View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5552-Insertion-1 (Length: 1079)

Name: NF5552-Insertion-1
Description: NF5552
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5552-Insertion-1
NF5552-Insertion-1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (89-1079)||(48961188-48962199)
chr7 (8-76)||(48962260-48962328)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (607-722)||(9485931-9486046)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 828; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 828; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 89 - 1079
Target Start/End: Complemental strand, 48962199 - 48961188
Alignment:
Q  89 tgctggctaggctacccaagcatatattggcctaaatgaaaggtctaaaatgagtctggaatattaatatgctaaaaatgataggtaaggaataaaggct 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48962199 tgctggctaggctacccaagcatatattggcctaaatgaaaggtctaaaatgagtctggaatattaatatgctaaaaatgataggtaaggaataaaggct 48962100  T
Q  189 ttagtctcatagtatttgaataattacatcaacttgaacaaaacacaattttcaatcagaacaaacataaacaacattatcagagttacaaatttatttc 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  48962099 ttagtctcatagtatttgaataattacatcaacttgaacaaaacacaattttcaatcagaacaaacataaacaacattatcggagttacaaatttatttc 48962000  T
Q  289 aaaacatcgctatttcaataaacaaataaggagtatgaaccatatatcacaaaccatcatcccattcttaatagacacaagattcatgatctctatctat 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48961999 aaaacatcgctatttcaataaacaaataaggagtatgaaccatatatcacaaaccatcatcccattcttaatagacacaagattcatgatctctatctat 48961900  T
Q  389 ctttcatagaaaac--taaggtagcatctggttggagttaaagtc--------------atgcatccat--atgcatgc--------atttattttccac 462  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||              |||||| |||  ||||||||        |||||||||||||    
T  48961899 ctttcatagaaaacactaaggtagcacctggttggagttaaagtcatgcatccatatgcatgcatgcatgcatgcatgcgtccatacatttattttccac 48961800  T
Q  463 taatgatgaagtggagagaatcttcaacctttattccccatatacctttataagccagaaacaaacagaaagaaccaactacaatcaattcaaacactat 562  Q
    ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48961799 taatga---agtggagagaatcttcaacctttattccccatatacctttataagccagaaacaaacagaaagaaccaactacaatcaattcaaacactat 48961703  T
Q  563 cttcgaatcaaatattgcgaccatcaacatgttccttcacatggtagccttcaccaaatggcttctttgagagagaaagacgcactcctggatcatgatg 662  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48961702 cttcgaatcaaatattgcaaccatcaacattttccttcacatggtagccttcaccaaatggcttctttgagagagaaagacgcactcctggatcatgatg 48961603  T
Q  663 ggagcaagaagcatgatacagtagagagttattgacacactgtacattgctgttcatgtatgcagccattggaattgaagattttgttcttcctttgtta 762  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48961602 ggagcaagaagcatgatacagtagagagttattgacacactgtacattgctgttcatgtatgcagccattggaattgaagattttgttcttcctttgtta 48961503  T
Q  763 ttcttatctttcttgtttatttttccttcatcagcatttgaactctcagattcaccaccatcaactttgattgtgttccccttcttgtgaagataattgg 862  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48961502 ttcttatctttcttgtttatttttccttcatcagcacttgaactctcagattcaccaccgtcaactttgattgtgttccccttcttgtgaagataattgg 48961403  T
Q  863 gttggtgtttcttttgggattgaactagttccatataggctcctctgttttcccctgcaattgttatcactctcatgccagagtcctcagaatctgaaaa 962  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48961402 gttggtgtttcttttgggattgaactagttccatataggctcctctgttttcccctgcaattgttatcactctcatgccagagtcctcagaatctgaaaa 48961303  T
Q  963 ctttttctccttgctgggattctcttcctttcacagtaatgttgttttccatgatgggaagaattgctgtgattttggagtcttgctatgga--tcacca 1060  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||  ||||||    
T  48961302 ctttttctccttgct-ggattctcttcctttcacagtaatg-tgttttccatgatgggaagaattgctgtgatttt-gagtctgcctatggaattcacca 48961206  T
Q  1061 ttgctgtggattttgattc 1079  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  48961205 ttgctgt-gattttgattc 48961188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 8 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 48962328 - 48962260
Alignment:
Q  8 cgtataccaccaccaatcacataccatagtttctcttagttcctgttccagttttcttacatttccaaa 76  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  48962328 cgtataccaccaccaatcacataccatagtttctcttacttcctgttccagttttctttcatttccaaa 48962260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 607 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 9486046 - 9485931
Alignment:
Q  607 tagccttcaccaaatggcttctttgagagagaaagacgcactcctggatcatgatgggagcaagaagcatgatacagtagagagttattgacacactgta 706  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| || | |||  |||| ||||||||||| ||||  |||||||||||  | |  |  || ||||| |||||||| |    
T  9486046 tagcctttaccaaatggcttctttgaaagtgtaagttgcacccctggatcatggtgggtacaagaagcatgtaataacaatgaattattcacacactgca 9485947  T
Q  707 cattgctgttcatgta 722  Q
    ||||||| ||||||||    
T  9485946 cattgctattcatgta 9485931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University