View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5580_low_4 (Length: 375)

Name: NF5580_low_4
Description: NF5580
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5580_low_4
NF5580_low_4
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (18-365)||(7193113-7193460)
chr5 (28-357)||(10659850-10660178)
chr5 (107-359)||(10588273-10588525)
chr5 (107-357)||(10652045-10652295)
chr5 (106-309)||(10740541-10740744)
chr5 (106-356)||(10762975-10763225)
chr5 (108-309)||(19605709-19605910)
chr5 (106-309)||(10611874-10612077)
chr5 (106-356)||(10559019-10559269)
chr5 (106-359)||(10604866-10605119)
chr5 (102-309)||(10716778-10716985)
chr5 (106-352)||(9836170-9836416)
chr5 (176-309)||(10565191-10565324)
chr5 (182-309)||(10746933-10747060)
chr5 (182-309)||(11048575-11048702)
chr5 (183-309)||(10216668-10216794)
chr5 (113-309)||(10581167-10581356)
chr5 (183-299)||(9825258-9825374)
chr5 (106-155)||(10746869-10746918)
chr5 (108-155)||(11048513-11048560)
chr5 (106-158)||(9825392-9825444)
[»] scaffold0692 (1 HSPs)
scaffold0692 (183-309)||(7457-7583)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (183-309)||(12899734-12899860)
chr6 (183-305)||(12932447-12932569)
chr6 (183-309)||(12948808-12948934)
chr6 (183-309)||(12907354-12907480)
chr6 (183-309)||(12958242-12958368)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (183-305)||(17923322-17923444)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (187-271)||(39875815-39875899)
chr1 (187-271)||(39883938-39884022)
chr1 (187-271)||(39890892-39890976)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (189-292)||(28605804-28605907)
chr8 (107-275)||(27723899-27724067)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (194-305)||(31467092-31467203)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 7193460 - 7193113
Alignment:
Q  18 taataaaccctaactagtagaatatcaaacataaactaaaagataggagaattcaatgaaacaccaagtgatttaagagtctataaaaatacctggagga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7193460 taataaaccctaactagtagaatatcaaacataaactaaaagataggagaattcaatgaaacaccaagtgatttaagagtctgtaaaaatacctggagga 7193361  T
Q  118 gcatagccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7193360 gcatagccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacat 7193261  T
Q  218 gagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatgtaatacaaaggc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7193260 gagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatgtaatacaaaggc 7193161  T
Q  318 aatatcaacagcgatattcaatctttgatcaaggtccaacgtcctttg 365  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7193160 aatatcaacagcgatattcaatctttgatcaaggtccaacgttctttg 7193113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 28 - 357
Target Start/End: Original strand, 10659850 - 10660178
Alignment:
Q  28 taactagtagaatatcaaacataaactaaaagataggagaattcaatgaaacaccaagtgatttaagagtctataaaaatacctggaggagcatagccaa 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||| || |||| ||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  10659850 taactagtaaaatatcaaacataaacaaaaatataggaggattcaatgaaacacaaaatgatctaagagtatagaaaa-tacctggaggagcatagccaa 10659948  T
Q  128 tagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccat 227  Q
     |||||||||||||||||||||||||  |||    |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10659949 cagtccctttaattccaattgtactaaattccttgtgagaggtatcgtcaatggctgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccat 10660048  T
Q  228 gtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatgtaatacaaaggcaatatcaaca 327  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||||||||||||||||   ||||| ||||||    
T  10660049 gtcatcgtcaagaaggacattacttggctttagatcacaatgaatgaccgcttgctcacattcgtgatgaaggtaatgtaatacactagcaatgtcaaca 10660148  T
Q  328 gcgatattcaatctttgatcaaggtccaac 357  Q
      |||||||| || ||||||||||||||||    
T  10660149 atgatattcagtcgttgatcaaggtccaac 10660178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 107 - 359
Target Start/End: Original strand, 10588273 - 10588525
Alignment:
Q  107 tacctggaggagcatagccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10588273 tacctggaggagcatagccaacagtccctttaattccaattgtactagtttcctgatgagatgtgtcttcaataactgagacaagtcttgctatgccaaa 10588372  T
Q  207 atcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatgt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || |   |||||||||||| ||||||| ||||||    
T  10588373 atcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacgttgcttggctttatatcacaatgaaggaccacctgctcacattcatgatgaagataatgt 10588472  T
Q  307 aatacaaaggcaatatcaacagcgatattcaatctttgatcaaggtccaacgt 359  Q
    | | || | |||||||| | || |||||| ||||| ||| |||||||||||||    
T  10588473 agtgcagaagcaatatcgatagtgatatttaatctatgaacaaggtccaacgt 10588525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 107 - 357
