View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5557-Insertion-1 (Length: 1110)

Name: NF5557-Insertion-1
Description: NF5557
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5557-Insertion-1
NF5557-Insertion-1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (8-986)||(24354875-24355859)
chr7 (96-136)||(24345322-24345365)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 829; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 829; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 986
Target Start/End: Original strand, 24354875 - 24355859
Alignment:
Q  8 tcacacacaaagataacccttcatcaaaatcatcaattcttcatgagtttgtgatatgatagtttattattaattcttataatcatcacaaatcaatatt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24354875 tcacacacaaagataacccttcatcaaaaccatcaattcttcatgagtttgtgatatgatagtttattattaattcttataatcatcacaaatcaatatt 24354974  T
Q  108 ctttatggctgctacaaactcatcaatatgtaataataacttgtattcctccacaagaaaacattctttatcatgtcattcatatgcaccaccacatttg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24354975 ctttatggctgctacaaactcatcaatatgtaataataacttgtattcctccacaagaaaacattctttatcatgtcattcatatgcaccaccacatttg 24355074  T
Q  208 c---gttttgatagttttaggaaagccaagttaggttttgagaccaagaaattggaatggaaaagaggaagaagagaagaattgagaaaatggagtgtga 304  Q
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24355075 atgagttttgttagttttaggaaagccaagttaggttttgagaccaagaaattggaatggaaaagaggaagaagagaagaattgagaaaatggagtgtga 24355174  T
Q  305 agtgcactgcagaaggaatagatggaggaatgtttgtgggaaggaaaagtagagaaaatggtattgttgttagtattgctgagaggtataaggttgtgtt 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24355175 agtgcactgcagaaggaatagatggaggaatgtttgtgggaaggaaaagtagagaaaatggcattgttgttagtattcctgagaggtataaggttgtgtt 24355274  T
Q  405 gttgttggcatgtgttatgtgtctttgtaatgctgatcgcgttgtcatgtcggttgctgttgttcctcttgctgctaaacatggttggtctagttctttc 504  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24355275 attgttggcatgtgttatgtgtctttgtaacgctgaccgtgttgtcatgtcggttgctgttgttcctcttgctgctaaacatggttggtctagttctttt 24355374  T
Q  505 cttggcattgttcaggtaccaataatattgattccaaatcttctgatcatgaatatacgtgttccgtgtccaacacatctagttatattcgatcgtgtgt 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24355375 cttggcattgttcaggtaccaataatattgattccaaatcttctgatcatgaatatacgtgttccgtgtccaaaacatctagttatattcgatcgtgtgt 24355474  T
Q  605 tttgtctgtgtcagtgcttcgtataaattgacgagaacaattcataagtctagtcaatgacttgggaagaagctagtattacttactccaatttgaaaac 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24355475 tttgtctgtgtcagtgcttcgtataaattgacgagaacaattcataagtctagtcaatggcttgggaagaagctagtattacttactccaatttgaaaac 24355574  T
Q  705 aatgaaaatcattatattactttattttataaacaatcattatattacttgctagttaatttaccggttattggcaataaaaagtttgttttttgaagaa 804  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24355575 aatgaaaat-attatattactttatttttgaaacaatcattatattacttgctagttaatttaccggttattggcaataaaaagtttgttttttgaagaa 24355673  T
Q  805 tttagttgaagacaacatttgattttgtttaattaccatgctcaaactggtttacagttctttaaaccaatg-tttcaatagctgccgcgtaatgatctt 903  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  24355674 tttagttgaagacagcatttgattttgtttaattaccatgctaaaactggattacagttctttaaaccaatgttttaaatagctgccgcgttatgatctt 24355773  T
Q  904 tgatatctaagagaatcacaatcgaattgagactgatg-tgtctc-atcgcagttgtg-tgaaata-tttgtggtcgaggctcagat 986  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24355774 tgatatctaagaaaatcacaatcg-attgagactgatgcggtctcaattgcagttgtgttgaaatattttgtggtcgaggctcagat 24355859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 96 - 136
Target Start/End: Original strand, 24345322 - 24345365
Alignment:
Q  96 caaatcaatattctttatggctgc---tacaaactcatcaatat 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  24345322 caaatcaatattctttatggctgctgttacaaactcatcaatat 24345365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University