View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5563-Insertion-1 (Length: 620)

Name: NF5563-Insertion-1
Description: NF5563
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5563-Insertion-1
NF5563-Insertion-1
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (7-600)||(33953535-33954133)
chr8 (7-606)||(33976136-33976726)
chr8 (7-606)||(33960841-33961431)
chr8 (7-507)||(33993055-33993557)
chr8 (7-388)||(33914357-33914735)
chr8 (7-275)||(33943074-33943342)
chr8 (166-380)||(33983300-33983518)
chr8 (447-590)||(33983680-33983829)
chr8 (92-135)||(33983246-33983289)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (7-383)||(8275516-8275892)
chr7 (404-575)||(8275222-8275395)
[»] scaffold0391 (1 HSPs)
scaffold0391 (7-388)||(13099-13480)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (10-66)||(6736648-6736704)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 518; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 518; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 600
Target Start/End: Original strand, 33953535 - 33954133
Alignment:
Q  7 actaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctatac 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33953535 actaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctatac 33953634  T
Q  107 cgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatct 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33953635 cgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatct 33953734  T
Q  207 aaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataaactgcgatgaagagacggct 306  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33953735 aaagaatctggacatggcaagttgtgcaagtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataacctgcgatgaagagacggct 33953834  T
Q  307 gctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttcatgttaacttaaattggcttctttgaatgacttttgtat 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33953835 gctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttgatgttaacttaaattggcttctttgaatgacttttgtat 33953934  T
Q  407 agtatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttcttt--gtataaatacatgatttgtattagctattctcgatcaataaattcaatttttaat 504  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33953935 agcatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttctttttgtataaatacatgatttgtattagctattctcaatcaataaattcaatttttaat 33954034  T
Q  505 ttt---aactactcattctattgatttatttacatgataataaggtggtagtaaacccttctatgcttctccaactctaaaaagcttttcgtagtcctt 600  Q
    |||   | |  ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33954035 ttttttatcagctcattctattgatttatttacattctaataaggtggtagtaaatccttctatgcttctccaactctaaaaagctttttgtagtcctt 33954133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 606
Target Start/End: Original strand, 33976136 - 33976726
Alignment:
Q  7 actaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctatac 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33976136 actaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctatac 33976235  T
Q  107 cgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatct 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33976236 cgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcataagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatct 33976335  T
Q  207 aaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataaactgcgatgaagagacggct 306  Q
    || ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33976336 aaagaatctggacatggcaacttgtgcaagtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataacctgcgatgaagagacggct 33976435  T
Q  307 gctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttcatgttaacttaaattggcttctttgaatgacttttgtat 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33976436 gctacatgggaagatttccagcatatgcttcacaatatgaagatagaggttcttcatgttgatgttaacttaaattggcttctttgaatgacttttgtat 33976535  T
Q  407 agtatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttc-tttgtataaatacatgatttgtattagctattctcgatcaataaattcaatttttaatt 505  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  33976536 agcatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttcttttgtataaatacatgatttgtattagctattctcaatcaatatattcaatttttaatt 33976635  T
Q  506 ttaactactcattctattgatttatttacatgataataaggtggtagtaaacccttctatgcttctccaactctaaaaagcttttcgtagtccttatgtt 605  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  33976636 ttaactactcattctaatgatttatttacatgataataaggtggtag----------tatgcttctccagttctaaaaagcttttcgtagtccttaggtt 33976725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 606
Target Start/End: Original strand, 33960841 - 33961431
Alignment:
Q  7 actaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctatac 106  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33960841 actaattgccacaagcttttttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctatac 33960940  T
Q  107 cgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatct 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  33960941 cgacttccattggaaagctgttaaatctaagacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatctttgcaatct 33961040  T
Q  207 aaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataaactgcgatgaagagacggct 306  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33961041 aagaaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttttcaatcttcagaatttgaagacgataacctgcgatgaagagacggct 33961140  T
