View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5569-Insertion-1 (Length: 1140)

Name: NF5569-Insertion-1
Description: NF5569
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5569-Insertion-1
NF5569-Insertion-1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-1115)||(32782584-32783703)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (8-1005)||(49352685-49353685)
chr4 (203-1083)||(49341225-49342118)
chr4 (633-992)||(19030658-19031019)
chr4 (8-145)||(19031032-19031169)
chr4 (8-101)||(49342162-49342255)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (349-860)||(29601561-29602072)
chr7 (165-866)||(29744183-29744880)
chr7 (342-860)||(29751222-29751740)
chr7 (51-110)||(29751969-29752028)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (417-920)||(35158282-35158783)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 940; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 940; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1115
Target Start/End: Original strand, 32782584 - 32783703
Alignment:
Q  8 aggaagctcatcaatattttcacagtcaacaattgccaaggtctgtaatgtatccgcacattcttgcaaccatttaggaatactcacaagttgtggcaaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32782584 aggaagctcatcaatattttcacagtcaacaattgccaaggtctgtaatgtatccgcacattcttgcaaccatttaggaatactcacaagttgtggcaaa 32782683  T
Q  108 gatcgaagagttagcaacttcagcttaaactttgggatttggttgtcattgtggaatgacaatttcaacttatggcaattagtaatgaacaaccactcta 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32782684 gatcgaagagttagcaacttcagcttaaactttgggatttggttgtcattgtggaatgacaatttcaacttatggcaattagtaatgaacaaccactcta 32782783  T
Q  208 agttgggaataacatgaagtggcatagactttagattcccacaagaatgtatatacagtgacttcagattagaaagttgtattccttcaaacagcaaggt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32782784 agttgggaataacatgaagtggcatagactttagattcccacaagaatgtatatacagtgacttcagattagaaagttgtattccttcaaacagcaaggt 32782883  T
Q  308 ctctagattgtcacaacatttgacatcaaacatttctaaagaagtcaactttgcaatctctttttctggtaaagtatattgctttgtagttatgactagc 407  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32782884 ctctagattgtcacaatatgtgacatcaaacctttctaaagaagtcaactttgcaatctctttttctggtaaagtatattgctttgtagttatgactagc 32782983  T
Q  408 tgccgaaggctgatcaaatttcctattccattgggtaatgtttgaagctctatgcatccatcgagatccaaagtatgcagattctggagtttgcacagtg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32782984 tgccgaaggctgatcaaatttcctattccattgggtaatgtttgaagctctatgcatccatcgagatccaaagtatgcagattctggagtttgcacagtg 32783083  T
Q  508 aattagggaggctcttcaattctttactattcttaagattgagatatctcaaatgttttaatttgccaatagagcggggcaaactctcatatgtagaatc 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32783084 aattagggaggctcttcaattctttactattcttaagattgagatatctcaaatgttttaatttgccaatagagcggggcaaactctcatatttagaatc 32783183  T
Q  608 agttaactgtaaaacccgtaagaatttgcaccttgacgccaaagtttttaagaaagcttcattgttggcttcctcaggaaatagcatagttctcagacca 707  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32783184 agctaactgtaaaagccgtaagaatttgcaccttgacgccaaagtttttaaaaaagctttatcgttggcttcctcaggaaatagcatagttctcagacca 32783283  T
Q  708 gtaggaactggtgttacgccaagcaaatcatttttaataaatgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaatttcatcaattgaaact 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  32783284 gtaggaactggtgttacgccaagcaaatcatttttaataaatgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaattcaatcaattgaaact 32783383  T
Q  808 catctcttgcaacatacaatgcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatgtac-aataccaccaccaaagtctataaaatcttgaagaaatgatct 906  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32783384 catctcttgcaacatacactgcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatgtacaaataccaccaccaaagtctacaaaatcttgaagaaatgatct 32783483  T
Q  907 tgaccaaagctcttgcagtaactgaatgctagtaccttccaagg-tttacccctgtttggtggcagaagaacaccaagcgcctccc-aagcacgctaaca 1004  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||||||    
