View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5549_low_11 (Length: 268)

Name: NF5549_low_11
Description: NF5549
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5549_low_11
NF5549_low_11
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (10-257)||(45284316-45284562)
chr2 (10-257)||(45291679-45291925)
chr2 (10-268)||(29401287-29401544)
chr2 (10-264)||(36656033-36656286)
chr2 (10-250)||(5352115-5352355)
chr2 (10-250)||(15831278-15831518)
chr2 (10-250)||(30496630-30496870)
chr2 (10-250)||(20938049-20938286)
chr2 (10-250)||(3940412-3940650)
chr2 (10-250)||(43539421-43539658)
chr2 (10-268)||(10828708-10828969)
chr2 (10-245)||(43978677-43978910)
chr2 (80-257)||(45290777-45290953)
chr2 (10-121)||(25515492-25515603)
chr2 (69-121)||(31367308-31367360)
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (10-263)||(20350784-20351034)
chr3 (10-264)||(17567747-17568000)
chr3 (10-264)||(41612506-41612757)
chr3 (10-250)||(54386275-54386513)
chr3 (10-248)||(2274597-2274837)
chr3 (10-250)||(29009011-29009249)
chr3 (10-245)||(42903873-42904107)
chr3 (10-268)||(16611208-16611467)
chr3 (10-268)||(22047786-22048045)
chr3 (10-250)||(46701708-46701946)
chr3 (10-245)||(46389115-46389351)
chr3 (25-250)||(2967623-2967847)
chr3 (10-250)||(34045527-34045766)
chr3 (10-250)||(49144145-49144384)
chr3 (10-246)||(52391079-52391313)
chr3 (10-213)||(50480467-50480668)
chr3 (56-242)||(36127566-36127752)
chr3 (10-70)||(36127766-36127826)
chr3 (48-121)||(4172085-4172158)
chr3 (48-121)||(4178083-4178156)
chr3 (144-210)||(4171993-4172059)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (10-264)||(21141163-21141417)
chr1 (10-264)||(50343652-50343903)
chr1 (10-250)||(19156165-19156405)
chr1 (18-249)||(2365388-2365618)
chr1 (10-250)||(8473937-8474175)
chr1 (10-250)||(26875809-26876047)
chr1 (10-252)||(97631-97873)
chr1 (10-250)||(3732064-3732300)
chr1 (10-250)||(38127166-38127412)
chr1 (10-187)||(13639706-13639882)
chr1 (56-246)||(470320-470509)
chr1 (10-74)||(47656196-47656260)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (10-252)||(50023226-50023469)
chr4 (10-252)||(50030344-50030587)
chr4 (10-264)||(50193614-50193868)
chr4 (10-252)||(44679758-44679999)
chr4 (10-250)||(6181473-6181712)
chr4 (10-252)||(3185775-3186014)
chr4 (10-250)||(49090572-49090810)
chr4 (10-250)||(31421849-31422087)
chr4 (10-248)||(49165188-49165423)
chr4 (10-231)||(9892951-9893168)
chr4 (10-252)||(3184104-3184346)
chr4 (10-250)||(30704177-30704413)
chr4 (75-250)||(41800694-41800868)
chr4 (25-121)||(41933321-41933417)
chr4 (25-201)||(55279941-55280119)
chr4 (10-73)||(41798678-41798741)
chr4 (10-96)||(11050206-11050292)
chr4 (144-222)||(47383688-47383766)
chr4 (162-210)||(11051244-11051292)
chr4 (10-44)||(3185567-3185601)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (10-250)||(27673336-27673576)
chr5 (10-250)||(30705287-30705526)
chr5 (10-250)||(19040800-19041039)
chr5 (10-207)||(5197168-5197363)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (10-264)||(20857416-20857675)
chr8 (10-250)||(1052675-1052914)
chr8 (10-248)||(26659599-26659836)
chr8 (10-250)||(23022004-23022243)
chr8 (14-245)||(34371553-34371786)
chr8 (10-245)||(25210-25444)
chr8 (10-245)||(22510696-22510930)
chr8 (30-252)||(2416292-2416514)
chr8 (10-121)||(35551944-35552055)
chr8 (10-121)||(45128028-45128139)
chr8 (10-231)||(5677241-5677460)
chr8 (144-236)||(24249648-24249740)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (10-250)||(45257137-45257378)
chr7 (11-264)||(5541224-5541478)
chr7 (10-250)||(17465404-17465644)
chr7 (10-250)||(17587570-17587810)
chr7 (10-250)||(35610099-35610337)
chr7 (10-245)||(9371069-9371303)
chr7 (36-262)||(17649278-17649505)
chr7 (36-252)||(16674920-16675137)
chr7 (10-250)||(41880639-41880880)
chr7 (10-248)||(48403508-48403747)
chr7 (10-241)||(41734323-41734553)
chr7 (10-130)||(46740230-46740351)
chr7 (10-121)||(556329-556440)
chr7 (144-245)||(10175598-10175699)
chr7 (193-263)||(46740386-46740455)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (10-250)||(11688266-11688505)
chr6 (10-250)||(30829335-30829573)
chr6 (10-250)||(27616866-27617105)
chr6 (10-241)||(6201308-6201538)
chr6 (19-245)||(26423139-26423374)
chr6 (10-187)||(22301395-22301570)
chr6 (10-130)||(3501439-3501559)
chr6 (145-252)||(3501300-3501407)
chr6 (10-121)||(24722207-24722318)
[»] scaffold0877 (1 HSPs)
scaffold0877 (10-196)||(4337-4523)
[»] scaffold0238 (1 HSPs)
scaffold0238 (10-121)||(18616-18727)
[»] scaffold0494 (1 HSPs)
scaffold0494 (204-250)||(11329-11375)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 10 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 45284562 - 45284316
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45284562 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagcaactacattcaattataaactacatgcaatcatcaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 45284463  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| |||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  45284462 acatgaaaactaccattttt-aaaaaaaaaatcacctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgcttgtgattaaattgagatga 45284364  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctt 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45284363 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctt 45284316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 10 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 45291925 - 45291679
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45291925 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagcaactacattcaattataaactacatgcaatcatcaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 45291826  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| |||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  45291825 acatgaaaactaccattttt-aaaaaaaaaatcacctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgcttgtgattaaattgagatga 45291727  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctt 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45291726 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctt 45291679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 10 - 268
Target Start/End: Original strand, 29401287 - 29401544
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29401287 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagcaactacattcaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 29401386  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
      |||||||||| ||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  29401387 atatgaaaactaccattttttttttaaaaaaaaacctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 29401486  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctttggaaagattt 268  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  29401487 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaaattggagaagttggtt-ggtttggaaagattt 29401544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Original strand, 36656033 - 36656286
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36656033 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtcactacattcaattataaactacatgcaatcatcaaatattcaattcctacatcaaccctaacc 36656132  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     |||||||||| || ||||||             |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  36656133 acatgaaaact-acctttttttttataaaaaaaacctacacaaactaacattataattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 36656231  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctttggaaag 264  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||    
T  36656232 tgcacttgattttgttcaaaaatcgaaatttgagaagttggttggttttggaaag 36656286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 5352355 - 5352115
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  5352355 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 5352256  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  5352255 acatgaaaactaccattttttttttaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 5352156  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  5352155 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaagttgg 5352115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 15831518 - 15831278
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15831518 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 15831419  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  15831418 acatgaaaactaccatttttttttttaaaaaaaacctacccaaactaacattatgataaacaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 15831319  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  15831318 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaagttgg 15831278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Original strand, 30496630 - 30496870
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  30496630 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 30496729  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  30496730 acatgaaaactaccattttttttttaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 30496829  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  30496830 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaagttgg 30496870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 20938286 - 20938049