Target Start/End: Original strand, 10652045 - 10652295
Alignment:
Q  107 tacctggaggagcatagccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    | |||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  10652045 tacctggaggagcatagccaacagtccctttaattccaattgtactagtttccttgttagaggtattgtcaatggctgagacaagtcttgctatgccaaa 10652144  T
Q  207 atcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatgt 306  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10652145 atcactcacatgagcaaccatgtcgtcatcaagaaggacattacttggctttagatcacaatgaatgaccgcttgctcacattcatgatgaaggtaatgt 10652244  T
Q  307 aatacaaaggcaatatcaacagcgatattcaatctttgatcaaggtccaac 357  Q
    |||||| | ||||| ||||||  |||||||| || ||||||||||||||||    
T  10652245 aatacagaagcaatgtcaacaatgatattcagtcgttgatcaaggtccaac 10652295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 106 - 309
Target Start/End: Original strand, 10740541 - 10740744
Alignment:
Q  106 atacctggaggagcatagccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaa 205  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||    |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  10740541 atacctggaggagcatagccaacagttccttttattccaattgtactagtttccttgtgagaggtatcgtcaatggctgagacaagtcttgctatgccaa 10740640  T
Q  206 aatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatg 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || | |||| ||||||||  | ||||| |||||    
T  10740641 aatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgttcacattcttggtgaagataatg 10740740  T
Q  306 taat 309  Q
    ||||    
T  10740741 taat 10740744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 106 - 356
Target Start/End: Original strand, 10762975 - 10763225
Alignment:
Q  106 atacctggaggagcatagccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaa 205  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||   | |||||||     ||||  ||   || ||||||||||| ||||    
T  10762975 atacctggaggagcatagccaacagttccttttattccagttgtactagtttccttaagagaggtacaagcaatggcttgaactagtcttgctattccaa 10763074  T
Q  206 aatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatg 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||  ||||||| |||||    
T  10763075 aatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgctcacattctcgatgaagataatg 10763174  T
Q  306 taatacaaaggcaatatcaacagcgatattcaatctttgatcaaggtccaa 356  Q
    |||| || | |||| ||||| |  |||||||| |||||||||||| |||||    
T  10763175 taatgcagaagcaacatcaataatgatattcagtctttgatcaagatccaa 10763225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 108 - 309
Target Start/End: Original strand, 19605709 - 19605910
Alignment:
Q  108 acctggaggagcatagccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaaaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||  |||| | | ||||  |   || |||||||||||||||||||||    
T  19605709 acctggaggagcatagccaatggtcccttttattccaattgtgctagtttcttgacaagagttattgtcagcagaagatacaagtcttgctatgccaaaa 19605808  T
Q  208 tcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatgta 307  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19605809 tcactcacatgtgcaacgatatcgtcgtcaataaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgctcacattcatgatgaaggtaatgta 19605908  T
Q  308 at 309  Q
    ||    
T  19605909 at 19605910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 106 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 10612077 - 10611874
Alignment:
Q  106 atacctggaggagcatagccaatagtccctttaattccaattgtactagt-ttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgcca 204  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| ||||  ||||||||   |  ||||  | |||||||||||||||||||||    
T  10612077 atacctggaggagcatagccaacagtccctttaattccaattgtcttagtattctt-atgagaggaaccaccaatggccgagacaagtcttgctatgcca 10611979  T
Q  205 aaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaat 304  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||||||||  |||||| ||||    
T  10611978 aaatcactcacatgtgcaaccatatcatcatcaagtaggacattgcttggctttatatcacaatgaaggaccaattgctcacattcattatgaagataat 10611879  T
Q  305 gtaat 309  Q
    |||||    
T  10611878 gtaat 10611874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 106 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 10559269 - 10559019
Alignment:
Q  106 atacctggaggagcatagccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaa 205  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||   | ||||  |  ||||   |  |||||| ||||||||||||||||    
T  10559269 atacctggaggagcatagccaacagtcccttttattccaattgtgctagtttccttaggagatataccgtccgcagatgagacgagtcttgctatgccaa 10559170  T
Q  206 aatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatg 305  Q
    |||||||||||||||||||  |||| || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||  ||||||| |||||    
