View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5587-Insertion-2 (Length: 1090)

Name: NF5587-Insertion-2
Description: NF5587
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5587-Insertion-2
NF5587-Insertion-2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (52-968)||(44007633-44008552)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 828; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 828; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 52 - 968
Target Start/End: Complemental strand, 44008552 - 44007633
Alignment:
Q  52 attttatgaaaaacaagatcttgtatattgaactaatgccaagatctttaaatatgaatctatataccacattcatatctatttggaaggtgtatcaaat 151  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44008552 attttatgaaaaacaagatcttgtatattgaactaatgccaagatctttaaatatgaatctatataccacattcatatctatttggaaggtgtatcaaat 44008453  T
Q  152 catacaagtactagtagtgaatatgatgtttttacatggattgtgtttaatttaattatgcagcaaaactgttgagaatgattacaaattatgaatgaaa 251  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44008452 catacaagtactagtagtgaataagatgtttttacatggattgtgtttaatttaattatgcagcaaaactgttgagaatgattacaaattatgaatgaaa 44008353  T
Q  252 ttttgtttgatttagtaaccatgagcgaattaaaaatttgattacgaatcattaaaaacgattagaactcgaattccctcattttcacttacatgttcgc 351  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44008352 ttttgtttgatttagtaaccatgagcgaattaaagatttgattacgaatcattaaaaacgattagaactcgaattccctcattttcacttacatgttcgc 44008253  T
Q  352 aatttatctacttgcacaattaagttttacaaaaacaagttaaaatcgataaggtttagtccaattcattggctcaaaaccctttattcataacaatgat 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  44008252 aatttatctacttgcacaattaagttttacaaaaacaagttaaaatcgacaaggtttagtccaattcattggctcaaaaccctttattcatagcaatgat 44008153  T
Q  452 ccctaattccttaagtgatcgattatctgtctaagccttaaagaacaccaatttgtaatgaagaagtgataaaattcctataggaaataaatatcatgac 551  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44008152 ccctaattccttaagtgatcgattatcagtctaagccttaaagaacaccaatttgtaatgaagaagtgataaaattcctataggaaataaatatcatgac 44008053  T
Q  552 caaataccatatttctagctatcactacttattttgcaatagcgaagtattcataaaatcgactcggtagtgatcgcaatgaaagtcattaagaataata 651  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44008052 caaagaccatatttctagctatcactacttattttgcaatagcgaagtattcataaaatcgactcggtagtgatcgcaatgaaagtcattaagaataata 44007953  T
Q  652 atcaatgtataaaaacataaaacatccaattacatgaatattatgagaactgaatcacatgaagattaaacgaggttcttctttatctaaatgtagggat 751  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44007952 atcaatgtataaaaacataaaacat-caattacatgaatattatgagaactgaatcacatgaagattaaacgaggttcttctttatctaaatgtagggat 44007854  T
Q  752 ttggctactcgtgatcttagacataacaatgnnnnnnnttgatgacaatgcacatgatagaagttgaatcttcaactttctagcttgccaaattaatgtt 851  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44007853 ttggctactcgtgatcttagacataacaatgaaaaaaattgatgagaatgcacatgatagaagttgaatcttcaactttctagcttgccaaattaatgtt 44007754  T
Q  852 atagttcttttgacaatgccaaaataccataacaatattgaatctcac-aaaacatttaaatactataag-aatttaagtcatcatctgc-aacgtatcg 948  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||    
T  44007753 atagttcttttgacaatgccaaaataccataacaatattgaatctcacaaaaacatttaaatactataagaaatttacgtcatcatctgcaaacgtatcg 44007654  T
Q  949 cttca-cggacgactttctgc 968  Q
    ||||| |||||||||||||||    
T  44007653 cttcaccggacgactttctgc 44007633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University