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20938286 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 20938187  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  20938186 acatgaaaactaccatttttt---tttaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 20938090  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||| | |||||| ||| |||||||||||||    
T  20938089 tgcacttgattttgttgaaaaatagaatttggagaagttgg 20938049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Original strand, 3940412 - 3940650
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  3940412 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcatcaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 3940511  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  3940512 acatgaaaactaccatttttttaaaaaaaaaa--cctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 3940609  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  3940610 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaagttgg 3940650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Original strand, 43539421 - 43539658
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  43539421 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 43539520  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  43539521 acatgaaaactaccatttttt---taaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 43539617  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  43539618 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttgaagaagttgg 43539658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 268
Target Start/End: Original strand, 10828708 - 10828969
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10828708 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagcaactacattca-ttataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 10828806  T
Q  110 tc--atgaaaactaaca---ttttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatgga 204  Q
     |  |||||||||| ||   ||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| | |    
T  10828807 acatatgaaaactaccattttttttttataaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaacgaa 10828906  T
Q  205 gatgatgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctttggaaagattt 268  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  10828907 gatgatgcacttaattttgctgaaaaatcgaaattggagaagttggtt-ggtttggaaagattt 10828969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 10 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 43978910 - 43978677
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  43978910 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcatcaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 43978811  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||              |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  43978810 acatgaaaactaccattttttttaaaaaaaaaa--ctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 43978713  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaa 245  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  43978712 tgcacttgattttgttgaaaaatcgaatttggagaa 43978677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 80 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 45290953 - 45290777
Alignment:
Q  80 aaaaattcaattcctacatcaaccctaacctcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtca 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45290953 aaaaattcaattcctacatcaaccctaaccacatgaaaactaccattttt-aaaaaaaaaatcacctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtca 45290855  T
Q  180 agatacttgtttgtgattaaatggagatgatgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctt 257  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45290854 agatacttgcttgtgattaaattgagatgatgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctt 45290777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 10 - 121
Target Start/End: Original strand, 25515492 - 25515603
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25515492 attatactctaacatcattcaaacatcaactaaagcaactacattcaattataaactacatgcaatcatcaaaatttcaattcctacatcaaccctaacc 25515591  T
Q  110 tcatgaaaacta 121  Q
     |||| ||||||    
T  25515592 acatgcaaacta 25515603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 69 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 31367360 - 31367308
Alignment:
Q  69 atgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacctcatgaaaacta 121  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  31367360 atgcaatcatcaaaatatcaattcctacatcaaccctaaccacatgcaaacta 31367308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 166; Significance: 6e-89; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 10 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 20351034 - 20350784
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20351034 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagcaactacattcaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 20350935  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  20350934 acatgaaaactaccatttttt---ttaaaaaaaacctacataaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 20350838  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctttggaaa 263  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  20350837 tgcacttgattttgctcaaaaatcgaaattggataagttggttggttttggaaa 20350784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Original strand, 17567747 - 17568000
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17567747 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacattcaattataaactacatgcaatcatcaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 17567846  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  17567847 acatgaaaactaccattttttttttaaaaaaaaa-ctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 17567945  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctttggaaag 264  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || | |||||||||    
T  17567946 tgcacttgattttgctcaaaaattgaaatgggagaagttgtttggttttggaaag 17568000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 41612757 - 41612506
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41612757 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacattcaattataaactacatgcaattatcaaaaattcaattcctacattaaccctaacc 41612658  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  41612657 acatgaaaactaccatttttt---ttttaaaaaacctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 41612561  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctttggaaag 264  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| | || | |||||||||    
T  41612560 tgcacttgattttgctcaaaaatcgaaatgggagaagtagtttggttttggaaag 41612506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 54386513 - 54386275
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  54386513 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 54386414  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  54386413 acatgaaaactaccatttttt--tttaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 54386316  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  54386315 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaagttgg 54386275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 10 - 248
Target Start/End: Original strand, 2274597 - 2274837
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2274597 attatattctaacatcattcaatcatcaattaaagcaactgcattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 2274696  T
Q  110 tcatgaaaactaaca--ttttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagat 207  Q
     ||||||||||| ||  ||||||             ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  2274697 acatgaaaactaccatttttttttaaaaaaaaaaaacctacccaaactaacgttatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagat 2274796  T
Q  208 gatgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagtt 248  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  2274797 gatgcacttgattttgctgaaaattcgaaattggagaagtt 2274837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 29009249 - 29009011
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29009249 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 29009150  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  29009149 acatgaaaactaccatttttt--tttaaaaaaaacctacccaaactaacattatgataaacaatgattcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 29009052  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  29009051 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaagttgg 29009011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 245
Target Start/End: Original strand, 42903873 - 42904107
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42903873 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaaatcaattcctacatcaaccctaacc 42903972  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  42903973 acatgaaaactaccatttttt-tttttaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 42904071  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaa 245  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  42904072 tgcacttgattttgttgaaaaatcgaatttggagaa 42904107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 16611467 - 16611208
