View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5579_low_1 (Length: 913)

Name: NF5579_low_1
Description: NF5579
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5579_low_1
NF5579_low_1
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (18-896)||(23036168-23037047)
chr3 (21-896)||(23039039-23039921)
chr3 (21-896)||(23145918-23146796)
chr3 (468-886)||(23024280-23024698)
chr3 (436-896)||(23032712-23033157)
chr3 (468-896)||(23148756-23149184)
chr3 (451-886)||(23140054-23140489)
chr3 (458-886)||(23017070-23017498)
chr3 (21-282)||(23017869-23018130)
chr3 (18-304)||(23033451-23033730)
chr3 (710-894)||(22946404-22946588)
chr3 (683-896)||(22971949-22972162)
chr3 (687-886)||(22831843-22832042)
chr3 (687-822)||(22941367-22941502)
chr3 (764-839)||(22916741-22916816)
chr3 (189-282)||(23149496-23149589)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (461-896)||(21779811-21780246)
chr6 (18-316)||(21780514-21780814)
[»] scaffold0554 (2 HSPs)
scaffold0554 (457-896)||(6317-6756)
scaffold0554 (21-283)||(5642-5901)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (463-896)||(15885531-15885964)
chr1 (480-896)||(12609903-12610319)
chr1 (466-896)||(12636999-12637426)
chr1 (35-207)||(12610715-12610884)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (466-886)||(62161-62581)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (687-886)||(5594023-5594222)
chr8 (516-573)||(23610538-23610595)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 792; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 792; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 23037047 - 23036168
Alignment:
Q  18 ttaacttgggagatttgtttccctcagctaaatggctacagtgtattactggtttgaggcctaagctagagaggattcatcggcaaactgatcagatatt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23037047 ttaacttgggagatttgtttccctcagctaaatggctacagcgtattactggtttgaggcctaagctggagaggattcatcgacaaactgatcagatatt 23036948  T
Q  118 agaaaacatcatcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtggaagaagatctggtagacgttctgttaaattac 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  23036947 agaaaacatcatcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtagagtagaagaagatctcgtagacgttctcttaaattac 23036848  T
Q  218 gaggatggtagaaaccaagacctttccttgacaaaaaacaatatcaaggccataatcatggtaagcgaattaactttccaaatacttcgaagaagaaaaa 317  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23036847 gaggatggcagaaaccaagacctttccttgacaaaaaacaatatcaaggccataataatggtaagcgaattaactttccaaatacttcgaagaagaaaaa 23036748  T
Q  318 ctacttttcaaaagaaaaatttaggtgaatagttaaaatctgcttgcatcttatatctctactctgtagcattggatgctatttgttagtt-tcttttta 416  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||    
T  23036747 ctactttacaaaagaaaaatttagatgaataattaaaatctgctcgcatcttatatctctactctgtagcattggatgctatctactagttgtcttttta 23036648  T
Q  417 tatatcgccttaaacattcttggatttgcttgaacttactgatagctacttttcaggacatttttggtgctggaggtgagacatcagcaagcaccataga 516  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23036647 tatatcgccttaaagattcttggatttgcttgaacttactgatagctacttttcaggacatttttggtgctggaggtgagacatcagcaagcaccataga 23036548  T
Q  517 ttgggcaatggcagaaatggtaaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggtcgaagagaat 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23036547 ttgggcaatggcagaaatggtaaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggtcgaagagaat 23036448  T
Q  617 tgtatcaacaaactcatttatttgaaatcagtcgtcaaagaaaccctgaggttacaccctccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcat 716  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23036447 tgtatcaacgaactcatttatttgaaatcagtcgtcaaagaaaccctgaggttacaccctccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcat 23036348  T
Q  717 gtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagatt 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23036347 gtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagatt 23036248  T
Q  817 ttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattccttttggttccggaagaa 896  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23036247 ttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaactttgagtacattccttttggtgccggaagaa 23036168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 456; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 23039921 - 23039039
Alignment:
Q  21 acttgggagatttgtttccctcagctaaatggctacagtgtattactggtttgaggcctaagctagagaggattcatcggcaaactgatcagatattaga 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23039921 acttgggagatttgtttccctcagctaaatggttacagcttgttactggtatgaggcctaagcttgagaggtttcatcgacaaactgatcagatattaga 23039822  T
Q  121 aaacatcatcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtggaagaagatctggtagacgttctgttaaattacgag 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||    
