View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5549_low_5 (Length: 432)

Name: NF5549_low_5
Description: NF5549
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5549_low_5
NF5549_low_5
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (17-416)||(36003436-36003835)
chr3 (50-414)||(36024535-36024899)
chr3 (17-313)||(23352952-23353242)
chr3 (32-311)||(23455072-23455345)
chr3 (32-256)||(23440980-23441201)
chr3 (17-252)||(23500131-23500363)
chr3 (22-270)||(23387327-23387572)
chr3 (32-256)||(23473512-23473733)
chr3 (32-222)||(23448393-23448580)
chr3 (32-140)||(36029760-36029868)
chr3 (32-252)||(23479652-23479872)
chr3 (32-213)||(23464389-23464567)
chr3 (32-213)||(23405758-23405936)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-414)||(12895672-12896069)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (17-417)||(16122650-16123050)
chr2 (17-417)||(16336150-16336550)
[»] scaffold0570 (1 HSPs)
scaffold0570 (17-252)||(10511-10743)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 36003835 - 36003436
Alignment:
Q  17 aggattgaatcaaatttcattaaggacattgttgaagatgttttgaaaaaattgaatcggagatacccatttgaagttaatatgcaacttgttggaattg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36003835 aggattgaatcaaatttcattaaggacattgttgaagatgttttgaaaaaattgaatcggagatacccatttgaagttaatatgcaacttgttggaattg 36003736  T
Q  117 agaaaaagtatgaagagattgaatcattactgaaaattttgtcaaatgatgttagatcacttggattatggggaatgggcggtataggaaagaccactct 216  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36003735 agaaaaagtatgaagagactgaatcattactgaaaattttgtcaaatgatgttagatcacttggattatggggaatgggcggtataggaaagaccactct 36003636  T
Q  217 agctaaagatttatatgctaaattttgttctcaatttgaacgccattgcttcctagaaaatgtaagggaagaatcaaccaggcatggactcaatggttta 316  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  36003635 agctaaagatttatatgctaaattgtgttctcaatttgaacgccattgcttcctagaaaatgtaagggaagaatcaaccgggcatggactcaatggttca 36003536  T
Q  317 agaaacaaactcttttctacattgttggggcttcctcgtgatgcaccttatgtagaaaccccaatttttagaagaagacttgcatgtgaaaaaagtttga 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36003535 agaaacaaactcttttctacattgttggggattcctcgtgatgcaccttatgtagaaaccccaatttttagaagaagacttgcatgtgaaaaaagtttga 36003436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 50 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 36024899 - 36024535
Alignment:
Q  50 gaagatgttttgaaaaaattgaatcggagatacccatttgaagttaatatgcaacttgttggaattgagaaaaagtatgaagagattgaatcattactga 149  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||| |||||||    
T  36024899 gaagacgttttgaaaaaattgaatctgagacacccatttgaagttaatgggcacctttttggaattgaggaaaagtatgaagaggttaaatcgttactga 36024800  T
Q  150 aaattttgtcaaatgatgttagatcacttggattatggggaatgggcggtataggaaagaccactctagctaaagatttatatgctaaattttgttctca 249  Q
    |||||  ||||||||||||||||   || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||| |||||||| | ||| | ||||| ||    
T  36024799 aaattgggtcaaatgatgttagaggcctaggattatggggcatgggcggcataggaaagaccactcttgcgaaacatttatattccaaactgtgttccca 36024700  T
Q  250 atttgaacgccattgcttcctagaaaatgtaagggaagaatcaaccaggcatggactcaatggtttaagaaacaaactcttttctacattgttggggctt 349  Q
    |||||| |  ||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||| ||| || | ||  |||| ||||||| |||||||| ||||    
T  36024699 atttgatcatcattgtttactcgaaaatgtaagcgaagaatcaaccagatgtggactcaaaggtgtacgtaatcaacttttttctaaattgttggagctt 36024600  T