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16611467 attatattctaacattattcaatcatcgattaaaacaactacattcaattataaactacttgcaatcataaaaaattcaattccgacatcaaccctaacc 16611368  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnn--cctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagat 207  Q
     ||||||||||| ||||||||               ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  16611367 acatgaaaactaccatttttttttttaaaaaaaaaacctatccaaactaacattatgattgaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagat 16611268  T
Q  208 gatgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctttggaaagattt 268  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  16611267 gatgcacttgattttgctgaaaaatcgaaattggagaagttggtt-ggtttggaaagattt 16611208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 268
Target Start/End: Original strand, 22047786 - 22048045
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22047786 attatattctaacattattcaatcatcgattaaaacaactacattcaattataaactacttgcaatcataaaaaattcaattccgacatcaaccctaacc 22047885  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnn--cctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagat 207  Q
     ||||||||||| ||||||||               ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  22047886 acatgaaaactaccatttttttttttaaaaaaaaaacctatccaaactaacattatgattgaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagat 22047985  T
Q  208 gatgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctttggaaagattt 268  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  22047986 gatgcacttgattttgctgaaaaatcgaaattggagaagttggtt-ggtttggaaagattt 22048045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Original strand, 46701708 - 46701946
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  46701708 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 46701807  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||    
T  46701808 acatgaaaactaccatttttt--taaaaaaaaaacctactcaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatagagatga 46701905  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  46701906 tgcacttgattttgctgaaaaatcaaatttggagaagttgg 46701946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 10 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 46389351 - 46389115
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  46389351 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 46389252  T
Q  110 tcatgaaaactaaca-ttttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatg 208  Q
     ||||||||||| || ||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  46389251 acatgaaaactaccattttttttaaaaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatg 46389152  T
Q  209 atgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaa 245  Q
    ||||| ||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  46389151 atgcacttgattttgttgaaaaatcgaatttggagaa 46389115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 25 - 250
Target Start/End: Original strand, 2967623 - 2967847
Alignment:
Q  25 cattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacctcatgaaaactaaca 124  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  2967623 cattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaaccacatgaaaactacca 2967722  T
Q  125 ttttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatgatgcatttgattttgc 224  Q
    ||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  2967723 tttttt-tttaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaacatacttacttgtgtttaaatgaagatgatgcacttgattttgc 2967821  T
Q  225 tcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    | ||||| |||| |||||||||||||    
T  2967822 tgaaaaaacgaatttggagaagttgg 2967847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 34045766 - 34045527
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  34045766 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcatcaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 34045667  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||| ||||||    
T  34045666 acatgaaaactaccatttttt-taaaaaaaaatacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaatatacttacttgtgtttaaatgaagatga 34045568  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  34045567 tgcacttgattttgctgaaaaaacgaatttggagaagttgg 34045527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Original strand, 49144145 - 49144384
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  49144145 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcatcaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 49144244  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||| ||||||    
T  49144245 acatgaaaactaccatttttt-taaaaaaaaatacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaatatacttacttgtgtttaaatgaagatga 49144343  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  49144344 tgcacttgattttgctgaaaaaacgaatttggagaagttgg 49144384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 10 - 246
Target Start/End: Original strand, 52391079 - 52391313
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52391079 attatacactaacatcattcaatcatcaattaaaacaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 52391178  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||| ||||||| ||||||||             ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  52391179 acatcaaaactaccatttttt--ttaaaaaaaaacctacccaagctaacattatgattacaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggaaatga 52391276  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaag 246  Q
    |||| ||||||||||| |||| | ||||||| |||||    
T  52391277 tgcacttgattttgctgaaaatttgaaattgaagaag 52391313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 213
Target Start/End: Original strand, 50480467 - 50480668
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  50480467 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaagtcaattcctacatcaaccctaacc 50480566  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  50480567 acatgaaaactaccatttttt--taaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaaaatacttacttgtgattaaatggagatga 50480664  T
Q  210 tgca 213  Q
    ||||    
T  50480665 tgca 50480668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 56 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 36127752 - 36127566
Alignment:
Q  56 aattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacctcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaact 155  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||             ||||| ||||||    
T  36127752 aattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctatatcaaccctaaccacatcaaaactaccatttttttaaaaaaaaaaaccctacccaaact 36127653  T
Q  156 aacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatgatgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattgga 242  Q
    ||||||||||||| |||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  36127652 aacattatgattacaaattaatcaagatacttacttgtgattaaatggagatgatgcacttgattttgctgaaaattcgaaattgga 36127566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 10 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 36127826 - 36127766
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacat 70  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  36127826 attatactctaacatcatttaatcatcaattaaagcaactacattcaattataaactacat 36127766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 48 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 4172158 - 4172085
Alignment:
Q  48 ctacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacctcatgaaaacta 121  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  4172158 ctacattcatttataaactacatgcaatcatcaaaatatcaattcctacatcaaccctaacaacatgcaaacta 4172085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 48 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 4178156 - 4178083
Alignment:
Q  48 ctacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacctcatgaaaacta 121  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  4178156 ctacattcatttataaactacatgcaatcatcaaaatatcaattcctacatcaaccctaacagcatgcaaacta 4178083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 4172059 - 4171993
Alignment:
Q  144 cctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatgat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||  ||||||| |||||||||||||    
T  4172059 cctacacaaactaacattatgattaaaaattagtaaacctacttacttgtgataaaatggagatgat 4171993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 21141417 - 21141163
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21141417 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagccactacattcaattataaactacatgcaatcatcaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 21141318  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  21141317 acatgaaaactaccattttttaaaaaacaaaaaacctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 21141218  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctttggaaag 264  Q
    ||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  21141217 tgatcttgattttgctcaaaaaacgaaattggagaagttggttggttttggaaag 21141163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Original strand, 50343652 - 50343903