T  32783484 tgaccaaagctcttgcagtaactgaatgctagtaccttccaaggttttacccctgtttggtggcagaagaacaccaagcacctcccaaagcatcctaaca 32783583  T
Q  1005 tccatattagtaaatataaagtcc-tttgaaagagaggagaagca--gcaaacatcg-tttaaataagaaggt-actgatcat-actaa---tgatagca 1095  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||    |||||||| ||||||||||||||| ||||||| | ||| |   ||||||||    
T  32783584 tccatattagtaaatgtaaagtccttttgaaagag-ggagaagcaagtaaaacatcgttttaaataagaaggtaactgatcgtaacttaatttgatagca 32783682  T
Q  1096 ggc-aaatgtcatcttctttt 1115  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  32783683 ggcaaaatgtcatcttctttt 32783703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 549; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 549; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1005
Target Start/End: Complemental strand, 49353685 - 49352685
Alignment:
Q  8 aggaagctcatcaatattttcacagtcaacaattgccaaggtctgtaatgtatccgcacattcttgcaaccatttaggaatactcacaagttgtggcaaa 107  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||| | |||||| || |||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  49353685 aggaagctcatcaagattttcacagccatcaattaccaaggtgtttaatgtgtcggcacatcctttcaaccattcaggaaaactcacaagttgtggcaaa 49353586  T
Q  108 gatcgaagagttagcaacttcagcttaaactttgggatttggttgtcattgtggaatgacaatttcaacttatggcaattagtaatgaacaaccactcta 207  Q
    |||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49353585 gattcaagacttagcaacttcagctttaactttgggatttggttctcattgtgaaatgaaaatttcaacttatggcaattagtaatgaacaaccactcta 49353486  T
Q  208 agttgggaataacatgaagtggcatagactttagattcccacaagaatgtatatacagtgacttcagattagaaagttgtattccttcaaacagcaaggt 307  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||  ||   |||| || |||||||||||||| ||||||| || ||| ||    
T  49353485 agttgggaataacgtgaagtggcatagactttagatttccacaagaagaaatacccaaccactttaggttagaaagttgtatcccttcaagcaacaacgt 49353386  T
Q  308 ctctagattgtcacaacatttgacatcaaacatttctaaagaagtcaactttgcaatctctttttctggtaaagtatattgctttgtagttatgactagc 407  Q
    |||||||||||||||| | ||||||   || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49353385 ctctagattgtcacaagaattgacagataaaatttctaaacaagtcaactttgcaatctctttttctggtaaagtatattgctttgtagttatgattagc 49353286  T
Q  408 tgccgaaggctgatcaaatttcctattccattgggtaatgtttgaagctctatgcatccatcgagatccaaagtatgcagattctggagtttgcacagtg 507  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||| ||| | |||||| |  ||||||||||||||||||| ||    
T  49353285 tgccgaaggcttatcaaatttcctattccattgggtaattttttaagctttatgcaaccattgagtttcaaagtgtatagattctggagtttgcacaatg 49353186  T
Q  508 aattagggaggctcttcaattctttactattcttaagattgagatatctcaaatgttttaatttgccaatagagcggggcaaactctcatatgtagaatc 607  Q
    | | ||| ||||||||||||||||| || ||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  49353185 agtcaggaaggctcttcaattctttgctttttccaagattgagatatcttaaatgttttaatttgccaatagagcggggcaaactctcgtatgtagaatc 49353086  T
Q  608 agttaactgtaaaacccgtaagaatttgcaccttgacgccaaagtttttaagaaagcttcattgttggcttcctcaggaaatagcatagttctcagacca 707  Q
    || |||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||  |||||||| |||    
T  49353085 aggtaactgtaaaacacgcaagaatttgcaccttgacaccaaagttttcaagaaagcttcattgttggctcccttaggaaatatcaaggttctcaggcca 49352986  T
Q  708 gtaggaactggtgttacgccaagcaaatcatttttaataaatgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaatttcatcaattgaaact 807  Q
    |||||||| || |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  49352985 gtaggaaccggcgttaggccaagcaaatcatttttaagaaatgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaatttcaacaattgaaact 49352886  T
Q  808 catctcttgcaacatacaatgcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatgtac-aataccaccaccaaagtctataaaatcttgaagaaatgatct 906  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||   || || |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  49352885 catctcttgcaacatacaatgaaagatcatgcaccaaatcatgcaatttaaaaccacaaaaaccaccaccaaagtctctaaaattttgaagaaatgatct 49352786  T
