View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5551-Insertion-1 (Length: 1053)

Name: NF5551-Insertion-1
Description: NF5551
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5551-Insertion-1
NF5551-Insertion-1
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (8-940)||(44882187-44883123)
chr4 (442-723)||(44864477-44864758)
chr4 (463-699)||(44850246-44850482)
chr4 (463-750)||(44838593-44838880)
chr4 (8-353)||(44864896-44865244)
chr4 (438-721)||(44899081-44899361)
chr4 (14-347)||(44839126-44839454)
chr4 (9-353)||(44899602-44899945)
chr4 (8-350)||(44850767-44851107)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (14-108)||(12925382-12925476)
chr3 (187-320)||(12925554-12925687)
chr3 (490-685)||(12926017-12926212)
chr3 (960-1031)||(54635407-54635482)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (939-1031)||(43503947-43504041)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (939-1011)||(9987504-9987579)
chr1 (939-1011)||(21054260-21054335)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (937-998)||(3072550-3072611)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 769; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 769; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 44883123 - 44882187
Alignment:
Q  8 ggaatgaacttactttagttaaggctgaaccttgaagatttttaagtctgccatagaaaagtaggtgctctctgcctgtcaagctttcccacagcaagct 107  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44883123 ggaatgaacttactttagtcaaggctgaaccttgaagatttttaagtctgccatagaaaagtaggtgctctctgcctgtcaagctttcccacagcaagct 44883024  T
Q  108 atagaatcatgagnnnnnnnnnnnnnnncttctttcaattgatataaatatgatttcaagataaacataaaaattgtaggaaatttcagcttactcatgc 207  Q
    |||||||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44883023 atagaatcatgagaaaaaaaattaaaaacttctttcaattgatataaatatgatttcaagataaacataaaaattgtaggaaatttcagcttactcatgc 44882924  T
Q  208 tgtgggcacactcccatgttagtatatattgctttcatatgagttcttatgtcctgaccttgaacatatgccgcaccagatgatggctctgtgagaccaa 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44882923 tgtgggcacactcccatgttagtatatattgctttcatatgagttcttatgtcctgaccttgaacatatgccgcaccagatgatggttctgtgagaccaa 44882824  T
Q  308 tcatctataagcacacataagctgattagatttataaattaaggagnnnnnnn-ttgaaaggatgaaacattattcattgaaaatagtagactttcgtga 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44882823 tcatctataagcacacataagctgattagatttataaattaaggagaaaaaaaattgaaaggatgaaacatgattcattgaaaatagtagactttcgtga 44882724  T
Q  407 tatacaatcatctttttgtaaatatttaaatttccaaaaatatgaataaattgaataaaatcaacttttaactgaccatactaataaaagaactcttccc 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44882723 tatacaatcatctttttgtaaatatttaaatttccaaaaatatgaataaattgaataaaatcaacttttaactgaccatactaataaaagaactcttccc 44882624  T
Q  507 agccccattaggaccaagcataccaaagcactcccctcgaggcacagcaaggaacatttctttcacagcaaattttcctggatttccatcccgtcctgga 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44882623 agccccattaggaccaagcataccaaagcactcccctcaaggcacagcaaggaacatttctttcacagcaaattttcctggatttccatcccgtcctgga 44882524  T
Q  607 tagaannnnnnnaggtcgtcgcaaacaattgcatgattaatggttggttcaagaagcaactgctccaccttctccctcttaagacaaaaagaagaaagca 706  Q
    |||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44882523 tagaatttttttaggtcgtcgcaaacaattgcatgattaatggttggttcaagaagcaactgctgcaccttctccctcttaagacaaaaagaagaaagca 44882424  T
Q  707 tttaatacattatgcatgaaagtacgccacacctagcaaaccaa---nnnnnnnnaaattattttgctattggtctagtgcgcaacacagtcaaataaac 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44882423 tttaatacattatgcatgaaagtacgccacacctagcaaaccaattttttttttaaaattattttgctattggtctagtgcgcaacacagtcaaataaac 44882324  T