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50343652 attatactctaacatcattcaatcatcaatcaaagtcagtacattcaattataaactacatgcaatcatcaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 50343751  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  50343752 acatgaaaactaccatttttt---tttttaaaaacctacacaaactaacattatgattaaaattgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 50343848  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctttggaaag 264  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| || | |||||||||    
T  50343849 tgcacttgattttgctcaaaaatcgaaatgggagaagttgtttggttttggaaag 50343903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 19156405 - 19156165
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19156405 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 19156306  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  19156305 acatgaaaactaccattttttttttaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaacatacttacttgtgattaaatggagatga 19156206  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19156205 ttcacttgattttgctgaaaaatcgaaattggagaagttgg 19156165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 18 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 2365618 - 2365388
Alignment:
Q  18 ctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacctcatgaaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2365618 ctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaaccacatgaaa 2365519  T
Q  118 actaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatgatgcatttg 217  Q
    ||| || ||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| |||    
T  2365518 act-acctttttttttttaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaacatacttacttgtgattaaatggagatgatgcacttg 2365420  T
Q  218 attttgctcaaaaatcgaaattggagaagttg 249  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2365419 attttgctgaaaaatcgaaattggagaagttg 2365388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 8474175 - 8473937
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  8474175 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 8474076  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  8474075 acatgaaaactaccatttttt--taaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 8473978  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  8473977 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaagttgg 8473937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 26876047 - 26875809
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26876047 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaagtcaattcctacatcaaccctaacc 26875948  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  26875947 acatgaaaactaccatttttt--tttttaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 26875850  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  26875849 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaatttgg 26875809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 10 - 252
Target Start/End: Original strand, 97631 - 97873
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  97631 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagccactacattcaattataaactacatgcaatcatcaaaaattcaattcctacatcaaccctaaac 97730  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| |||||||               |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  97731 acatgaaaactaccatttttaaaataaaaaaaaaactacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 97830  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggtt 252  Q
    |||| ||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||    
T  97831 tgcacttggttttgctcaaaaaaggaaattggagaacttggtt 97873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Original strand, 3732064 - 3732300
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  3732064 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 3732163  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||              |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  3732164 acatgaaaactaccatttttttaaaaaaaaa----ctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 3732259  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  3732260 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaagttgg 3732300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Original strand, 38127166 - 38127412
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| || |||||| ||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  38127166 attatactctaacatcattcaaacatcaattaaagcaacaacattcaactataaaatacatgcaatcatcaaattttcaattccaacatcaaccctaacc 38127265  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnn------cctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatgg 203  Q
     | || |||||| ||||||||                   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  38127266 acgtgcaaactaccattttttttttttttaaaaaaaaaaacctaaacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatgg 38127365  T
Q  204 agatgatgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38127366 agatgatgcacttgattttgctcaaaaatcgaaattggaggagttgg 38127412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 10 - 187
Target Start/End: Original strand, 13639706 - 13639882
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13639706 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 13639805  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatactt 187  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13639806 acatgaaaactaccatttttt-ttaaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgataaaaaatgagtcaagatactt 13639882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 56 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 470509 - 470320
Alignment:
Q  56 aattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacctcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaact 155  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||              ||||| ||||||    
T  470509 aattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaaccacatcaaaactaccattttt-attttaaaaaaaacctacccaaact 470411  T
Q  156 aacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatgatgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaag 246  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||  |||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  470410 aacattatgattacaaatgaatcaagatacttacttgtaattaaatgaagatgatgcacttgattttgctgaaaattcgaaattggagaag 470320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 10 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 47656260 - 47656196
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaa 74  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  47656260 attatactctaacatcattcaaacatcaattaaagcaactacattcaattataaactacatgcaa 47656196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 153; Significance: 4e-81; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 10 - 252
Target Start/End: Original strand, 50023226 - 50023469
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50023226 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagcaactacattcaattataaactacatgcaatcatcaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 50023325  T
Q  110 tcatgaaaactaaca-ttttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatg 208  Q
     ||| ||||||| || ||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||     
T  50023326 acataaaaactaccattttttttaaaaaaaaaaaacctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatt 50023425  T
Q  209 atgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggtt 252  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50023426 atgcacttgatttcgctcaaaaatcgaaattggagaagttggtt 50023469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 10 - 252
Target Start/End: Original strand, 50030344 - 50030587
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  50030344 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagcaactacattcaattataaactacatgcaatcatcaaaaattcaattcctacatcagccctaacc 50030443  T
Q  110 tcatgaaaactaaca-ttttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatg 208  Q
     ||| ||||||| || ||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||     
T  50030444 acataaaaactaccattttttttaaaaaaaaaaaacctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatt 50030543  T
Q  209 atgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggtt 252  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50030544 atgcacttgatttcgctcaaaaatcgaaattggagaagttggtt 50030587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 50193868 - 50193614
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50193868 attatactctaacattattcaatcatcaattaaagcaactacattcaattataaattacatgcaatcatcaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 50193769  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |    
T  50193768 ccatgaaaactaccatttttttttataaaaaaaacctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatta 50193669  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctttggaaag 264  Q
    || | |||||||||||||||||| || || |||||||||| || | |||||||||    
