View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5558_low_10 (Length: 389)

Name: NF5558_low_10
Description: NF5558
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5558_low_10
NF5558_low_10
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (18-384)||(13931732-13932098)
chr6 (18-384)||(14046773-14047139)
chr6 (18-384)||(13893334-13893700)
chr6 (18-384)||(13473318-13473684)
chr6 (18-384)||(13863160-13863526)
chr6 (18-384)||(13875630-13875996)
chr6 (18-384)||(14022088-14022453)
chr6 (18-375)||(14024659-14025016)
chr6 (18-384)||(14109845-14110211)
chr6 (18-384)||(14014519-14014885)
chr6 (18-384)||(14084039-14084405)
chr6 (171-384)||(13911231-13911444)
chr6 (18-115)||(13911460-13911556)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (123-229)||(37132388-37132494)
chr5 (131-229)||(37164850-37164948)
chr5 (123-229)||(38749058-38749164)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 18 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 13932098 - 13931732
Alignment:
Q  18 aaaggtgtagaacatgttttcaacaacaatggattggttcttttaaaattcatagatctctcaagcaatcatttttcaaaagagattccacctgaaattg 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  13932098 aaaggtgtagaacatgtcttcaacaacaatggattggttcttttaaaagtcatagatctctcaagtaatcatttttcagaagagattccacctgaaatag 13931999  T
Q  118 tagatttgatacaattggtctcattaaatttatcaagaaacaatttcagaggaaaaattccttcaaatattggaaagctaaaatcacttgactctcttga 217  Q
     ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  13931998 cagatttgattcaattggtctcattgaatttatcaagaaacaacttcacagggaaaattccatcaaatattggaaatctaacttcacttgactctcttga 13931899  T
Q  218 tttgtcacgaaataagttgcttgggttaattccttctagtctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatcaattatctggagaa 317  Q
    |||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| || ||||||||  ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||     
T  13931898 tttgtctcgaaataagttgcttggttcaattcctcctagtctctctcaaatagactggcttagtgtgttagatctgtcacataatcaattatctggagag 13931799  T
Q  318 attccaacgagtacacaactacaaagtttcaatgcctcattttacgaagataatcttggtctctgtg 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  13931798 attccaacgagtacacaactacaaagtttcaacgccacaagttacgaagataatcttgatctttgtg 13931732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 18 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 14047139 - 14046773
Alignment:
Q  18 aaaggtgtagaacatgttttcaacaacaatggattggttcttttaaaattcatagatctctcaagcaatcatttttcaaaagagattccacctgaaattg 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  14047139 aaaggtgtagaacatgtgttcaacaacaatggattggttcttctaaaagtcgtagatctttcaagcaatcatttttcagaagaaattccacctgaaattg 14047040  T
Q  118 tagatttgatacaattggtctcattaaatttatcaagaaacaatttcagaggaaaaattccttcaaatattggaaagctaaaatcacttgactctcttga 217  Q
     ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||| |||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||    
T  14047039 cagatttgattcaattggtctcattgaatttatcaagaaacaacttcgcagggaaaattccatcaaatattggaaatctaacctcacttgactcccttga 14046940  T
Q  218 tttgtcacgaaataagttgcttgggttaattccttctagtctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatcaattatctggagaa 317  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||  |     
T  14046939 tttgtcacgaaataagttgcttggttcaattcctcctagtctatctcaaatagaccggcttagtgtgttagatctgtcacataatcaattatctggcaag 14046840  T
Q  318 attccaacgagtacacaactacaaagtttcaatgcctcattttacgaagataatcttggtctctgtg 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  14046839 attccaacgagtacacaactacaaagtttcaatccctcaagttacgaagataatcttgatctttgtg 14046773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 18 - 384
Target Start/End: Original strand, 13893334 - 13893700
Alignment:
Q  18 aaaggtgtagaacatgttttcaacaacaatggattggttcttttaaaattcatagatctctcaagcaatcatttttcaaaagagattccacctgaaattg 117  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||   |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| |    
