View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5565_low_38 (Length: 257)

Name: NF5565_low_38
Description: NF5565
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5565_low_38
NF5565_low_38
[»] chr1 (23 HSPs)
chr1 (24-198)||(526907-527081)
chr1 (24-198)||(39858347-39858521)
chr1 (25-197)||(13276473-13276645)
chr1 (26-198)||(46845666-46845838)
chr1 (25-195)||(40314095-40314265)
chr1 (24-198)||(49430482-49430646)
chr1 (105-201)||(27325717-27325813)
chr1 (127-202)||(1994949-1995024)
chr1 (139-200)||(1673367-1673428)
chr1 (127-194)||(29637321-29637388)
chr1 (139-199)||(44797589-44797649)
chr1 (139-198)||(2403048-2403107)
chr1 (127-200)||(6487726-6487799)
chr1 (127-199)||(32267576-32267648)
chr1 (121-196)||(7178216-7178291)
chr1 (105-198)||(40294820-40294913)
chr1 (108-196)||(26040972-26041060)
chr1 (148-195)||(15225123-15225170)
chr1 (148-198)||(40030838-40030888)
chr1 (101-192)||(29731194-29731285)
chr1 (25-196)||(47571562-47571743)
chr1 (97-192)||(48489455-48489550)
chr1 (27-76)||(48489581-48489630)
[»] chr8 (20 HSPs)
chr8 (26-200)||(28897993-28898167)
chr8 (37-198)||(2599531-2599692)
chr8 (25-200)||(45413554-45413722)
chr8 (83-198)||(10391372-10391487)
chr8 (139-198)||(14342312-14342371)
chr8 (127-199)||(1993751-1993823)
chr8 (127-203)||(43066015-43066091)
chr8 (26-196)||(11904855-11905035)
chr8 (127-190)||(8368482-8368545)
chr8 (141-198)||(4077086-4077143)
chr8 (128-193)||(41075709-41075774)
chr8 (94-197)||(27497174-27497276)
chr8 (128-193)||(31774729-31774794)
chr8 (137-180)||(7313524-7313567)
chr8 (152-203)||(12142076-12142127)
chr8 (127-193)||(16465723-16465789)
chr8 (24-195)||(35200559-35200740)
chr8 (119-196)||(31523615-31523692)
chr8 (153-190)||(44077642-44077679)
chr8 (108-197)||(44081068-44081157)
[»] chr4 (27 HSPs)
chr4 (24-198)||(50498210-50498384)
chr4 (30-197)||(32290215-32290377)
chr4 (25-198)||(42179148-42179319)
chr4 (24-200)||(22364469-22364645)
chr4 (107-201)||(5817471-5817565)
chr4 (93-195)||(51579323-51579425)
chr4 (83-200)||(20107108-20107226)
chr4 (105-202)||(17043999-17044095)
chr4 (93-199)||(51579580-51579686)
chr4 (128-198)||(45996006-45996076)
chr4 (105-198)||(37605780-37605873)
chr4 (105-198)||(55281208-55281301)
chr4 (105-197)||(25164560-25164652)
chr4 (106-198)||(32525112-32525204)
chr4 (108-199)||(24059225-24059316)
chr4 (127-198)||(43749092-43749163)
chr4 (149-200)||(39631271-39631322)
chr4 (96-198)||(25783988-25784090)
chr4 (93-192)||(26719980-26720077)
chr4 (105-193)||(41277220-41277308)
chr4 (139-195)||(3287087-3287143)
chr4 (24-76)||(14149958-14150010)
chr4 (26-89)||(48525445-48525508)
chr4 (24-74)||(14786734-14786784)
chr4 (148-194)||(36851231-36851277)
chr4 (24-73)||(9118513-9118562)
chr4 (99-196)||(48525328-48525425)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (24-212)||(31741029-31741217)
chr7 (105-199)||(46576331-46576425)
chr7 (93-201)||(38754973-38755080)
chr7 (26-196)||(42974395-42974558)
chr7 (24-196)||(38349457-38349639)
chr7 (97-196)||(28713679-28713778)
chr7 (105-199)||(33496498-33496592)
chr7 (108-198)||(47480105-47480194)
chr7 (127-199)||(48460658-48460730)
chr7 (97-196)||(37536396-37536495)
chr7 (130-198)||(51938-52006)
chr7 (96-191)||(11752604-11752699)
chr7 (28-75)||(37536317-37536364)
chr7 (53-103)||(6220190-6220240)
chr7 (159-201)||(30922853-30922895)
chr7 (24-69)||(43359111-43359156)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (24-198)||(23915972-23916146)
chr6 (105-200)||(14314075-14314170)
chr6 (128-198)||(9045833-9045903)
chr6 (127-198)||(34792762-34792833)
chr6 (105-195)||(1244645-1244735)
chr6 (142-200)||(9521943-9522001)
chr6 (148-197)||(16717991-16718040)
chr6 (127-192)||(29429590-29429655)
chr6 (106-192)||(12748217-12748303)
chr6 (26-76)||(16718129-16718179)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (24-198)||(15285329-15285503)
chr5 (29-198)||(35905994-35906163)
chr5 (199-255)||(43258048-43258104)
chr5 (105-198)||(13988247-13988340)
chr5 (127-198)||(36890377-36890448)
chr5 (97-201)||(33687644-33687748)
chr5 (101-196)||(43100293-43100388)
chr5 (24-196)||(12248275-12248457)
chr5 (110-176)||(1447841-1447907)
chr5 (105-199)||(11247191-11247285)
chr5 (26-75)||(43100208-43100257)
chr5 (25-89)||(8076374-8076438)
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (26-198)||(3121610-3121782)
chr2 (29-198)||(24475714-24475883)
chr2 (25-198)||(33299979-33300154)
chr2 (24-199)||(14945734-14945919)
chr2 (94-198)||(36709269-36709373)
chr2 (105-195)||(36272750-36272840)
chr2 (105-197)||(13697054-13697146)
chr2 (128-198)||(14242627-14242697)
chr2 (127-198)||(32599359-32599430)
chr2 (93-198)||(23860240-23860346)
chr2 (105-199)||(40095262-40095356)
chr2 (105-200)||(5562934-5563029)
chr2 (108-198)||(33555455-33555545)
chr2 (94-197)||(42061307-42061412)
chr2 (120-198)||(4434694-4434772)
chr2 (25-89)||(40216528-40216592)
chr2 (105-198)||(17823579-17823672)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (25-197)||(23004757-23004938)
chr3 (105-195)||(38247801-38247891)
chr3 (127-198)||(50989203-50989274)
chr3 (127-198)||(51092335-51092406)
chr3 (101-197)||(12224088-12224184)
chr3 (93-194)||(33288136-33288238)
chr3 (127-198)||(9271110-9271181)
chr3 (127-199)||(8496705-8496777)
chr3 (137-198)||(8330713-8330774)
chr3 (26-103)||(44092433-44092510)
chr3 (127-200)||(48034920-48034993)
chr3 (92-192)||(39947233-39947333)
chr3 (25-93)||(46135640-46135708)
chr3 (97-196)||(36674600-36674699)
chr3 (148-198)||(29915091-29915141)
chr3 (148-198)||(29964244-29964294)
chr3 (105-190)||(54713532-54713617)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (24-74)||(52946-52996)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 23)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 24 - 198
Target Start/End: Original strand, 526907 - 527081
Alignment:
Q  24 aaggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcac 123  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||    
T  526907 aaggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccac 527006  T
Q  124 attgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  527007 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 527081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 24 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 39858521 - 39858347
Alignment:
Q  24 aaggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcac 123  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||    
T  39858521 aaggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatatgagagagtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccac 39858422  T
Q  124 attgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    || ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39858421 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 39858347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 25 - 197
Target Start/End: Original strand, 13276473 - 13276645
Alignment:
Q  25 aggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcaca 124  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||    
T  13276473 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtgggtaccaca 13276572  T
Q  125 ttgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 197  Q
    | ||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13276573 tggacacatgtcataattgtgtatgagtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcactact 13276645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 26 - 198
Target Start/End: Original strand, 46845666 - 46845838
Alignment:
Q  26 ggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacat 125  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||||||||| | || | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||    
T  46845666 ggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacattatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccacat 46845765  T
Q  126 tgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
     ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  46845766 ggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 46845838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 25 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 40314265 - 40314095
Alignment:
Q  25 aggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcaca 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||    
T  40314265 aggataatgtttcatgaacaccattttttccatacatactatataccactcccatatgagagtgtgtgaatgtgagttttttgtgtgtgtggggaccaca 40314166  T
Q  125 ttgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcacta 195  Q
    | ||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||    
