View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5581-Insertion-4 (Length: 730)

Name: NF5581-Insertion-4
Description: NF5581
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5581-Insertion-4
NF5581-Insertion-4
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (8-724)||(2388099-2388812)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 647; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 647; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 724
Target Start/End: Original strand, 2388099 - 2388812
Alignment:
Q  8 cattactataactttagttaataataatgttagaaatcaaatcaaatatatatctctataaagttagataattaatgttgcaaatatgtaaatgcaaaag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2388099 cattactataactttagttaataataatgctagaaatcaaatcaaatat--atctctataaagttagataattaatgttgcaaacatgtaaatgcaaaag 2388196  T
Q  108 gagggaagtatgtatttgtggaaggtgactcaccataacatagagaaaagatgaggacattatggtggaatatttagcccaataagcatcagcaataggt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2388197 gagggaagtatgtatttgtggaaggtgactcaccataacatagagaaaagatgaggacattatggtggaatatttagcccaataagcatcagcaataggt 2388296  T
Q  208 gccaccaacaatggcattatggaagtgaatccaacccaactatttaccatctttgctgcagatgaattgcttaagtccacaacatcagttagataagtta 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2388297 gccaccaacaatggcattatggaagtgaatccaacccaactatttaccatctttgctgcagatgaattgcttaagtccacaacatcagttagataagtta 2388396  T
Q  308 ccaaatttgaagctacccctttgaatgcaaacctctctatacctgcaatgactgtttcaaagagcacnnnnnnntgt-aaaatttaatttttaccctaag 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| ||||||||||||||||||||||    
T  2388397 ccaaatttgaagctacccctttgaatgcaaacctctctatacctgcaatgactgtttcaaagagcacaaaaaaatgtaaaaatttaatttttaccctaag 2388496  T
Q  407 aatgatataatagaatatcataaatcaaaagggcatggttgaattatgaatatggctctcttctagagttttaaatcatggtaatggttgtgtcgcgctt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2388497 aatgatataatagaatatcataaatcaaaagggcatggttgaattatgaatatggctctcttctagagttttaaatcatggtaatggttgtgtcgcgctt 2388596  T
Q  507 ctagatattgagaagaatcgcggttaaatgagactgatgcaagttcaatagggaccaggattatgcctatagttaaattcaactacatgacattgtagtt 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2388597 ctagatattgagaagaatcgcggttaaatgagactgatgcaagttcaatagggaccaggat--tgcgtatagttaaattcaactacatgacattgtagtt 2388694  T
Q  607 gaattcaactgcaggcaattcaaatccattcaattgcggtatgaggatgcaggtacatcaaaaaccataatgttgaagccgatattatagacgatgaaaa 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2388695 gaattcaactgcaggcaattcaaatccattcaattgcggtatcaggatgcagatacatcaaaaaccataatgttgaagccgatattatagacgatgaaaa 2388794  T
Q  707 taaaccctattaaagact 724  Q
    ||||||||||||||||||    
T  2388795 taaaccctattaaagact 2388812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University