T  23039821 aaacatcatcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtagaagaagatctcgtagacgttctcttaaaatatgag 23039722  T
Q  221 gatggtagaaaccaagacctttccttgacaaaaaacaatatcaaggccataatcatggtaagcgaattaactt--tccaaatac-ttcgaagaagaaaaa 317  Q
    || ||||| ||||| ||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |  | ||||||| ||| |||| ||||||    
T  23039721 gacggtagcaaccaggagtttaccttaacaaaaaacaatatcaaggccataatcctggtaagcaaattaacctctttcaaatacattcaaaga-gaaaaa 23039623  T
Q  318 ctacttttcaaaagaaaaatttaggtgaatagttaaaatctgcttgcatcttatatctctactctgtagcattggatgctatttgttagtt-tcttttta 416  Q
    ||  ||| |   || ||||||||  |  ||| | |||| || |  ||||||||||| | |  | |||| ||||||||||||  ||   ||| ||||||||    
T  23039622 cttgtttactccagtaaaatttaaatttatattgaaaaccttcccgcatcttatatttattgtttgtaacattggatgctacatgcatgttgtcttttta 23039523  T
Q  417 tatatcgccttaaacattcttggatt----tgcttgaacttactgatagctacttttcaggacatttttggtgctggaggtgagacatcagcaagcacca 512  Q
    |||||| | ||| |||||||||||||    ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23039522 tatatcactttagacattcttggattagcttgcttgaccttattgatagctacttttcaggacgtttttggtgctggaggtgagacatcagcaagcacca 23039423  T
Q  513 tagattgggcaatggcagaaatggtaaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggtcgaaga 612  Q
    |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  23039422 tagactgggcaatggtagaaatgataagggatccaagaataatgaagaaagcgcaagatgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggttgatga 23039323  T
Q  613 gaattgtatcaacaaactcatttatttgaaatcagtcgtcaaagaaaccctgaggttacaccctccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaa 712  Q
     ||||| |||||  |||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  ||||    
T  23039322 aaattgcatcaatgaactcaattatttgaagtcagttgtcaaagaaaccctgaggttacaccctccaacacctcttttgctgccaagagaatgtcgtcaa 23039223  T
Q  713 gcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagaga 812  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  23039222 acatgtgagataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtgatagtcaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgagccggaga 23039123  T
Q  813 gattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattccttttggttccggaagaa 896  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23039122 gattttatccagagagattccttgacagcgccattgactataaaggaagtaattatgagtacattccttttggtgccggaagaa 23039039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 23146796 - 23145918
Alignment:
Q  21 acttgggagatttgtttccctcagctaaatggctacagtgtattactggtttgaggcctaagctagagaggattcatcggcaaactgatcagatattaga 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  23146796 acttgggagatttgtttccctcagctaaatggttacagcttgttactggtatgaggcctaagcttgagaggtttcatcgacaaactgatcagatatttga 23146697  T
Q  121 aaacatcatcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtggaagaagatctggtagacgttctgttaaattacgag 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| || |||    
T  23146696 aaacatcatcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtagaagaagatctgatagacgttctcttaaaatatgag 23146597  T
Q  221 gatggtagaaaccaagacctttccttgacaaaaaacaatatcaaggccataatcatggtaagcgaattaa-ct-ttccaaatac-ttcgaagaagaaaaa 317  Q
    || ||||| ||||| ||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||| ||| |||| ||||||    
T  23146596 gacggtagcaaccaggagtttaccttaacaaaaaacaatatcaaggccataatcctggtaagcaaattaatctcttccaaatacattcaaaga-gaaaaa 23146498  T
Q  318 ctacttttcaaaagaaaaatttaggtgaatagttaaaatctgcttgcatcttatatctctactctgtagcattggatgctatttgttagttt-cttttta 416  Q
    ||  ||| |   || ||||||||  |    | | |||| || |   |||||||||| ||   |||||||| ||||||||||| ||   |||  |||||||    
T  23146497 cttgtttactccagtaaaatttaaattttaattgaaaaccttcccacatcttatatgtcatatctgtagcgttggatgctatatgcatgttgacttttta 23146398  T
Q  417 tatatcgccttaaacattcttggatttgcttgaacttactgatagctacttttcaggacatttttggtgctggaggtgagacatcagcaagcaccataga 516  Q
    |||||| | | | ||||||||||||| |||| | |||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23146397 tatatcacttaagacattcttggattagcttaaccttattgatagctactttacaggacatttttgctgctggaggtgagacatcagcaagcaccataga 23146298  T
Q  517 ttgggcaatggcagaaatggtaaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggtcgaagagaat 616  Q
    ||||||||||| |||| |||||| | |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||    
T  23146297 ttgggcaatggtagaattggtaaaggatccaagaatcatgaagaaagcacaagatgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggttgatgaaaat 23146198  T
Q  617 tgtatcaacaaactcatttatttgaaatcagtcgtcaaagaaaccctgaggttacaccctccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcat 716  Q
    || |||||  |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||  ||||| ||    
T  23146197 tgcatcaatgaactcaattatttgaaattagttgtcaaagaaaccttaaggctacaccctccagcacctcttttgttaccgagagaatgtagtcaagaat 23146098  T
Q  717 gtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagatt 816  Q
