View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5589-Insertion-2 (Length: 1022)

Name: NF5589-Insertion-2
Description: NF5589
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5589-Insertion-2
NF5589-Insertion-2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-1022)||(53240021-53241049)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 806; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 806; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1022
Target Start/End: Complemental strand, 53241049 - 53240021
Alignment:
Q  7 aatccacacctccaataatggaaggcacgcctcaatttatccaataatggtataaccagtgtggctcaacaacacgtgcaatgcaattaaatt---tgac 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||    
T  53241049 aatccacacctccaataatggaaggcacgcctcaatttatccaataatggtataaccagtgtggctcaacaacacgtgcaatgcaattaaattaattgac 53240950  T
Q  104 ttattatattgtacaatttttatgatttgcgagtgaggcaaggagctgggatggggactgaactataaaattttaaaatccatccacgagtttatacttt 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  53240949 ttattatattgtacaatttttatgatttgcgagtgaggcaaggagctgggatgggggctgaactataaaattttaaaatccatacacaagtttatacttt 53240850  T
Q  204 atacgtatattcatatcatataaattattattaatctattaaagtgaaaaatgtctattgtaatgcacccaaaaaataagtgcaaaaatgtctcttatat 303  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  53240849 atacgtatactcatatcatatacattattattaatctattaaagtgaaaaatgtctattgtaatgcacccaaaaaataagtgcaaaaatgtcttttatat 53240750  T
Q  304 ataattattgagacataatttgaatttgtatgtacaccgcgcttctctatataagaactcaattttctattcttgtatataaaaagaacacagcaagcta 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  53240749 ataattattgagacataatttgaatttgtatgtacaccgcacttctctctataagaactcaattttctatttttgtatataaaaagaacacagcaagcta 53240650  T
Q  404 catacattgctgctgtaacaaacgaaaattgcatggca-tccggacacattcttctattgacaaacgtggtcaattttttagctcagtccaacattaacg 502  Q
    ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  53240649 catacatt---gctgtaacaaacgaaaattgcatggcattctggacacattcttctattgacaaacgtggtcaattttttagctaagtccaacattaacg 53240553  T
Q  503 ctaaagagttgcctacatatccaaaagattgaaacacgattttctgtccaaaaattgacgcaatcaaaggggtggctccatcgtggtcgttattgaaatc 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  53240552 ctaaagagttgcctacatatccaaaagattgaaacacgaatttctgtccaaaaattgacgcaatcaaaggggtggttccatcgtggtcgttattgaaatc 53240453  T
Q  603 agacagttttaaaatacaaaatactaagttaaaatatgaacttcaattgccatccaacgatagccgtgaatatactgcatgaccgtagtcaatctcagtc 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  53240452 agacagttttaaaatacaaaatactaagttaaaatatgaacttcaactgccatccaacgacagccgtgaatatactgcatgaccgtagtcaatctcaatc 53240353  T
Q  703 cattcgaaaatgaaactttagcatatataggtgttgctctcaacgtgttaaatccaattactataaaccacattactctccggggagcagtactttttgt 802  Q
    ||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  53240352 cattcgaaaatgaaactttagc----ataggtgttgctctcaacgtgttaaatccaattactataaaccacattactctccggggatcagtactttttgt 53240257  T
Q  803 t-------gttgaaagctgaaactgttgaattacaagtaaacttttaattgcccaatttatttggcccaattgagttgtatgagtacaaattcgtatggt 895  Q
    |       |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  53240256 tgttgaaagttgaaagttgaaacttttgaattacaagtaaacttttaattgcccaatttatttggcccaattgagttgtatgagtacaaattcgtatagt 53240157  T
Q  896 atgtgcaatgtataagtagagg-ctatgtcattttccctctttgaatgtgtgttaccat-aatcgaagttgc-acac-aaattc-aactatcccattg-t 989  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| |    
T  53240156 atgtgcaatgtataagtagaggactctgtcattttccctctttgaatgtgtgttaccataaatcgaagttgcaacacaaaattcaaactatcccattgtt 53240057  T
Q  990 tag-tacatgctcatctct--aaatgtattccttca 1022  Q
    ||| |||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  53240056 tagttacatgctcatctcttaaaatgtattccttca 53240021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University