Q  307 gctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttcatgttaacttaaattggcttctttgaatgacttttgtat 406  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33961141 gctacatgggaagattttcagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttgatgttaacttaaattggcttctttgaatgacttttgtat 33961240  T
Q  407 agtatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttc-tttgtataaatacatgatttgtattagctattctcgatcaataaattcaatttttaatt 505  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  33961241 agcatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttcttttgtataaatacatgatttgtattagctattctcaatcaatatattcaatttttaatt 33961340  T
Q  506 ttaactactcattctattgatttatttacatgataataaggtggtagtaaacccttctatgcttctccaactctaaaaagcttttcgtagtccttatgtt 605  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||          ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  33961341 ttaactactcattctaatgatttatttacaagataataagctggtag----------tatgcttctccagttctaaaaagtttttcgtagtccttaggtt 33961430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 456; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 507
Target Start/End: Original strand, 33993055 - 33993557
Alignment:
Q  7 actaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctatac 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33993055 actaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcttcagttcatgtactgacttggaagctatac 33993154  T
Q  107 cgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatct 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33993155 cgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatct 33993254  T
Q  207 aaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataaactgcgatgaagagacggct 306  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33993255 aaagaatctggacatggcaagttgtgcaagtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataacctgcgatgaagagacggct 33993354  T
Q  307 gctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttcatgttaacttaaattggcttctttgaatgacttttgtat 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33993355 gctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttgatgttaacttaaattggcttctttgaatgacttttgtat 33993454  T
Q  407 agtatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttc--tttgtataaatacatgatttgtattagctattctcgatcaataaattcaatttttaat 504  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  33993455 agcatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttctttttgtataaatacatgatttgtattagctattctcaatcaatatattcaatttttaat 33993554  T
Q  505 ttt 507  Q
    |||    
T  33993555 ttt 33993557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 7 - 388
Target Start/End: Original strand, 33914357 - 33914735
Alignment:
Q  7 actaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctatac 106  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||  | ||||| |  ||||| ||||| |||| ||   | |    
T  33914357 actaattgccataagctttcttcgctgccccaagatattggaaagttgatgaatttggaactcttgagcctgatctcatgcactgatttggtagagttgc 33914456  T
Q  107 cgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatct 206  Q
    |   ||| ||||||| ||| |||||||||| ||  |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||| |||| |||||    
T  33914457 cagattctattggaaggcttttaaatctaagactacttgacatctccaactgcataagcctttcaagtttacctgaggacttcggcaatctgtgtaatct 33914556  T
Q  207 aaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataaactgcgatgaagagacggct 306  Q
    ||| ||||| |||||| | |||||| || ||  |||||||||||| |||||||||||||||  |||||| |||  ||||   || |||||||||||||||    
T  33914557 aagaaatctatacatgtctagttgtacaagttgtgaattgccattttcagttgtcaatcttgcgaatttaaaggtgata---tgtgatgaagagacggct 33914653  T
Q  307 gctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttcatgttaacttaaattggcttc 388  Q
    ||| ||||||||  ||||||   |||| || ||||| | |  |||||||||| ||| ||| | || ||||||||||||||||    
T  33914654 gcttcatgggaatctttccaatctatgatttccaatctcactatagaggttcctcaagttgaagtcaacttaaattggcttc 33914735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 7 - 275
Target Start/End: Original strand, 33943074 - 33943342
Alignment:
Q  7 actaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctatac 106  Q
    ||||||||||| ||||||||||  || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||  | ||||| | ||| || ||||| |||| ||   |||    
T  33943074 actaattgccataagctttctttgctgccccaagaaattggaaagttggagaatttggaactcttgagcctgatttcctgcactgatttggtagagctac 33943173  T
Q  107 cgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatct 206  Q
    |   ||| ||||||| ||| | |||||||| ||  |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||    
T  33943174 cagattctattggaaggctttcaaatctaagactacttgacatctccaactgcataagcctttcaagtttacccgaggactttggcaatctgtgtaatct 33943273  T
Q  207 aaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaattt 275  Q
    | | |||||  ||||| | ||||||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33943274 acgaaatctcgacatgactagttgtgcaagttgtgaattgccattctccgttgtcaatcttcagaattt 33943342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 166 - 380
Target Start/End: Original strand, 33983300 - 33983518
Alignment:
Q  166 ctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttgtcaatc 265  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||  | ||  ||||||  |||||||||| | |||||    