T  50193668 tgtacttgattttgctcaaaaattgagatgggagaagttgtttggttttggaaag 50193614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 10 - 252
Target Start/End: Original strand, 44679758 - 44679999
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44679758 attatactctaacatcattcaatcatcaatcaaagcaactacattcaattatgaactacatgcaatcataaaaaaatcaattcctacatcaaccctaacc 44679857  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     |||||||||| | || ||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  44679858 acatgaaaact-atatatttttttttaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 44679956  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggtt 252  Q
    |||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  44679957 tgcacttgattttgctgaaaattcgaaattggagaagttggtt 44679999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Original strand, 6181473 - 6181712
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  6181473 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 6181572  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  6181573 acatgaaaactaccatttttt-ttaaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 6181671  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  6181672 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaagttgg 6181712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 10 - 252
Target Start/End: Original strand, 3185775 - 3186014
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  3185775 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtcactacattcaattataaactacatgcaatcatcaaaaattcaattcctacatcaaccataaac 3185874  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||              |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  3185875 acatgaaaactaccattttttttttaaaaaaa---ctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtaaagatacttacttgtgattaaatggagatga 3185971  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggtt 252  Q
    |||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||    
T  3185972 tgcacttgattttgctcaaaaaaggaaattggagaacttggtt 3186014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 49090810 - 49090572
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  49090810 attataccataacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 49090711  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  49090710 acatgaaaactaccattttttttaaaaaaaaa--cctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 49090613  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  49090612 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaagttgg 49090572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 31422087 - 31421849
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31422087 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactgcattcaattataaactacatgcactcataaaaaagtcaattcctacatcaaccctaacc 31421988  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||              |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  31421987 acatgaaaactaccattttttaaaaaaaaaaaa--ctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatatttaattgtgattaaatggagatga 31421890  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  31421889 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaaattgg 31421849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 10 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 49165423 - 49165188
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  49165423 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 49165324  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| || |||||             ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  49165323 acatgaaaactaccaattttt--tttaaaaaaaacctacccaaactaacattatga-taaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 49165227  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagtt 248  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  49165226 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaagtt 49165188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 10 - 231
Target Start/End: Original strand, 9892951 - 9893168
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9892951 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 9893050  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  9893051 acatgaaaactaccatttttt----taaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 9893146  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaa 231  Q
    |  | ||||||||||| |||||    
T  9893147 taaacttgattttgctgaaaaa 9893168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 10 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 3184346 - 3184104
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3184346 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagccactacattcaattataaactacatgcaatcatcaaaaattcaattcctacatcaaccctaaac 3184247  T
Q  110 tcatgaaaactaaca-ttttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatg 208  Q
     ||||||||||| || ||||||              |||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||||||    
T  3184246 acatgaaaactaccattttttttttaaaaaaaaaaactacccaaactaacattatgattaaaaatgagtaaaaatacttacttgtgattaaatggagatg 3184147  T
Q  209 atgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggtt 252  Q
    ||||| |||| |||||| |||||  |||||||||||| ||||||    
T  3184146 atgcacttgaatttgct-aaaaaaggaaattggagaacttggtt 3184104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 30704413 - 30704177
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || || || |||||| |||||||||||||  ||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  30704413 attatactctaacatcattcaaacatcaattaaagcaacaacgttcaactataaaatacatgcaatcatcgaattttcaattccaacatcaaccctaacc 30704314  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     | || |||||| | ||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  30704313 acgtgcaaactaccttttttttttaaaaaa----cctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 30704218  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30704217 tgcacttgattttgctcaaaaatcgaaattggaggagttgg 30704177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 75 - 250
Target Start/End: Original strand, 41800694 - 41800868
Alignment:
Q  75 tcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacctcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatg 174  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||             ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41800694 tcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaaccacatgaaaactaccattttttttaaaaaaaaaa-cctacccaaactaacattatgattaaaaatg 41800792  T
Q  175 agtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatgatgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||||| ||||||  ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  41800793 agtcaacatacttagttgtgtttaaatgaagatgatgcacttgattttgctgaaaaaacgaatttggagaagttgg 41800868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 25 - 121
Target Start/End: Original strand, 41933321 - 41933417
Alignment:
Q  25 cattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacctcatgaaaacta 121  Q
    ||||||| ||||||||| |  ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||    
T  41933321 cattcaaacatcaattacaacaactacattcatttataaactacatgcaatcatcaaaatatcaattcctacatcaaccctatccacatgcaaacta 41933417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 25 - 201
Target Start/End: Original strand, 55279941 - 55280119
Alignment:
Q  25 cattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacctcatgaaaacta--a 122  Q
    ||||||| ||||||||| |  ||||||||| | ||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||  |    
T  55279941 cattcaaacatcaattacaacaactacattcatttataaactacatacaatcatcaaaatgtcaattcctacatcaaccttaaccacatgcgaactacca 55280040  T
Q  123 cattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaat 201  Q
     |||||||             |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||  ||||||||||||    
T  55280041 aattttttataaaaaaaaaaacctacacaaactaacattatgattaaaaatcagtcaaactacttacttgtgattaaat 55280119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 10 - 73
Target Start/End: Original strand, 41798678 - 41798741
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgca 73  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41798678 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgca 41798741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 10 - 96
Target Start/End: Original strand, 11050206 - 11050292
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctac 96  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| || || ||||||    
T  11050206 attatactctaacatcattcaaacataaattaaaacaactacattaaattataaattacatgcaatcatcaaaattttaaatcctac 11050292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 222
Target Start/End: Original strand, 47383688 - 47383766
Alignment:
Q  144 cctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatgatgcatttgatttt 222  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||  |||||  ||||||| ||||||||||||| || ||||||||    
T  47383688 cctacacaaactaacattataattaaaaataagtaaaactacttacttgtgataaaatggagatgattcacttgatttt 47383766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 162 - 210
