatttatcacagcaagattgcaatgattgtttagagcgtgctatttcagaaattcctatttattttaa 47717742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 47746208 - 47745547
Alignment:
Q  23 aatgacaactgtttctagcaagctattattttccttttattctgttcttctttttattatcattatcgtatctcaagcccaaggccaaccaaattttttg 122  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47746208 aatgacaattgtatctagcaagctattattttccctttactcttttctcctttttattatcattatcgtatctcaagcccaaggccaaccaaattttttg 47746109  T
Q  123 cgcaactattgtataaacaataatggcaactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcagcacccttttgtccaatctaacttccaacacagaaa 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||  |||    
T  47746108 cgcaactattgtataaacaataatggcaactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcaacacccttttatccaatctcacttccaacactcaaa 47746009  T
Q  223 tcaactacggtttctacaatttctcttatggccaaaacactgacaaagtaaatgccgttggcctctgcagaggagatgttaaacctgacgtttgccgaag 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||    
T  47746008 tcaactacggtttctacaatttctcttatggccaaaacactgataaagtaaacgccattggactctgcagaggagatgttaaacccgacctttgccgcag 47745909  T
Q  323 ttatctcaatgattcaagagttcttctcacaaaactttgtccaaaccaaaaagaagcgattggttggtatgttgactgcatgttgcgttactcaaaccga 422  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  47745908 ttgtctcaacgattcaagagttcttctcacaaaactttgtccaacccaaaaagaagcaattagttggtatgataactgcatgttgcgttactcaaaccga 47745809  T
Q  423 tcaatattcggcgttatggaagcttcaccttcatatttaaagtggaccttgaaaaatgcaaccgaggtggatcaatttaatcaagttcttgggaacttga 522  Q
    |||||||| ||| |||||||  |||||  ||||||||  ||||||| |   | ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  47745808 tcaatatttggcattatggatacttcattttcatattataagtggaacaatagaaatgtaaccgatgtggctcaatttaatcaagttcttgggaacttga 47745709  T
Q  523 tgaggaaactcaaagaaatagcagcatcaagtgattctcgtcgtaagtttgctaccgctaatgcaactttgaattttgaaaccacatatggtcttgtgca 622  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  47745708 tgaggaaactcaatgaaatagctgcatcaggtgattctcgtcgtaagtttgctaccgctaatgcaactttgaattttgaaaccatatatggtcttgtgca 47745609  T
Q  623 gtgtacacctgatttatcacagcaagattgcaatgattgtttagagcgtgctattttagaaa 684  Q
    |||||||||||| || |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  47745608 gtgtacacctgacttgtcaggacaagattgcaatgattgtttagagcgtgctatttcagaaa 47745547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 47713640 - 47712945
Alignment:
Q  8 agatcaatatacacgaatgacaactgtttctagcaagctattattttccttttattctgttcttctttttattatcattatcgtatctcaagcccaaggc 107  Q
    |||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  47713640 agatcaatatatcagaatgacaattgtttctagcaagctattattttccttttactcttttctcctttttattatcattatcgtatctcaagcccagggc 47713541  T
Q  108 caaccaaattttttgcgcaactattgtataaacaataatggcaactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcagcacccttttgtccaatctaa 207  Q
    |||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |    
T  47713540 caaccagattttgtgcgctactcttgtataaacaataatggcaactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcaacacccttttatccaatctca 47713441  T
Q  208 cttccaacacagaaatcaactacggtttctacaatttctcttatggccaaaacactgacaaagtaaatgccgttggcctctgcagaggagatgttaaacc 307  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  47713440 cttccaacactcaaatcaactacggtttctacaatttctcttatggccaaaacaccgacaaagtaaacgccattggactctgcagaggagatgttaaacc 47713341  T
Q  308 tgacgtttgccgaagttatctcaatgattcaagagttcttctcacaaaactttgtccaaaccaaaaagaagcgattggttggtatgttgactgcatgttg 407  Q
    ||| |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||    
T  47713340 tgatgtttgccgcagtcgtctcaatgattcaagagttcttctcacaaaactttgtccaaaccaaaaagaagcaattggttggtatgaggactacatgttg 47713241  T
Q  408 cgttactcaaaccgatcaatattcggcgttatggaagcttcaccttcatatttaaagtggaccttgaaaaatgcaaccgaggtggatcaatttaatcaag 507  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||| || | |||   |||||    | ||  | || || |  ||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||    
