View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5585-Insertion-4 (Length: 1040)

Name: NF5585-Insertion-4
Description: NF5585
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5585-Insertion-4
NF5585-Insertion-4
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (6-1028)||(40456824-40457852)
chr2 (369-415)||(40088836-40088882)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-992)||(27517155-27518132)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-992)||(56392914-56393894)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (369-415)||(4242396-4242442)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (369-415)||(8017258-8017304)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 917; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 917; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 1028
Target Start/End: Complemental strand, 40457852 - 40456824
Alignment:
Q  6 caccaactacgtcgagtggtcgctaaacgcccaaaacaagatctgaggcagaaaacgttggggttatgtctctggaacaaaggctgcaccaaaagatgag 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40457852 caccaactacgtcgagtggtcgctaaacgcccaaaacaagatccgaggcagaaaacgttggggttatgtctctggaacaaaggctgcaccaaaagatgag 40457753  T
Q  106 aaatccgaggagtatgaaacatgggaggatgaaaattgtttggttaagttatggcttcttgactctatgaccaaagacatcagatcactctttattcgtt 205  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40457752 aaattcgaggagtatgaaacatgggaggatgaaaactgtttggttaagtcatggcttcttgactctatgaccaaagacatcagatcactctttattcgtt 40457653  T
Q  206 tggctacggcgaaggaaatatgggacaccatcaaggagacgtattcagtcaaccaagatgcatctagggcatatcaattataccgtgaggtaatttctac 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  40457652 tggctacggcgaaggaaatatgggacaccatcaaggagacgtattcagtcaaccaagatgcatctagggcatatcaattataccgtgagataatttctac 40457553  T
Q  306 tcatcaaaatggtggttctgtgattatatattttggaaaattaaaaaggttgtggcaagagtatgatgccattgaaaattgtaccatggagtgcactaaa 405  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  40457552 tcatcaaaatggtggttctatgattatatattttggaaaattaaaaaggttgtggcaagagtatgatgccattgcaaattgtaccatggagtgcactaaa 40457453  T
Q  406 gatgttgagaagtataacaccactgttaattctcaacgtgtttatannnnnnnggctggtttggattcacacttggatggagtccgctgtcgtgttcttg 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40457452 gatgttgagaagtataacaccactgttaattctcaacgtgtttatatttttctggctggtttggattcacacttggatggagtccgcggtcgtgttcttg 40457353  T
Q  506 ctacaactccactcccaagcgttcaagctgtttatgcaattgtttgtgctgaggcaaatcgccaagaagctatgcttggtagtgagtctttcgaggggtc 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40457352 ctacaactccactcccaagcgttcaagctgtttatgcaattgtttgtgctgaggcaaatcgccaagaagctatgcttggtagtgagtctttcgaggggtc 40457253  T
Q  606 tgcccttgctgtcaagaagtatcctaagaaaggaattcacaagtgtacccactgtaatggtgataatcatgtcaaggaaacatgttttaaactccatggt 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40457252 tgcccttgctgtcaagaagtatcctaagaaaggaattcgcaagtgtacccactgtaatggtgataatcatgtcaaggaaacatgttttaaactccatggt 40457153  T
Q  706 tatccagattggcacccaaaaggcaaatctacttccaataacaaggaagaaaatattaagggccatgtttctactgctgctggttttgcaacaaagtcag 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40457152 tatccagattggcacccaaaaggcaaatctacttccaataacaaggaagaaaatattaagggccatgtttctactgctgctggttttgcaacaaagtcag 40457053  T
Q  806 gtatatctaactctgctattaatctttctgttgttactagggctagtgattggataattgatacaggtgcttctgatcatatgacttgtgatccacacat 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40457052 gtatatctaactctgctattaatctttctgttgttactaaggatagtgattggataattgatacaggtgcttctgatcatatgacttgtgatccacacat 40456953  T
Q  906 atttactaatttttctccttattgttc--aaactgtcattattaatgtcaatggagtccaatct-ctattgaatgtgttggtactgtatctctctca-cg 1001  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  40456952 atttactaatttttctccttattgttccaaaactgtcattattaatgtcaatggagtccaatctcctattgaaggtgttggtactgtatctctctcaccg 40456853  T
Q  1002 t-cctaac-atatccgatgtcttatttgt 1028  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||||    
T  40456852 tccctaacaatatccgatgtcttatttgt 40456824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 369 - 415
Target Start/End: Original strand, 40088836 - 40088882