Q  350 cctcgtgatgcaccttatgtagaaaccccaatttttagaagaagacttgcatgtgaaaaaagttt 414  Q
    | ||  ||||||||| || |||||||| ||||||  |  |||||||||| |||| ||||||||||    
T  36024599 cgtcccgatgcacctaatctagaaaccacaatttccatgagaagacttgtatgtaaaaaaagttt 36024535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 17 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 23353242 - 23352952
Alignment:
Q  17 aggattgaatcaaatttcattaaggacattgttgaagatgttttgaaaaaattgaatcggagatacccatttgaagttaatatgcaacttgttggaattg 116  Q
    |||||||||||  | || ||||||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||  |||||||||| |||| ||||   ||   |||||||| |||    
T  23353242 aggattgaatcggactttattaaggacattgttgaagatgttttgcagaaactaaatcttagatacccatatgaaattaaggggc---ttgttggagttg 23353146  T
Q  117 agaaaaagtatgaagagattgaatcattactgaaaattttgtcaaatgatgttagatcacttggattatggggaatgggcggtataggaaagaccactct 216  Q
    ||||||| |||||  | ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||   |||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||| ||    
T  23353145 agaaaaattatgaccaaattgaatcaatactgaaaattgagtcaaatgatgttggaatccttggaatatggggcatgggtggcataggaaagaccaccct 23353046  T
Q  217 agctaaagatttatatgctaaattttgttctcaatttgaacgccattgcttcctagaaaatgtaagggaagaatcaaccaggcatggactcaatggt 313  Q
     ||||    ||||||||||||| ||| ||| ||||| ||| | | |||||||||    ||||||| ||| ||||||| || | ||||| ||||||||    
T  23353045 tgctaggactttatatgctaaactttattcccaattcgaaggtcgttgcttcct---caatgtaatggatgaatcaaacaagtatggagtcaatggt 23352952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 32 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 23455345 - 23455072
Alignment:
Q  32 ttcattaaggacattgttgaagatgttttgaaaaaattgaatcggagatacccatttgaagttaatatgcaacttgttggaattgagaaaaagtatgaag 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| | ||||  |||||||||| |||| ||||   |   |||||||||||||||||||| ||| ||     
T  23455345 ttcattaaggacattgttgaagatgttttaaggaaactaaatcttagatacccatatgaaattaa---gggtcttgttggaattgagaaaaattataaac 23455249  T
Q  132 agattgaatcattactgaaaattttgtcaaatgatgttagatcacttggattatggggaatgggcggtataggaaagaccactctagctaaagatttata 231  Q
    | ||||||||| | |||||||||  |||||||||||||| |   |||||| ||||||| ||||| || ||||||||||| || || |||||   ||||||    
T  23455248 aaattgaatcaatgctgaaaattgggtcaaatgatgttaaagtccttggaatatggggcatgggtggcataggaaagacaacccttgctaagactttata 23455149  T
Q  232 tgctaaattttgttctcaatttgaacgccattgcttcctagaaaatgtaagggaagaatcaaccaggcatggactcaatg 311  Q
    ||||||| ||| ||| ||||| ||| | | |||||||||    ||||||| ||| ||||||| || | ||||||||||||    
T  23455148 tgctaaactttattcccaattcgaaggtcgttgcttcct---caatgtaatggatgaatcaaacaagtatggactcaatg 23455072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 32 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 23441201 - 23440980
Alignment:
Q  32 ttcattaaggacattgttgaagatgttttgaaaaaattgaatcggagatacccatttgaagttaatatgcaacttgttggaattgagaaaaagtatgaag 131  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||   ||| ||||||  |||||||||| |||| ||||   ||   |||||||| |||||||||| |||||      
T  23441201 ttcattaaggacattgttaaaaatgttttgcggaaactgaatcttagatacccatgtgaaattaaggggc---ttgttggagttgagaaaaattatgacc 23441105  T
Q  132 agattgaatcattactgaaaattttgtcaaatgatgttagatcacttggattatggggaatgggcggtataggaaagaccactctagctaaagatttata 231  Q
