View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5580-Insertion-5 (Length: 882)
Name: NF5580-Insertion-5
Description: NF5580
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5580-Insertion-5 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 502
Target Start/End: Original strand, 25993124 - 25993618
Alignment:
| Q |
7 |
aagagactatgcagatcctcgtccttacccaggctttccaccacccaaatttcttaatgaagacccacatactcacccaagtccaacacccaatttgaag |
106 |
Q |
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| T |
25993124 |
aagagactatgcagatcctcatccttacccaggctttccaccacccaaatttcttaatgaagacccacatactcacccaagtccaacacccaatttgaag |
25993223 |
T |
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| Q |
107 |
gtgtaacaattgtagacattttcgtattataagtcaccaaacagatattgatatgatatggggctataagtattcaaaatgaataaaaggggttgtaata |
206 |
Q |
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| T |
25993224 |
gtgtaacaattctaggcatttttgtattataagccaccaaacacat--tgatatgatatggggctataagtattcaaaatgaataaaaggggttgtaata |
25993321 |
T |
|
| Q |
207 |
aagttgtctaaatgatccattatatagttaagttggac-gatattatatttgagtttgttcgaggcacatcaaactatttaaaatacctcgacgataatt |
305 |
Q |
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| T |
25993322 |
aagttgtctaaatgatccattatatagttaagttggactgatattatatttgagtttgttcgaggcacatcaaactattcaaaatacctcgacgataatt |
25993421 |
T |
|
| Q |
306 |
aactatcactctctgtataacggtagttataaactgttataaaaaacaacaattaacgactgttcgtaaaaacgataattaagaatgagttgcagagaaa |
405 |
Q |
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| T |
25993422 |
aactatcattctctgtataacggtagttataaactgttatcaaaaacaacaattaacgactgttcgtaaaaacgataattaagaatgagttgcagagaaa |
25993521 |
T |
|
| Q |
406 |
aatacagtgcagtagcagaaagttagatagatatgtttattttggacactacatacacaaacggtcaatcataccataaaattaacattaattaaga |
502 |
Q |
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| T |
25993522 |
aatacaatgcagtagcagaaagttagatagttatgttcattttggacactacatacacaaacggtcaatcataccataaaattaacattaattaaga |
25993618 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 44 - 502
Target Start/End: Original strand, 25989067 - 25989526
Alignment:
| Q |
44 |
ccaccacccaaatttcttaatgaagacccacatactcacccaagtccaacacccaatttgaaggtgtaacaattgtagacattttcgtattataagtcac |
143 |
Q |
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| T |
25989067 |
ccaccacccaaatttcttaatgaagacccacatactcacccaagtccagtacccaatttgaaggtgtaacaattctaggcattttcgaattataagccac |
25989166 |
T |
|
| Q |
144 |
caaacagatattgatatgatatggggctataagtattcaaaatgaataaaaggggttgtaataaagttgtctaaatgatccattatatagttaagttgga |
243 |
Q |
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|
| T |
25989167 |
caaacagatattgatatgatatgaggctataagtattcaaaaagaataaaaggggctgtaataaagttgtctaaatgatccattatatagttaagttgga |
25989266 |
T |
|
| Q |
244 |
c-gatattatatttgagtttgttcgaggcacatcaaactatttaaaatacctcgacgataattaactatcactctctgtataacggtagttataaactgt |
342 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25989267 |
atgatattatatttgagtttgttccaggcacatcaaactattcaaaatacctcagcgataattaactatcactctctgtaaaacggtagttataaactgt |
25989366 |
T |
|
| Q |
343 |
tataaaaaacaacaattaacgactgttcgtaaaaacgataattaagaatgagttgcagagaaaaatacagtgcagtagcagaaagttagatagatatgtt |
442 |
Q |
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| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |
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| T |
25989367 |
tctcagaaacaacaattaacgactgttcgtaaaaacggtaattaagaatgagttgcagagaaaaatatagtgcagttgcataaagttagatagatatgtt |
25989466 |
T |
|
| Q |
443 |