Alignment:
Q  369 tgatgccattgaaaattgtaccatggagtgcactaaagatgttgaga 415  Q
    |||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  40088836 tgatgcgattgaagattgtaccatggtgtgcactaaagatgttgaga 40088882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 9 - 992
Target Start/End: Complemental strand, 27518132 - 27517155
Alignment:
Q  9 caactacgtcgagtggtcgctaaacgcccaaaacaagatctgaggcagaaaacgttggggttatgtctctggaacaaaggctgcaccaaaagatgagaaa 108  Q
    |||||| |||||||||||| | || || |||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |  ||||||||||| ||||||||||  | |||    
T  27518132 caactatgtcgagtggtcgttgaatgcacaaaacaagatcagaggcagaaaacattggggttacgtcaccagaacaaaggctacaccaaaagactaaaaa 27518033  T
Q  109 tccgaggagtatgaaacatgggaggatgaaaattgtttggttaagttatggcttcttgactctatgaccaaagacatcagatcactctttattcgtttgg 208  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||  |||||||| || |||||||||||||| |  ||||| ||||| ||||| ||||    
T  27518032 tctgaggagtatgaaacatgggaagatgaaaactgcttggtcaagtcttggcttctggattctatgaccaaagaaactagatccctcttcattcgcttgg 27517933  T
Q  209 ctacggcgaaggaaatatgggacaccatcaaggagacgtattcagtcaaccaagatgcatctagggcatatcaattataccgtgaggtaatttctactca 308  Q
    ||||| | |||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  27517932 ctacgacaaaggaaatttgggaaaccgtgaaggagacgtattcagtaaaccaagatgcatcaagagcatatcaattgtatcgtgaggtaatctctactca 27517833  T
Q  309 tcaaaatggtggttctgtgattatatattttggaaaattaaaaaggttgtggcaagagtatgatgccattgaaaattgtaccatggagtgcactaaagat 408  Q
     ||||||||||| ||||| ||||  || ||| | |||||  | ||||| ||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  27517832 acaaaatggtggatctgttattacttactttagtaaattgcagaggttatggcaagagtatgatgctattaatgattgtaccatggaatgccctaaagat 27517733  T
Q  409 gttgagaagtataacaccactgttaattctcaacgtgtttatannnnnnnggctggtttggattcacacttggatggagtccgctgtcgtgttcttgcta 508  Q
    ||||||||||||||||  |  | |||||| ||||| ||||||        ||||||  |||||||||| ||||||||||| ||  ||||| | |||||||    
T  27517732 gttgagaagtataacaagatggctaattcacaacgagtttatgtttttttggctgggctggattcacatttggatggagttcgtggtcgtatccttgcta 27517633  T
Q  509 caactccactcccaagcgttcaagctgtttatgcaattgtttgtgctgaggcaaatcgccaagaagctatgcttggtagtgagtctttcgaggggtctgc 608  Q
    | ||||| |||||||  |||||| | || ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||     
T  27517632 ccactccgctcccaaatgttcaatcagtgtatgcaactgtttgtgctgaagcaaatcgccaagaagctatgcttggtagtgagcctactcaggggtctgt 27517533  T
Q  609 ccttgctgtcaagaagtatcctaagaaaggaattcacaagtgtacccactgtaatggtgataatcatgtcaaggaaacatgttttaaactccatggttat 708  Q
      |  |||| ||||||||||| ||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||    ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  27517532 tttctctgtgaagaagtatcccaagaaaggagttcgttagtgtacccactgtaatggtgataatcatgtagttgaagcatgttttaaactccatggatat 27517433  T
Q  709 ccagattggcacccaaaaggcaaatctacttccaataacaaggaagaaaatattaagggccatgtttctactgctgctggttttgcaacaaagtcaggta 808  Q
    ||||||||||| |||||||| |||  || |||||  || |||| ||||||||             |||||| ||||| || || | ||| ||||||||||    
T  27517432 ccagattggcatccaaaaggaaaaaataattccatcaataaggcagaaaata------------attctacggctgcaggattcgtaaccaagtcaggta 27517345  T
Q  809 tatctaactctgctattaatctttctgttgttactagggctagtgattggataattgatacaggtgcttctgatcatatgacttgtgatccacacatatt 908  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||| |  ||  ||||    
T  27517344 tatctaactctgctcttaatctttctgttgttactaggggtagagattggataatcgatacaggggctactgaccatatgacttgtgaacgtcatgtatt 27517245  T
Q  909 tactaatttttctcct-----tattgttcaaactgtcattattaatgtcaatggagtccaatct-ctattgaatgtgttggtactgtatc 992  Q
    ||||||||||||  ||     || |  | ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  27517244 tactaatttttcctctggttctaattctaaaactatcattattaatgccaatggagtcccatctcctatttaaggtgttggtactgtatc 27517155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 307; Significance: 1e-172; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 9 - 992
Target Start/End: Complemental strand, 56393894 - 56392914
Alignment:
Q  9 caactacgtcgagtggtcgctaaacgcccaaaacaagatctgaggcagaaaacgttggggttatgtctctggaacaaaggctgcaccaaaagatgagaaa 108  Q
