View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5572-Insertion-2 (Length: 1006)

Name: NF5572-Insertion-2
Description: NF5572
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5572-Insertion-2
NF5572-Insertion-2
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (49-758)||(9111623-9112331)
chr3 (755-995)||(9111254-9111497)
chr3 (135-268)||(8746959-8747092)
chr3 (141-265)||(8755589-8755713)
chr3 (141-339)||(9019225-9019420)
chr3 (135-268)||(9101233-9101366)
chr3 (141-340)||(9015356-9015555)
chr3 (147-265)||(9108802-9108920)
chr3 (135-268)||(9023455-9023588)
chr3 (135-268)||(9029118-9029251)
chr3 (135-268)||(9034625-9034758)
chr3 (131-268)||(8962566-8962703)
chr3 (128-268)||(8965281-8965421)
chr3 (152-268)||(8957126-8957242)
chr3 (226-333)||(8988291-8988392)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 600; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 600; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 49 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 9112331 - 9111623
Alignment:
Q  49 acaaagattataaaatccttcatatttttctttaacacctacaataatattccacaataaatttagtggaaccgtcttgttctcaatgcttaaagatagc 148  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9112331 acaaagataataaaatccttcatatttttctttaacacctacaataatattccacaataaatttagtggaaccgtcttgttctcaatgcttaaagatagc 9112232  T
Q  149 aagcattgacaacacaatcaaagctcccatcatagccactgaatttgtaagagatccaacagctccggtatcaggtgctggtgccggagccaacgaggga 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9112231 aagcattgacaacacaatcaaagctcccatcatagccactggatttgtaagagatccaacagctccggtatcaggtgctggtgccggagccaacgaggga 9112132  T
Q  249 ctgaggtcttgagccgaggctacattgacggctaagacgacaacaaaaaagaagaaaagaatcttcattgtggtagctgatgatgccattgcgaaaatgt 348  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  9112131 ctgaggtcttgggccgagactacattgacggctaagacgacaacaaaaaggaaggaaaggatcttcattgtggtagccgatgatgccattgcgaaattgt 9112032  T
Q  349 taaatacagaaagtgaaactgaatatagagaagttgtgcaagttgtgtatgttgttgaatgcaagatattgagaattgaaagggtatgggaaaatttata 448  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9112031 caaatagagaaagtgaaactgaatatagagaagttgtgcaagttgtgtat---gttgaatgcaagatattgagaattgaaagggtatgggaaaatatata 9111935  T
Q  449 agagaagaatcatttgcagaagcacgtgagcatacagaaaatatggacaggtggagcttgagaaacaataatgccaacattgtacaattgtctcatatat 548  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9111934 agagaagaatcatttgcagaagcacgtgagcatacagaaaatatggacaggtggagcttgagaaacaataatgccaacattgtacaattgtctcatatat 9111835  T
Q  549 gccgacgttgtatcatatatgccgacatcttttttaagttggtcaaaatatatatgttcttctttcattcaaaatgaggatattgtaagtttaatttttg 648  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9111834 gccgacgttgtatcatatatgccgacatcttttttatgttggtcaaaatatatatgttcttctttcattcaaaatgaggatattgtaagtttaattttta 9111735  T
Q  649 catcaaaaacaagtttaatttttatataa--nnnnnnnnnagatattttctaatttgtgttttaaaggctcgtgttaaaattttaataatagaaattttg 746  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9111734 catcaaaaacaagtttaatttttatataatttttttttttagatattttctaatttgtgttttaaaggctcgtgttaaaaatttaataatagaaattttg 9111635  T
Q  747 cattgacaaata 758  Q
    ||||||||||||    
T  9111634 cattgacaaata 9111623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 755 - 995
Target Start/End: Complemental strand, 9111497 - 9111254
Alignment:
Q  755 aatatattattatgacttttaaatatttgaatgaacgaatgttaagatatttattttgatattgagtttcttaacgtttgttctcaattctacaccctcc 854  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9111497 aatatattattatgtcttttaaatatttgaatgaacgaatgttaagatatttattttgatattgagtttcttaacgtttgtcctcaattctacaccctcc 9111398  T
Q  855 atcaagaccttcatcctgcaaacttcatcgtgaccttcatcatgcgacctata--tccctccattttgtccctcatcttctgcgattttatcaactacga 952  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  9111397 atcaagaccttcatcctgcaaacctcatcgtgactttcatcatgcgacctatatctccctccatttcgtccctcgtcttctgcgatttcatcaactacga 9111298  T
Q  953 cgtgtagactacatcttc-acctttcatctattgagatttcgtc 995  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  9111297 catgtagactacatcttcaacctttcatctattgagattccgtc 9111254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 135 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 8747092 - 8746959
Alignment:
Q  135 tgcttaaagatagcaagcattgacaacacaatcaaagctcccatcatagccactgaatttgtaagagatccaacagctccggtatcaggtgctggtgccg 234  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||  ||||||| |    