    | ||||| ||| |||||||||||   |||||||||||||||   |||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||  | || |||    
T  23441104 aaattgagtcaatactgaaaattggctcaaatgatgttagagtccttggaatatggggcatgggtggcataggaaagaccactcttgctagggcttcata 23441005  T
Q  232 tgctaaattttgttctcaatttgaa 256  Q
    ||||| | ||| |||||||||||||    
T  23441004 tgctataatttattctcaatttgaa 23440980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 17 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 23500363 - 23500131
Alignment:
Q  17 aggattgaatcaaatttcattaaggacattgttgaagatgttttgaaaaaattgaatcggagatacccatttgaagttaatatgcaacttgttggaattg 116  Q
    |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||  |||||||||| |||| ||||   |   |||||||||||||    
T  23500363 aggagtgaaccagatttcattaaggacattgttgaagatgttttgcggaaactgaatcttagatacccatatgaaattaa---gggtcttgttggaattg 23500267  T
Q  117 agaaaaagtatgaagagattgaatcattactgaaaattttgtcaaatgatgttagatcacttggattatggggaatgggcggtataggaaagaccactct 216  Q
    |||| || ||| || | ||||||||| | |||||||||  |||| |||| || |||   |||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||| ||    
T  23500266 agaagaattataaacaaattgaatcaatgctgaaaattgggtcacatgaagtcagagtccttggaatatggggcatgggtggcataggaaagaccaccct 23500167  T
Q  217 agctaaagatttatatgctaaattttgttctcaatt 252  Q
     ||||  | ||||||||||||| | | |||||||||    
T  23500166 tgctagggctttatatgctaaaatgtattctcaatt 23500131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 22 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 23387572 - 23387327
Alignment:
Q  22 tgaatcaaatttcattaaggacattgttgaagatgttttgaaaaaattgaatcggagatacccatttgaagttaatatgcaacttgttggaattgagaaa 121  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||  ||||||| ||| | ||  ||||||  |||||||||| |||| ||||   |    |||||||||||||||||    
T  23387572 tgaatcagacttcattaaggacattgtcaaagatgtcttgcagaagctgaatcttagatacccatatgaaattaagggga---ttgttggaattgagaaa 23387476  T
Q  122 aagtatgaagagattgaatcattactgaaaattttgtcaaatgatgttagatcacttggattatggggaatgggcggtataggaaagaccactctagcta 221  Q
    |  |||||  ||||||| ||| | |||||||||| |||||||||||| |||   |||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||    
T  23387475 acttatgagcagattgattcaatgctgaaaatttggtcaaatgatgtcagagtccttggaatatggggcatgggtggcataggaaagaccacccttgcta 23387376  T
Q  222 aagatttatatgctaaattttgttctcaatttgaacgccattgcttcct 270  Q
    |   |||||||| |||| ||| ||| ||||||||| | | |||||||||    
T  23387375 agactttatatggtaaactttattcccaatttgaaggtcgttgcttcct 23387327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 32 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 23473733 - 23473512
Alignment:
Q  32 ttcattaaggacattgttgaagatgttttgaaaaaattgaatcggagatacccatttgaagttaatatgcaacttgttggaattgagaaaaagtatgaag 131  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||   ||| ||||||  || ||||||| |||| ||||   ||   |||||||| |||||||||| |||||      
T  23473733 ttcattaaggacattgttaaatatgttttgcggaaactgaatcttagttacccatgtgaaattaaggggc---ttgttggagttgagaaaaattatgacc 23473637  T
Q  132 agattgaatcattactgaaaattttgtcaaatgatgttagatcacttggattatggggaatgggcggtataggaaagaccactctagctaaagatttata 231  Q
    | ||||| ||| |||||||||||   |||||||||||||||   |||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||  | || |||    
T  23473636 aaattgagtcaatactgaaaattggctcaaatgatgttagagtccttggaatatggggcatgggtggcataggaaagaccactcttgctagggcttcata 23473537  T
Q  232 tgctaaattttgttctcaatttgaa 256  Q