    |||  |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||   | | |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  23146097 gtgatataaatggttatcacataccgattaagactaaggtgttagtcaatgcttgggcagttgcaagagatccaaactactggactgaaccagagaggtt 23145998  T
Q  817 ttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattccttttggttccggaagaa 896  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  23145997 ttatccagagagattcatcgacagcgatattgactataaagggagtaactttgagtacattccttttggtgctggaagaa 23145918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 468 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 23024698 - 23024280
Alignment:
Q  468 ttcaggacatttttggtgctggaggtgagacatcagcaagcaccatagattgggcaatggcagaaatggtaaggaatccaagaataatgaagaaagcaca 567  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23024698 ttcaggacatttttggtgctggaggtgagacatcagcaagcaccatagattgggcaatggcagaaatggtaaagaatccaagaataatgaagaaagcaca 23024599  T
Q  568 agctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggtcgaagagaattgtatcaacaaactcatttatttgaaatcagtcgtcaaagaaaccctgagg 667  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  23024598 agctgaggtgcgagagattttcaatatgaaaggaagggttgaagagaattgtatcaatgaacttaattatttgaaatcaattgtcaaagaaaccctgagg 23024499  T
Q  668 ttacaccctccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatg 767  Q
    |||||||||||  |||| |||||  |||| ||||| |||| |||| |||||  |||| | |||||| |||| || | ||||| |||||| | | | ||||    
T  23024498 ttacaccctccggcaccacttttaataccgagagaatgtgctcaatcatgtaagatagacggttatgacattccaactaagactaaggtgatagtcaatg 23024399  T
Q  768 cttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattt 867  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || | ||||||||| ||||||||||| ||    
T  23024398 cttgggcaattgcaagagatccaaattactggaccgaaccagagaggttttatccagagagattcatcgatagtgatattgactataaagggagtaactt 23024299  T
Q  868 tgagtacattccttttggt 886  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  23024298 tgagtatattccttttggt 23024280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 436 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 23033157 - 23032712
Alignment:
Q  436 ttggatttgcttgaacttactgatagctacttttcaggacatttttggtgctggaggtgagacatcagcaagcaccatagattgggcaatggcagaaatg 535  Q
    ||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  23033157 ttggatttggttgaccttattgatagctacttttcaggacatttttggtgctggaggcgagacatcagcaagcaccatagattgggcgatgacagaaatg 23033058  T
Q  536 gtaaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggtcgaagagaattgtatcaacaaactcattt 635  Q
     ||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || ||||  |||  | | |||| ||    
T  23033057 ataagagatcaacgaataatgaagaaagcacaagctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaaaggttgatgaaaattacatccccgatctcaatt 23032958  T
Q  636 atttgaaatcagtcgtcaaagaaaccctgaggttacaccctccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatca 735  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| |||||||||||||||    
T  23032957 atttgaaatcagtcgtcaaagaaacccttaggttccaccctacagtacctcttttgctaccaagagaatgcggtcaagcatgtgagataaatggttatca 23032858  T
Q  736 catacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatc 835  Q
    |||||| ||||| |||||||| | | | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||               ||||||||||||    
T  23032857 cataccaattaaaagtaaggtgatagtcaatgcttgggcaattgcaagagatccaaactactggactgaacca---------------gagagattcatc 23032773  T
Q  836 gacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattccttttggttccggaagaa 896  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  23032772 gacagcgctattgactataaaggaagtaattttgagtacattccctttggtgccggaagaa 23032712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 468 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 23149184 - 23148756
Alignment:
Q  468 ttcaggacatttttggtgctggaggtgagacatcagcaagcaccatagattgggcaatggcagaaatggtaaggaatccaagaataatgaagaaagcaca 567  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  23149184 ttcaggacatttttggtgctggaggcgagacatcagcaagcaccatagattgggcaatggtagagatggtaaaggatccaagaataatgaagaaagcaca 23149085  T
Q  568 agctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggtcgaagagaattgtatcaacaaactcatttatttgaaatcagtcgtcaaagaaaccctgagg 667  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || ||||| |||||  |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| | |||    
T  23149084 agatgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaaaggttgatgaaaattgcatcaatgaactcaattatttgaaattagttgtcaaagaaaccttaagg 23148985  T
Q  668 ttacaccctccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatg 767  Q
     ||||||||||  ||||||||||| |||| ||||| |||  |||||| ||||  ||||||||||||||||| || ||||||| ||| || | ||| ||||    
T  23148984 ctacaccctccggcacctcttttgttaccgagagaatgtagtcaagcgtgtgatataaatggttatcacattccgattaagactaaagtgataatcaatg 23148885  T