T  13893334 aaaggtgtagaacaatttttcaacaacaatggattgcttcttctaaaaagtatagatctctcaagcaatcacttttcacacgagattccacctgaaatag 13893433  T
Q  118 tagatttgatacaattggtctcattaaatttatcaagaaacaatttcagaggaaaaattccttcaaatattggaaagctaaaatcacttgactctcttga 217  Q
     |  |||| | ||||| |||||| ||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||| ||||||    
T  13893434 caactttggttcaattagtctcactaaatttatcaagaaacaacttgacagggaaaattccttcaaatatcggaaaattaacatcacttgactttcttga 13893533  T
Q  218 tttgtcacgaaataagttgcttgggttaattccttctagtctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatcaattatctggagaa 317  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||    
T  13893534 tttgtcacaaaataagttgcttggttcaattccttctagtctttccaaaatagatcggattggtgtgttagatctgtcacataatcaattgtctggagaa 13893633  T
Q  318 attccaacgagtacacaactacaaagtttcaatgcctcattttacgaagataatcttggtctctgtg 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  13893634 attccaacgagtacacaactacaaagtttcaatgcctcaagttacgaagataatcttgatctttgtg 13893700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 18 - 384
Target Start/End: Original strand, 13473318 - 13473684
Alignment:
Q  18 aaaggtgtagaacatgttttcaacaacaatggattggttcttttaaaattcatagatctctcaagcaatcatttttcaaaagagattccacctgaaattg 117  Q
    |||||||||||| |  | |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||| |||||| |    
T  13473318 aaaggtgtagaagaactgttcaacaacaatggattgtttcttttaaaaagcatagatctatcaagcaatcacttttcagaggagattccacttgaaatag 13473417  T
Q  118 tagatttgatacaattggtctcattaaatttatcaagaaacaatttcagaggaaaaattccttcaaatattggaaagctaaaatcacttgactctcttga 217  Q
     ||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||    
T  13473418 cagatttgattcaattggtctctttgaacttatcaagaaacaattttacagggaaaattccttcaaatattggaaaactaagatcacttgactttcttga 13473517  T
Q  218 tttgtcacgaaataagttgcttgggttaattccttctagtctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatcaattatctggagaa 317  Q
     ||| |||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  13473518 cttggcacgaaataagttgctaggttcaattccttctagtctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtcacataatcaattatctggagag 13473617  T
Q  318 attccaacgagtacacaactacaaagtttcaatgcctcattttacgaagataatcttggtctctgtg 384  Q
    ||||||  ||| ||||||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  13473618 attccattgagcacacaactacaaagtttcaatccgtcaagttacgaagataatcttgatctttgtg 13473684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 18 - 384
Target Start/End: Original strand, 13863160 - 13863526
Alignment:
Q  18 aaaggtgtagaacatgttttcaacaacaatggattggttcttttaaaattcatagatctctcaagcaatcatttttcaaaagagattccacctgaaattg 117  Q
    ||||||||||||||  | |||| ||||||| |||| |||||| |||||  ||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| |    
T  13863160 aaaggtgtagaacaactgttcatcaacaatcgatttgttcttctaaaaagcatagatctatcaagcaatcacttttcggaagagattccacctgaaatag 13863259  T
Q  118 tagatttgatacaattggtctcattaaatttatcaagaaacaatttcagaggaaaaattccttcaaatattggaaagctaaaatcacttgactctcttga 217  Q
     | ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||| | ||||||    
T  13863260 caaatttgattcaattggtctcactaaatttatcaagaaacaacttgacagggaaaattccttcaaatatcggaaggttaacatcacttgaatttcttga 13863359  T
Q  218 tttgtcacgaaataagttgcttgggttaattccttctagtctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatcaattatctggagaa 317  Q
    |||||||| ||| |||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| |||    
T  13863360 tttgtcacaaaacaagttgtttggttcaattccttctagtctttcccaaatagatcggcttggtgggttagatgtgtcacataatcaattatctggtgaa 13863459  T
Q  318 attccaacgagtacacaactacaaagtttcaatgcctcattttacgaagataatcttggtctctgtg 384  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  13863460 attccaaagagtacacaactacaaggtttcaatgcctcattttacgaagataatcttgatctttgtg 13863526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 18 - 384