T  10559169 aatcactcacatgagcaacattgtcttcatcaataaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgctcacattctcgatgaagataatg 10559070  T
Q  306 taatacaaaggcaatatcaacagcgatattcaatctttgatcaaggtccaa 356  Q
    |||| || | |||| ||||| |  |||||||| |||||||| ||| |||||    
T  10559069 taatgcagaagcaacatcaataatgatattcagtctttgattaagatccaa 10559019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 106 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 10605119 - 10604866
Alignment:
Q  106 atacctggaggagcatagccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaa 205  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| ||||| || |||||||||||||| | |  |||||||||  |  ||||    ||||| ||||||||||||||||    
T  10605119 atacctggaggagcatatccaacagttccttttatcccaattgtactagtatttatatgagaggtaccaccaatggacgagaccagtcttgctatgccaa 10605020  T
Q  206 aatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatg 305  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||  ||||||| |||||    
T  10605019 aatcactcacatgagcaaccatatcatcatcaagtaggacattgcttggctttagatcacaatgaatgactaattgctcacattcttgatgaagataatg 10604920  T
Q  306 taatacaaaggcaatatcaacagcgatattcaatctttgatcaaggtccaacgt 359  Q
     ||| || | |||| ||||| |  ||| || ||||||| | |||||||||||||    
T  10604919 caatgcagaagcaacatcaaaaatgatgttaaatcttttaccaaggtccaacgt 10604866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 102 - 309
Target Start/End: Original strand, 10716778 - 10716985
Alignment:
Q  102 aaaaatacctggaggagcatagccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatg 201  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||| |||||| || ||   || ||||||   | ||||| | ||||||||| ||||||||    
T  10716778 aaaaatacctgggggagcatagccaatgctcccttttattccaactgtactggtatccttatcagaggtaatgccaatatccgagacaagttttgctatg 10716877  T
Q  202 ccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggt 301  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  |||| ||||||||  | ||||| |    
T  10716878 ccaaaatcagtcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcacattcttggtgaagat 10716977  T
Q  302 aatgtaat 309  Q
    ||||||||    
T  10716978 aatgtaat 10716985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 106 - 352
Target Start/End: Original strand, 9836170 - 9836416
Alignment:
Q  106 atacctggaggagcatagccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaa 205  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||   |||  | |||||||||||||   |||||||||  |||||||  |||||| |||||||||||||||||    
T  9836170 atacctgggggagcatagccaatggtccctgatattgtagttgtactagtttccttatgagaggtaccgtcaatggctgagataagtcttgctatgccaa 9836269  T
Q  206 aatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatg 305  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||  ||||||||||| | |||||||||||||| |  |||||||||||||  |||||| |||||    
T  9836270 aatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattcacaatgaagataatg 9836369  T
Q  306 taatacaaaggcaatatcaacagcgatattcaatctttgatcaaggt 352  Q
    |||| || | ||||||||||  | |||||| | ||||||| ||||||    
T  9836370 taatgcagaagcaatatcaatggagatatttagtctttgaacaaggt 9836416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 176 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 10565324 - 10565191
Alignment:
Q  176 caataactgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgat 275  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||     
T  10565324 caatagctgagacgagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggatattgcttggctttagatcacaatgaatgac 10565225  T
Q  276 cgattgctcacattcaagatgaaggtaatgtaat 309  Q
    | |||  ||||||||   |||||| |||||||||    
T  10565224 caattcttcacattctctatgaagataatgtaat 10565191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 182 - 309
Target Start/End: Original strand, 10746933 - 10747060
Alignment:
Q  182 ctgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattg 281  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||   ||||    
T  10746933 ctgagacaagttttgctatgccaaaatcagtcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttgagatcacagtgaatgactaattg 10747032  T
Q  282 ctcacattcaagatgaaggtaatgtaat 309  Q
    |||||||||  | ||||| |||||||||    
T  10747033 ctcacattcttggtgaagataatgtaat 10747060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 182 - 309
Target Start/End: Original strand, 11048575 - 11048702
Alignment:
Q  182 ctgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattg 281  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||| ||||    
T  11048575 ctgagacaagttttgcaatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcgtcgttaagaagaacattacttggctttagatcacaatgaataatcaattg 11048674  T
Q  282 ctcacattcaagatgaaggtaatgtaat 309  Q
    |||||||||  |||| || |||||||||    