T  40314165 tggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataaatggtacatactacctaaggtggtttatgtatcacta 40314095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 24 - 198
Target Start/End: Original strand, 49430482 - 49430646
Alignment:
Q  24 aaggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcac 123  Q
    ||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| | ||          ||||| |||||||||||||||||||||  | ||     
T  49430482 aaggataatatttcatgaacactcttttctccatacacactatgtaccactcccat----------gtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggagaccag 49430571  T
Q  124 attgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    || ||||| ||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  49430572 atggacacatgtcacaattgtgtattgatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaccactc 49430646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 105 - 201
Target Start/End: Original strand, 27325717 - 27325813
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcata 201  Q
    ||||||||| ||||| ||||  ||||||| | | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27325717 ttgtgtgtgggggaaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcata 27325813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 127 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 1995024 - 1994949
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcatat 202  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1995024 gacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcatat 1994949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 139 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 1673428 - 1673367
Alignment:
Q  139 aattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcat 200  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1673428 aattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcat 1673367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 127 - 194
Target Start/End: Original strand, 29637321 - 29637388
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcact 194  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29637321 gacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcact 29637388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 139 - 199
Target Start/End: Original strand, 44797589 - 44797649
Alignment:
Q  139 aattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 199  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44797589 aattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 44797649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 139 - 198
Target Start/End: Original strand, 2403048 - 2403107
Alignment:
Q  139 aattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2403048 aattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaagatggtctatgtatcactactc 2403107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 127 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 6487799 - 6487726
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcat 200  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  6487799 gacacatgtcacaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaattggtctatgtatcactactcat 6487726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 127 - 199
Target Start/End: Original strand, 32267576 - 32267648
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 199  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||| || | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  32267576 gacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaattgtacatgccacttaagatggtctatgtatcactactca 32267648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 121 - 196
Target Start/End: Original strand, 7178216 - 7178291
Alignment:
Q  121 cacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 196  Q
    ||||| ||||||||| |||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  7178216 cacatagacacttgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcactac 7178291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 105 - 198
Target Start/End: Original strand, 40294820 - 40294913
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    ||||||||||| | | ||||| || || ||| |||||||||||| |||| | ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  40294820 ttgtgtgtgtgaggaccacatagatacatgtcacaattgtgtataggtggacaagtggtacgtgccacctaaagtggtctatgtatcactactc 40294913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 108 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 26041060 - 26040972
Alignment:
Q  108 tgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 196  Q
    |||||||||| | ||| | ||||| ||| |||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  26041060 tgtgtgtggggaccacgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtttgtgtatcactac 26040972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 148 - 195
Target Start/End: Original strand, 15225123 - 15225170
Alignment:
Q  148 tgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcacta 195  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15225123 tgggtgtataagttgtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 15225170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 148 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 40030888 - 40030838
Alignment:
Q  148 tgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  40030888 tgggtgtacaagtggtacatgctacctaaggtggtctatgtatcactactc 40030838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 101 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 29731285 - 29731194
Alignment:
Q  101 tttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatca 192  Q
    |||||||||||||| || | ||||| ||||| ||| |||||| | | ||||||||  ||||||| |||||||||||| |||| |||||||||    
T  29731285 tttcttgtgtgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtactagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 29731194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 25 - 196
Target Start/End: Original strand, 47571562 - 47571743
Alignment:
Q  25 aggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtg----------aatgtgagtttcttgtgtgtgt 114  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  ||||||||||| || | ||||||| ||          ||  |||||||||| |||||||    
T  47571562 aggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttatgtgtgt 47571661  T
Q  115 gggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 196  Q
     || | ||||| ||||| ||| |||||| | | |||||||| |||||| | ||| |||||||| |||| ||| |||||||||    
T  47571662 agggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggcatatgtcacctaaggtggtttatatatcactac 47571743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 97 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 48489550 - 48489455
Alignment:
Q  97 tgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatca 192  Q
    ||||||||||||||| || || | ||||| ||||  ||| |||||| | ||||| |||| |||||||| |||||||||||| || | |||||||||    
T  48489550 tgagtttcttgtgtgcgtagggaccacatggacagatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatca 48489455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 27 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 48489630 - 48489581
Alignment:
Q  27 gataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttc 76  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||  |||||||||||    
T  48489630 gataatgtttcatgaacaccattttctctatacatacattgtaccacttc 48489581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 119; Significance: 7e-61; HSPs: 20)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 26 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 28898167 - 28897993
Alignment:
Q  26 ggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacat 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||| | |||||    
T  28898167 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactctcatatgagagtgtgtgaaagggagtttcttgtgtgtgtggggaccacat 28898068  T
Q  126 tgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcat 200  Q
     ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28898067 ggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcat 28897993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 37 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 2599692 - 2599531
Alignment:
Q  37 catgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgtt 136  Q
    |||||||||| |||  | |||||||||||||||||||| | || | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||  |||| |||     
T  2599692 catgaacaccctttttttcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccacatgaacacatgtc 2599593  T