T  33983300 ctttcaaatttatctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaggaatctgtacgttgcaggttgtttaagttgtgaattatcattctcagtcgccaatc 33983399  T
Q  266 ttcagaatttgaagacgata---aac-tgcgatgaagagacggctgctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttc 361  Q
    ||   |||||||    ||||   ||| ||| |||||||||||   | |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  33983400 ttttaaatttgatagtgatatataacgtgcaatgaagagacgatagtttgatgagaagatttccagcttatgcttcctaatatgaagatagaggttcctc 33983499  T
Q  362 atgttcatgttaacttaaa 380  Q
    | ||| ||| |||||||||    
T  33983500 aggttgatgctaacttaaa 33983518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 447 - 590
Target Start/End: Original strand, 33983680 - 33983829
Alignment:
Q  447 tttgtataaatacatgatttgtattagctattctcgatcaataaattcaatttttaatttt-----aactactcattctattgatttatttacatgataa 541  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||     |  | |||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  33983680 tttgtataactacatgatttgtattagctattctcaatcaataaattcaatttttttttttttttaattttctcattctatagatttttttacatgataa 33983779  T
Q  542 taaggtggtagtaaacccttc--tatgcttctccaactc-taaaaagctttt 590  Q
    |||   | ||||||| |||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  33983780 taa--agctagtaaatccttctatatggttctccaactcttaaaaagctttt 33983829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 92 - 135
Target Start/End: Original strand, 33983246 - 33983289
Alignment:
Q  92 acttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatcta 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||    
T  33983246 acttggaagctataccgacttccattggtaagctactaaatcta 33983289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 7 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 8275892 - 8275516
Alignment:
Q  7 actaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctatac 106  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8275892 actatttgccacaagctttcttcaattccccaagatattggaaagtttacaaatttggaacttctaagcctcggttcatgtactgacttggaagctatac 8275793  T
Q  107 cgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatct 206  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  8275792 cgacttccattggaaagttgttaaatctaagacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacccgaggaatttggtaatttgtgcaacct 8275693  T
Q  207 aaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataaactgcgatgaagagacggct 306  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  8275692 aaggaatctatacatggcaagttgtgcaagtattgagcttccattttcagatgtcaatcttcagaatttgaagacgaaaacctgcgatgaagagacggct 8275593  T
Q  307 gctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttcatgttaacttaaattg 383  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  8275592 gctacatgggaagatttccatcatacgcttcctagtatgaagatagaggttcctcatgttgatgttaacttaaattg 8275516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 404 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 8275395 - 8275222
Alignment:
Q  404 tatagtatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttcttt-gtataaatacatgatttgtattagctattctcgatcaataaattcaattttta 502  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||    
T  8275395 tatagtatataactaaaattcttttgtaatcttttgtaaattcttttgtataaatgcatgatttgtattagctattcttaatcaatagattaaattttta 8275296  T
Q  503 attttaa-ctactcattctattgatttatttacatgataataaggtggtagtaaacccttctatgcttctccaa 575  Q
    ||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  8275295 atttttatctactcattctatagatttgtttacatgataataaggtgctagtaaatcctcctatgcttctccaa 8275222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: scaffold0391
Description:

Target: scaffold0391; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 7 - 388
Target Start/End: Original strand, 13099 - 13480
Alignment:
Q  7 actaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctatac 106  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||| ||||| |  |||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||| |||| ||||    
T  13099 actaattgccacaaactttctgaacttccccaagatatcggagaattgaaatatttagaacttctaaggctcagctcctgtactgatttgaaagcgatac 13198  T
Q  107 cgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatct 206  Q
    ||| ||||||||||||||| || ||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  13199 cgagttccattggaaagcttttcaatttaagacatcttgacatctcaaactgcataagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatctttgcaatct 13298  T
Q  207 aaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataaactgcgatgaagagacggct 306  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| |||    
T  13299 aagaaatctgtacatggcaagttgtgcaagtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaacttgaagacgataacttgcgatgaagagacagct 13398  T
Q  307 gctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttcatgttaacttaaattggcttc 388  Q
    ||  ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13399 gcctcatgggaagattttcagcctatgcttcccaatatgaagatagaggttcctcatgttgatgttaacttaaattggcttc 13480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000009; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 10 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 6736704 - 6736648
Alignment:
Q  10 aattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaa 66  Q
    ||||| ||||||||||||| | | || | |||||||||||| |||||||||||||||    
T  6736704 aattgtcacaagctttctttaatgcctcgagatattggaaagttggagaatttggaa 6736648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University