Q  907 tgaccaaagctcttgcagtaactgaatgctagtaccttccaagg-tttacccctgtttggtggcagaagaacaccaagcgcctccca-agcacgctaaca 1004  Q
     |||  |||||| | ||  ||||||||| |  || ||||||||| |||||||||  |||||||| |||||| |||||| ||| |||| ||||| ||||||    
T  49352785 agactgaagctcgtacacaaactgaatgttcatatcttccaaggttttacccctacttggtggcggaagaaaaccaagtgccacccatagcacactaaca 49352686  T
Q  1005 t 1005  Q
    |    
T  49352685 t 49352685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 203 - 1083
Target Start/End: Complemental strand, 49342118 - 49341225
Alignment:
Q  203 ctctaagttgggaataacatgaagtggc---atagactttagattcccacaagaatgtatatacagtgacttcagattagaaagttgtat----tccttc 295  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||   |||||||||||| |||||||||||   || | ||   |||| |||||||||||||||||    ||||||    
T  49342118 ctctaagttgggaaaaacatgaattggcggcatagactttagactcccacaagaaccaatctccaacaacttaagattagaaagttgtatgtattccttc 49342019  T
Q  296 aaacagcaaggtctctagattgtcacaacatttgac--atcaaacatttctaaagaagtcaactttgcaatctctttttctggtaaagtatattgctttg 393  Q
    ||  | ||| | |||||||||||||||| ||  |||  || ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| | ||    
T  49342018 aagaaacaaagcctctagattgtcacaagatacgacggat-aaacatt-ctaaagatgacaactttgcaatctctttgtctgggaaagtagattgatgtg 49341921  T
Q  394 tagttatgactagctgccgaaggctgatcaaatttcctattccattgggtaatgtttgaagctctatgcatccatcgagatccaaagtatgcagattctg 493  Q
    |||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  49341920 tagttatatagagctgccgaaggctgatcaaatttcctattccattgggtaatgtttgaagctttatgcaaccatcgagatc-aaagtatgcagattctg 49341822  T
Q  494 gagtttgcacagtgaattagggaggctcttcaattctttactattcttaagattgagatatctcaaatgttttaatttgccaatagagcggggcaaactc 593  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||    
T  49341821 gagtttgcacactgaattagggaggctcttcaattctttattattctcaagattgagatatcttaaatgttttaattttcaaatagagcggggaaaactc 49341722  T
Q  594 tcatatgtagaatcagttaactgtaaaacccgtaagaatttgcaccttgacgccaaagtttttaagaaagcttcattgttggcttcctcaggaaatagca 693  Q
    |||||| |||||| || |||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||    
T  49341721 tcatatttagaatgagctaaccgtaaaacacgcaagaatttgaaccttgacgccaatgttttcaagaaagcttcattgttagctcccttgggaaatagca 49341622  T
Q  694 tagttctcagaccagtaggaactggtgttacgccaagcaaatcatttttaataaatgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaattt 793  Q
    | ||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  49341621 tggttctcagacctgtaggaactcgtgttaggccaagcaaatcatttttaataaatgacaaatgaaggacattctcgaatatattttcatcatgaaattt 49341522  T
Q  794 catcaattgaaactcatctcttgcaacatacaatgcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatgtac-aataccaccaccaaagtctataaaatct 892  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||||||||||| |||||||    
T  49341521 caacaattgaaactcatctcttgcaacatacaatgagagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatccacaaaaaccaccaccaaagtctacaaaatct 49341422  T
Q  893 tgaagaaatgatcttgaccaaagctcttgcagtaactgaatgctagtaccttccaagg-tttacccctgtttggtggcagaagaacaccaagcgcctccc 991  Q
    |||| ||||||||| |||  ||| || | ||| |||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||| |||||  ||| |||    
T  49341421 tgaataaatgatctagactgaaggtcgtacagaaactgaatgctaatatcttccaaggttttacccatgtttggtggtggaagaaaaccaaatgccaccc 49341322  T
Q  992 a-agcacgctaacatccatattagtaaatataaagt-cctttgaaagagaggagaagc-agc-aaacatcg-tttaaataagaaggt-actgatcata 1083  Q
    | ||||| |||||||| | |||| |||||  ||||| | ||| ||||||| ||||||| ||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||    
T  49341321 atagcacactaacatcaaaattaataaatggaaagtacttttcaaagaga-gagaagcaagcaaaacattgttttaaataagaaggtaactgatcata 49341225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 633 - 992
Target Start/End: Complemental strand, 19031019 - 19030658