T  11048675 ctcacattcttgatgcagataatgtaat 11048702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 183 - 309
Target Start/End: Original strand, 10216668 - 10216794
Alignment:
Q  183 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 282  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||    
T  10216668 tgagacaaatgttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcattcagaagaacattgcttggctttagatcacaatgaataatcaattgc 10216767  T
Q  283 tcacattcaagatgaaggtaatgtaat 309  Q
    ||||||||  |||| || |||||||||    
T  10216768 tcacattcttgatgcagataatgtaat 10216794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 113 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 10581356 - 10581167
Alignment:
Q  113 gaggagcatagccaatagtccctttaattccaattgtactagt-ttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaaaatcac 211  Q
    |||||||||||||||| || ||||| |||||| |||||||||| ||||  ||||| |||  |   |||  ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10581356 gaggagcatagccaattgttccttttattccagttgtactagtattctt-atgagtggtaccacaaatggctgagacaagtcttgctgtgccaaaatcac 10581258  T
Q  212 tcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatgtaat 309  Q
    |||||||    ||||||||||| ||||||||     |||||||||||| ||||||| ||| || | |||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  10581257 tcacatg----accatgtcatcatcaagaag---tgtgcttggctttagatcacaacgaaggaccaattgctcacattctcgatgaagataatgtaat 10581167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 183 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 9825374 - 9825258
Alignment:
Q  183 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 282  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||| || || || |||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||  |||||    
T  9825374 tgagacaagtcttgcaatgccaaaatcactcgcctgagaaacaatatcttcatcaacaaggatattacttggctttatatcacaatgaaggattaattgc 9825275  T
Q  283 tcacattcaagatgaag 299  Q
    ||||| ||| |||||||    
T  9825274 tcacaatcacgatgaag 9825258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 155
Target Start/End: Original strand, 10746869 - 10746918
Alignment:
Q  106 atacctggaggagcatagccaatagtccctttaattccaattgtactagt 155  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||    
T  10746869 atacctggaggagcatagccaacagttccttttattccaattgtactagt 10746918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 108 - 155
Target Start/End: Original strand, 11048513 - 11048560
Alignment:
Q  108 acctggaggagcatagccaatagtccctttaattccaattgtactagt 155  Q
    |||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  11048513 acctggaggagcgtagccaatggttccttttattccaattgtactagt 11048560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 106 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 9825444 - 9825392
Alignment:
Q  106 atacctggaggagcatagccaatagtccctttaattccaattgtactagtttc 158  Q
    |||| |||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  9825444 atacatggaggagcatatccaacagtcccttttagtccaattgtgctagtttc 9825392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0692 (Bit Score: 91; Significance: 5e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0692
Description:

Target: scaffold0692; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 183 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 7583 - 7457
Alignment:
Q  183 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||  |||||    
T  7583 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaagtattaattgc 7484  T
Q  283 tcacattcaagatgaaggtaatgtaat 309  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||||    
T  7483 tcacattctcgatgaagttaatgtaat 7457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 91; Significance: 5e-44; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 183 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 12899860 - 12899734
Alignment:
Q  183 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||   |||||    
T  12899860 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttatatcacaatgaaagactaattgc 12899761  T
Q  283 tcacattcaagatgaaggtaatgtaat 309  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||||    
T  12899760 tcacattctcgatgaagataatgtaat 12899734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 183 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 12932569 - 12932447
Alignment:
Q  183 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||  | |||    
T  12932569 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatgaaggattaactgc 12932470  T
Q  283 tcacattcaagatgaaggtaatg 305  Q
    ||||||||  |||||||||||||    
T  12932469 tcacattctcgatgaaggtaatg 12932447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 183 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 12948934 - 12948808
Alignment:
Q  183 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||   |||||    