Q  137 acaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2599592 acaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 2599531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 25 - 200
Target Start/End: Original strand, 45413554 - 45413722
Alignment:
Q  25 aggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcaca 124  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||| | || ||| |||||        ||||||||||||||| | || |    
T  45413554 aggacaatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgcaccactcctatgtgagggtgcgtgaaa-------tcttgtgtgtgtggggaccata 45413646  T
Q  125 ttgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcat 200  Q
    | ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  45413647 tggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcat 45413722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 83 - 198
Target Start/End: Original strand, 10391372 - 10391487
Alignment:
Q  83 agagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggt 182  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  10391372 agagtgtgtgaaagtgagtttcttatgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggcacatgccacctaagatgat 10391471  T
Q  183 ctatgtatcactactc 198  Q
    |||||||||| |||||    
T  10391472 ctatgtatcattactc 10391487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 139 - 198
Target Start/End: Original strand, 14342312 - 14342371
Alignment:
Q  139 aattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14342312 aattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14342371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 127 - 199
Target Start/End: Original strand, 1993751 - 1993823
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 199  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1993751 gacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 1993823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 127 - 203
Target Start/End: Original strand, 43066015 - 43066091
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcatata 203  Q
    ||||||||| | |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  43066015 gacacttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactacttatata 43066091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 26 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 11905035 - 11904855
Alignment:
Q  26 ggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtgtgtg 115  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  ||||||||||| || | ||||||| |||  |          ||||||||||||||| ||     
T  11905035 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgagta 11904936  T
Q  116 ggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 196  Q
    || | ||||| ||||| ||| |||||| | | |||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  11904935 gggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 11904855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 127 - 190
Target Start/End: Original strand, 8368482 - 8368545
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtat 190  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8368482 gacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 8368545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 141 - 198
Target Start/End: Original strand, 4077086 - 4077143
Alignment:
Q  141 ttgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  4077086 ttgtgtgtgggtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatatatcactactc 4077143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 128 - 193
Target Start/End: Original strand, 41075709 - 41075774
Alignment:
Q  128 acacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcac 193  Q
    |||| ||| |||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  41075709 acacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 41075774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 94 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 27497276 - 27497174
Alignment:
Q  94 atgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcac 193  Q
    |||||||||| |||||||| ||| || |||||  |||| |||  ||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||    
T  27497276 atgtgagttttttgtgtgtatggaaaccacatgaacacatgtcgcaattgtctgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaagtggtct-tgtatcac 27497178  T
Q  194 tact 197  Q
    ||||    
T  27497177 tact 27497174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 128 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 31774794 - 31774729
Alignment:
Q  128 acacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcac 193  Q
    |||| ||| |||||||| | || ||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  31774794 acacatgtcacaattgtatgtgagtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 31774729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 137 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 7313567 - 7313524
Alignment:
Q  137 acaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatg 180  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  7313567 acaattgtgtgtgggtgtatcagtggtacatgtcacctaagatg 7313524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 152 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 12142127 - 12142076
Alignment:
Q  152 tgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcatata 203  Q
    |||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||    
T  12142127 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccatata 12142076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 193
Target Start/End: Original strand, 16465723 - 16465789
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcac 193  Q
    ||||| ||| |||||||| | ||||| || ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||    
T  16465723 gacacatgtcacaattgtatgtgggtatacaagtggtacatgccgtctaaggtggtctatgtatcac 16465789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 35200740 - 35200559
Alignment:
Q  24 aaggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtg----------aatgtgagtttcttgtgtgtg 113  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||  ||||||||||| || | ||||||| ||          ||  |||||||||||| ||||    
T  35200740 aaggataatgtttgatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtatgtg 35200641  T
Q  114 tgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcacta 195  Q
    | || | | ||| ||||| ||| |||||| | | |||||||| ||||  || |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  35200640 tagggaccgcatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtaatatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 35200559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 119 - 196
Target Start/End: Original strand, 31523615 - 31523692
Alignment:
Q  119 atcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 196  Q
    ||||||| ||||||| | |||||| | ||| | |||| ||||| |||||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  31523615 atcacatggacacttatcacaattatatatagatgtacaagtgatacatgtcatctaagatggtctatctatcactac 31523692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 153 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 44077679 - 44077642
Alignment:
Q  153 gtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtat 190  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  44077679 gtataagtggtacatgccatctaagatgatctatgtat 44077642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 108 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 44081157 - 44081068
Alignment:
Q  108 tgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 197  Q
    |||||||||||||||| | | ||| ||| ||||||  || ||| |||| || || ||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||    
T  44081157 tgtgtgtgggaatcacgtgggcacatgtcacaattacgtgtggatgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtgtatgtatcactact 44081068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 27)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 24 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 50498384 - 50498210
Alignment:
Q  24 aaggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcac 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  50498384 aaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacatactatataccactcccatatgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtggggaccac 50498285  T
Q  124 attgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| || |||||||||||||||||    
T  50498284 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatactacctaaggtgatctatgtatcactactc 50498210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 30 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 32290377 - 32290215
