View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5587_low_1 (Length: 1002)

Name: NF5587_low_1
Description: NF5587
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5587_low_1
NF5587_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-994)||(54472088-54473077)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 833; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 833; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 994
Target Start/End: Complemental strand, 54473077 - 54472088
Alignment:
Q  18 atttttggaggtgtcttttttggaggtgttggagtccaaccaccaccttgagctggtggaggaatattaagcacatgctcaccattgttgtacatatact 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473077 atttttggaggtgttttttttggaggtgttggagtccaaccaccaccttgagctggtggaggaatattaagcacatgctcaccattgttgtacatatact 54472978  T
Q  118 gatttgcacctgcatgtttataatactagtcattttctgtacactatatatcggtagagtagaagcaagaaattccataagcagagaacacatatgtttg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472977 gatttgcacctgcatgtttataatactagtcattttctgtacactatatatcggtagagtagaagcaagaaattccataagcagagaacacatatgtttg 54472878  T
Q  218 gtaacaaagttataccaattgtgcagttcctttctatcatcgtcatcttaaaagattaggatttaaattgtacaacttgtatttatatattacggttcag 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472877 gtaacaaagttataccaattgtgcagttcctttctatcatcgtcatcttaaaagaataggatttaaattgtacaacttgtatttatatattacggttcag 54472778  T
Q  318 gcttcaaacccgcgcccctaatcaccccacgcaacttaccttcgtgtaactgtgttggttcaaaaaggcatgtcactctcgcttcgcttaattgactctc 417  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472777 gcttcaaacccgcgtccctaatcacccctcgcaacttaccttcgtgtaactgtgttggttcaaaaaggcatgtcactctcgcttcgcttaattgactctc 54472678  T
Q  418 ccacttattagcattataagacatactcaacatatacaactagccttttaacaaatgatttgaacaacttagatcctttatgaccagggattgataaatt 517  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472677 ccacttattagcattataacacatactcaacatatacaactagccttttaacaaatgatttgaacaaattagatcctttatgaccagggattgataaatt 54472578  T
Q  518 caaagataac-nnnnnnnnnnatatctaacggtttctacatttgcaacaccatattgtagctacataagattcaaatttggatcctctaccgcgtcgact 616  Q
    ||||||||||           |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472577 caaagataacattttttttttatatcttacagtttctacatttgcaacaccatattgtagctacataagattcaaatttggatcctctaccgcgtcgact 54472478  T
Q  617 atggcaccatgcaaaagctttagaggatccatttctgatcnnnnnnntaagaataggctatgaatcattaattaattaa------------cttcctcca 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||| |||    
T  54472477 atggcaccatgcaaaagctttagaggatccatttctgatcaaaaaaataagaataggctatgaatcattaattaattaattaattaattagcttccccca 54472378  T
Q  705 ttaactattctaaacttcataacatgcttatttgcaaattcctattnnnnnnngaaataggagatatataaaaatatataccgtgtgctggagtagggta 804  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472377 ttaactattctaaacttcataacatgcttatttgcaaattcctattaaaaaaagaaataggagatatataaaaatatataccgtgtgctggagtagggta 54472278  T
Q  805 gtaatgaatgtgatgaggttgtgatctcttcttccttcttgtacatataacgcagagtaggataatgacaaggaggattatacaagctgcacctgcaact 904  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472277 gtaatgaatgtgatgaggttgtgatctcttcttccttcttgtacatataacgcagagtaggataatgacaaggaggattatacaagctgcacctgcaact 54472178  T
Q  905 gctattataccacccacgctcaattgattcccattgttatcatttgtattgttgccgttgttcgagggtgatgatttatgatgatgatgt 994  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472177 gctattataccacccacgctcaattgattcccattgttatcatttgtattgttgccgttgttcgagggtgatgatttatgatgatgatgt 54472088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University