Q  804 acagacacacatggagggttgctattggcctattggcctgatgttccgaaaaaaggaaaagattgttaccaaaaggaaagttacttggttctcaagtaga 903  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44882323 acagacacacatggagggttgctattggcctattggcctgatgttccg-aaaaaggaaaagattgttaccaaaaggaaagttacttggttctcaagtaga 44882225  T
Q  904 acccatagctat-ccaagttattggtgttttataaatg 940  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44882224 acccatagctatcccaagttattggtgttttataaatg 44882187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 442 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 44864758 - 44864477
Alignment:
Q  442 aaaaatatgaataaattgaataaaatcaacttttaactgaccatactaataaaagaactcttcccagccccattaggaccaagcataccaaagcactccc 541  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44864758 aaaaatatgaatatattggttaaaatcaacatttaactgaccatactaatgaaagaagtctttccagcaccattaggaccaagcataccaaagcattccc 44864659  T
Q  542 ctcgaggcacagcaaggaacatttctttcacagcaaattttcctggatttccatcccgtcctggatagaannnnnnnaggtcgtcgcaaacaattgcatg 641  Q
    |||||||||||||||||||||  |||  ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||| |||||||||||||||    
T  44864658 ctcgaggcacagcaaggaacaactctcccactgcaaatttccctggatttccatcccttcctggatagaacttttttaggtcgttgcaaacaattgcatg 44864559  T
Q  642 attaatggttggttcaagaagcaactgctccaccttctccctcttaagacaaaaagaagaaagcatttaatacattatgcat 723  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||    
T  44864558 attaatggttggttcaagaagcaactgctccaccttctccctcttaagacaagaaaaagaaatcatttaatacattatgcat 44864477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 463 - 699
Target Start/End: Complemental strand, 44850482 - 44850246
Alignment:
Q  463 aaaatcaacttttaactgaccatactaataaaagaactcttcccagccccattaggaccaagcataccaaagcactcccctcgaggcacagcaaggaaca 562  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44850482 aaaattaacttttaacttaccatactaataaaagaagtcttcccagcaccattaggaccaagcataccaaagcattcccctcgaggcacagcaaggaaca 44850383  T
Q  563 tttctttcacagcaaattttcctggatttccatcccgtcctggatagaannnnnnnaggtcgtcgcaaacaattgcatgattaatggttggttcaagaag 662  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||| |||||||||||||||| | | ||||||||||||||    
T  44850382 attctttcactgcaaattttcctggatttccatcccgtcctggatagaatttttttaggtcgtcacaaacaattgcatgatcattcgttggttcaagaag 44850283  T
Q  663 caactgctccaccttctccctcttaagacaaaaagaa 699  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44850282 caattgctccaccttctccctcttaagacaaatagaa 44850246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 463 - 750
Target Start/End: Complemental strand, 44838880 - 44838593
Alignment:
Q  463 aaaatcaacttttaactgaccatactaataaaagaactcttcccagccccattaggaccaagcataccaaagcactcccctcgaggcacagcaaggaaca 562  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  44838880 aaaatcaacttttaactaaccatactgataaaagaagtcttcccagcaccattaggaccaagcataccgaagcattcccctcgaggaacagcaaggaaca 44838781  T
Q  563 tttctttcacagcaaattttcctggatttccatcccgtcctggatagaannnnnnnaggtcgtcgcaaacaattgcatgattaatggttggttcaagaag 662  Q
     | || |||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       | || ||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  44838780 atcctctcactgcaaatttccctggatttccatcccttcctggatagaatttttttatgttgtcacaaacaattgcatgattaatggttggttcatgcag 44838681  T
Q  663 caactgctccaccttctccctcttaagacaaaaagaagaaagcatttaatacattatgcatgaaagtacgccacacctagcaaaccaa 750  Q
    || ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||  | |||||||||    