    ||||| | ||| |||||||||||||    
T  23473536 tgctataatttattctcaatttgaa 23473512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 32 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 23448580 - 23448393
Alignment:
Q  32 ttcattaaggacattgttgaagatgttttgaaaaaattgaatcggagatacccatttgaagttaatatgcaacttgttggaattgagaaaaagtatgaag 131  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||   ||| |||||   || ||||||| |||| ||||   ||   ||||||||||||||||||| || |||     
T  23448580 ttcattaaagacattgttgaagatgttttgcggaaactgaatattaggtacccatatgaaattaaggggc---ttgttggaattgagaaaaattacgaac 23448484  T
Q  132 agattgaatcattactgaaaattttgtcaaatgatgttagatcacttggattatggggaatgggcggtataggaaagaccactctagctaa 222  Q
    | ||||||||| | |||||||||  ||||||||| || |||  ||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||| || |||||    
T  23448483 aaattgaatcaatgctgaaaattgggtcaaatgaagtcagagtacttggaatatggggcatgggtgggataggaaagaccacccttgctaa 23448393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 32 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 36029868 - 36029760
Alignment:
Q  32 ttcattaaggacattgttgaagatgttttgaaaaaattgaatcggagatacccatttgaagttaatatgcaacttgttggaattgagaaaaagtatgaag 131  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||| |||||||| || |||| ||| | ||||||||||| |||| | |||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  36029868 ttcattaaggacatcgtcaaagatgttctgaaaaaactggatcgcagacagccatttgaagtcaataaggaactagttggaattgaaaaaaagtatgaag 36029769  T
Q  132 agattgaat 140  Q
    ||| |||||    
T  36029768 agactgaat 36029760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 32 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 23479872 - 23479652
Alignment:
Q  32 ttcattaaggacattgttgaagatgttttgaaaaaattgaatcggagatacccatttgaagttaatatgcaacttgttggaattgagaaaaagtatgaag 131  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||| | ||| ||||||  | |||||||| |||| ||||       |||||||||||||||||||| |||||      
T  23479872 ttcattaaggatatcgttgaagatgttttgcagaaactgaatcttaaatacccatatgaaattaaggccgggcttgttggaattgagaaaaattatgacc 23479773  T
Q  132 agattgaatcattactgaaaattttgtcaaatgatgttagatcacttggattatggggaatgggcggtataggaaagaccactctagctaaagatttata 231  Q
    | |||||||||   |||||||||  |||| |||| || |||   |||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||  | ||||||    
T  23479772 aaattgaatcaaagctgaaaattgggtcacatgaagtcagagtccttggaatatggggcatgggtggcataggaaagaccacccttgctagggctttata 23479673  T
Q  232 tgctaaattttgttctcaatt 252  Q
    ||||||| | | |||||||||    
T  23479672 tgctaaaatgtattctcaatt 23479652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 32 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 23464567 - 23464389
Alignment:
Q  32 ttcattaaggacattgttgaagatgttttgaaaaaattgaatcggagatacccatttgaagttaatatgcaacttgttggaattgagaaaaagtatgaag 131  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||   ||| ||||||  |||||||||| |||  |||||  ||   ||||||||||||||||||| || |||     
T  23464567 ttcattaaagccattgttgaagatgttttgcggaaactgaatcctagatacccatatgatattaatgggc---ttgttggaattgagaaaaattacgaac 23464471  T
Q  132 agattgaatcattactgaaaattttgtcaaatgatgtta-gatcacttggattatggggaatgggcggtataggaaagaccac 213  Q
    | ||||||||| |  || |||||  ||||||||||||||  |||| ||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  23464470 aaattgaatcaatgatggaaattgggtcaaatgatgttataatca-ttggaatatggggcatgggtggcataggaaagaccac 23464389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 23405936 - 23405758