T  8747092 tgcttgaagatggcgagcattgacaacacaattgaaactccaatcatagccactgaatttgtaacagatccaacagctccaacatcaggacctggtgctg 8746993  T
Q  235 gagccaacgagggactgaggtcttgagccgaggc 268  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  8746992 gagccaacgagggactgaggtcttgggcagaggc 8746959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 141 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 8755713 - 8755589
Alignment:
Q  141 aagatagcaagcattgacaacacaatcaaagctcccatcatagccactgaatttgtaagagatccaacagctccggtatcaggtgctggtgccggagcca 240  Q
    ||||| || ||||| ||||| | |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||| ||||||  |||||||||||||||    
T  8755713 aagatggcgagcatagacaaaataatcgaagctccaatcatagcaactgaatttgtaacagatccagcagcaccggcatcaggatctggtgccggagcca 8755614  T
Q  241 acgagggactgaggtcttgagccga 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  8755613 acgagggactgaggtcttgagccga 8755589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 141 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 9019420 - 9019225
Alignment:
Q  141 aagatagcaagcattgacaacacaatcaaagctcccatcatagccactgaatttgtaagagatccaacagctccggtatcaggtgctggtgccggagcca 240  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| |||||| | |||| |||||||  ||| ||   ||||||  |||||||||||||      
T  9019420 aagatggcaagcattgacaacacaattgaagctccgatcatagcaactgaactcgtaacagatccacaagccccaacatcaggacctggtgccggagcgg 9019321  T
Q  241 acgagggactgaggtcttgagccgaggctacattgacggctaagacgacaacaaaaaag-aagaaaagaatcttcattgtggtagctgatgatgccattg 339  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||| |||   || || |  | ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9019320 atgagggactaaggtcttgagccgaggccaca---acagccacaaagacaacaaaaaagaaagagaagaa-cttcattgtagtagctgatgatgccattg 9019225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 135 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 9101366 - 9101233
Alignment:
Q  135 tgcttaaagatagcaagcattgacaacacaatcaaagctcccatcatagccactgaatttgtaagagatccaacagctccggtatcaggtgctggtgccg 234  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| |||||  || |||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||| | ||||||  ||||||| |    
T  9101366 tgcttaaagatggcgagcattgacaatacaattgaaactccgatcatagccactgaacttgtaacagaaccagcagctccagcatcagggcctggtgctg 9101267  T
Q  235 gagccaacgagggactgaggtcttgagccgaggc 268  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || |||||    
T  9101266 gagccaacgagggactgaggttttgggcagaggc 9101233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 141 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 9015555 - 9015356
Alignment:
Q  141 aagatagcaagcattgacaacacaatcaaagctcccatcatagccactgaatttgtaagagatccaacagctccggtatcaggtgctggtgccggagcca 240  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||  || |||| | ||||| |||||||||||||| | ||||| | ||||||| ||||||  |||||||||||| ||    
T  9015555 aagatggcgagcattgacaatacaattgaaactccaaccatagtcactgaatttgtaacatatccagctgctccggcatcaggacctggtgccggagaca 9015456  T
Q  241 acgagggactgaggtcttgagccgaggctacattgacggctaagacgacaacaaaaaagaa-gaaaagaatcttcattgtggtagctgatgatgccattg 339  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| | |  | | || || | | | || |||||||| || |||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  9015455 acgaggggctgaggtcttgagccgaggcgatagaggcagccaacatggcgacgaaaaagaaggagaagaat-ttcattgttgtagctgatgatgccattg 9015357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 147 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 9108920 - 9108802
Alignment:
Q  147 gcaagcattgacaacacaatcaaagctcccatcatagccactgaatttgtaagagatccaacagctccggtatcaggtgctggtgccggagccaacgagg 246  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||  ||||||||  ||||||  ||| ||| |||||||| ||||    
T  9108920 gcaagcattgacaagacaattgaagctccgatcatggccactgaacttgtaacagatccggcagctccgacatcaggacctgatgctggagccaatgagg 9108821  T
Q  247 gactgaggtcttgagccga 265  Q
    |||||||||||||||||||    
T  9108820 gactgaggtcttgagccga 9108802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 135 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 9023588 - 9023455
Alignment:
Q  135 tgcttaaagatagcaagcattgacaacacaatcaaagctcccatcatagccactgaatttgtaagagatccaacagctccggtatcaggtgctggtgccg 234  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||| |||| | ||  ||| | ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| | ||||||  |||||||||    
T  9023588 tgcttgaagatggcgagcattgacaatacaaccgaaattccgaccatagccactgaacttgtaacagatccagcagctccagcatcaggacctggtgccg 9023489  T
Q  235 gagccaacgagggactgaggtcttgagccgaggc 268  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  9023488 gagccaacgagggactaaggtcttgggcagaggc 9023455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 135 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 9029251 - 9029118
Alignment:
Q  135 tgcttaaagatagcaagcattgacaacacaatcaaagctcccatcatagccactgaatttgtaagagatccaacagctccggtatcaggtgctggtgccg 234  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||||||||  || |||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||| | ||||||  ||||||| |    
T  9029251 tgcttgaagatggcgagcattgacaacacaattgaaactccgatcatagccgctgaacttgtaatagatccagcagctccagcatcaggacctggtgctg 9029152  T
Q  235 gagccaacgagggactgaggtcttgagccgaggc 268  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  9029151 gagccaacgaaggactaaggtcttgggcagaggc 9029118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 135 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 9034758 - 9034625
Alignment:
Q  135 tgcttaaagatagcaagcattgacaacacaatcaaagctcccatcatagccactgaatttgtaagagatccaacagctccggtatcaggtgctggtgccg 234  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||||||||  || |||| ||||||||||| ||| ||| || ||||||| ||||||| | ||||||  |||||||||    
T  9034758 tgcttgaagatggcgagcattgacaacacaattgaaactccgatcatagccaccgaacttgcaacagatccagcagctccagcatcaggacctggtgccg 9034659  T
Q  235 gagccaacgagggactgaggtcttgagccgaggc 268  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  9034658 gagccaacgaaggactaaggtcttgggcagaggc 9034625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 8962703 - 8962566
Alignment:
Q  131 tcaatgcttaaagatagcaagcattgacaacacaatcaaagctcccatcatagccactgaatttgtaagagatccaacagctccggtatcaggtgctggt 230  Q
    ||||| ||| |||||||| |||||||| | ||||||  ||||||| ||||||||||| |||  || || ||||||  || |||| | ||||||  |||||    
T  8962703 tcaattcttgaagatagcgagcattgaaagcacaattgaagctccgatcatagccacagaacctgcaacagatccggcaactccagcatcaggacctggt 8962604  T
Q  231 gccggagccaacgagggactgaggtcttgagccgaggc 268  Q
    || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  8962603 gctggagctaacgagggactaaggtcttgggccgaggc 8962566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 128 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 8965421 - 8965281
Alignment:
Q  128 ttctcaatgcttaaagatagcaagcattgacaacacaatcaaagctcccatcatagccactgaatttgtaagagatccaacagctccggtatcaggtgct 227  Q
    |||||| | ||| ||||| || |||||||||| ||||||  ||||||| ||||| ||||  ||| |||||| ||||||  ||||||| |  |||||   |    
T  8965421 ttctcagttcttgaagattgcgagcattgacagcacaattgaagctccgatcattgccatagaacttgtaacagatccggcagctccagcgtcaggactt 8965322  T
Q  228 ggtgccggagccaacgagggactgaggtcttgagccgaggc 268  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  8965321 ggtgctggagccaacgacggactaaggtcttgggccgaggc 8965281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 152 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 8957242 - 8957126
Alignment:
Q  152 cattgacaacacaatcaaagctcccatcatagccactgaatttgtaagagatccaacagctccggtatcaggtgctggtgccggagccaacgagggactg 251  Q
    |||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||| ||| |||||| | ||||  ||||||| |  |||||  | ||||| ||||| ||||| |||||     
T  8957242 cattgacagcacaattgaagctccgatcatagccacagaacttgtaacaaatccggcagctccagcgtcaggaccgggtgctggagctaacgacggacta 8957143  T
Q  252 aggtcttgagccgaggc 268  Q
    |||||||| ||||||||    
T  8957142 aggtcttgggccgaggc 8957126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 226 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 8988392 - 8988291
Alignment:
Q  226 ctggtgccggagccaacgagggactgaggtcttgagccgaggctacattgacggctaagacgacaacaaaaaagaagaaaagaatcttcattgtggtagc 325  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   | |||| || ||||  ||||||| ||||  ||||| ||| |||||||||||    
T  8988392 ctggtgctggagacaacgagggactaaggtcttgggccgaggctac---ggcggcgaatacgatgacaaaaatgaag--aagaa-cttgattgtggtagc 8988299  T
Q  326 tgatgatg 333  Q
    ||||||||    
T  8988298 tgatgatg 8988291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University