Target Start/End: Original strand, 13875630 - 13875996
Alignment:
Q  18 aaaggtgtagaacatgttttcaacaacaatggattggttcttttaaaattcatagatctctcaagcaatcatttttcaaaagagattccacctgaaattg 117  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||  |||| ||||| |||||    |||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |    
T  13875630 aaaggtgtagaacaagtgttcaacaacaatcaattgtttcttctaaaaagtgtagatctctcgagcaatcacttttcacaagagattccacctgaaatag 13875729  T
Q  118 tagatttgatacaattggtctcattaaatttatcaagaaacaatttcagaggaaaaattccttcaaatattggaaagctaaaatcacttgactctcttga 217  Q
       ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| || |||| ||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  13875730 ctaatttgattcaattggtctcattgaacttatcaagaaataacttcacagggaaaattccttcaagaattggaaagctaacatcacttgactttcttga 13875829  T
Q  218 tttgtcacgaaataagttgcttgggttaattccttctagtctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatcaattatctggagaa 317  Q
    ||||||  ||||||||||| |||| | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||     
T  13875830 tttgtctagaaataagttgattggttcaattccttctagtctttctcaaatagaccggcttggtgtgttagatttgtcacataaccaattatctggagag 13875929  T
Q  318 attccaacgagtacacaactacaaagtttcaatgcctcattttacgaagataatcttggtctctgtg 384  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  13875930 attccaaagagtacacaactacaaagtttcaatgcctcaaattacgaagataatcttgatctttgtg 13875996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 18 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 14022453 - 14022088
Alignment:
Q  18 aaaggtgtagaacatgttttcaacaacaatggattggttcttttaaaattcatagatctctcaagcaatcatttttcaaaagagattccacctgaaattg 117  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||||| |||| | ||| |||||  ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| |    
T  14022453 aaaggtgtagaccaagtattcaacaacaatgaattgttgcttctaaaaagcatagatctctcaagcaatcacttttcaggagagattccacctgaaatag 14022354  T
Q  118 tagatttgatacaattggtctcattaaatttatcaagaaacaatttcagaggaaaaattccttcaaatattggaaagctaaaatcacttgactctcttga 217  Q
       ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  14022353 cgaatttgattcaattggtctcattgaacttatcaagaaacaacttcacaggaaaaattccttcaaatattggaaagctaacatcacttgactttcttga 14022254  T
Q  218 tttgtcacgaaataagttgcttgggttaattccttctagtctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatcaattatctggagaa 317  Q
    ||| |||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||     
T  14022253 tttatcacaaaacaagttgcgt-ggttaattccttctagtctttctcaaattgatcgacttagtgtgttagatgtgtcacataatcaattatatggagag 14022155  T
Q  318 attccaacgagtacacaactacaaagtttcaatgcctcattttacgaagataatcttggtctctgtg 384  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  14022154 attccaacgtgtacacagctacaaagtttcgatccctcatgttacgaagataatcttgatctttgtg 14022088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 18 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 14025016 - 14024659
Alignment:
Q  18 aaaggtgtagaacatgttttcaacaacaatggattggttcttttaaaattcatagatctctcaagcaatcatttttcaaaagagattccacctgaaattg 117  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||| ||||  |||  | |||  ||||||| | || |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||    
T  14025016 aaaggtgtagaacaagtgttcaacaacaatgaattgtctctcctgaaaagcatagatttatccagcaatcacttttcagacgagattccacctgaaattg 14024917  T
Q  118 tagatttgatacaattggtctcattaaatttatcaagaaacaatttcagaggaaaaattccttcaaatattggaaagctaaaatcacttgactctcttga 217  Q
      |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||    
T  14024916 ctgatttgatccaattggtctcattgaacttatcaagaaacaacttcacagggaaaattccttcaagaattggaaagttaatatcacttgactttcttga 14024817  T
Q  218 tttgtcacgaaataagttgcttgggttaattccttctagtctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatcaattatctggagaa 317  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14024816 tttgtcacgaaataagttgcttggttcaattccgtctagtctttcccgaatagatcgacttgctgtgctagatttgtcacataatcaattatctggagaa 14024717  T