T  47713240 cgttactcaaaccaatcaatatttggcattcttgaatggtcaccaaagttttatatgtcgaacccgaacaatgtaaccgaggtggatccatttaatcgag 47713141  T
Q  508 ttcttgggaacttgatgaggaaactcaaagaaatagcagcatcaagtgattctcgtcgtaagtttgctaccgctaatgcaac---------tttgaattt 598  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| | | |||||||||         |||||||||    
T  47713140 ttcttggaaacttgatgaggaaactgagagaaatagctgcatcaagtgattctcgtcttaagtttgctgcggataatgcaactgatgtgaatttgaattt 47713041  T
Q  599 tgaaaccacatatggtcttgtgcagtgtacacctgatttatcacagcaagattgcaatgattgtttagagcgtgctattttagaaattcctattta 694  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||| | ||||||||| |||||    
T  47713040 tcaaaccatatatggtcttgtgcagtgtacacctgatttgtcagagcaagattgcaatgattgtttagagtttgctatatcagaaattccaattta 47712945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 90 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 47760473 - 47759878
Alignment:
Q  90 gtatctcaagcccaaggccaaccaaattttttgcgcaactattgtataaacaataatggcaactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcagca 189  Q
    |||||||||||| ||| ||||||  ||||| ||  ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  47760473 gtatctcaagccaaagcccaacctgattttctgtacaacttttgtaaaaacgataatggcaactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcaaca 47760374  T
Q  190 cccttttgtccaatctaacttccaacacagaaatcaactacggtttctacaatttctcttatggccaaaacactgacaaagtaaatgccgttggcctctg 289  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  47760373 ccgttttgtccaatctaacttccaacgcagaaatcaactacggtttctacaatatttcttatggccaaaacactgacaaagtaaacgccattggactctg 47760274  T
Q  290 cagaggagatgttaaacctgacgtttgccgaagttatctcaatgattcaagagttcttctcacaaaactttgtccaaaccaaaaagaagcgattggttgg 389  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  47760273 tagaggagatgttaaacccgacgtttgccgcagttgtctcaacgattcaagagttcttctcacaaaactttgtccaaaccaaaaagaagcaattggttgg 47760174  T
Q  390 tatgttgactgcatgttgcgttactcaaaccgatcaatattcggcgttatggaagcttcaccttcatatttaaagtggaccttgaaaaatgcaaccgagg 489  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    | ||  | ||||| | |  | |||| ||| ||||    
T  47760173 tatgataactgcatgttgcgttactcaaaccgatcaatattcggcgttatggaaggttcaccaaagttttatatgtggaacatatataatgtaacagagg 47760074  T
Q  490 tggatcaatttaatcaagttcttgggaacttgatgaggaaactcaaagaaatagcagcatcaagtgattctcgtcgtaagtttgctaccgctaatgcaac 589  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||    
T  47760073 tggatcaatttaaccaagttcttgggaacttgatgaggaaactgaaagagaaagctgcatcaagtgattctcgtcgtaaatttgctacagataatgcaac 47759974  T
Q  590 ---------tttgaattttgaaaccacatatggtcttgtgcagtgtacacctgatttatcacagcaagattgcaatgattgtttagagcgtgctat 676  Q
             |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  47759973 tgatgtaaatttgaattttcaaaccatatatggtcttgttcagtgcacacctgatttgtcagagcaagattgcaataattgtttagatggtgctat 47759878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 150 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 6513114 - 6512957
Alignment:
Q  150 aactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcagcacccttttgtccaatctaacttccaacacagaaatcaactacggtttctacaatttctctt 249  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| || ||||| | ||||||| | |||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| |||||    
T  6513114 aactacacaaccaacagcacctatcacaaaaaccttaacacccttctatccactctcacttccaacaaagatatcaactacggtttctataattcctctt 6513015  T
Q  250 atggccaaaacactgacaaagtaaatgccgttggcctctgcagaggagatgttaaacc 307  Q
    ||||   |||||| ||||||||||| ||  |||| || || ||||||||||| |||||    
T  6513014 atggaataaacaccgacaaagtaaacgctattggactttgtagaggagatgtcaaacc 6512957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 188 - 430
Target Start/End: Original strand, 6521560 - 6521808
Alignment:
Q  188 cacccttttgtccaatctaacttccaacacagaaatcaactacggtttctacaatttctcttatggccaaaacactgacaaagtaaatgccgttggcctc 287  Q