Alignment:
Q  30 aatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattgac 129  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||||||| | || | ||||||| |||| |||| ||||||||||||||| | | ||||| |      
T  32290377 aatgtttcatgaacactcttttctccatacatactatgtaccactcccatgtgagagtgtatgaaagtgaatttcttgtgtgtgtgaggaccacatgg-- 32290280  T
Q  130 acttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 197  Q
       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32290279 ---tgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 32290215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 25 - 198
Target Start/End: Original strand, 42179148 - 42179319
Alignment:
Q  25 aggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcaca 124  Q
    |||||||||||||||||||| | |||  | |||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||  || |||||||| ||||||||||||| | ||||    
T  42179148 aggataatgtttcatgaacatcctttttttcatacacactatgtaccactcctatgtgagagtctg--aaagtgagttttttgtgtgtgtggggaccaca 42179245  T
Q  125 ttgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    | ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  42179246 tggacacatgtcacaattgtgcatgggtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 42179319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 24 - 200
Target Start/End: Original strand, 22364469 - 22364645
Alignment:
Q  24 aaggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcac 123  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||||||||||| | || | ||||||| | || |||||||||||||||||  ||| | |||    
T  22364469 aaggataatgtttcatgaacacccttttctccatacatattatgtaccactcccatgtgagagtgtataaaagtgagtttcttgtgtgttaggggaccac 22364568  T
Q  124 attgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcat 200  Q
    || ||||| | | |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||||||    
T  22364569 atggacacatatcacaattgtatatgggtgtataagtggtatatgccacctaagttgatttatgtatcactactcat 22364645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 107 - 201
Target Start/End: Original strand, 5817471 - 5817565
Alignment:
Q  107 gtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcata 201  Q
    ||||||||||| | ||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5817471 gtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcata 5817565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 93 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 51579425 - 51579323
Alignment:
Q  93 aatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatca 192  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  51579425 aatgtgagttttttgtatgtgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 51579326  T
Q  193 cta 195  Q
    |||    
T  51579325 cta 51579323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 83 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 20107226 - 20107108
Alignment:
Q  83 agagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatggg-tgtataagtggtacatgccacctaagatgg 181  Q
    |||||||||||||| |||||| || || | ||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  20107226 agagtgtgtgaatgcgagttttttatgcgcgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtgtgcggggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtgg 20107127  T
Q  182 tctatgtatcactactcat 200  Q
    |||||||||||||||||||    
T  20107126 tctatgtatcactactcat 20107108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 105 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 17044095 - 17043999
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcatat 202  Q
    ||||||||| ||||| ||||  ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17044095 ttgtgtgtg-gggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcatat 17043999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 93 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 51579686 - 51579580
Alignment:
Q  93 aatgtgagtttctt-gtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatc 191  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  51579686 aatgtgagtttttttgtatgtgtgggaatcacatggacacatgtcacaattgtatttgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtct-tgtatc 51579588  T
Q  192 actactca 199  Q
    ||||||||    
T  51579587 actactca 51579580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 128 - 198
Target Start/End: Original strand, 45996006 - 45996076
Alignment:
Q  128 acacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45996006 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 45996076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 105 - 198
Target Start/End: Original strand, 37605780 - 37605873
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    ||||||||| ||| | ||||  ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37605780 ttgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 37605873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 105 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 55281301 - 55281208
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    ||||||||| ||| | ||||  ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  55281301 ttgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 55281208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 105 - 197
Target Start/End: Original strand, 25164560 - 25164652
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 197  Q
    |||||||||  |||| ||||  ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25164560 ttgtgtgtggaggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 25164652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 106 - 198
Target Start/End: Original strand, 32525112 - 32525204
Alignment:
Q  106 tgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    |||||||||| | | ||||| ||||| | | |||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32525112 tgtgtgtgtgtggaacacatagacacatatcacaattgtgtgtggatgtataagtggtatatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 32525204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 108 - 199
Target Start/End: Original strand, 24059225 - 24059316
Alignment:
Q  108 tgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 199  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||| | |||||||| || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  24059225 tgtgtgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactca 24059316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 127 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 43749163 - 43749092
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    ||||||||| | |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43749163 gacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 43749092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 149 - 200
Target Start/End: Original strand, 39631271 - 39631322
Alignment:
Q  149 gggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcat 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39631271 gggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcat 39631322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 198
Target Start/End: Original strand, 25783988 - 25784090
Alignment:
Q  96 gtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcacta 195  Q
    |||||||| |||||| |||||| |  ||||  | || ||| |||||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25783988 gtgagttttttgtgtatgtggggactacatgaatacatgtcacaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaagatgatctatgtatcacta 25784087  T
Q  196 ctc 198  Q
    |||    
T  25784088 ctc 25784090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 93 - 192
Target Start/End: Original strand, 26719980 - 26720077
Alignment:
Q  93 aatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatca 192  Q
    |||||||||||  |||| ||||||| | ||||  ||||| |||||||||||  | |||||||| |||||||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  26719980 aatgtgagttt--tgtgcgtgtggggaccacaaagacacatgttacaattgaatgtgggtgtagaagtggtacacgccacctaaggtggtttatgtatca 26720077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 105 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 41277308 - 41277220
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcac 193  Q
    ||||||||||||| | |||||  |||| ||| |||||||| | |||||||| | |||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  41277308 ttgtgtgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaggtggtacatgtcacctaaggtgatctatgtatcac 41277220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 3287143 - 3287087