Alignment:
Q  32 ttcattaaggacattgttgaagatgttttgaaaaaattgaatcggagatacccatttgaagttaatatgcaacttgttggaattgagaaaaagtatgaag 131  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||   ||| ||||||  |||||||||| |||  ||||   ||   ||||||||||||||||||| || |||     
T  23405936 ttcattaaagccattgttgaagatgttttgcggaaactgaatcctagatacccatatgacattaaagggc---ttgttggaattgagaaaaattacgaac 23405840  T
Q  132 agattgaatcattactgaaaattttgtcaaatgatgtt-agatcacttggattatggggaatgggcggtataggaaagaccac 213  Q
    | ||||||||| |  || |||||  ||||||||||||| | |||| ||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  23405839 aaattgaatcaatgatggaaattgggtcaaatgatgttaaaatca-ttggaatatggggcatgggtggcataggaaagaccac 23405758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 414
Target Start/End: Original strand, 12895672 - 12896069
Alignment:
Q  17 aggattgaatcaaatttcattaaggacattgttgaagatgttttgaaaaaattgaatcggagatacccatttgaagttaatatgcaacttgttggaattg 116  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | | |||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  12895672 aggactgaatcaaatttcataaaggacattgtcgaagatgttttgaaaaagttgaatcgtaaacacccatttgaagttaataaggaacttgttggaattg 12895771  T
Q  117 agaaaaagtatgaagagattgaatcattactgaaaattttgtcaaatgatgttagatcacttggattatggggaatgggcggtataggaaagaccactct 216  Q
    | ||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||||||  |||||||||||||| | | ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  12895772 ataaaaagtgtgaagaggttgaatcgttaatgaaaattgggtcaaatgatgttaaaacccttgggttttggggcatgggcggcataggaaagaccactct 12895871  T
Q  217 agctaaagatttatatgctaaattttgttctcaatttgaacgccattgcttcctagaaaatgtaagggaagaatcaaccaggcatggactcaatggttta 316  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  12895872 agctaaagatctatatgctaaattgtgttctcaatttgaacgtcactgcttcattgaaaatgttagggaggaatcaaccaggcgtggactcaatgtttta 12895971  T
Q  317 agaaacaaactcttttctacattgttggggcttcctcgtgatgcaccttatgtagaaaccccaatttttagaagaagacttgcatgtgaaaaaagttt 414  Q
     | |||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||    
T  12895972 cgtaacaaacttttttctacattgttggagcttcgtcttgatgcaccttatgtagaaaccccaatgttcataagaagacttgcatgtgaaaaaagttt 12896069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 121; Significance: 8e-62; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 16123050 - 16122650
Alignment:
Q  17 aggattgaatcaaatttcattaaggacattgttgaagatgttttgaaaaaattgaatcggagatacccatttgaagttaatatgcaacttgttggaattg 116  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||  |||| ||||||  |||| | |||||||||||||||    
T  16123050 aggattgaatcagacttcattaaggacatcgttaaagatgttttggaaaaactgaatcagagacgcccagttgaagccaataaggaacttgttggaattg 16122951  T
Q  117 agaaaaagtatgaagagattgaatcattactgaaaattttgtcaaatgatgttagatcacttggattatggggaatgggcggtataggaaagaccactct 216  Q
    | ||||| ||||||||||||||||  |||  ||| | |  |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||    
T  16122950 aaaaaaaatatgaagagattgaattgttaacgaataatgggtcaaatgatgttagaacgcttggattatggggcatggggggcataggaaagaccgctct 16122851  T
Q  217 agctaaagatttatatgctaaattttgttctcaatttgaacgccattgcttcctagaaaatgtaagggaagaatcaaccaggcatggactcaatggttta 316  Q
    ||| ||| | ||||||| ||| | |||||||||||| |||   ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |  ||||||||| | | ||    