Target Start/End: Original strand, 11051244 - 11051292
Alignment:
Q  162 atgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatgat 210  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||    
T  11051244 atgattaaaaatgagtcaaggtacttacttgtgattaaatggagatgat 11051292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 10 - 44
Target Start/End: Original strand, 3185567 - 3185601
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaag 44  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3185567 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaag 3185601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Original strand, 27673336 - 27673576
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  27673336 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaagcaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctatatcaactctaacc 27673435  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  27673436 acatgaaaactaccatttttttttttaaaaaaaccctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 27673535  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  27673536 tgcacttgattttgctgaaaaatcaaaattggagaagttgg 27673576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 30705526 - 30705287
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30705526 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaagcaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 30705427  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||| ||||||| ||||||||             ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  30705426 acataaaaactaccatttttt-ttataaaaaaaacctacccaaattaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 30705328  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  30705327 tgcatttgattttgctgacaaatcgaaattggagaagttgg 30705287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Original strand, 19040800 - 19041039
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19040800 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 19040899  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||| ||||||    
T  19040900 acatgaaaactaccatttttt-tttaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaacatacttacttgtgtttaaatgaagatga 19040998  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  19040999 tgcacttgattttgctgaaaaaacgaatttggagaagttgg 19041039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 10 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 5197363 - 5197168
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5197363 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacattcaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcatacatcaaccctaacc 5197264  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttt--tnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagat 207  Q
     ||||||||||| |||||||                ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||    
T  5197263 acatgaaaactaccatttttaaaattaaaaaaaaaacctgcacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatac----ttgtgattaaatggagat 5197168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 20857675 - 20857416
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20857675 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagcaactacattcaattataaactacatgcaatcatcaaaaattcaattcctacatcaaccttaacc 20857576  T
Q  110 tcatgaaaactaacatttttt-----nnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatgga 204  Q
     ||||||||||| ||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||    
T  20857575 acatgaaaactaccatttttttataaaaaaaaaaaaaaacctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaataga 20857476  T
Q  205 gatgatgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctttggaaag 264  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||    
T  20857475 gatgatgcacttgtttttgctcaaaaatcgaaattggagaatttggttggttttggaaag 20857416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 1052914 - 1052675
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  1052914 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcttacattaaccctaacc 1052815  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  1052814 acatgaaaactaccatttttt-tttttaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 1052716  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  1052715 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaagttgg 1052675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 10 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 26659836 - 26659599
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  26659836 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 26659737  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  26659736 acatgaaaactaccatttttt-ttaaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 26659638  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagtt 248  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  26659637 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaagtt 26659599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Original strand, 23022004 - 23022243
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23022004 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaagtcaattcctacatcaaccctaacc 23022103  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  23022104 acatgaaaactaccatttttt-ttttaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgaatcaaaatacttacttgtgattaaatggagatga 23022202  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  23022203 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaagttgg 23022243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 245
Target Start/End: Original strand, 34371553 - 34371786
Alignment:
Q  14 tactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacctcat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||    
T  34371553 tactctaacatcattcaatcatcaattaaagcaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctaaatcaactctaaccacat 34371652  T
Q  114 gaaaactaaca--ttttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatgatg 211  Q
    |||||||| ||  ||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  34371653 gaaaactaccatttttttttttataaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatgatg 34371752  T
Q  212 catttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaa 245  Q
    || ||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  34371753 cacttgattttgcttaaaaaacgaaattggagaa 34371786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 10 - 245
Target Start/End: Original strand, 25210 - 25444
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  25210 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 25309  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  25310 acatgaaaactaccatttttt-ttttaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 25408  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaa 245  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  25409 tgcacttgattttgttgaaaaatcgaatttggagaa 25444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 10 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 22510930 - 22510696
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  22510930 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 22510831  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  22510830 acatgaaaactaccatttttt-tttaaaaaaaaacctacccaaactaacgttatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 22510732  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaa 245  Q
    |||||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  22510731 tgcatttgattttgttgaaaaatcgaatttggagaa 22510696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 30 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 2416514 - 2416292
Alignment:
Q  30 aatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacctcatgaaaactaacattttt 129  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  2416514 aatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaaccacatgaaaactaccattttt 2416415  T
Q  130 tnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatgatgcatttgattttgctcaaa 229  Q
    |             ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||    
T  2416414 tttttttaaaaaaacctacccaaactaacattatgataaacaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatgatgcacttgattttgttgaaa 2416315  T
Q  230 aatcgaaattggagaagttggtt 252  Q
    ||||||| |||||||||||||||    
T  2416314 aatcgaatttggagaagttggtt 2416292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 35552055 - 35551944
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35552055 attatactctaacatcattcaaacatcaattaaaacaactacattcaattataaactacatgcaataataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 35551956  T
Q  110 tcatgaaaacta 121  Q
     |||||||||||    
T  35551955 acatgaaaacta 35551944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 10 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 45128139 - 45128028
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  45128139 attatactctaacatcattcaaacatcaattaaagcaacgacattcaattataaactacatgcaatcatcaaaatttcaattcctacatcaaccataacc 45128040  T
Q  110 tcatgaaaacta 121  Q
     |||| ||||||    