Alignment:
Q  139 aattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcacta 195  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  3287143 aattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccatctaaggtggtttatgtatcacta 3287087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 76
Target Start/End: Original strand, 14149958 - 14150010
Alignment:
Q  24 aaggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttc 76  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  |||||||||||    
T  14149958 aaggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttc 14150010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 26 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 48525508 - 48525445
Alignment:
Q  26 ggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgt 89  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  ||||||||||| || | |||||||    
T  48525508 ggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgt 48525445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 74
Target Start/End: Original strand, 14786734 - 14786784
Alignment:
Q  24 aaggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccact 74  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||  | |||||||| |||||||||||    
T  14786734 aaggataatgtttcatggacaccatttttttcatacacattatgtaccact 14786784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 148 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 36851277 - 36851231
Alignment:
Q  148 tgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcact 194  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  36851277 tgggtgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgcatcact 36851231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 24 - 73
Target Start/End: Original strand, 9118513 - 9118562
Alignment:
Q  24 aaggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccac 73  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| || |||||||||    
T  9118513 aaggataatatttcatgaacaccctttcctccatacatacaatgtaccac 9118562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 99 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 48525425 - 48525328
Alignment:
Q  99 agtttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 196  Q
    |||||||| ||||||| || | |||||  |||| ||| |||||| | | ||| |||| |||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  48525425 agtttcttatgtgtgtagggaacacatgaacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatcactac 48525328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 113; Significance: 3e-57; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 24 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 31741217 - 31741029
Alignment:
Q  24 aaggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcac 123  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||  || ||||||||||||||||||| | || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||    
T  31741217 aaggataatgtttcatgaacatccttttttctatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggagcac 31741118  T
Q  124 attgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcatataagaaatgct 212  Q
    || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  31741117 atagacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactcatatgaaaaatgct 31741029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 105 - 199
Target Start/End: Original strand, 46576331 - 46576425
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 199  Q
    ||||||||| ||||| ||||  ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  46576331 ttgtgtgtgggggaaccacaaggacacttgttaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 46576425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 93 - 201
Target Start/End: Original strand, 38754973 - 38755080
Alignment:
Q  93 aatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatca 192  Q
    ||||||||||| || |||||||||| ||||||| ||||| ||| | |||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38754973 aatgtgagtttttt-tgtgtgtggggatcacatggacacatgtcataattatgtatgggtgttcaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 38755071  T
Q  193 ctactcata 201  Q
     ||||||||    
T  38755072 ttactcata 38755080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 26 - 196
Target Start/End: Original strand, 42974395 - 42974558
Alignment:
Q  26 ggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacat 125  Q
    ||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||  ||||| ||| | || |||||||||||||      |||| ||||||||||||| | || ||    
T  42974395 ggataatgtttcatgaacacctttgtttccatacacacattgtac-actcccatgtaagagtgtgtga------gttttttgtgtgtgtggggaccatat 42974487  T
Q  126 tgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 196  Q
      |||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  42974488 gaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 42974558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 24 - 196
Target Start/End: Original strand, 38349457 - 38349639
Alignment:
Q  24 aaggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtgtg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  ||||||||||| || | ||||||| |||  |          |||||||||| ||||||    
T  38349457 aaggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttatgtgtg 38349556  T
Q  114 tgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 196  Q
    | || | ||||| ||||| ||| |||||| | | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38349557 tagggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaagatggtttatgtatcactac 38349639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 97 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 28713778 - 28713679
Alignment:
Q  97 tgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 196  Q
    |||||||||| ||||||| || | ||||| ||||| ||| |||||| | | |||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  28713778 tgagtttcttatgtgtgtagggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 28713679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 33496592 - 33496498
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 199  Q
    ||||||||| ||| ||||||  ||||||||| | |||| | | |||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  33496592 ttgtgtgtggggggatcacaaagacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatccctactca 33496498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 108 - 198
Target Start/End: Original strand, 47480105 - 47480194
Alignment:
Q  108 tgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    |||||||||||| || || ||||| ||| |||||||| | |||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  47480105 tgtgtgtgggaaccatatggacacatgtcacaattgtat-tgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 47480194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 48460730 - 48460658
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 199  Q
    ||||||||| | |||||| | ||| |||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48460730 gacacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 48460658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 196
Target Start/End: Original strand, 37536396 - 37536495
Alignment:
Q  97 tgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 196  Q
    |||||||||||||||||| || | | ||| ||||| ||| |||||| | | |||||||| | ||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  37536396 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccgcatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacatgtgatatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 37536495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 130 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 52006 - 51938
Alignment:
Q  130 acttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    |||||||| |||||| ||| | |||| || | |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52006 acttgttaaaattgtatatagatgtacaaatagtacataccacctaaggtggtctatgtatcactactc 51938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 96 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 11752699 - 11752604
Alignment:
Q  96 gtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatc 191  Q
    |||||||| || |||||||||| | ||| |  |||| ||| |||||| | | | |||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11752699 gtgagttttttatgtgtgtggggaccacgtgaacacatgtcacaattatatgtaggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatc 11752604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 28 - 75
Target Start/End: Original strand, 37536317 - 37536364
Alignment:
Q  28 ataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccactt 75  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||    