Q  768 cttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattt 867  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| ||    
T  23148884 cttgggcaattgcaagagattcaaactactggactgaaccagagaggttttatccagagagattcattgaaagcgatattgactataaagggagtaactt 23148785  T
Q  868 tgagtacattccttttggttccggaagaa 896  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||    
T  23148784 cgagtacattccttttggtgccggaagaa 23148756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 451 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 23140489 - 23140054
Alignment:
Q  451 cttactgatagctacttttcaggacatttttggtgctggaggtgagacatcagcaagcaccatagattgggcaatggcagaaatggtaaggaatccaaga 550  Q
    |||| |||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  23140489 cttagtgatagttattgttcaggacatttttggtgctggaggtgagacatcagcaagcaccatagattgggcaatggtagaaatgataagggatccaaga 23140390  T
Q  551 ataatgaagaaagcacaagctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggtcgaagagaattgtatcaacaaactcatttatttgaaatcagtcg 650  Q
    |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||| | |||  ||||||||||||| |||    
T  23140389 ataatgaagaaagtgcaagatgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggttgatgaaaattgcatcaacgagctccattatttgaaatcaatcg 23140290  T
Q  651 tcaaagaaaccctgaggttacaccctccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagag 750  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||  ||||||     
T  23140289 tcaaagaaaccttgaggttacacactccggtgcctcttttgctaccaagagagtgtggtcaagcatgtgagatacatggttatcacataccatttaagac 23140190  T
Q  751 taaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgac 850  Q
    ||||||     | ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |  | | ||||||||    
T  23140189 taaggtggtcgtcaatgcatgggcaatcgcgagagatccaaactactggactgaaccagagaaattttatccagagagattcatgggaaacactattgac 23140090  T
Q  851 tacaaagggagtaattttgagtacattccttttggt 886  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23140089 tataaagggagtgattttgagtacattccttttggt 23140054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 458 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 23017498 - 23017070
Alignment:
Q  458 atagctacttttcaggacatttttggtgctggaggtgagacatcagcaagcaccatagattgggcaatggcagaaatggtaaggaatccaagaataatga 557  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23017498 atagctacttttcaggacattttcggtggtggaggtgagacatcagcaagcaccacagattgggcaatgatagaaatgataaggaatccaagaataatga 23017399  T
Q  558 agaaagcacaagctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggtcgaagagaattgtatcaacaaactcatttatttgaaatcagtcgtcaaaga 657  Q
    |||||||||||| ||| ||||| || ||| | |||||||||||| |||| || || || || || ||  |||||| |||| |||||||||| ||||||||    
T  23017398 agaaagcacaagatgaagtgagggatgttataaaaatgaaaggacgggttgatgaaaaatgcataaatgaactcagttatctgaaatcagttgtcaaaga 23017299  T
Q  658 aaccctgaggttacaccctccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggta 757  Q
    |||||| || ||||| ||| ||  ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||     
T  23017298 aacccttagattacatccttcagtacctcttttgctaccaagagaatgtggtaaagcatgtgagatacatggttatcacataccagttaagactaaggtg 23017199  T
Q  758 acaataaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaag 857  Q
    | ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||| || ||||||||| ||||    
T  23017198 ataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactactggactgaaccagagaagttttatccagagagattcattgacaacggtattgactataaag 23017099  T
Q  858 ggagtaattttgagtacattccttttggt 886  Q
    ||||||| || || |||||||||||||||    
T  23017098 ggagtaacttcgaatacattccttttggt 23017070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 21 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 23018130 - 23017869
Alignment:
Q  21 acttgggagatttgtttccctcagctaaatggctacagtgtattactggtttgaggcctaagctagagaggattcatcggcaaactgatcagatattaga 120  Q
    |||||||||||| |||||| ||  |||||||||| || | | |||| ||||||||||||||| | ||||   ||||||  ||||| ||| ||||||||||    
T  23018130 acttgggagattcgtttccttcttctaaatggcttcaatatgttaccggtttgaggcctaagattgagaaatttcatcaacaaaccgatgagatattaga 23018031  T
Q  121 aaacatcatcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtggaagaagatctggtagacgttctgttaaattacgag 220  Q
     ||||||||  |||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | || | |||||||||||||||| |||| ||||| || |||    
T  23018030 gaacatcattgatgaacataaaagggaaaagtacacaaaagtcaaaggtgatcaaggtgaggtagcagaagatctggtagacattctcttaaaatatgag 23017931  T
Q  221 gatggtagaaaccaagacctttccttgacaaaaaacaatatcaaggccataatcatggtaag 282  Q
    ||||||||  |||||||  | || || |||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  23017930 gatggtagtgaccaagatttctcattaacaaaagacaatatcaaggccataatcttggtaag 23017869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 23033730 - 23033451
Alignment:
Q  18 ttaacttgggagatttgtttccctcagctaaatggctacagtgtattactggtttgaggcctaagctagagaggattcatcggcaaactgatcagatatt 117  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||   | |||||||| | ||||||||||| |||| | ||||||| |||| |||| |||| ||    
T  23033730 ttaacttgggagatttgtttccttcttctaaatggcttcaacatgttactggtattaggcctaagcttgagaagtttcatcgacaaaatgatgagatgtt 23033631  T
Q  118 agaaaacatcatcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtggaagaagatctggtagacgttctgttaaattac 217  Q
     |||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| |||         |||||||| || | |||||||||||||||| |||| ||||| ||     
T  23033630 tgaaaacatcatcgatgagcataaaaaggcaaagtacacaaacgcc---------caaggtaaggtagtagaagatctggtagacattctcttaaaatat 23033540  T
Q  218 gaggatggtagaaaccaagacctttccttgacaaaaaacaatatcaaggccataatcatggtaagcg-aattaact-ttccaaatactt 304  Q
    |||||||||||  |||||||  | | ||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  23033539 gaggatggtagtgaccaagatttcttcttaacaaaagacaatatcaaggctataatcttggtaagcgtaataaactcttccaaatactt 23033451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 710 - 894
Target Start/End: Complemental strand, 22946588 - 22946404
Alignment:
Q  710 caagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccag 809  Q
    |||||||||| |||  |||||||||||||||| || || |||| ||| | ||| |||||||||||||||| ||| |||||||| || |||||||| ||||    
T  22946588 caagcatgtgagattgatggttatcacataccaatcaatagtagggtgataatcaatgcttgggcaattggaagggatccaaaatattggactgatccag 22946489  T
Q  810 agagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattccttttggttccggaag 894  Q
    | |  |||||||| || ||||| || || ||  || |||| | |||||| |  ||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  22946488 ataagttttatcctgaaagatttattgatagttctgttgatttcaaaggaacaaattttgagtacattccatttggtgccggaag 22946404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 683 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 22972162 - 22971949
Alignment:
Q  683 cctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaa 782  Q
    ||||||||  ||||||| | |||||  ||||| |||| |||  |||||||||||||||| || || |||| ||| | ||| |||||||||||||||| ||    
T  22972162 cctcttttagtaccaagggtgtgtggacaagcttgtgagattgatggttatcacataccaatcaaaagtagggtgataatcaatgcttgggcaattggaa 22972063  T
Q  783 gagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattccttt 882  Q
    | |||||||| || |||||||| ||||| |  |||||||| || ||||| || || ||  || |||| | |||||| |  ||||||||||||||||| ||    
T  22972062 gggatccaaaatattggactgatccagataagttttatcctgaaagatttattgatagttctcttgatttcaaaggaacaaattttgagtacattccatt 22971963  T
Q  883 tggttccggaagaa 896  Q
    |||| | |||||||    
T  22971962 tggtgctggaagaa 22971949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 687 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 22832042 - 22831843
Alignment:
Q  687 ttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaagaga 786  Q
    ||||||| |||||||| ||||   ||||||||| ||||||||| ||| | |||||| |||| || || || | | | ||||||||||| |||| ||||||    
T  22832042 ttttgcttccaagagaatgtggaaaagcatgtgagataaatgggtatgatataccttttaaaagcaaagtgatagtgaatgcttgggctattggaagaga 22831943  T
Q  787 tccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattccttttggt 886  Q
    ||||||| | |||   || ||||| ||||||||||| || |||||||| || ||   | | ||||| || || | ||||||||||| |||||||||||||    
T  22831942 tccaaatcattgggacgacccagaaagattttatcctgaaagattcattgatagttgtgtggactataagggtaataattttgagttcattccttttggt 22831843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 687 - 822
Target Start/End: Original strand, 22941367 - 22941502
Alignment:
Q  687 ttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaagaga 786  Q
    ||||||| |||||||| ||||  ||||||||||  |||||||| ||| | |||||| |||| || || || | | | ||||||||||| |||| ||||||    
T  22941367 ttttgcttccaagagaatgtggacaagcatgtgaaataaatgggtatgatataccttttaaaagcaaagtgatagtgaatgcttgggccattggaagaga 22941466  T
Q  787 tccaaattactggactgaaccagagagattttatcc 822  Q
    ||||||| | |||  ||| |||||||||||||||||    
T  22941467 tccaaatcattgggatgacccagagagattttatcc 22941502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 764 - 839
Target Start/End: Original strand, 22916741 - 22916816
Alignment:
Q  764 aatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgaca 839  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||| | |||  ||| ||||| ||||||||||| || || ||||||||||    
T  22916741 aatgcttgggccattggaagagatccaaataattgggatgatccagaaagattttatcctgaaaggttcatcgaca 22916816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 189 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 23149589 - 23149496
Alignment:
Q  189 aagatctggtagacgttctgttaaattacgaggatggtagaaaccaagacctttccttgacaaaaaacaatatcaaggccataatcatggtaag 282  Q