T  44838680 cagctgcttcaccttctccctcttgagacagaaagaagaacgcatttaatacattaagcatgtaagtaagccacatgtggcaaaccaa 44838593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 8 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 44865244 - 44864896
Alignment:
Q  8 ggaatgaacttactttagttaaggctgaaccttgaagatttttaagtctgccatagaaaagtaggtgctctctgcctgtcaagctttcccacagcaagct 107  Q
    ||||||||||||||| ||| |||  |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  44865244 ggaatgaacttacttgagtcaagattgaacctttaagatttttcagtctgccataaaaaagtaggtgctctctacctgtcaagctttcccacagcaagct 44865145  T
Q  108 ataga--atcatgagnnnnnnnnnnnnnnn-cttctttcaattgatataaatatgatttcaagataaacataaaaattgtaggaaatttcagcttactca 204  Q
    ||| |  |||| |||                |||||||| | | ||| |||| |||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||||||     
T  44865144 atatagtatcacgagaaaaaaaaattagaaacttctttcgaattatacaaatttgatttcaggaaaaacataaacattggaggaaatttcagcttactcg 44865045  T
Q  205 tgctgtgggcacactcccatgttagtatatattgctttcatatgagttcttatgtcctgaccttgaacatatgccgcaccagatgatggctctgtgagac 304  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||    
T  44865044 tgctgtgggcagactcccatgctagtatatattccatccatatgagttcttatgtccaagccttcaacatatgccgcaccagatgttggctttgtcagac 44864945  T
Q  305 caatcatctataagcacacataagctgattagatttataaattaaggag 353  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44864944 caatcatctatgaacacacataagctgattagatttataaattaaggag 44864896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 438 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 44899361 - 44899081
Alignment:
Q  438 ttccaaaaatatgaataaattgaataaaatcaacttttaactgaccatactaataaaagaactcttcccagccccattaggaccaagcataccaaagcac 537  Q
    |||| |||||||||||| |||||| |||||| | | ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||     
T  44899361 ttcctaaaatatgaatatattgaacaaaatccaatgttaactgaccatactgataaaagaagtcttcccggccccattaggaccaagcataccgaaacat 44899262  T
Q  538 tcccctcgaggcacagcaaggaacatttctttcacagcaaattttcctggatttccatcccgtcctggatagaannnnnnnaggtcgtcgcaaacaattg 637  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||| |||| ||||||||||    
T  44899261 tcccctcgaggcacagctaggaacaattctctcactgccaattttcctggatttccatcccgtcctcgatagaacttttttaggccgtcacaaacaattg 44899162  T
Q  638 catgattaatggttggttcaagaagcaactgctccaccttctccctcttaagacaaaaagaagaaagcatttaatacattatgc 721  Q
    |||||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||||||||   | ||||||||||||||||||||||    
T  44899161 catgatcaatagttggttcaagtagcagctgctccaccttctccttctaaagacaaa---aggaaagcatttaatacattatgc 44899081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 44839454 - 44839126
Alignment:
Q  14 aacttactttagttaaggctgaaccttgaagatttttaagtctgccatagaaaagtaggtgctctctgcctgtcaagctttcccacagcaagctatagaa 113  Q
    ||||||||| ||| |||  |||||||  ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  44839454 aacttacttgagtcaagattgaacctgtaaggtttttaagtcttccataaaaaagtaggtgctctctacctgtcaagctttcccacagcaagctatagga 44839355  T
Q  114 tcatgagnnnnnnnnnnnnnnncttctttcaattgatataaatatgatttcaagataaacataaaaattgtaggaaatttcagcttactcatgctgtggg 213  Q
    |||| ||                |||||||| |||||| |||| |||||||| || ||| | ||||  |||||||| ||||| ||||||| |||||||||    
T  44839354 tcataagataattagaaaa----ttctttcatttgatacaaatttgatttcaggaaaaataaaaaagctgtaggaattttca-cttactcgtgctgtggg 44839260  T
Q  214 cacactcccatgttagtatatattgctttcatatgagttcttatgtcctgaccttgaacatatgccgcaccagatgatggctctgtgagaccaatcatct 313  Q
    || ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||  |||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  44839259 catactcccatgctagtatatattccgttcatatgagttccaatgtccaggccttgaacatatgccgcgccagatgctggctttgtgagaccaatcatct 44839160  T