Alignment:
Q  633 ttgcaccttgacgccaaagtttttaagaaagcttcattgttggcttcctcaggaaatagcatagttctcagaccagtaggaactggtgttacgccaagca 732  Q
    |||||||||||  ||||| | || ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  19031019 ttgcaccttgataccaaaatgttcaagaaagcttcatcgttggctcccttaggaaatatgatagttcttagaccagtaggaattggtgttttgccaagca 19030920  T
Q  733 aatcatttttaataaatgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaatttcatcaattgaaactcatctcttgcaacatacaatgcaag 832  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||   ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19030919 aatcattttcaataaatgacagatgaagaatattctctgatatattttcattatgaaatttcaacaactgaaactcatcttttgcaacatacaatgcaag 19030820  T
Q  833 atcatgcactaaatcatgcaatttaaatgtacaa-taccaccaccaaagtctataaaatcttgaagaaatgatcttgaccaaagctcttgcagtaactga 931  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||   ||||  | || |||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  19030819 atcgtgcactaaatcatgcaagttaaagtaacaacaaacatcaccaatgtcttcaaaatcttgaaggaatgatcttgaccaaagctcatgcagaaactga 19030720  T
Q  932 atgctagtaccttccaagg-tttacccctgtttggtggcagaagaacaccaagcgcctccca 992  Q
    |||||| || || |||||| |||||| ||||||||| |  |||||| |||||| ||||||||    
T  19030719 atgctaatatctaccaaggttttacctctgtttggttgtggaagaaaaccaagtgcctccca 19030658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 8 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 19031169 - 19031032
Alignment:
Q  8 aggaagctcatcaatattttcacagtcaacaattgccaaggtctgtaatgtatccgcacattcttgcaaccatttaggaatactcacaagttgtggcaaa 107  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||| |||||||| ||  || || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19031169 aggaagctcatcaagattttcacagtaaacaatttgcaaggtgtgtaatgtgtcgacagatccttgcaaccatttaggaatactcacaagttttggcaaa 19031070  T
Q  108 gatcgaagagttagcaacttcagcttaaactttgggat 145  Q
    |||  |||| ||||||||||||| || ||||| |||||    
T  19031069 gatacaagatttagcaacttcagttttaacttcgggat 19031032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 49342255 - 49342162
Alignment:
Q  8 aggaagctcatcaatattttcacagtcaacaattgccaaggtctgtaatgtatccgcacattcttgcaaccatttaggaatactcacaagttgt 101  Q
    ||||||||| || | |||||||||| || ||||| ||||||| |||||||| || |||||| ||||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  49342255 aggaagctcctctagattttcacagccatcaattaccaaggtttgtaatgtgtctgcacatccttgcaaccattgcggaaaactcacaagttgt 49342162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 349 - 860
Target Start/End: Original strand, 29601561 - 29602072
Alignment:
Q  349 aagtcaactttgcaatctctttttctggtaaagtatattgctttgtagttatgactagctgccgaaggctgatcaaatttcctattccattgggtaatgt 448  Q
    ||||||| || ||||||||||| ||||| ||| || ||||| |||| |||||   ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  29601561 aagtcaatttggcaatctctttgtctggaaaactagattgcattgtggttatatgtagttgtcgaaggctgatcaaatttcctatcccattgggtaattt 29601660  T
Q  449 ttgaagctctatgcatccatcgagatccaaagtatgcagattctggagtttgcacagtgaattagggaggctcttcaattctttactattcttaagattg 548  Q
    || ||||| || |||||| || |||  |||||| |||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |   ||||||||||    
T  29601661 ttcaagctttaagcatccctcaagaatcaaagtttgcaaattctgaagtttgcacactgaatcagggaggctcttcaattctttatttcccttaagattg 29601760  T
Q  549 agatatctcaaatgttttaatttgccaatagagcggggcaaactctcatatgtagaatcagttaactgtaaaacccgtaagaatttgcaccttgacgcca 648  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| || |||||||| |||||||| ||||    
T  29601761 agatatctcaaatgttttaatttaccaattgagcggggcaaactctcatatgtagaatgagttaaccgcaaaactcgcaagaatttacaccttgatgcca 29601860  T
Q  649 aagtttttaagaaagcttcattgttggcttcctcaggaaatagcatagttctcagaccagtaggaactggtgttacgccaagcaaatcatttttaataaa 748  Q
    || | || || |||||| |||||||||||||    ||||| || || |||||||| || |  |||| |||||||   ||||| ||||||||| || ||||    