    ||||||||||||| |||||  |||| || || ||||| || ||| | ||  ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  23149589 aagatctggtagatgttctcataaaatatgaagatggcagcaacaaggaatttttcttgaccaaagacaatatcaaggccataatcttggtaag 23149496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 461 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 21780246 - 21779811
Alignment:
Q  461 gctacttttcaggacatttttggtgctggaggtgagacatcagcaagcaccatagattgggcaatggcagaaatggtaaggaatccaagaataatgaaga 560  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21780246 gctacttttcaggacatgtttggtgctggaggtgagacatcagcaagcaccatagattgggcaatggtagaaatggtaagggatccaagaataatgaaga 21780147  T
Q  561 aagcacaagctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggtcgaagagaattgtatcaacaaactcatttatttgaaatcagtcgtcaaagaaac 660  Q
    ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||  |||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  21780146 aagcacaagatgaagtgagagaagttttcaaaatgaaaggaagggttgatgaaaattgcatcaatgaactcaattatttgaaatcagttgtcaaagaaac 21780047  T
Q  661 cctgaggttacaccctccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaaca 760  Q
    | | ||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||  |||||||||||  ||||||||||| ||||| || ||||||| |||||| | |    
T  21780046 cttaaggctacaccctccagcacctcttttgttaccgagagaatgtagtcaagcatgtgatataaatggttaccacattccgattaagactaaggtgata 21779947  T
Q  761 ataaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaaggga 860  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||  |||||||    
T  21779946 atcaatgcttgggcaattgcaagagatccaaactactggactgaaccagagatgttttatccagagagattcatcgatagcgatattgactttaaaggga 21779847  T
Q  861 gtaattttgagtacattccttttggttccggaagaa 896  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  21779846 gtaattttgagtacattccatttggtgccggaagaa 21779811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 18 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 21780814 - 21780514
Alignment:
Q  18 ttaacttgggagatttgtttccctcagctaaatggctacagtgtattactggtttgaggcctaagctagagaggattcatcggcaaactgatcagatatt 117  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||  |||||||| |  |   | ||||||| |||||||||||||| |||||  |||| || |||||||||||||||||    
T  21780814 ttaatttgggagatttgtttccttctactaaatggattgaacatgttactggattgaggcctaagcttgagagttttcaacgacaaactgatcagatatt 21780715  T
Q  118 agaaaacatcatcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtggaagaagatctggtagacgttctgttaaattac 217  Q
     |||||||||||||| || |||||||||| |||| |||||||| | ||||| ||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||     
T  21780714 tgaaaacatcatcaaggaccataaagaggcaaagcacacaaaaccgaaagaagatgaaggtgaagtagaagaagatctcgtagacgttctcttaaaatat 21780615  T
Q  218 gaggatggtagaaaccaagacctttccttgacaaaaaacaatatcaaggccataatcatggtaagcgaattaa-ct-ttccaaatacttcgaagaagaaa 315  Q
    ||||||||||| ||||  ||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  21780614 gaggatggtagcaacctggatttttccttaacaaaagacaatatcaaggccataataatggtaagccaattaatctcttccaaatacttcgaagaagaaa 21780515  T
Q  316 a 316  Q
    |    
T  21780514 a 21780514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0554 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 2)
Name: scaffold0554
Description:

Target: scaffold0554; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 457 - 896
Target Start/End: Original strand, 6317 - 6756
Alignment:
Q  457 gatagctacttttcaggacatttttggtgctggaggtgagacatcagcaagcaccatagattgggcaatggcagaaatggtaaggaatccaagaataatg 556  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  6317 gatagctactttttaggacatttttggtgctggaggtgatacatcagcaaccaccatagattgggcaatggcagaaatgataagggagccaagaataatg 6416  T
Q  557 aagaaagcacaagctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggtcgaagagaattgtatcaacaaactcatttatttgaaatcagtcgtcaaag 656  Q
    | ||||||||||||||||||| |||| ||||| | | |||| |||| ||| || || ||||  || | |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6417 atgaaagcacaagctgaggtgcgagaagtttttacattgaatggaaaggttgatgaaaattacattagcaaactcaattatttgaaatcagtcgtcaaag 6516  T
Q  657 aaaccctgaggttacaccctccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggt 756  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||    
T  6517 aaacccttaggttacaccctccagcacctcttttgctaccaagagaatgtggtaaagcatgtgagataaatggttataacataccgtttaggagtaaggt 6616  T
Q  757 aacaataaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaa 856  Q
     | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||| |||||||||| |||    
T  6617 gataatcaatgcttgggcaattgcaagagatccaaacttctggactgaaccagagaggttttatccagagagattcactgacagcactattgactataaa 6716  T
Q  857 gggagtaattttgagtacattccttttggttccggaagaa 896  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  6717 gggggtaattttgagtacattccttttggtgctggaagaa 6756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0554; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 21 - 283
Target Start/End: Original strand, 5642 - 5901