T  45128039 acatgcaaacta 45128028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 10 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5677460 - 5677241
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||| || |||||   | | ||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5677460 attatactctaacaccattcaaacatcaattatagcaactattgtcatttacaaactacatgcaatcatcaaaatttcaattcctacatcaaccctaacc 5677361  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     |||| | |||| || ||||              |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||| |||||||||||||||    
T  5677360 acatgcagactaccaatttt--atttaaaaaaaacctacacaaactaacattatgattaaaaatgaatcaaggtacttacttgtaattaaatggagatga 5677263  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaa 231  Q
    | || ||||||||||| |||||    
T  5677262 ttcacttgattttgctaaaaaa 5677241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 144 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 24249740 - 24249648
Alignment:
Q  144 cctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatgatgcatttgattttgctcaaaaatcgaa 236  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||    
T  24249740 cctacacaaactaacatcatgattaaaaatgagtcaaggtacttacttgtgattaaatggatatgattaacttgattttgctccaaaatcgaa 24249648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 139; Significance: 8e-73; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 45257378 - 45257137
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45257378 attatactctaacatcattcaattatcaattaaagcaactacattcagttataaactacaagcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 45257279  T
Q  110 tcatgaaaactaaca-ttttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatg 208  Q
     ||||||||||| || ||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  45257278 acatgaaaactaccatttttttttttaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatg 45257179  T
Q  209 atgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  45257178 atgcacttgattttgctgaaaattcgaaattggagaagttgg 45257137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 11 - 264
Target Start/End: Original strand, 5541224 - 5541478
Alignment:
Q  11 ttatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacct 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||     
T  5541224 ttatactctaacatcattcaatcatcaattaaagccactacattcaattataaactacatgaaatcatcaaaa-ttcaattcctacatcaaccctaacca 5541322  T
Q  111 catgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnn--cctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatg 208  Q
    ||||||||||| |||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  5541323 catgaaaactaccatttttaaaattaaaaaaaaaacctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatg 5541422  T
Q  209 atgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctttggaaag 264  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||    
T  5541423 atgcacttgattttgctcaaaaaacgaaattggagaacttggttggttttggaaag 5541478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Original strand, 17465404 - 17465644
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17465404 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 17465503  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  17465504 acatgaaaactaccatttttttaaaaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgataaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 17465603  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |  | ||||||||||| ||||| |||  |||||||||||||    
T  17465604 taaacttgattttgctgaaaaaacgattttggagaagttgg 17465644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 17587810 - 17587570
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17587810 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 17587711  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  17587710 acatgaaaactaccatttttttaaaaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgataaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 17587611  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |  | ||||||||||| ||||| |||  |||||||||||||    
T  17587610 taaacttgattttgctgaaaaaacgattttggagaagttgg 17587570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Original strand, 35610099 - 35610337
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  35610099 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 35610198  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  35610199 acatgaaaactaccatttttt--ttaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgactaaaaatgattcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 35610296  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  35610297 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaagttgg 35610337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 10 - 245
Target Start/End: Original strand, 9371069 - 9371303
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  9371069 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 9371168  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  9371169 acatgaaaactaccatttttt-ttaaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 9371267  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaa 245  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  9371268 tgcacttgattttgttgaaaaatcgaatttggagaa 9371303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 36 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 17649505 - 17649278
Alignment:
Q  36 caattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacctcatgaaaactaacattttttnnnnn 135  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||         
T  17649505 caattaaagcaactacattcaattataaactacatgcaatcatcaaaagtccaattcctacatcaaccctaaccacatgaaaactaccattttttttata 17649406  T
Q  136 nnnnnnnnc-ctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatgatgcatttgattttgctcaaaaatcg 234  Q
              ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17649405 aaaaaaaaatctacacaaactaacattatgattaaaaataagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatgatgcacttgattttgctcaaaaatcg 17649306  T
Q  235 aaattggagaagttggttcgctttggaa 262  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||    
T  17649305 aaattggagaagttggttggttttggaa 17649278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 36 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 16675137 - 16674920
Alignment:
Q  36 caattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacctcatgaaaactaacattttttnnnnn 135  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||         
T  16675137 caattaaagcaactacattcaattataaactacatgcaatcatcaaaagtccaattcctacatcaaccctaaccacatgaaaactaccattttttttata 16675038  T
Q  136 nnnnnnnnc-ctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatgatgcatttgattttgctcaaaaatcg 234  Q
              ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16675037 aaaaaaaaatctacacaaactaacattatgattaaaaataagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatgatgcacttgattttgctcaaaaatcg 16674938  T
Q  235 aaattggagaagttggtt 252  Q
    ||||||||||||||||||    
T  16674937 aaattggagaagttggtt 16674920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 41880880 - 41880639
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattc--ctacatcaaccctaa 107  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||    
T  41880880 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcagctacatcaactctaa 41880781  T
Q  108 cctcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagat 207  Q
    || ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  41880780 ccacatgaaaactaccatttttt-ttaaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgataaacaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagat 41880682  T
Q  208 gatgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  41880681 gatgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttgaagaagttgg 41880639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 48403747 - 48403508
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48403747 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 48403648  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgat--taaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagat 207  Q
     ||||||||||| ||||||||              |||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  48403647 acatgaaaactaccattttttttaaaaaaaaaat-ctacccaaactaacattatgataaaaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagat 48403549  T
Q  208 gatgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagtt 248  Q
    |||  | ||||||||||| ||||| |||  |||||||||||    
T  48403548 gataaacttgattttgctgaaaaaacgattttggagaagtt 48403508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 10 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 41734553 - 41734323
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||||| |||| ||||| || |||||||||||| ||| ||||| || |||||| ||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  41734553 attatactataacgtcattgaaacatcaattaaagcaacaacattcaactataaaatacatgcaatcatcaaattttcaattccaacatcaaccctaacc 41734454  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     | || |||||| ||||||||             | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  41734453 acgtgcaaactaccatttttttctcttaaaaaaac-tacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 41734355  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattgg 241  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41734354 tgcacttgattttgctcaaaaatcgaaattgg 41734323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 130