T  29601861 aattgttcaaaaaagctacattgttggcttctaatggaaaaagtatggttctcagtcctgcgggaattggtgtttgtccaagtaaatcatttgtagtaaa 29601960  T
Q  749 tgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaatttcatcaattgaaactcatctcttgcaacatacaatgcaagatcatgcactaaatca 848  Q
    ||||| ||| || |||||||  | ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  29601961 tgacaaatggagaacattcttaattatattttcattatggagtttcagcaattgaaactcatctctggcaacatatagggcaagatcatgcactaaatca 29602060  T
Q  849 tgcaatttaaat 860  Q
    ||||||||||||    
T  29602061 tgcaatttaaat 29602072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 165 - 866
Target Start/End: Complemental strand, 29744880 - 29744183
Alignment:
Q  165 gacaatttcaacttatggcaattagtaatgaacaaccactctaagttgggaataacatgaagtggcatagactttagattcccacaagaatgtatataca 264  Q
    ||||||||||| |||| |||||||  ||| ||||| |  || ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||| ||    
T  29744880 gacaatttcaaattattgcaattatcaataaacaaactatccaagtttggaataacatgaagtggcaaagactttagattcctacaagaatcaatattca 29744781  T
Q  265 gtgacttcagattagaaagttgtattccttcaaacagcaaggtctctagattgtcacaacatttgacatcaaacatttctaaagaagtcaactttgcaat 364  Q
       | || ||||||| |||||||||| || |||   | ||   ||| | |||||||||| | | || |   || | ||||||||||||||| || |||||    
T  29744780 acaatttaagattaggaagttgtatttctccaa---gtaatcactccaaattgtcacaagaatggatagataaaaattctaaagaagtcaatttggcaat 29744684  T
Q  365 ctctttttctggtaaagtatattgctttgtagttatgactagctgccgaaggctgatcaaatttcctattccattgggtaatgtttgaagctctatgcat 464  Q
    |||||| ||||| |||  | ||||| |||  |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || || || ||||    
T  29744683 ctctttgtctggaaaatcagattgcattgcggttatatgtagctgccgaaggctgatcaaatttcctattccattgggcaatgtttcaaactttaagcat 29744584  T
Q  465 ccatcgagatccaaagtatgcagattctggagtttgcacagtgaattagggaggctcttcaattctttactattcttaagattgagatatctcaaatgtt 564  Q
    ||| |||||| |||||  |||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| | | || |||||||||||||| |||||| |    
T  29744583 ccaccgagattcaaagattgcaaattctgaagtttgcacactgaatcagggaggatcttcaattctttattgtcctgaagattgagatatcgcaaatgct 29744484  T
Q  565 ttaatttgccaatagagcggggcaaactctcatatgtagaatcagttaactgtaaaacccgtaagaatttgcaccttgacgccaaagtttttaagaaagc 664  Q
    |||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| || ||||||||  ||||||| |||||| | || ||||||||    
T  29744483 ttaatttatcaattgagcggggtaaactctcatatttagaattagttaactgcaaaactcgcaagaatttaaaccttgatgccaaattgttcaagaaagc 29744384  T
Q  665 ttcattgttggcttcctcaggaaatagcatagttctcagaccagtaggaactggtgttacgccaagcaaatcatttttaataaatgacagatgaaggaca 764  Q
    |  |||||||| ||  |  ||||| || || |||||||  ||||| |||| || ||||   ||||||||||||||| || ||||||||| ||| || |||    
T  29744383 tatattgttggatt-ttatggaaaaagtatggttctcaatccagtgggaattgatgtttgtccaagcaaatcatttgtagtaaatgacaaatggagaaca 29744285  T
Q  765 ttctcgagtatattttcattatgaaatttcatcaattgaaactcatctcttgcaacatacaatgcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatgtac 864  Q
    ||||| | ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  29744284 ttctcaattatattttcattatggaattttaacaattgaaactaatctcttgcaacatatagggcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatgcac 29744185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 342 - 860
Target Start/End: Complemental strand, 29751740 - 29751222
Alignment:
Q  342 tctaaagaagtcaactttgcaatctctttttctggtaaagtatattgctttgtagttatgactagctgccgaaggctgatcaaatttcctattccattgg 441  Q
    |||| ||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| || ||||| |||| |||||   ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29751740 tctagagaagtcaatttggcaatctctttgtctggaaaactagattgcattgtggttatatgtagttgtcgaaggctgatcaaatttcctatcccattgg 29751641  T
Q  442 gtaatgtttgaagctctatgcatccatcgagatccaaagtatgcagattctggagtttgcacagtgaattagggaggctcttcaattctttactattctt 541  Q
    ||||| ||| ||||| || |||||| || |||  |||||| |||| |||||| |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||| |   |||    