Alignment:
Q  21 acttgggagatttgtttccctcagctaaatggctacagtgtattactggtttgaggcctaagctagagaggattcatcggcaaactgatcagatattaga 120  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||     |||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||||| ||| | ||    
T  5642 acttgggagatttgtttccatctgctaaatggctacaacaagttactggtttgaggcctaagcttgagatgcttcatcgacaaactgatcaaatacttga 5741  T
Q  121 aaacatcatcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtggaagaagatctggtagacgttctgttaaattacgag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||  |||  ||||   ||||| ||| ||||| ||   |||||||||||  |||||||||| ||||| || ||     
T  5742 aaacatcatcaatgagcataaagaagcaagatacggaaaattaaaagaggatgaaggtgaa---gaagaagatctattagacgttctcttaaaatatgaa 5838  T
Q  221 gatggtagaaaccaagacctttccttgacaaaaaacaatatcaaggccataatcatggtaagc 283  Q
    |||||||| ||| | ||  ||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5839 gatggtagcaacaaggagttttccttaacaaaagacaatatcaaagccattatcatggtaagc 5901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 126; Significance: 2e-64; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 463 - 896
Target Start/End: Original strand, 15885531 - 15885964
Alignment:
Q  463 tacttttcaggacatttttggtgctggaggtgagacatcagcaagcaccatagattgggcaatggcagaaatggtaaggaatccaagaataatgaagaaa 562  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||    | |||||||| |||||||||||||||  |||||||| ||  |||| | |||||||||    
T  15885531 tacttttcaggacatgtttggtgctggaggagatacatcgagtaccaccatagtttgggcaatggcagagttggtaagggatgaaagagtgatgaagaaa 15885630  T
Q  563 gcacaagctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggtcgaagagaattgtatcaacaaactcatttatttgaaatcagtcgtcaaagaaaccc 662  Q
    ||||||| ||| || |||||  | ||||| |  |||||||  || |  ||||| | ||| ||  | |||| ||||||||| ||||| || ||||| |||     
T  15885631 gcacaagatgaagtaagagaaatgttcaacacaaaaggaattgttggtgagaactatattaatgagctcacttatttgaagtcagttgtgaaagagacct 15885730  T
Q  663 tgaggttacaccctccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaat 762  Q
    | ||||||||||||||| | |||||||| || |||||||| ||||  |||||||||| |||  |||||||||| ||||| |  || || ||||| | | |    
T  15885731 taaggttacaccctccagctcctcttttacttccaagagaatgtgaacaagcatgtgagattgatggttatcatataccaaccaaaagcaaggtgatagt 15885830  T
Q  763 aaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagt 862  Q
     ||||| ||||| |||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |  ||| |||||||||| ||||||| |    
T  15885831 caatgcatgggcgattggaagagatccaaagtattggactgaaccagagaggttttatccagagagattcattggtagctctattgactataaagggaat 15885930  T
Q  863 aattttgagtacattccttttggttccggaagaa 896  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15885931 aattttgagtacattccttttggttctggaagaa 15885964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 480 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 12610319 - 12609903
Alignment:
Q  480 ttggtgctggaggtgagacatcagcaagcaccatagattgggcaatggcagaaatggtaaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagctgaggtgag 579  Q
    |||||||||||||||| ||||||||    || |||| |||||||||| ||||  |||||||| ||  |||| | |||||||||||||||| |||||| ||    
T  12610319 ttggtgctggaggtgatacatcagcttctactatagtttgggcaatgtcagagttggtaagggataaaagagtgatgaagaaagcacaagatgaggtaag 12610220  T
Q  580 agaggttttcaaaatgaaaggaagggtcgaagagaattgtatcaacaaactcatttatttgaaatcagtcgtcaaagaaaccctgaggttacaccctcca 679  Q
    |||  | ||||| ||||||||||  || ||||| |||||||| ||  |||||| |||||| || ||||| || ||||| ||| | |||||||| ||||||    
T  12610219 agatatattcaacatgaaaggaaatgttgaagaaaattgtataaatgaactcacttatttaaagtcagttgtgaaagagaccttaaggttacatcctcca 12610120  T
Q  680 acacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattg 779  Q
       |||||||| || |||||||| ||||  |||||||||| |||  |||| ||||  ||||| || || || ||||| | | | ||||| ||||| ||||    
T  12610119 ggtcctcttttacttccaagagaatgtggacaagcatgtgagattgatgggtatcgtataccaatcaaaagcaaggtgatagtcaatgcatgggcgattg 12610020  T
Q  780 caagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattcc 879  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12610019 gaagagatccaaagtactggactgaaccagagaagttttatccggagagattcatcggtagctctattgactacaaagggaataattttgagtacattcc 12609920  T
Q  880 ttttggttccggaagaa 896  Q
     |||||| | |||||||    
T  12609919 ctttggtgctggaagaa 12609903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 466 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 12637426 - 12636999
Alignment:
Q  466 ttttcaggacatttttggtgctggaggtgagacatcagcaagcaccatagattgggcaatggcagaaatggtaaggaatccaagaataatgaagaaagca 565  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| | |  ||||||| |||||||||||||||  | |||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  12637426 ttttcaggacatcattggtgctggaggtgaaacatcatccactaccatagtttgggcaatggcagagttagtaagggatccaagagtgatgaagaaagca 12637327  T
