View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5578-Insertion-2 (Length: 1136)

Name: NF5578-Insertion-2
Description: NF5578
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5578-Insertion-2
NF5578-Insertion-2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-1044)||(28090100-28091138)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 864; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 864; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1044
Target Start/End: Complemental strand, 28091138 - 28090100
Alignment:
Q  8 cctagatgttcaacaggagttccaaataccagaaaattttctgttggtggtgcaatgcttcaggatcgaaggcaatcaactcttattcaacaatctaaca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28091138 cctagatgttcaacaggagttccaaataccagaaaattttctgttggtggtgcaatgcttcaggatcgaaggcaatcaactcttattcaacaatctaaca 28091039  T
Q  108 aaaaaggtaacacaaccaagacagcatgccattcaactcattccacatgtatcatgtctttnnnnnnnntctaaggtgaaaatttatatgcgttgtgtca 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28091038 aaaaaggtaacacaaccaagacagcatgccattcaactcattccacatgtatcatgtctttaaaaaaaatctaaggtgaaaatttatatgcattgtgtca 28090939  T
Q  208 cttgtggcttatgcaggaaagggtacctctaaggtttatgatcattcagcaaagaagacaccacaaagtgcaaagagaattggaattcagtcaccattaa 307  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28090938 tttgtggcttatgcaggaaagggtacctctaaggtttatgatcattcagcaaagaagacaccacaaagtgcaaagagaattggaattcagtcaccattaa 28090839  T
Q  308 ctaggaaacccctctctcctgtttcttccacagtcctatctaaagccagcataaaaaattctcaagggcctaagaaaatgcttaatgttgcaacaaaacc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28090838 ctaggaaacccctctctcctgtttcttccacagtcctatctaaagccagcataaaaaattctcaagggcctaagaaaatacttaatgttgcaacaaaacc 28090739  T
Q  408 aatcctgcaaaaaagtgaaatgctaataggaactcctccttccaagccatttattgctggtgatgaagagaacatgaacccaaataacatgggaccttcc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28090738 aatcctgcaaaaaagtgaaatgctaataggaactcctccttccaagccatttattgctggtgatgaagagaacatgaacccaaataacatgggaccttcc 28090639  T
Q  508 gttccaagcactcctctgactgtccctatgttgactgtggctacaccagacacttctagggctgctgcaaagattgctcaatcatttgagtattcatttg 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28090638 gttccaagcactcctctgactgtccctatgttgactgtggctacaccagacacttctaaggctgctgcaaagattgctcaatcatttgagtattcatttg 28090539  T
Q  608 aggagctgagagctggttttgttgaaccgaagactcaggctcaatgactcagtagtttggagaggaagtttaatcaacacaaagacagctaggttgctga 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28090538 aggagctgagagctggttttgttgaaccgaagactcatgctcaatgactcagtagtttggagaggaagtttaatcaacacaaagacagctaggttgctga 28090439  T
Q  708 caaaatcactgttttgcaatagcaatatactatcctttatcgactctttgaagagtaagactggtttggtgcttcactaagcacatg--nnnnnnnnngg 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |    
T  28090438 caaaatcactgttttgcaatagcaatatactatcctttatcgactctttgaagagtaagactggtttggtgcttcactaagcacatgttttttttttttg 28090339  T
Q  806 ttgaaacttgtccaaagttaaagtacattcttattactgtaatgggattcagtg-nnnnnnnnaatcaaattaatacttctgacttaatccaaaaaattg 904  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28090338 ttgaaacttgtccaaagttaaagcacattcttattactgtaatgggattcagtgtttttatttaatcaaattaatacttccgacttaatccaaaaaattg 28090239  T
Q  905 tgtggaaggatggttcttttgggtcacatggatgttggattgagatattcctgttttttgtttaactttttcttatccgagttttctacttac-ttaata 1003  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28090238 tgtggaaggatggttcttttgggtcacatggatgttggattgagatattcctgttatttgtttaac-ttttcttatccgagttttctacttactttaata 28090140  T
Q  1004 tgtggaatgtatcggaacat-aatcacttaacattgaactta 1044  Q
    ||  ||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||    
T  28090139 tg-cgaatgtatc-gaacataaatcatttaacattgaactta 28090100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University