View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5585-Insertion-2 (Length: 1140)

Name: NF5585-Insertion-2
Description: NF5585
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5585-Insertion-2
NF5585-Insertion-2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-1118)||(46757694-46758817)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 931; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 931; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1118
Target Start/End: Original strand, 46757694 - 46758817
Alignment:
Q  8 ttaatttgtgtactgctttttgggatcttctcatcccaattccctaaagtaggggagagagcctctaatttatatggtatattttgatggtccccaagat 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  46757694 ttaatttgtgtactgctttttgggatcttctcatcccaattccctaaagtaggggagagagcctctaatttatatggtgtattttgatggtccccaagat 46757793  T
Q  108 gcatgtggttaggggagatcttcttgtcttctaatttgagtgttctttttagcttttgttaaaggagccaaagcatgccatgcagcatgtggccccatta 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46757794 gcatgtggttaggggagatcttcttgtcttctaatttgagtgttctttttagcttttgttaaaggagccaaagcatgccatgcagcatgtggccccatta 46757893  T
Q  208 ctacatattttaccttgtacattgtccttaattttcaattctagatttgtacccctagaatcctagtagtgaattgtattcttgtgaaccatttattcct 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46757894 ctacatattttaccttgtacattgtccttaattttcaattctagatttgtacccctagaatcctagtagtgaattgtattcttgtgaaccatttattcct 46757993  T
Q  308 ctcatgttaatcttgaaaattgtgtcattaattacaattgtaagtactgcacaattaatgatgttattttgtt---tttatgacaatattatcattata- 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||     
T  46757994 ctcatgttaatcttgaaaattgtgtcattaattacaattgtaagtactgcacaattaatgatgttattttgttatttttatgacaatattatcattatac 46758093  T
Q  404 ttgcaatagtagttctttttaagaagagtttgttaccagtactaaattagttaattttagacaaaagagtccggatagtttaactactatattaaacgtt 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||    
T  46758094 ttgcaatagtagttctttttaagaagagtttgttaccagtactaaattagttaattttagacaaaagagtccggctaatttaactactacattaaacatt 46758193  T
Q  504 tatatctatttaatgttggacttttaatattgtcaacttcttttagaatctacgtttgtggaagcattcactctatcgtcactaaccgaacaataactta 603  Q
    | |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  46758194 tttatctatttaatgtttaacttttaatattgtcaacttcttttagaatctacgtttgtgaaagtattcactctatcgtcactaacccaacaataacttt 46758293  T
Q  604 attctttttcaattactttactcacttattaatattcaatggattatctttatctaacttaaaaataaccaattttaaatccaacactcaacgaaaacac 703  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  46758294 attcattttcaataactttactcacttattaatattcaatggattatctttatctaacttaaaaataaccaattttaaatccaacattcaacgaaaacac 46758393  T
Q  704 caattgttataccattaggtgaaagagtgtccaagcttaaattctaaattaaatgtgaaacttctaacaaatgtcttggtatattggtttatgaacaaca 803  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46758394 caattattataccattaggtgaaagagtgtccaagcttaaatactaaattaaatgtgaaacttctaaaatatgtcttggtatattggtttatgaacaaca 46758493  T
Q  804 gaacaagaaatgtaaatttatattcacattcacaaccacaaatgtttaacttatatttaaacataannnnnnnnattggttctttaagaagtactagtac 903  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||    
T  46758494 gaacaagaaatgtaaatttatattcacattcacaaccacaaatgtttaacttatatttaaacataattttttttattggttctttaagaagtactagtac 46758593  T
Q  904 ttagtactttgttttttatattatttggcattttgcgtgttactgcaatgc-gttgatgataattcaagtacgctgggaatcgcagttgatgcaacattg 1002  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46758594 ttagtactttgttttttatattatttggcattttgcgtgttactgcaatgcggttgatgataattcaagtacgctgggaatcgcagttgatgcaacattg 46758693  T
Q  1003 agcataccaatcacataaaacaataacat-atg-ttcacatatataata-ttttcatcaaatatttattttgcatctc--tcaataat-gtcctagccat 1096  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||    
T  46758694 agcataccaatcacataaaacaataacataatgtttcacatatataatatttttcatcaaatatttattttgcatctccttcaataatggtcctagcaat 46758793  T
Q  1097 -cgc-aagtataatagtttattgt 1118  Q
     ||| |||||||||||||||||||    
T  46758794 ccgcaaagtataatagtttattgt 46758817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University