T  12948934 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatgaaggactaattgc 12948835  T
Q  283 tcacattcaagatgaaggtaatgtaat 309  Q
    |||||||   ||||||| |||||||||    
T  12948834 tcacattatcgatgaagataatgtaat 12948808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 183 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 12907480 - 12907354
Alignment:
Q  183 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | |||  | |||    
T  12907480 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcaaatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatggaggattaactgc 12907381  T
Q  283 tcacattcaagatgaaggtaatgtaat 309  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||||    
T  12907380 tcacattctcgatgaagataatgtaat 12907354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 183 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 12958368 - 12958242
Alignment:
Q  183 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 282  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||  | |||    
T  12958368 tgagacaagtcttgctattccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcaccatcaagaaggacattgcttggctttagatcacagtgaaggattaactgc 12958269  T
Q  283 tcacattcaagatgaaggtaatgtaat 309  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||||    
T  12958268 tcacattctcgatgaagataatgtaat 12958242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 183 - 305
Target Start/End: Original strand, 17923322 - 17923444
Alignment:
Q  183 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||  | |||    
T  17923322 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatgaaggattaactgc 17923421  T
Q  283 tcacattcaagatgaaggtaatg 305  Q
    ||||||||  |||||||||||||    
T  17923422 tcacattctcgatgaaggtaatg 17923444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 187 - 271
Target Start/End: Original strand, 39875815 - 39875899
Alignment:
Q  187 acaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaa 271  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39875815 acaagtctggctaagccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggttttaaatcacaatgaa 39875899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 187 - 271
Target Start/End: Original strand, 39883938 - 39884022
Alignment:
Q  187 acaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaa 271  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39883938 acaagtctggctaagccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggttttaaatcacaatgaa 39884022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 187 - 271
Target Start/End: Original strand, 39890892 - 39890976
Alignment:
Q  187 acaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaa 271  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39890892 acaagtctggctaagccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcttcaagaaggacattgcttggttttaaatcacaatgaa 39890976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 56; Significance: 4e-23; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 189 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 28605907 - 28605804
Alignment:
Q  189 aagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacat 288  Q
    ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||    
T  28605907 aagtcttgcttgtccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcattatgaagaagaatattgcttggctttaaatcacaatgaatgattggatgctcagat 28605808  T
Q  289 tcaa 292  Q
    ||||    
T  28605807 tcaa 28605804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 107 - 275
Target Start/End: Original strand, 27723899 - 27724067
Alignment:
Q  107 tacctggaggagcatagccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaaa 206  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| | | |||  ||| || | |  |   |  |||||||| ||||||  |||||    
T  27723899 tacctggaggagcatatccaatagttcccttaattccaattgtgctagtctgtagatcggagatgccattgacggcacagacaagttttgctagtccaaa 27723998  T
Q  207 atcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgat 275  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| |  ||  |||| |||||||||||||| |||||    
T  27723999 atcactaacacgagcaaccatgtcattgtcaagaagaatgttatttggttttaaatcacaatggatgat 27724067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 56; Significance: 4e-23; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 194 - 305
Target Start/End: Original strand, 31467092 - 31467203
Alignment:
Q  194 ttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaag 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||| |    
T  31467092 ttgctatgccaaaatcactcacatgagctaccatagaatcatcaagaagaacgttgctaggctttaaatcacaatgaatgacaggttgctgacattcatg 31467191  T
Q  294 atgaaggtaatg 305  Q
    |||||| |||||    
T  31467192 atgaagataatg 31467203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University