Q  314 ataagcacacataagctgattagatttataaatt 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44839159 ataagcacacataagctgattagatttataaatt 44839126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 9 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 44899945 - 44899602
Alignment:
Q  9 gaatgaacttactttagttaaggctgaaccttgaagatttttaagtctgccatagaaaagtaggtgctctctgcctgtcaagctttcccacagcaagcta 108  Q
    |||||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  44899945 gaatgaacttacttgagtcaagactgaacctttaaggtttttaagtctaccataaaaaagtaggtgttctctacctgtcaaactttcccacagcaagcta 44899846  T
Q  109 tagaatcatgagnnnnnnnnnnnnnnncttctttcaattgatataaatatgatttcaagataaacataaaaattgtaggaaatttcagcttactcatgct 208  Q
     |  ||||||||               ||| || |||| || | ||||  |||||||||| ||||||||| |||| ||| || ||||||| |||  ||||    
T  44899845 caatatcatgagaaataaatttagaaactt-ttccaatcgaaacaaattggatttcaagaaaaacataaacattggagggaacttcagctcacttgtgct 44899747  T
Q  209 gtgggcacactcccatgttagtatatattgctttcatatgagttcttatgtcctgaccttgaacatatgccgcaccagatgatggctctgtgagaccaat 308  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||||||| | | ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||    
T  44899746 gtgggcatactcccatgctggtatatattccatccatgtgagttcttatgtccaggccttgaacatatgccgcacccgatgttggctttgtgagaccaat 44899647  T
Q  309 catctataagcacacataagctgattagatttataaattaaggag 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44899646 catctataagcacacataagctgattagatttataaattaaggag 44899602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 8 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 44851107 - 44850767
Alignment:
Q  8 ggaatgaacttactttagttaaggctgaaccttgaagatttttaagtctgccatagaaaagtaggtgctctctgcctgtcaagctttcccacagcaagct 107  Q
    ||||||||||||| | ||| ||  ||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  44851107 ggaatgaacttacatgagtcaaaactgaacctttaagattctttagtctgccataaaaaagtaggtgttctctacctgtcaagctttcccacagcaaact 44851008  T
Q  108 atagaatcatgagnnnnnnnnnnnnnnncttctttcaattgatataaa-tatgatttcaagataaacataaaaattgtaggaaatttcagcttactcatg 206  Q
    |||| |||||||                |||||||| ||||||  ||| | |||||||| ||   ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  44851007 atagtatcatgaagaaaagatttagaaacttctttcgattgatgcaaaatttgatttcagga---acataaacattggaggaaatttcagcttactcatg 44850911  T
Q  207 ctgtgggcacactcccatgttagtatatattgctttcatatgagttcttatgtcctgaccttgaacatatgccgcaccagatgatggctctgtgagacca 306  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||   | ||||||||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||||    
T  44850910 ctgtgggcatactcccatgctagtatatattctgtccatatgagttcttacatccaggccttgaacatatgccgcaccagatgtcggctttgtcagacca 44850811  T
Q  307 atcatctataagcacacataagctgattagatttataaattaag 350  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44850810 atcatctataagcacacataagcttattagatttataaattaag 44850767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 55; Significance: 5e-22; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 14 - 108
Target Start/End: Original strand, 12925382 - 12925476
Alignment:
Q  14 aacttactttagttaaggctgaaccttgaagatttttaagtctgccatagaaaagtaggtgctctctgcctgtcaagctttcccacagcaagcta 108  Q
    |||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  12925382 aacttacttgtgttaaggcagaacctttaagatttttaagtctgccgtaaaagagtagatgctctcttcctgtcaagatttcccacagcaagcta 12925476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 187 - 320
Target Start/End: Original strand, 12925554 - 12925687
