View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5584-Insertion-3 (Length: 845)

Name: NF5584-Insertion-3
Description: NF5584
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5584-Insertion-3
NF5584-Insertion-3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-845)||(28268854-28269690)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 802; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 802; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 845
Target Start/End: Complemental strand, 28269690 - 28268854
Alignment:
Q  8 caataaacatagctatcaaaatctattggctatttggactaagaataaagtaaataaaacaaaatgcacatcttagtcaaaggctatcacattaatatgc 107  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28269690 caataaacatagctgtcaaaatctattggctatttggactaagaataaagtaaataaaacaaaatgcacatcttagtcaaaggctatcgcattaatatgc 28269591  T
Q  108 aatacttctatacaactgataggttaattgtctgtgccatacttctatataactgatacatctattgatgcccatggagtatataattactcatcacttg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28269590 aatacttctatacaactgataggttaattgtctgtgccatacttctatataactgatacatctattgatgcccatggagtatataattactcatcacttg 28269491  T
Q  208 tcattttgcaatactgtttgtggataaactaaaactatcataaggtatcttaataagcaaacctgcaatatagtggagcggtcatactccatgtaaagac 307  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28269490 tcattttgcaatactgtttgtagataaactaaaactatcataaggtatcttaataagcaaacctgcaatatagtggagcggtcatactccatgtaaagac 28269391  T
Q  308 ttttttccttgttgctggaaataataaacattacagtaagttgatttccaaaaagaggagggataaaatttgttttctaaataacttcaatgagttgcat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28269390 ttttttccttgttgctggaaataataaacattacagtaagttgatttccaaaaagaggagggataaaatttgttttctaaataacttcaatgagttgcat 28269291  T
Q  408 aaaatatttaaaaactagaacatacaagtgttgtgttgatttaataaccactgtatgcgctgggaggttgattccatgggctagtgtatttgtggtacaa 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28269290 aaaatatttaaaaactagaacatacaagtgttgtgttgatttaataaccactgtatgcgctgggaggttgattccatgggctagtgtatttgtggtgcaa 28269191  T
Q  508 agtacttggatgtcacctttgagaaaaaggccttccacaatactgcgatctttgtggcaaagcccaccattgtgataaccaactgaaaagaaactatctt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28269190 agtacttggatgtcacctttgagaaaaaggccttccacaatactgcgatctttgtggcaaagcccaccattgtgataaccaactgaaaagaaactatctt 28269091  T
Q  608 gttaaatttataggccaacaagacaatattattactcccttgttagctaatgcagtcatacttaaacccccgtttgcaaggcgtttgggtcatatttcac 707  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  28269090 gttaaatttattggccaacaagacaatattattactcccttgttagctaatgcagtcatacttaaacccccgtttgcaaggc-ttttggtcatatttcac 28268992  T
Q  708 tttgtattgcttaagttaatattaataaaacgccatagctaatttccaataaaaaagtaacataccaccataaagaatatatgattgcatttgtttgtca 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28268991 tttgtattgcttaagttaatattaataaaacgtcatagctaatttccaataaaaaagtaacataccaccataaagaatatatgattgcatttgtttgtca 28268892  T
Q  808 ctaagtgacatagaagcctccctcagctgatcttgttg 845  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28268891 ctaagtgacatagaagcctccctcagctgatcttgttg 28268854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University