    |||||| |||||||||||| | || || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||| |||||| |||  |||||    
T  56393894 caactatgtcgagtggtcgttgaatgcacaaaacaagatcagaggcagaaaacgttggggttacgtcacctgaacaaaggctacaccaatagaccagaaa 56393795  T
Q  109 tccgaggagtatgaaacatgggaggatgaaaattgtttggttaagttatggcttcttgactctatgaccaaagacatcagatcactctttattcgtttgg 208  Q
    || ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||  |||||||| || |||||||||||||| | |||||| ||||| ||||| ||||    
T  56393794 tctgaggaatatgaaacatgggaagatgaaaactgcttggtcaagtcttggcttctggattctatgaccaaagaaaccagatccctcttcattcgcttgg 56393695  T
Q  209 ctacggcgaaggaaatatgggacaccatcaaggagacgtattcagtcaaccaagatgcatctagggcatatcaattataccgtgaggtaatttctactca 308  Q
    ||||| | |||||||| ||||| ||  | |||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| || |||| |||||| ||||||||    
T  56393694 ctacgacaaaggaaatttgggaaactgtgaaggagacgtattcggtaaaccaagatgcatcaagagcatatcaattgtatcgtg-ggtaatctctactca 56393596  T
Q  309 tcaaaatggtggttctgtgattatatattttggaaaattaaaaaggttgtggcaagagtatgatgccattgaaaattgtaccatggagtgcactaaagat 408  Q
     ||||||||||| ||||| ||||  || ||| | |||||  | ||||| ||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  56393595 acaaaatggtggatctgttattacttactttagtaaattgcagaggttatggcaagagtatgatgctattaatgattgtaccatggaatgccctaaagat 56393496  T
Q  409 gtt-gagaagtataacaccactgttaattctcaacgtgtttatannnnnnnggctggtttggattcacacttggatggagtccgctgtcgtgttcttgct 507  Q
    ||| |||||||||||||  |  |||||||| ||||| ||||||        ||||||  |||||||||| ||||||||||| ||  ||||| | ||||||    
T  56393495 gttagagaagtataacaagatggttaattcccaacgagtttatgtttttttggctgggctggattcacatttggatggagttcgtggtcgtatccttgct 56393396  T
Q  508 acaactccactcccaagcgttcaagctgtttatgcaattgtttgtgctgaggcaaatcgccaagaagctatgcttggtagtgagtctttcgaggggtctg 607  Q
    || ||||| |||||||  |||||| | || ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||    
T  56393395 accactccgctcccaaatgttcaatcagtgtatgcaactgtttgtgctgaagcaaatcgccaagaagctatgcttggtagtgagcctactcaggggtctg 56393296  T
Q  608 cccttgctgtcaagaagtatcctaagaaaggaattcacaagtgtacccactgtaatggtgataatcatgtcaaggaaacatgttttaaactccatggtta 707  Q
       |  |||| ||||||||||| ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||    
T  56393295 ttttctctgtgaagaagtatcccaagaaaggagttcgtaagtgtacccactgtaatggtgataatcatgtagtggaagcatgttttaaactccatggata 56393196  T
Q  708 tccagattggcacccaaaaggcaaatctacttccaataacaaggaagaaaatattaagggccatgtttctactgctgctggttttgcaacaaagtcaggt 807  Q
    |||||||||||| |||||||| |||  || |||||  || |||| ||||||||             |||||| ||||| || || | ||| |||||||||    
T  56393195 tccagattggcatccaaaaggaaaaaataattccagcaataaggcagaaaata------------attctacggctgcaggattcgtaaccaagtcaggt 56393108  T
Q  808 atatctaactctgctattaatctttctgttgttactagggctagtgattggataattgatacaggtgcttctgatcatatgacttgtgatccacacatat 907  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||| |  ||  |||    
T  56393107 atatctaactctgctcttaatctttctgttgttactaggggtagagattggataatcgatacaggggctactgaccatatgacttgtgaacgtcatgtat 56393008  T
Q  908 ttactaatttttctccttattgttc--------aaactgtcattattaatgtcaatggagtccaatct-ctattgaatgtgttggtactgtatc 992  Q
    ||||||||||||   ||  | ||||        ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  56393007 ttactaattttttctctggtggttctaattctaaaactatcattattaatgccaatggagtcccatctcctattgaaggtgttggtactgtatc 56392914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 369 - 415
Target Start/End: Original strand, 4242396 - 4242442
Alignment:
Q  369 tgatgccattgaaaattgtaccatggagtgcactaaagatgttgaga 415  Q
    |||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4242396 tgatgcgattgaagattgtaccatggtgtgcactaaagatgttgaga 4242442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 369 - 415
Target Start/End: Original strand, 8017258 - 8017304
Alignment:
Q  369 tgatgccattgaaaattgtaccatggagtgcactaaagatgttgaga 415  Q
    |||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  8017258 tgatgcgattgaagattgtaccatggtgtgcaataaagatgttgaga 8017304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University