    ||||||||| |||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||  | ||||||||||||||||| ||  |||| ||     
T  6521560 cacccttttatccactctcacttccaacaaagatatcaactacggtttctataattcctcttatggaaacaacactgacaaagtaaacgcgattggacta 6521659  T
Q  288 tgcagaggagatgttaaacctgacgtttgccgaagttatctcaatgattcaagagttcttctcacaaaactttgtccaaaccaaaaagaagcgattggtt 387  Q
    || ||||||||||| ||||   | | ||| | || ||  |||||  ||||||  |||||||| ||| ||| ||||| ||||| ||||||||| ||||| |    
T  6521660 tgtagaggagatgtcaaactcaatgattgtcaaaattgcctcaaaaattcaactgttcttctaacacaacattgtcaaaaccgaaaagaagcaattggat 6521759  T
Q  388 ggt------atgttgactgcatgttgcgttactcaaaccgatcaatatt 430  Q
    |||      |||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6521760 ggtacaacgatgaagaatgcatgttgcgttactcaaaccgttcaatatt 6521808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 150 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 6500384 - 6500263
Alignment:
Q  150 aactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcagcacccttttgtccaatctaacttccaacacagaaatcaactacggtttctacaatttctctt 249  Q
    ||||||||| | |||||||||||| | || ||||||| ||| ||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||      
T  6500384 aactacacaacaaatagcacctatgacaaaaacctcaacacacttttatcaactctcacttccaacacagaaatcaactacggtttctacaatttttcac 6500285  T
Q  250 atggccaaaacactgacaaagt 271  Q
    ||||| ||||||  ||||||||    
T  6500284 atggcgaaaacagcgacaaagt 6500263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 152 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 6517511 - 6517364
Alignment:
Q  152 ctacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcagcacccttttgtccaatctaacttccaacacagaaatcaactacggtttctacaatttctcttat 251  Q
    ||||||| |||| |||||||| || |  ||||| | ||||||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  6517511 ctacacaaccaacagcacctaccacacaaaccttaacacccttttatccattctcacttccaacaaagaaatcaactacggtttctataactcctcttat 6517412  T
Q  252 ggccaaaacactgacaaagtaaatgccgttggcctctgcagaggagat 299  Q
    |||  |||||  ||||||||||| ||  |||| || ||||||||||||    
T  6517411 ggcataaacagcgacaaagtaaacgcaattggactatgcagaggagat 6517364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 147 - 254
Target Start/End: Original strand, 47772876 - 47772983
Alignment:
Q  147 ggcaactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcagcacccttttgtccaatctaacttccaacacagaaatcaactacggtttctacaatttct 246  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| |  || |||||||||| |||  ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47772876 ggcaactacacatccaatagcacctatgacaacaaccttaaaactcttttgtccagtctttcttctcatacagaaatcaactacggtttctacaatttct 47772975  T
Q  247 cttatggc 254  Q
    | ||||||    
T  47772976 catatggc 47772983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 145 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 6507218 - 6507056
Alignment:
Q  145 atggcaactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcagcacccttttgtccaatctaacttccaacacagaaatcaactacggtttctacaattt 244  Q
    |||| ||||||||| |||| |||||||| || |  |||||||  |||||| | |||| ||| |||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||     
T  6507218 atggtaactacacaaccaacagcacctaccacacaaacctcaaaacccttctatccactctcacttccaacaaagatattaactacggtttctataattc 6507119  T
Q  245 ctcttatggccaaaacactgacaaagtaaatgccgttggcctctgcagaggagatgttaaacc 307  Q
    ||||||||||  |||||| ||||||||||| ||  |||| || || ||||||||||| |||||    
T  6507118 ctcttatggcgtaaacaccgacaaagtaaacgctattggactgtgtagaggagatgtcaaacc 6507056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 196 - 393
Target Start/End: Original strand, 6523570 - 6523767
Alignment:
Q  196 tgtccaatctaacttccaacacagaaatcaactacggtttctacaatttctcttatggccaaaacactgacaaagtaaatgccgttggcctctgcagagg 295  Q
    |||||| ||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| ||  |||| || ||||||||    
T  6523570 tgtccactctcacttccaacacgcaaatcaactacggtttctacaatttctcaaacggtgaaaacacaaacaaagtaaacgcaattggtctttgcagagg 6523669  T