Alignment:
Q  187 gaaatttcagcttactcatgctgtgggcacactcccatgttagtatatattgctttcatatgagttcttatgtcctgaccttgaacatatgccgcaccag 286  Q
    |||||| |||||||||| ||||| ||||| || |||||| ||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||| | ||| |    
T  12925554 gaaattccagcttactcgtgctgagggcatacacccatgctagtatatattccgttcatatcagttcgtatgtcaagaccttgaacatatgctgtacctg 12925653  T
Q  287 atgatggctctgtgagaccaatcatctataagca 320  Q
    | | ||||| ||| ||||| ||||||| ||||||    
T  12925654 aggttggctttgtaagacctatcatctgtaagca 12925687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 490 - 685
Target Start/End: Original strand, 12926017 - 12926212
Alignment:
Q  490 ataaaagaactcttcccagccccattaggaccaagcataccaaagcactcccctcgaggcacagcaaggaacatttctttcacagcaaattttcctggat 589  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||  ||||| ||||||| |||  ||| |||| ||||||||    || |    
T  12926017 ataaaagaagtctttccagcaccattgggaccaagcattccaaagcattccccttcaggcaaagcaagggacaactctctcaccgcaaatttcttcgggt 12926116  T
Q  590 ttccatcccgtcctggatagaannnnnnnaggtcgtcgcaaacaattgcatgattaatggttggttcaagaagcaactgctccaccttctccctct 685  Q
    | |||||||  |||||||| |        || | |||||||||||||||||||||  | || |||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  12926117 taccatccctccctggataaactttgctcagtttgtcgcaaacaattgcatgatttgtagtaggttcaagtagcagctgctccaccttctccctct 12926212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 960 - 1031
Target Start/End: Complemental strand, 54635482 - 54635407
Alignment:
Q  960 atcgagtcacac-aatactaaaatatgatgtgtggagc-aaggagagtggtaac--gcaaacaaagtgtgtgtgca 1031  Q
    |||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  54635482 atcgagtcacaccaatactaaataatgatgtgtggagcaaaggagagtggtaaccaccaaacaaagtgtgtgtgca 54635407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 939 - 1031
Target Start/End: Original strand, 43503947 - 43504041
Alignment:
Q  939 tgttgtgaatttcgatctcgaatcgagtcaca-caatactaaaatatgatgtgtggagc-aaggagagtggtaa-cgcaaacaaagtgtgtgtgca 1031  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| | | |||||||||||||||||    
T  43503947 tgttgtgaattccgatctcaaatcgtgtcacaccaatac-gaaatatgatgtgtggagcaaaggagagtggtaaccaccaacaaagtgtgtgtgca 43504041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 939 - 1011
Target Start/End: Complemental strand, 9987579 - 9987504
Alignment:
Q  939 tgttgtgaatttcgatctcgaatcgagtcacac-aatactaaaa-tatgatgtgtggagc-aaggagagtggtaac 1011  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||  ||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9987579 tgttgtgaattccgatctcaaatcgaaccacaccaatacgaaaaatatgatgtgtggagcaaaggagagtggtaac 9987504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 939 - 1011
Target Start/End: Complemental strand, 21054335 - 21054260
Alignment:
Q  939 tgttgtgaatttcgatctcgaatcgagtcacac-aatacta-aaatatgatgtgtggagc-aaggagagtggtaac 1011  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||  ||||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21054335 tgttgtgaattccgatctcaaatcgaaccacaccaatacaagaaatatgatgtgtggagcaaaggagagtggtaac 21054260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 31; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 937 - 998
Target Start/End: Original strand, 3072550 - 3072611
Alignment:
Q  937 aatgttgtgaatttcgatctcgaatcgagtcaca-caatactaaaatatgatgtgtggagcaa 998  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  3072550 aatgttgtgaattccgatctcaaatcgtgtcacaccaatac-gaaatatgatgtgtggagcaa 3072611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University