Target Start/End: Original strand, 46740230 - 46740351
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcat-aaaaaattcaattcctacatcaaccctaac 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46740230 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcaatcataaaaaaattcaattcctacatcaaccctaac 46740329  T
Q  109 ctcatgaaaactaacatttttt 130  Q
    | ||||||||||| ||||||||    
T  46740330 cacatgaaaactaccatttttt 46740351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 10 - 121
Target Start/End: Original strand, 556329 - 556440
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  556329 attatactctaacatcatccaatcatcaattaaagcaactatattcaattataaactacatgcaatcatcaaaaattcaattcctacataaaccttaacc 556428  T
Q  110 tcatgaaaacta 121  Q
     |||||||||||    
T  556429 acatgaaaacta 556440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 144 - 245
Target Start/End: Original strand, 10175598 - 10175699
Alignment:
Q  144 cctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatgatgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggag 243  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| ||||||    
T  10175598 cctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatgatgcacttgattttgttgaaaaatcgaatttggag 10175697  T
Q  244 aa 245  Q
    ||    
T  10175698 aa 10175699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 193 - 263
Target Start/End: Original strand, 46740386 - 46740455
Alignment:
Q  193 tgattaaatggagatgatgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttggttcgctttggaaa 263  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||| | ||||||||    
T  46740386 tgattaaatggagataatgcacttgattttgctgaaaaattaaaattggag-agttggttggatttggaaa 46740455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 11688505 - 11688266
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  11688505 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 11688406  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  11688405 acatgaaaactaccatttttt-ttaaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 11688307  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  11688306 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaagttgg 11688266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Original strand, 30829335 - 30829573
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  30829335 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 30829434  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  30829435 acatgaaaactaccatttttt--ttaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 30829532  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  30829533 tgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaagttgg 30829573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 10 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 27617105 - 27616866
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27617105 attataccctaacaccattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 27617006  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||| ||||||    
T  27617005 acatgaaaactaccatttttt-ttaaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaacatacttacttgtgtttaaatgaagatga 27616907  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  27616906 tgcacttgattttgctgaaaaaacgaatttggagaagttgg 27616866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 10 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 6201538 - 6201308
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  6201538 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcatacattaaccctaacc 6201439  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  6201438 acatgaaaactaccatttttt-ttaaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttacttgtgattaaatggagatga 6201340  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattgg 241  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||| ||||    
T  6201339 tgcacttgattttgttgaaaaatcgaatttgg 6201308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 26423374 - 26423139
Alignment:
Q  19 taacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacctcatgaaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26423374 taacatcattcaatcatcaattaaagccactacattcaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaaccacatgaaaa 26423275  T
Q  119 ctaacatttttt--nnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagat----acttgt---ttgtgattaaatggagatga 209  Q
    |||   ||||||                |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||   ||||||||||||||||||||    
T  26423274 ctacttttttttaaaaaaaaaaaaaaaactacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatactaacttgtgaattgtgattaaatggagatga 26423175  T
Q  210 tgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaa 245  Q
    |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  26423174 tgcacttgattttgctcaaaaaatgaaattggagaa 26423139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 10 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 22301570 - 22301395
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22301570 attataccctaacatcattcaatcatcaattaaaccaactacattcaattataaactacatgcactcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 22301471  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatactt 187  Q
     ||||||||||| ||||||||             ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22301470 acatgaaaactaccatttttt--ttaaaaaaaaacctacccaaactaacattatgataaaaaatgagtcaagatactt 22301395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 10 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 3501559 - 3501439
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3501559 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagccactacattcaattataaactacatgcaatcatcaaaaattcaattcctacatcaaccctaaac 3501460  T
Q  110 tcatgaaaactaacatttttt 130  Q
     ||||||||||| ||||||||    
T  3501459 acatgaaaactaccatttttt 3501439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 145 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 3501407 - 3501300
Alignment:
Q  145 ctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgattaaatggagatgatgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggaga 244  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  3501407 ctacccaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgcttgtgattaaatggagatgatgcacttgattttgctcaaaaaatgaaattggaga 3501308  T
Q  245 agttggtt 252  Q
    | ||||||    
T  3501307 acttggtt 3501300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 10 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 24722318 - 24722207
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24722318 attatactctaacatcattcaaacatcaattaaagacactacattcaattataaactacatgcaataatcaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 24722219  T
Q  110 tcatgaaaacta 121  Q
     |||||||||||    
T  24722218 acatgaaaacta 24722207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0877 (Bit Score: 72; Significance: 8e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0877
Description:

Target: scaffold0877; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 10 - 196
Target Start/End: Original strand, 4337 - 4523
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||| |  |||||||||   |||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  4337 attatattctaacatcattcaaacatcaattacaacaactacattcgtttataatctacatgcaatcatcaaaatttcaattcctacatcaacccttacc 4436  T
Q  110 tcatgaaaactaacattttttnnnnnnnnnnnnncctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaagatacttgtttgtgat 196  Q
     |||| |||||| || |||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  4437 acatgcaaactaccaattttttaaacaaaaaaaacctacacaaactaacattatgattaaaaatgagtcaaggtacttacttgtgat 4523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0238 (Bit Score: 72; Significance: 8e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0238
Description:

Target: scaffold0238; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 10 - 121
Target Start/End: Original strand, 18616 - 18727
Alignment:
Q  10 attatactctaacatcattcaatcatcaattaaagtaactacatttaattataaactacatgcaatcataaaaaattcaattcctacatcaaccctaacc 109  Q
    |||| |||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18616 attacactctaacatgattcaaaaatcaattaaagcaactacattcaattataaactacatgcaataatcaaaatttcaattcctacatcaaccctaacc 18715  T
Q  110 tcatgaaaacta 121  Q
     |||||||||||    
T  18716 acatgaaaacta 18727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0494 (Bit Score: 35; Significance: 0.00000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0494
Description:

Target: scaffold0494; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 204 - 250
Target Start/End: Original strand, 11329 - 11375
Alignment:
Q  204 agatgatgcatttgattttgctcaaaaatcgaaattggagaagttgg 250  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  11329 agatgatgcacttgattttgctgaaaaatcgaatttggagaagttgg 11375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University