T  37536317 ataatgtttcatgaacaccattttctctatacacacattgtaccactt 37536364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 53 - 103
Target Start/End: Original strand, 6220190 - 6220240
Alignment:
Q  53 tccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagttt 103  Q
    ||||||||||||||||||||||   || | |||||||||||||||||||||    
T  6220190 tccatacacactatgtaccactctcatgtgagagtgtgtgaatgtgagttt 6220240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 159 - 201
Target Start/End: Original strand, 30922853 - 30922895
Alignment:
Q  159 gtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcata 201  Q
    ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  30922853 gtggtacataccacctaaggtgatctatgtatcactactcata 30922895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 24 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 43359156 - 43359111
Alignment:
Q  24 aaggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgta 69  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||    
T  43359156 aaggataatgtttcattgacaccattttctccatacacacaatgta 43359111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 111; Significance: 4e-56; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 24 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 23916146 - 23915972
Alignment:
Q  24 aaggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcac 123  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| | || | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||    
T  23916146 aaggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccac 23916047  T
Q  124 attgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  23916046 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtgatctatgtatcactactc 23915972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 105 - 200
Target Start/End: Original strand, 14314075 - 14314170
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcat 200  Q
    ||||||||| ||||| ||||  ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14314075 ttgtgtgtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcat 14314170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 128 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 9045903 - 9045833
Alignment:
Q  128 acacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9045903 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 9045833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 127 - 198
Target Start/End: Original strand, 34792762 - 34792833
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    ||||||||| | |||| | | |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34792762 gacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 34792833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 105 - 195
Target Start/End: Original strand, 1244645 - 1244735
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcacta 195  Q
    ||||||||| ||| | ||||  ||||||||  | |||||||| ||| |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  1244645 ttgtgtgtggggggaccacaaggacacttgccaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcacta 1244735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 142 - 200
Target Start/End: Original strand, 9521943 - 9522001
Alignment:
Q  142 tgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcat 200  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  9521943 tgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtgatctatgtattactactcat 9522001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 148 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 16718040 - 16717991
Alignment:
Q  148 tgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 197  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  16718040 tgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 16717991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 127 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 29429655 - 29429590
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatca 192  Q
    ||||| ||| |||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||    
T  29429655 gacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtagtctgtgtatca 29429590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 12748303 - 12748217
Alignment:
Q  106 tgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatca 192  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||  ||| |||||| | | |||||||| |||||||| |||||||||||  |||| |||||||||    
T  12748303 tgtgtgtgtaggaaccacatggacagatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatca 12748217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 16718179 - 16718129
Alignment:
Q  26 ggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttc 76  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  |||||||||||    
T  16718179 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttc 16718129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 111; Significance: 4e-56; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 24 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 15285503 - 15285329
Alignment:
Q  24 aaggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcac 123  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| | || | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||    
T  15285503 aaggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccac 15285404  T
Q  124 attgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    || ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  15285403 atggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 15285329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 29 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 35906163 - 35905994
Alignment:
Q  29 taatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattga 128  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||   || | ||||||||| || ||||||||||||||||||| || |  |||| ||    
T  35906163 taatgtttcatgaacacccttttctccatacatactatgtaccactctcatgtgagagtgtgtaaaagtgagtttcttgtgtgtgtagggactacatgga 35906064  T
Q  129 cacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    ||| ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  35906063 cacatgtcacaattgtatatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 35905994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 199 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 43258104 - 43258048
Alignment:
Q  199 atataagaaatgctatttagagcagattatacaatatcgtgagcgtttcacgaaata 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43258104 atataagaaatgctatttagagcagattatacaatatcgtgagcgtttcacgaaata 43258048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 105 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 13988340 - 13988247
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    ||||||||| ||| | ||||  ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13988340 ttgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 13988247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 127 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 36890448 - 36890377
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36890448 gacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 36890377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 97 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 33687748 - 33687644
Alignment:
Q  97 tgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 196  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||| ||||| ||| |||||| | ||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  33687748 tgagtttcttgtgtgtgtagagatcacatggacacatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 33687649  T
Q  197 tcata 201  Q
     ||||    
T  33687648 ccata 33687644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 101 - 196
Target Start/End: Original strand, 43100293 - 43100388
Alignment:
Q  101 tttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 196  Q
    |||||||||||||| |  | ||||| ||||| ||| |||||| | | |||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||    
T  43100293 tttcttgtgtgtgtagagaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatataccacctaagatggtttatgtatcactac 43100388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 12248457 - 12248275
Alignment:
Q  24 aaggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtg----------aatgtgagtttcttgtgtgtg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  ||||||||||| || | | ||||| ||          ||  ||||||||||||| |||    