Q  296 agatgttaaacctgacgtttgccgaagttatctcaatgattcaagagttcttctcacaaaactttgtccaaaccaaaaagaagcgattggttggtatg 393  Q
     ||||||||  |  |||  || |  ||||  ||||||| ||||||      ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6523670 cgatgttaagacaaacgagtgtcttagttgcctcaatggttcaagtaacaatctcacacagctttgtccaaaccaaaaagaagcaattggttggtatg 6523767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 150 - 247
Target Start/End: Original strand, 47777840 - 47777937
Alignment:
Q  150 aactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcagcacccttttgtccaatctaacttccaacacagaaatcaactacggtttctacaatttctc 247  Q
    ||||||||| | || ||||||||  |||  ||||||| ||| ||||| |||| ||| | |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  47777840 aactacacaacaaacagcacctacgaaacaaacctcaacacacttttatccactctcatttccaacacacaaatcaattacggtttctacaatttctc 47777937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 147 - 270
Target Start/End: Original strand, 47764486 - 47764609
Alignment:
Q  147 ggcaactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcagcacccttttgtccaatctaacttccaacacagaaatcaactacggtttctacaatttct 246  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||| |  |||||||| |||| | |  ||||| | | |||| |||| || ||||||||||||||||    
T  47764486 ggcaattacacagccaatagcacctacgacaacaaccttaaaacccttttttccagtttttcttcccataaagaagtcaattatggtttctacaatttct 47764585  T
Q  247 cttatggccaaaacactgacaaag 270  Q
    | ||||||||| || | |||||||    
T  47764586 catatggccaagaccccgacaaag 47764609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 226 - 277
Target Start/End: Original strand, 47673751 - 47673802
Alignment:
Q  226 actacggtttctacaatttctcttatggccaaaacactgacaaagtaaatgc 277  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| || |  ||||||||||||||||    
T  47673751 actacggtttctacaatttctcgtatggcgaagaacctgacaaagtaaatgc 47673802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 347 - 391
Target Start/End: Original strand, 47778037 - 47778081
Alignment:
Q  347 tctcacaaaactttgtccaaaccaaaaagaagcgattggttggta 391  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||    
T  47778037 tctcacacaactttgtccaaacaaaaaggaagcaattggttggta 47778081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 142 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 28862032 - 28861785
Alignment:
Q  142 ataatggcaactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcagcacccttttgtccaatctaacttccaacacagaaatcaactacggtttctacaa 241  Q
    |||||||||||||||||   || ||||| |||||| | ||||||| ||| ||||| || | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28862032 ataatggcaactacacaaaaaacagcacatatcaacaaaacctcaacacacttttatcaactctaacttccaacacagaaatcacctacggtttctacaa 28861933  T
Q  242 tttctcttatggccaaaacactgacaaagtaaatgccgttggcctctgcagaggagatgttaaacctgacgtttgccgaagttatctcaatgattcaaga 341  Q
     ||||| |  ||| || |||   |||||||| | ||| | ||  | ||||||||||||||||| ||  | | |||||| |||| ||| ||  ||||||||    
T  28861932 cttctcattcggcgaagacaacaacaaagtatacgccataggattatgcagaggagatgttaatccaaatgattgccgcagttgtcttaacaattcaaga 28861833  T
Q  342 gttcttctcacaaaactttgtccaaaccaaaaagaagcgattggttgg 389  Q
    |||||||| ||| ||   ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  28861832 gttcttctaacacaaaaatgtcctaaccaaaaagaagcaattggttgg 28861785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 142 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 28856755 - 28856511
Alignment:
Q  142 ataatggcaactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcagcacccttttgtccaatctaacttccaacacagaaatcaactacggtttctacaa 241  Q
    ||||| |||||||||||   || ||||| |||||| | ||||||| ||| ||||| || | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28856755 ataatagcaactacacaaaaaacagcacatatcaacaaaacctcaacacacttttatcaactctaacttccaacacagaaatcacctacggtttctacaa 28856656  T