Q  318 attccaacgagtacacaactacaaagtttcaatgcctcattttacgaagataatcttg 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||| |||||||||||||    
T  14024716 attccaacgagtacacaactacaaagttttgattcctcatgttatgaagataatcttg 14024659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 183; E-Value: 7e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 14110211 - 14109845
Alignment:
Q  18 aaaggtgtagaacatgttttcaacaacaatggattggttcttttaaaattcatagatctctcaagcaatcatttttcaaaagagattccacctgaaattg 117  Q
    |||||||||||||| |  || ||||||||||| |||  |||| |||||  |||||| || || |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||    
T  14110211 aaaggtgtagaacaagagtttaacaacaatggcttgtatcttctaaaaagcatagacctatccagcaatcacttctcagaagagattccacctgaaattg 14110112  T
Q  118 tagatttgatacaattggtctcattaaatttatcaagaaacaatttcagaggaaaaattccttcaaatattggaaagctaaaatcacttgactctcttga 217  Q
     ||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||    
T  14110111 cagatttgattcaattggtctcgttgaacttatcaagaaacaacttgacagggaaaattccttcaaatattggaaatctaacatcacttgactttcttga 14110012  T
Q  218 tttgtcacgaaataagttgcttgggttaattccttctagtctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatcaattatctggagaa 317  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| | ||||||| | ||||| || || ||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14110011 tttgtcacgaaataacttgtttggttcaattcctcccagtctctctcacatagaccggctaagtgtgttagatttgtcacataatcaattatctggagaa 14109912  T
Q  318 attccaacgagtacacaactacaaagtttcaatgcctcattttacgaagataatcttggtctctgtg 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  14109911 attccaacgagtacacaactacaaagtttcaatccctcaagttacgaagataatcttgatctttgtg 14109845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 14014885 - 14014519
Alignment:
Q  18 aaaggtgtagaacatgttttcaacaacaatggattggttcttttaaaattcatagatctctcaagcaatcatttttcaaaagagattccacctgaaattg 117  Q
    |||||||||||||| |  |||||||||||||| |||  |||| | |||  ||||||||| || |||||||| || ||| ||||||||||||| ||||| |    
T  14014885 aaaggtgtagaacaagagttcaacaacaatggcttgtctcttctgaaaagcatagatctatccagcaatcacttctcagaagagattccaccagaaatag 14014786  T
Q  118 tagatttgatacaattggtctcattaaatttatcaagaaacaatttcagaggaaaaattccttcaaatattggaaagctaaaatcacttgactctcttga 217  Q
     | ||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| || |  || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  14014785 caaatttgattcaattggtctcgttgaacttatcaagaaacaacttgacggggaaaattccttcaaatattggaaagctaacatcacttgactttcttga 14014686  T
Q  218 tttgtcacgaaataagttgcttgggttaattccttctagtctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatcaattatctggagaa 317  Q
    ||| ||| ||||||| |||||| | | |||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  14014685 tttctcaagaaataatttgctttgttcaattccatctagtctttcacaaatacaccggcttggtgtgttagatttgtcacataatcaattatcgggagaa 14014586  T
Q  318 attccaacgagtacacaactacaaagtttcaatgcctcattttacgaagataatcttggtctctgtg 384  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  14014585 attccaaggagtacacaactacaaagtttcaatgcctcaagttacgaagataatcttgatctttgtg 14014519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 14084405 - 14084039
Alignment:
Q  18 aaaggtgtagaacatgttttcaacaacaatggattggttcttttaaaattcatagatctctcaagcaatcatttttcaaaagagattccacctgaaattg 117  Q
    ||||||||||||||  | ||||| |||||||||||  ||||| |||||  |||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||| |    
T  14084405 aaaggtgtagaacaaatgttcaaaaacaatggattatttcttctaaaaagcatagacctctcaagcaatcacttttcaggagagattccacatgaaatag 14084306  T
Q  118 tagatttgatacaattggtctcattaaatttatcaagaaacaatttcagaggaaaaattccttcaaatattggaaagctaaaatcacttgactctcttga 217  Q
     | ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||    