T  12248457 aaggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgcgtg 12248358  T
Q  114 tgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 196  Q
    | || | ||||| ||||| ||| |||||| | | ||| |||| |||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||    
T  12248357 tagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatcactac 12248275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 176
Target Start/End: Original strand, 1447841 - 1447907
Alignment:
Q  110 tgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaa 176  Q
    ||||||||||  |||| ||||  ||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1447841 tgtgtgggaactacatggacatatgtcacaattgtgcgtggatgtataagtggtacatgccacctaa 1447907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 11247285 - 11247191
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 199  Q
    ||||||||  ||| ||||||  |||| |||| | |||||||| ||| |||| |||| ||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  11247285 ttgtgtgtagggggatcacaaagacatttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtagtatatgccatctaaggtagtctatgtatcactactca 11247191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 26 - 75
Target Start/End: Original strand, 43100208 - 43100257
Alignment:
Q  26 ggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccactt 75  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  ||||||||||    
T  43100208 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccactt 43100257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 25 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 8076438 - 8076374
Alignment:
Q  25 aggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgt 89  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||  ||||||||||| || | |||||||    
T  8076438 aggataatgtttcatgaacacccttttctctatacatacattgtaccacttccatgtgagagtgt 8076374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 109; Significance: 6e-55; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 26 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 3121782 - 3121610
Alignment:
Q  26 ggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacat 125  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| | || | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||    
T  3121782 ggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccacat 3121683  T
Q  126 tgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
     ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  3121682 ggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 3121610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 29 - 198
Target Start/End: Original strand, 24475714 - 24475883
Alignment:
Q  29 taatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattga 128  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |  | ||||||||| || |||||||||||||||||||||| |  |||| ||    
T  24475714 taatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccacgtgagagtgtgtaaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggactacatgga 24475813  T
Q  129 cacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  24475814 cacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 24475883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 25 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 33300154 - 33299979
Alignment:
Q  25 aggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtg--tgtgggaatca 122  Q
    |||||||||||||||||||||| | | || |||||||||||||||||||| | || | |||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| | ||    
T  33300154 aggataatgtttcatgaacaccgtattcttcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtgtggggacca 33300055  T
Q  123 cattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    |||  |||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  33300054 catgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtataaatggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcactactc 33299979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 24 - 199
Target Start/End: Original strand, 14945734 - 14945919
Alignment:
Q  24 aaggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgt----------gtg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||||||||| |||| | |||||| |||||||||||||| || | |          |||    
T  14945734 aaggataatgtttcatgaacacccttttcttcatacacattatgtaccactcctatgtgagagtgcgtgaatgtgagttttttttttttttttttttgtg 14945833  T
Q  114 tgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 199  Q
    |||| | || ||  |||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14945834 tggggaccaaataaacacatgttacatttgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 14945919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 94 - 198
Target Start/End: Original strand, 36709269 - 36709373
Alignment:
Q  94 atgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcac 193  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| | |||| ||||| |||| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  36709269 atgtgagttttttgtgtgtggggggaccacaatgacatttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacataccacctaagatggtctatgtatcag 36709368  T
Q  194 tactc 198  Q
    |||||    
T  36709369 tactc 36709373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 105 - 195
Target Start/End: Original strand, 36272750 - 36272840
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcacta 195  Q
    ||||||||||||| | ||||  ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36272750 ttgtgtgtgtggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 36272840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 105 - 197
Target Start/End: Original strand, 13697054 - 13697146
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 197  Q
    ||||||||| ||||| ||||  ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13697054 ttgtgtgtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 13697146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 128 - 198
Target Start/End: Original strand, 14242627 - 14242697
Alignment:
Q  128 acacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14242627 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaggtggtacataccacctaagatggtctatgtatcactactc 14242697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 127 - 198
Target Start/End: Original strand, 32599359 - 32599430
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    ||||||||| | |||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32599359 gacacttgtcaaaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 32599430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 93 - 198
Target Start/End: Original strand, 23860240 - 23860346
Alignment:
Q  93 aatgtgagtttctt-gtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatc 191  Q
    ||||||||||| || ||||||| ||| ||||||   |||||||| | ||| |||| || || || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23860240 aatgtgagtttttttgtgtgtggggggatcacaagaacacttgtcaaaatagtgtgtgagtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatc 23860339  T
Q  192 actactc 198  Q
    |||||||    
T  23860340 actactc 23860346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 40095356 - 40095262
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 199  Q
    ||||||||| ||| | |||| |||||||||| | |||||| | ||| |||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||    
T  40095356 ttgtgtgtggggggaccacaatgacacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaagtggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcactactca 40095262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 105 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 5563029 - 5562934
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcat 200  Q
    ||||||||||||  | ||||| ||||| ||| | |||| | ||||  ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  5563029 ttgtgtgtgtggagaccacatcgacacatgtcaaaattatatatgaatgtataaatggtacatgccacctaaaatagtctatgtatcactactcat 5562934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 108 - 198
Target Start/End: Original strand, 33555455 - 33555545
Alignment:
Q  108 tgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    |||||| ||| | |||| |||||||||| | |||||||| |  ||||| |||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||    
T  33555455 tgtgtggggggaccacaatgacacttgtcaaaattgtgtgtaagtgtacaagtggtacatgccacttaaggtgatctatgtatcactactc 33555545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 94 - 197
Target Start/End: Original strand, 42061307 - 42061412
Alignment:
Q  94 atgtgagtttcttgtgtgtgtggga--atcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatc 191  Q