Q  242 tttctcttatggccaaaacactgacaaagtaaatgccgttggcctctgcagaggagatgttaaacctgacgtttgccgaagttatctcaatgattcaaga 341  Q
     ||||| |  ||| || |||   |||||||| | ||| | ||  | ||||||||||||||||| ||  | | |||||| |||| ||| ||  ||||||||    
T  28856655 cttctcattcggcgaagacaacaacaaagtatacgccataggattatgcagaggagatgttaatccaaatgattgccgcagttgtcttaacaattcaaga 28856556  T
Q  342 gttcttctcacaaaactttgtccaaaccaaaaagaagcgattggt 386  Q
    |||||||| ||| ||  |||||||||| |||||||||| ||||||    
T  28856555 gttcttctaacacaaaattgtccaaacaaaaaagaagcaattggt 28856511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 165 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 28831536 - 28831322
Alignment:
Q  165 agcacctatcaaaacaacctcagcacccttttgtccaatctaacttccaacacagaaatcaactacggtttctacaatttctcttatggccaaaacactg 264  Q
    ||||| |||||| | ||||||| ||| ||||| || | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||| ||  ||       
T  28831536 agcacatatcaacaaaacctcaacacacttttatcaactctaacttccaacacagaaatcacctacggtttctacaacttctcatacggcaaaggcaaca 28831437  T
Q  265 acaaagtaaatgccgttggcctctgcagaggagatgttaaacctgacgtttgccgaagttatctcaatgattcaagagttcttctcacaaaactttgtcc 364  Q
    |||||||| | ||| | ||  | || |||||||||||||| ||  | | ||||||  ||||||| ||  |||||||||||||||| ||| ||  ||||||    
T  28831436 acaaagtatacgccataggattatgtagaggagatgttaatccaaatgattgccgccgttatcttaacaattcaagagttcttctaacacaaaattgtcc 28831337  T
Q  365 aaaccaaaaagaagc 379  Q
    |||||||||||||||    
T  28831336 aaaccaaaaagaagc 28831322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 150 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 27371881 - 27371748
Alignment:
Q  150 aactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcagcacccttttgtccaatctaacttccaacacagaaatcaactacggtttctacaatttctctt 249  Q
    |||||||||| ||||||||||||  | |||||||| |  |||||| | | || | |  ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |    
T  27371881 aactacacagtcaatagcacctacgacaacaaccttaaaacccttctatacagtttctcttcccacacagaaattaactacggtttttacaatttctcat 27371782  T
Q  250 atggccaaaacactgacaaagtaaatgccgttgg 283  Q
    |||||||| || | |||||| |||| ||| ||||    
T  27371781 atggccaacacccagacaaaataaaggccattgg 27371748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0341 (Bit Score: 51; Significance: 7e-20; HSPs: 2)
Name: scaffold0341
Description:

Target: scaffold0341; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 145 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 1243 - 1081
Alignment:
Q  145 atggcaactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcagcacccttttgtccaatctaacttccaacacagaaatcaactacggtttctacaattt 244  Q
    |||| ||||||||| |||| |||||||| || |  |||||||  |||||| | |||| ||| |||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||     
T  1243 atggtaactacacaaccaacagcacctaccacacaaacctcaaaacccttctatccactctcacttccaacaaagatattaactacggtttctataattc 1144  T
Q  245 ctcttatggccaaaacactgacaaagtaaatgccgttggcctctgcagaggagatgttaaacc 307  Q
    ||||||||||  |||||| ||||||||||| ||  |||| || || ||||||||||| |||||    
T  1143 ctcttatggcgtaaacaccgacaaagtaaacgctattggactgtgtagaggagatgtcaaacc 1081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0341; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 145 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 8897 - 8735
Alignment:
Q  145 atggcaactacacagccaatagcacctatcaaaacaacctcagcacccttttgtccaatctaacttccaacacagaaatcaactacggtttctacaattt 244  Q
    |||| ||||||||| |||| |||||||| || |  |||||||  |||||| | |||| ||| |||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||     
T  8897 atggtaactacacaaccaacagcacctaccacacaaacctcaaaacccttctatccactctcacttccaacaaagatattaactacggtttctataattc 8798  T
Q  245 ctcttatggccaaaacactgacaaagtaaatgccgttggcctctgcagaggagatgttaaacc 307  Q
    ||||||||||  |||||| ||||||||||| ||  |||| || || ||||||||||| |||||    
T  8797 ctcttatggcgtaaacaccgacaaagtaaacgctattggactgtgtagaggagatgtcaaacc 8735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University