View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5585_high_9 (Length: 550)
Name: NF5585_high_9
Description: NF5585
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5585_high_9 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 495; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 495; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 532
Target Start/End: Original strand, 31014370 - 31014888
Alignment:
| Q |
14 |
cataggcacaacaaaagagcaaaagagggtcaaatttctgtgcttgaattatcttttgtagggactacgccatatccttcaagaaaataacattatatcc |
113 |
Q |
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| T |
31014370 |
cataggcacaacaaaagagcaaaagagggtcaaatttctgtgcttgaattatcttttgtagggactatgacatatccttcaagaaaataacattatatcc |
31014469 |
T |
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| Q |
114 |
actgtgctatatgtatttaagaaatagtttctgcagtgtagtttatatcaatgttataggcatttgatgtgcagggacgtacttgaagtttgcgtatatt |
213 |
Q |
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| T |
31014470 |
actgtgctatatgtatttaagaaatagtttctgcagtgtagtttatatcaatgttataggcatttgatgtgcagggacgtacttgaagtttgcgtatatt |
31014569 |
T |
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| Q |
214 |
ttctgcagtaatagttttgaacataaaatgaaaatgaaaaggtgttgacataagacaatgttattttgcagtgattattgttcccggtatgcattttact |
313 |
Q |
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| T |
31014570 |
ttctgcagtaatagttttgaacataaaatgaaaatgaaaaggtgttgacataagacaatgttattttgcagtgattattgttcccggtatgcattttact |
31014669 |
T |
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| Q |
314 |
ttgtcttctgccgatcatcagttcagatgagcatctcagtcggaccagcaggagtacataacagaaagaacttaaacaagaacacacagaagtcacaatc |
413 |
Q |
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| T |
31014670 |
ttgtcttctgcccatcatcagttcagatgagcatctcagtcggaccagcaggagtacataacagaaagaacttaaacaagaacacacagaagtcacaatc |
31014769 |
T |
|
| Q |
414 |
tctaataaatcataaaatatctacatgcaatggttacaaatcagctaacttcaaaaccaatctaaacaagaacacacagttacactcctaggtaacaaag |
513 |
Q |
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| T |
31014770 |
tctaataaatcataaaatatctacatgcaatggttacaaatcagctaacttcaaaaccaacctaaacaagaacacacagtcacactcctaggtaacaaag |
31014869 |
T |
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| Q |
514 |
atctgaatctgcagaatag |
532 |
Q |
| |
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| T |
31014870 |
atctgaatctgcaaaatag |
31014888 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 532
Target Start/End: Original strand, 31192623 - 31193145
Alignment:
| Q |
14 |
cataggcacaacaaaagagcaaaagagggtcaaatttctgtgcttgaattatcttttgtagggactacgccatatccttcaagaaaataacattatatcc |
113 |
Q |
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| T |
31192623 |
cataggcacaacaaaagagcaaaagagggtcaaatttctgtgcttgaattatcttttgtagggactatgcaatatccttccagaaaataacattatatcc |
31192722 |
T |
|
| Q |
114 |
actgtgctatatg-tatttaagaaatagtttctgcagtgtagtttatatcaatgttataggcatttgatgtgcagggacgt---acttgaagtttgcgta |
209 |
Q |
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| T |
31192723 |
actgtgctatatggtttttaagaaatagtttctgcaatgaggtttatatcaatgttataggcatttgatgtgcagggacgccgcacttgaagtttgcgta |
31192822 |
T |
|
| Q |
210 |
tattttctgcagtaatagttttgaacataaaatgaaaatgaaaaggtgttgacataagacaatgttattttgcagtgattattgttcccggtatgcattt |
309 |
Q |
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| T |
31192823 |
aattttctgcagcaatagttttgaacacaacatgaaaatgaaaaggtgttgacaaaagacaatgttattttgcagtgattattgttcccggtatgaattt |
31192922 |
T |
|
| Q |
310 |
tactttgtcttctgccgatcatcagttcagatgagcatctcagtcggaccagcaggagtacataacagaaagaacttaaacaagaacacacagaagtcac |
409 |
Q |
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| T |
31192923 |
tactttgtcttctgcccatcatcagttcagatgagcatctcagtcggaccagcaggagtacataacagaatgaacttaaacaagaacacacagaagtcac |
31193022 |
T |
|
| Q |
410 |
aatctctaataaatcataaaatatctacatgcaatggttacaaatcagctaacttcaaaaccaatctaaacaagaacacacagttacactcctaggtaac |
509 |
Q |
| |
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|
| T |
31193023 |
aatctcaaataaatcataaaatatctacatgcaatggttacaaatcagctaatttcaaaaccaacctaaacaagaacacacagttacactcctaggtaac |
31193122 |
T |
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| Q |
510 |
aaagatctgaatctgcagaatag |
532 |
Q |
| |
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| T |
31193123 |
aaagatctgaatctgcaaaatag |
31193145 |
T |
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