    |||||||||| |||||||||||||   | ||||  ||||||||| | |||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||  || ||||||||||    
T  42061307 atgtgagttttttgtgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacccaaagtgctctatgtatc 42061406  T
Q  192 actact 197  Q
    ||||||    
T  42061407 actact 42061412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 120 - 198
Target Start/End: Original strand, 4434694 - 4434772
Alignment:
Q  120 tcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    |||||| ||||| ||| ||||| |||| |||  ||| |||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  4434694 tcacatggacacatgtcacaatagtgtgtggaagtacaagtggtacatgccacataaggtggtctatatatcactactc 4434772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 40216592 - 40216528
Alignment:
Q  25 aggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgt 89  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  ||||||||||| || | |||||||    
T  40216592 aggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgt 40216528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 105 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 17823672 - 17823579
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    ||||||||| ||| | ||||  ||||||| | | |||||| | |||||||| ||||| ||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  17823672 ttgtgtgtggggggaccacaaggacacttatcaaaattgtatgtgggtgtacaagtgatacataccatctaaggtggtttatgtatcactactc 17823579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 72; Significance: 8e-33; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 25 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 23004938 - 23004757
Alignment:
Q  25 aggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaa----------tgtgagtttcttgtgtgtgt 114  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||          ||||||||| || |||||||    
T  23004938 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgcaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgtgtgaatgtgagttt-ttatgtgtgt 23004840  T
Q  115 gggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 197  Q
    ||| | |||||  | || ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23004839 ggggaccacatgaatacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 23004757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 105 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 38247891 - 38247801
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcacta 195  Q
    ||||||||| ||||| ||||  ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38247891 ttgtgtgtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 38247801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 127 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 50989274 - 50989203
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  50989274 gacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 50989203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 127 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 51092406 - 51092335
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  51092406 gacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 51092335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 101 - 197
Target Start/End: Original strand, 12224088 - 12224184
Alignment:
Q  101 tttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 197  Q
    ||||||||||||| ||| | ||||  ||||||||| | |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  12224088 tttcttgtgtgtgaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 12224184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 93 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 33288238 - 33288136
Alignment:
Q  93 aatgtgagtttctt-gtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatc 191  Q
    ||||||||||| || ||||||||| | | ||||| ||||| | | |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  33288238 aatgtgagtttttttgtgtgtgtgaggaccacatagacacatatcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatc 33288139  T
Q  192 act 194  Q
    |||    
T  33288138 act 33288136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 127 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 9271181 - 9271110
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    ||||||||| | |||| ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  9271181 gacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 9271110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 8496777 - 8496705
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 199  Q
    ||||||||| | |||||| | |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  8496777 gacacttgtcaaaattgtatgtgggtggacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaatactca 8496705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 137 - 198
Target Start/End: Original strand, 8330713 - 8330774
Alignment:
Q  137 acaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  8330713 acaattgtgtgtgaatgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 8330774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 103
Target Start/End: Original strand, 44092433 - 44092510
Alignment:
Q  26 ggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtgaatgtgagttt 103  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||  |||| |||||||||||||   || |||||||||||||||| ||||||    
T  44092433 ggataatgtttcatgaacacccttttctctctacaaactatgtaccactctcatgtaagagtgtgtgaatgagagttt 44092510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 200
Target Start/End: Original strand, 48034920 - 48034993
Alignment:
Q  127 gacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcat 200  Q
    ||||||||| | |||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||| |||| |||||||||| ||||||    
T  48034920 gacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtttatgtatcaccactcat 48034993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 92 - 192
Target Start/End: Original strand, 39947233 - 39947333
Alignment:
Q  92 gaatgtgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatc 191  Q
    |||||||||||| ||  |||||||   ||||||| ||||| | | |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||    
T  39947233 gaatgtgagtttttttggtgtgtgaagatcacatggacacatatcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgtcacttaaggtggtctatatatc 39947332  T
Q  192 a 192  Q
    |    
T  39947333 a 39947333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 25 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 46135708 - 46135640
Alignment:
Q  25 aggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccacttctatataagagtgtgtga 93  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||  |||| | |||||||||||    
T  46135708 aggataatgtttcatgaacatcattttctccatacacacattgtaccacccctatgtgagagtgtgtga 46135640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 196
Target Start/End: Original strand, 36674600 - 36674699
Alignment:
Q  97 tgagtttcttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 196  Q
    |||||||||| ||||||| |  ||||||| ||||| ||| |||||| | | || ||||| |||||||| ||| |||||||| |||| |||||||||||||    
T  36674600 tgagtttcttatgtgtgtagtgatcacatggacacatgtcacaattatatgtgagtgtacaagtggtatatgtcacctaaggtggtttatgtatcactac 36674699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 148 - 198
Target Start/End: Original strand, 29915091 - 29915141
Alignment:
Q  148 tgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  29915091 tgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactc 29915141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 148 - 198
Target Start/End: Original strand, 29964244 - 29964294
Alignment:
Q  148 tgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 198  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  29964244 tgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactc 29964294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 105 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 54713617 - 54713532
Alignment:
Q  105 ttgtgtgtgtgggaatcacattgacacttgttacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtat 190  Q
    |||| |||||||| || |||| ||||| ||| | |||| ||| ||| |||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  54713617 ttgtatgtgtggggattacatggacacatgtcataattatgtgtggatgttcaagtggtacatgccacctaacgtggtctatgtat 54713532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 52996 - 52946
Alignment:
Q  24 aaggataatgtttcatgaacaccatttactccatacacactatgtaccact 74  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||  | |||||||| |||||||||||    
T  52996 aaggataatgtttcatggacaccatttttttcatacacattatgtaccact 52946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University