T  29751640 gtaatttttcaagctttaagcatccctcaagaatcaaagtttgcaaattctgaagtttgcacactgaatctgggaggctcttcaattctttatttccctt 29751541  T
Q  542 aagattgagatatctcaaatgttttaatttgccaatagagcggggcaaactctcatatgtagaatcagttaactgtaaaacccgtaagaatttgcacctt 641  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| || |||||||| ||||||    
T  29751540 aaga-tgagatatctcaaatgttttaatttaccaattgagcggggaaaactctcatatgtagaatgagttaaccgcaaaactcgcaagaatttacacctt 29751442  T
Q  642 gacgccaaagtttttaagaaagcttcattgttggcttcctcagg-aaatagcatagttctcagaccagtaggaactggtgttacgccaagcaaatcattt 740  Q
    || |||||| | || || |||||| |||||||||||||    || ||| || || |||||||| || |  |||| |||||||   ||||| |||||||||    
T  29751441 gatgccaaattgttcaaaaaagctacattgttggcttctaatggaaaaaagtatggttctcagtcctgcgggaattggtgtttgtccaagtaaatcattt 29751342  T
Q  741 ttaataaatgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaatttcatcaattgaaactcatctcttgcaacatacaatgcaagatcatgca 840  Q
     || ||||||||| ||| || |||||||  | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  29751341 gtagtaaatgacaaatggagaacattcttaattatattttcattatggaatttcagcaattgaaactcatctcttgcaacatatagggcaagatcatgca 29751242  T
Q  841 ctaaatcatgcaatttaaat 860  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  29751241 ctaaatcatgcaatttaaat 29751222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 51 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 29752028 - 29751969
Alignment:
Q  51 tgtaatgtatccgcacattcttgcaaccatttaggaatactcacaagttgtggcaaagat 110  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| |||||  | |||||||||||||    
T  29752028 tgtaatgtgtccgcacatccttgcaaccattgaggaaaactcaacaattgtggcaaagat 29751969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 93; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 417 - 920
Target Start/End: Complemental strand, 35158783 - 35158282
Alignment:
Q  417 ctgatcaaatttcctattccattgggtaatgtttgaagctctatgcatccatcgagatccaaagtatgcagattctggagtttgcacagtgaattaggga 516  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| |||  ||| |||| ||||||||||  ||| |||||| |    | ||| ||||||||||||| ||||| |||||    
T  35158783 ctgattaagtttcctattccattgggcaattcttgtagctttatgcatccactgaggtccaaatttattaaattttggagtttgcacactgaatcaggga 35158684  T
Q  517 ggctcttcaattctttactattcttaagattgagatatctcaaatgttttaatttgccaatagagcggggcaaactctcatatgtagaatcagttaactg 616  Q
     |||||| | || || | |||  | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||||  ||||| | |||  ||    
T  35158683 cgctcttgagtttttcattatcttcaagattgagatatctcaagtgttttaatttaccaatggagctaggcaagctctcatatccagaattatttatttg 35158584  T
Q  617 taaaacccgtaagaatttgcaccttgacgccaaagtttttaagaaagcttcattgttggcttcctcaggaaatagcatagttctcagaccagtaggaact 716  Q
     |||||||| ||| || ||||||||||  ||||||| || ||||||||||| |||||| || |  | || || || || ||||||| |||  | |||| |    
T  35158583 caaaacccgcaagcatgtgcaccttgataccaaagtattcaagaaagcttcgttgttgactccgactgggaaaagtatggttctcaaacctctgggaagt 35158484  T
Q  717 ggtgttacgccaagcaaatcatttttaataaatgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaatttcatcaattgaaactcatctcttg 816  Q
    || |||   |||| ||||| ||||||| ||||||||| ||| | | |||| ||   |||||| ||| ||||  | |||| |||||||||||| |||||||    
T  35158483 ggagtttttccaaacaaataatttttagtaaatgacaaatgtaaggcattttcagatatattgtcactatgggagttcaacaattgaaactcgtctcttg 35158384  T
Q  817 caacatacaatgcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatgtacaataccaccaccaaagtctataaaatcttgaagaaatgatcttgaccaaagc 916  Q
     ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||| | ||  | ||  |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  35158383 aaacatacaatgcaaggtcatgcactagatcgtgcaatttgaatttgca--agcataaccatagtcaataaaatcttgaagaaaagatcttgaccgtagc 35158286  T
Q  917 tctt 920  Q
    ||||    
T  35158285 tctt 35158282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University