T  16122850 agcaaaaaaattatatgataactattgttctcaattcgaatatcattgtttcctcgaaaatgtaagggaagaatcaactaagtgtggactcaaagttgta 16122751  T
Q  317 agaaacaaactcttttctacattgttggggcttcctcgtgatgcaccttatgtagaaaccccaatttttagaagaagacttgcatgtgaaaaaagtttga 416  Q
     | || || || |||||||||||||||  ||||  || |||||| |||||| | |||| ||||||||| | || |||||||| | ||| |||| ||||||    
T  16122750 cgtaagaagctgttttctacattgttgaagcttggtcatgatgcgccttattttgaaaacccaattttcaaaaaaagacttgaacgtgcaaaatgtttga 16122651  T
Q  417 t 417  Q
    |    
T  16122650 t 16122650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 417
Target Start/End: Original strand, 16336150 - 16336550
Alignment:
Q  17 aggattgaatcaaatttcattaaggacattgttgaagatgttttgaaaaaattgaatcggagatacccatttgaagttaatatgcaacttgttggaattg 116  Q
    |||||||||||  | |||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||| ||||||   ||  |||||||||||  |||| | |||||||||||||||    
T  16336150 aggattgaatcggacttcattaaggacatcgtcaaagatgttttggaaaaactgaatcacggacgcccatttgaagccaataaggaacttgttggaattg 16336249  T
Q  117 agaaaaagtatgaagagattgaatcattactgaaaattttgtcaaatgatgttagatcacttggattatggggaatgggcggtataggaaagaccactct 216  Q
    |  |||||||||||||||||||||  |||  ||| | |  |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||    
T  16336250 aagaaaagtatgaagagattgaattgttaacgaataatgggtcaaatgatgttagaacgcttggattatggggcatggggggcataggaaagaccgctct 16336349  T
Q  217 agctaaagatttatatgctaaattttgttctcaatttgaacgccattgcttcctagaaaatgtaagggaagaatcaaccaggcatggactcaatggttta 316  Q
    ||| |||  |||||||| ||| | ||||||||||||||||   ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| | ||    
T  16336350 agcaaaaagtttatatggtaactattgttctcaatttgaatatcattgtttcctcgaaaatgtaagggaagaatcaactaggtgtggactcaatgttgta 16336449  T
Q  317 agaaacaaactcttttctacattgttggggcttcctcgtgatgcaccttatgtagaaaccccaatttttagaagaagacttgcatgtgaaaaaagtttga 416  Q
     | || || || |||||||||||| ||  ||||  || |||||| |||||| | |||||||||| ||| | || |||||||| | ||| |||| ||||||    
T  16336450 cgtaagaagctgttttctacattgctgaagcttggtcttgatgcgccttattttgaaaccccaactttcaaaaaaagacttgaacgtgcaaaatgtttga 16336549  T
Q  417 t 417  Q
    |    
T  16336550 t 16336550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0570 (Bit Score: 54; Significance: 7e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0570
Description:

Target: scaffold0570; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 17 - 252
Target Start/End: Original strand, 10511 - 10743
Alignment:
Q  17 aggattgaatcaaatttcattaaggacattgttgaagatgttttgaaaaaattgaatcggagatacccatttgaagttaatatgcaacttgttggaattg 116  Q
    |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||  |||||||||| |||| ||||   |   ||||||||||||     
T  10511 aggagtgaaccagatttcattaaggacattgttgaagatgttttgcggaaactgaatcttagatacccatatgaaattaa---gggtcttgttggaattc 10607  T
Q  117 agaaaaagtatgaagagattgaatcattactgaaaattttgtcaaatgatgttagatcacttggattatggggaatgggcggtataggaaagaccactct 216  Q
    |||| || ||| || | ||||||||| | |||||||||  |||| |||| || |||   |||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||| ||    
T  10608 agaagaattataaacaaattgaatcaatgctgaaaattgggtcacatgaagtcagagtccttggaatatggggcatgggtggcataggaaagaccaccct 10707  T
Q  217 agctaaagatttatatgctaaattttgttctcaatt 252  Q
     ||||  | ||||||||||||| | | |||||||||    
T  10708 tgctagggctttatatgctaaaatgtattctcaatt 10743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University