View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5575-Insertion-2 (Length: 1087)

Name: NF5575-Insertion-2
Description: NF5575
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5575-Insertion-2
NF5575-Insertion-2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (30-1044)||(4642215-4643234)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (567-612)||(49912760-49912805)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 891; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 891; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 1044
Target Start/End: Original strand, 4642215 - 4643234
Alignment:
Q  30 acacagacacattaacatcaataataatttaaaaagtgacataactgaatagcttcgtgtcggtatttgacattgacacttgtaacactagacttgactt 129  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4642215 acactgacacattaacatcaataataatttaaaaagtgacataactgaatagcttcg-----gtatttgacattgacacttgtaacactagacttgactt 4642309  T
Q  130 ctattataagtgttgatgctacaaagtttgttaatgttactgtttttgtgtgtgctgggtttgtgaagctgagtttttcaggcttccatatttgaaacct 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4642310 ctattataagtgttgatgctacaaagtttgttaatgttactgtttttgtgtgtgctgggtttgtgaagctgagtttttcaggcttccatatttgaaacct 4642409  T
Q  230 tatctgggtttcataaaaggtaggaacattgagcatggagtgaattttgcggttgctggagctactgcgttagatcgaagtttctttgaagagaaagagt 329  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4642410 tatctgggtttcataaatggtgggaacattgagcatggagtgaattttgcggttgctggagctactgcgttagatcgaagtttctttgaagagaaagagt 4642509  T
Q  330 ttgttgttgaagtgactgcaaattactctctcatggttcagatagatgggttcaaggaattgttgccttctatctgcaattctacttcaagtgaggttac 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4642510 ttgttgttgaagtgactgcaaattactctctcattgttcagttagatgggttcaaggaattgttgccttctatctgcaattctacttcaagtgaggttac 4642609  T
Q  430 ctactattcgctttcccacattttgtttttataaatacttgtcccattgcaaatttgcatttattaatttgaacgacgaatttgatgggttgagaatagt 529  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4642610 ctactattcgctttcccacattttgtttttataaatacttgtcccattgcaaatttgcatttattaatttgaaccacgaatttgatgggttgagaatagt 4642709  T
Q  530 ttatagactattcattatagttttatagttaagggatcaaatagaagagataatgaaagtttatggatcaaattgaagatttactcttgattatatgata 629  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4642710 ttatagactatttattatagttttatagttaagggatcaaatagaagagataatgaaagtttatggatcaaattgaagatttactcttgattatatgata 4642809  T
Q  630 tgatgtttaaataatataaattgactgagaattttgtctgggagatagtttgatttaaatattcagtagctttcttagtatttgaatgttgttcttcatg 729  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4642810 tgatgtttaaataatagaaattgactgagaattttgtctgggagatagtttgatttaaatattcagtagctttcctagtatttgaatgttgttcttcatg 4642909  T
Q  730 taaggatttgattcacgaaatatttaattgatctcagtatttacttattactttgtatcccttgctttttcttgactgtttaagttggtaattctggttt 829  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4642910 taaggatttgattcacgaaatatttaattgatctcagtatttacttattactttgtatcccttgctttttcttgactgtttaagttggtaattctggttt 4643009  T
Q  830 atgcgatttcattctctttaggctgcaaaggtgttcttcacagctccttgtttattgt-ggagagataggaggcaatgactatggttttcctttgtttc- 927  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4643010 atgcgatttcattctctttaggctgcaaaggtgttcttcacagctccttgtttattgtgggagagataggaggcaatgactatggttttcctttgtttca 4643109  T
Q  928 aacaagtgtatttggagatcttattacttacgtaccccgagtagtatctgt-atcacttcatc-attagg--tagag-ttaattcagtg-ttgaa--gtg 1019  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||   |||| ||||||||||| |||||   ||    
T  4643110 aacaagtgtatttggagatcttattacttacgtaccccgagtagtatctgtaatcacttcatcaattagggtaagagtttaattcagtgtttgaaagttg 4643209  T
Q  1020 agtagtagttatttcagtattctct 1044  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  4643210 agtagtagttatttcagtattctct 4643234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 567 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 49912805 - 49912760
Alignment:
Q  567 caaatagaagagataatgaaagtttatggatcaaattgaagattta 612  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  49912805 caaataggagacataatgatagtttatggatcaaattgaaggttta 49912760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University