T  14084305 caaatttgattcaattggtctctttgaatttatcaagaaacaacttcacagggaaaattccttcaaatattggaaatctagcatcacttgactttcttga 14084206  T
Q  218 tttgtcacgaaataagttgcttgggttaattccttctagtctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatcaattatctggagaa 317  Q
    ||| |||||||||||||||||||| | |||||||  |||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  14084205 tttttcacgaaataagttgcttggttcaattcctcatagtctctctcaaatagaccggcttagtgtgttagatttgtcgcataatcaattatcgggagaa 14084106  T
Q  318 attccaacgagtacacaactacaaagtttcaatgcctcattttacgaagataatcttggtctctgtg 384  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||  ||||||||  |||| |||||||||||| ||| ||||    
T  14084105 attccaaagagtacacaacttcaaagttttgatgcctcacgttacaaagataatcttgatctttgtg 14084039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 171 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 13911444 - 13911231
Alignment:
Q  171 aaaattccttcaaatattggaaagctaaaatcacttgactctcttgatttgtcacgaaataagttgcttgggttaattccttctagtctttcccaaatag 270  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||| || || ||||    
T  13911444 aaaattccttcaaatttcggaaagttaacatcacttgactttcttgatttgtcacgaaataacttgcttggttcaattcctcctagtctctctcacatag 13911345  T
Q  271 atcggcttggtgtgttagatttgtctcataatcaattatctggagaaattccaacgagtacacaactacaaagtttcaatgcctcattttacgaagataa 370  Q
    | || ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||    
T  13911344 accgtcttagtgtgttagatttgtcacataatcaattatctggagagattccaacaagtacacaactacaaagtttcaacgccacaagttacgaagataa 13911245  T
Q  371 tcttggtctctgtg 384  Q
    ||||| ||| ||||    
T  13911244 tcttgatctttgtg 13911231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 18 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 13911556 - 13911460
Alignment:
Q  18 aaaggtgtagaacatgttttcaacaacaatggattggttcttttaaaattcatagatctctcaagcaatcatttttcaaaagagattccacctgaaat 115  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||| |||||| ||||| |||||   |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  13911556 aaaggtgtagaacaattgttcaacaacaa-ggattgcttcttctaaaaagtatagatctctcaagcaatcacttttcacaagagattccacctgaaat 13911460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 123 - 229
Target Start/End: Original strand, 37132388 - 37132494
Alignment:
Q  123 ttgatacaattggtctcattaaatttatcaagaaacaatttcagaggaaaaattccttcaaatattggaaagctaaaatcacttgactctcttgatttgt 222  Q
    |||||| | ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || | |||| ||||| |||| || ||||||| | ||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  37132388 ttgatagagttggtgtcattgaatttatcaagcaacaagttgacaggagaaatttcttcgaagattggaaggttaacatcacttgattctcttgacttgt 37132487  T
Q  223 cacgaaa 229  Q
    || ||||    
T  37132488 caagaaa 37132494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 131 - 229
Target Start/End: Original strand, 37164850 - 37164948
Alignment:
Q  131 attggtctcattaaatttatcaagaaacaatttcagaggaaaaattccttcaaatattggaaagctaaaatcacttgactctcttgatttgtcacgaaa 229  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||||||| | |||  ||||| ||||||  ||||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||| ||||    
T  37164850 attggtgtcattgaatttatcaagcaacaatttgacaggggaaattacttcaatgattggaaagttaacatcacttgaatttcttgacttgtcaagaaa 37164948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 123 - 229
Target Start/End: Original strand, 38749058 - 38749164
Alignment:
Q  123 ttgatacaattggtctcattaaatttatcaagaaacaatttcagaggaaaaattccttcaaatattggaaagctaaaatcacttgactctcttgatttgt 222  Q
    |||||| | ||||| || || ||||||||||  |||||||| |  ||| ||||| ||||||| ||||||| | ||| ||||||||| | |||||| ||||    
T  38749058 ttgatagagttggtgtcgttgaatttatcaaacaacaatttgaatggagaaattacttcaaagattggaaggttaacatcacttgaatttcttgacttgt 38749157  T
Q  223 cacgaaa 229  Q
    |||||||    
T  38749158 cacgaaa 38749164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University