Q  566 caagctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggtcgaagagaattgtatcaacaaactcatttatttgaaatcagtcgtcaaagaaaccctga 665  Q
    |||  ||| |||||| |  | ||||| | ||||||||  || |  || || | ||| ||  |||||   |||||||| | ||| || ||||| || || |    
T  12637326 caatatgaagtgagaaaaatattcaacaagaaaggaactgttggtgaaaactatataaatgaactcgaatatttgaagttagtagtgaaagagactctaa 12637227  T
Q  666 ggttacaccctccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaa 765  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||    ||||| ||||  ||||||||||  ||  | || ||||| |||||    || |||||||| | | ||||    
T  12637226 ggttacaccctccaactcctcttttactt---agagaatgtggacaagcatgtgaaattgaagggtatcatataccagccaaaagtaaggtgatagtaaa 12637130  T
Q  766 tgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaat 865  Q
    ||| ||| ||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |  ||| |||||||||||||||| | ||||    
T  12637129 tgcatggacaattggtagagatccaaagtactggactgaaccagagaggtttcatccagagagattcattggtagctctattgactacaaaggaaataat 12637030  T
Q  866 tttgagtacattccttttggttccggaagaa 896  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  12637029 tttgagtacattccttttggtgcaggaagaa 12636999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 12610884 - 12610715
Alignment:
Q  35 tttccctcagctaaatggctacagtgtattactggtttgaggcctaagctagagaggattcatcggcaaactgatcagatattagaaaacatcatcaatg 134  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||  || || | |||||||||||||| || |||||| | ||| |||||| |||||| ||| ||||||||||  ||| ||    
T  12610884 tttccttcagcgaaatggcttcaacgtgtttccggtttgaggcctaaactggagaggttgcataggcaaattgatcaaatactagaaaacattgtcactg 12610785  T
Q  135 agcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtggaagaagatctggtagacgttct 207  Q
    | |||||||| | |||||   ||||||| || ||   |||||||  ||  |||||||||||||||||||||||    
T  12610784 aacataaagaagcaaagt---caaaagcaaatgaaagtcaaggtggagaagaagaagatctggtagacgttct 12610715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 73; Significance: 7e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 466 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 62581 - 62161
Alignment:
Q  466 ttttcaggacatttttggtgctggaggtgagacatcagcaagcaccatagattgggcaatggcagaaatggtaaggaatccaagaataatgaagaaagca 565  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    | | ||| |||||||||||||||  |||||||  |||||||| | ||||||||||||    
T  62581 ttttcaggacatgtttggtgctggaggtgatacatcagctttgagcgtagtttgggcaatggcagagttggtaagagatccaagagtgatgaagaaagca 62482  T
Q  566 caagctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggtcgaagagaattgtatcaacaaactcatttatttgaaatcagtcgtcaaagaaaccctga 665  Q
    |||| ||| ||||||||  | | ||| ||||| |||    | || || | ||||||  |  ||||||  ||  |||| ||| | || ||||| |||||||    
T  62481 caagatgaagtgagagaaatatacaacatgaagggagcttttgatgaaagttgtatgcatgaactcaaatacgtgaagtcaattgtgaaagagaccctga 62382  T
Q  666 ggttacaccctccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaa 765  Q
    |||||||||| |||    ||||||| || |||||||| |||    ||||||||| |||  |||| ||||| ||||| || || |  ||| | | | | ||    
T  62381 ggttacaccccccaggtgctcttttacttccaagagaatgtagagaagcatgtgagattgatgggtatcatataccaatgaaaacaaagctgatagttaa 62282  T
Q  766 tgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaat 865  Q
    ||| |||||||| | |||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |  ||  ||||||||||||| |||| ||||    
T  62281 tgcatgggcaatcggaagagatccaaggtactggacggaaccagagaggttttatccagagagattcattggtagttctattgactacaacgggaataat 62182  T
Q  866 tttgagtacattccttttggt 886  Q
    || ||||||||||||||||||    
T  62181 ttcgagtacattccttttggt 62161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 687 - 886
Target Start/End: Original strand, 5594023 - 5594222
Alignment:
Q  687 ttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaagaga 786  Q
    ||||||| |||||||| ||||   ||||||||| ||||||||| ||| | |||||| |||| || || || | | | ||||||||||| |||| ||||||    
T  5594023 ttttgcttccaagagaatgtggaaaagcatgtgagataaatgggtatgatataccttttaaaagcaaagtgatagtgaatgcttgggctattggaagaga 5594122  T
Q  787 tccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattccttttggt 886  Q
    ||||||| | |||   || ||||| ||||||||||| || |||||||| || ||   | | ||||| || || | ||||||||||| |||||||||||||    
T  5594123 tccaaatcattgggacgacccagaaagattttatcctgaaagattcattgatagttgtgtggactataagggtaataattttgagttcattccttttggt 5594222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 516 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 23610595 - 23610538
Alignment:
Q  516 attgggcaatggcagaaatggtaaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagctga 573  Q
    ||||||||||||| || ||| ||| | ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  23610595 attgggcaatggctgagatgataaaggatccaagaattttgaagaaagcacaagctga 23610538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University