tattttggacactacatacacaaacggtcaatcataccataaaattaacattaattaaga |
502 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25989467 |
cattttggacactgcatacacaaatggtcaatcataccataaaattaacattaattaaga |
25989526 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 568 - 882
Target Start/End: Original strand, 25993684 - 25993996
Alignment:
| Q |
568 |
tcattgataaaattagacacaaaaagccattcattcatacataccataaagctaacattttaaaattggcctaatttccaagtcattcatttattccaaa |
667 |
Q |
| |
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|
| T |
25993684 |
tcattgataaaattagacacaaaaagtcattcattcatacataccataaagctaacattttaaaattggccaaatttccaagtcattcatttattccaaa |
25993783 |
T |
|
| Q |
668 |
gtgaaaaaccnnnnnnnnnaagaagttgaattagcccatccaaaatgaaaaacaattgtttaggttttataatacctacattcataatttacatgaaaca |
767 |
Q |
| |
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| T |
25993784 |
gtgaaaaacc-ttttttttaagaagttaaattaacccatccaaaatgaaaaacaattgtttaggtttta-catacctacattcataatttacatgaaaca |
25993881 |
T |
|
| Q |
768 |
tnnnnnnnnntgcaaaaataatcattggaaattcgtcctcttttgtggaacttgaaattgaataattgacaatatttcatccgcaatcccgcgaagacaa |
867 |
Q |
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| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
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| T |
25993882 |
taaaaaaaaatgcaaaaataataattggaaattcgtcctcttttgtggaacttgaaattgaatagttgacaatatttcatccgcaatcctgcgaagacaa |
25993981 |
T |
|
| Q |
868 |
tcatatttaaccttc |
882 |
Q |
| |
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| T |
25993982 |
tcatatttaaccttc |
25993996 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 568 - 882
Target Start/End: Original strand, 25989583 - 25989896
Alignment:
| Q |
568 |
tcattgataaaattagacacaaaaagccattcattcatacataccataaagctaacattttaaaattggcctaatttccaagtcattcatttattccaaa |
667 |
Q |
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||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
25989583 |
tcattcataaaattagacacaaaaagtcattcattcatacataccataaaactaacgttttaaaattggccaaatttccaagtcattcatttattccaaa |
25989682 |
T |
|
| Q |
668 |
gtgaaaaac-cnnnnnnnnnaagaagttgaattagcccatccaaaatgaaaaacaattgtttaggttttataatacctacattcataatttacatgaaac |
766 |
Q |
| |
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||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
25989683 |
gtgaaaaacattttttttttaagaagttaaattagccaatccaaaatgaaaaacaattgtttaggttttacaatacctacattcataatttacatgaaac |
25989782 |
T |
|
| Q |
767 |
atnnnnnnnnntgcaaaaataatcattggaaattcgtcctcttttgtggaacttgaaattgaataattgacaatatttcatccgcaatcccgcgaagaca |
866 |
Q |
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| T |
25989783 |
a--aaaaaaaatgcaaaaataatcattggaaattcttcctcttttgtggaacttgatattgaatagttgacaataattcttccgcaatcccctgaagaca |
25989880 |
T |
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| Q |
867 |
atcatatttaaccttc |
882 |
Q |
| |
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| T |
25989881 |
atcatatttaaccttc |
25989896 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 403 - 494
Target Start/End: Original strand, 4571007 - 4571098
Alignment:
| Q |
403 |
aaaaatacagtgcagtagcagaaagttagatagatatgtttattttggacactacatacacaaacggtcaatcataccataaaattaacatt |
494 |
Q |
| |
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| T |
4571007 |
aaaaatgcaatgcagtagcagaaactcagatttttgtgttcattttggacactgcatacacaaatagtcaaccataccataaaattaacatt |
4571098 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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