View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5589_low_12 (Length: 470)

Name: NF5589_low_12
Description: NF5589
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5589_low_12
NF5589_low_12
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-454)||(32203302-32203755)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-454)||(40453892-40454345)
chr2 (7-381)||(40091996-40092370)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (28-452)||(27514172-27514596)
chr1 (28-452)||(9717607-9718031)
chr1 (16-381)||(8189791-8190156)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (28-452)||(39745106-39745530)
chr8 (7-381)||(12462353-12462727)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (28-452)||(56389929-56390353)
chr4 (211-296)||(3275773-3275858)
chr4 (211-296)||(28600894-28600979)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-381)||(4245556-4245930)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 450; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 450; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 454
Target Start/End: Original strand, 32203302 - 32203755
Alignment:
Q  1 aggtaccaaagtttggttgggaagctgatttatctctctcatacacgaccagacatcacttatgcagtgaatgttgtgagtcagtttatgcatgatccgc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32203302 aggtaccaaagtttggttgggaagctgatttatctctctcatacacgaccagacatcacttatgcagtgaatgttgtgagtcagtttatgcatgatccgc 32203401  T
Q  101 gtaagcctcatatggatgttgtagagaggatattaagatatttgaaatccactccaggtaaaggaatattgttctcaaacaatggtcacttgagggtaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32203402 gtaagcctcatatggatgttgtagagaggatattaagatatttgaaatccactccaggtaaaggaatattgttctcaaacaatggtcacttgagggtaga 32203501  T
Q  201 aggatacacagatgccgattgggcaggttcagcagatgatagaagatctacctcaggatatttcacttttgtaggaggaaaccttgtaacttggaggagt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32203502 aggatacacagatgccgattgggcaggttcagcagatgatagaagatctacctcaggatatttcacttttgtaggaggaaaccttgtaacttggaggagt 32203601  T
Q  301 aagaagcagccagtagtagctagatcaagtgctgaagcagagtttagaggtatggcacttggaatgtgtgaactgttatgggtaaaaagtgtgttgtcag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32203602 aagaagcagccagtagtagctagatcaagtgctgaagtagagtttagaggtatggcacttggaatgtgtgaactgttatgggtaaaaagtgtgttgtcag 32203701  T
Q  401 acttgggttttgagccaaaagaagctatgagtttgtattgtgataatacatctg 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32203702 acttgggttttgagccaaaagaagctatgagtttgtattgtgataatacatctg 32203755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 442; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 40454345 - 40453892
Alignment:
Q  1 aggtaccaaagtttggttgggaagctgatttatctctctcatacacgaccagacatcacttatgcagtgaatgttgtgagtcagtttatgcatgatccgc 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40454345 aggtacaaaagtttggttgggaagctgatttatctctctcatacacgaccagacatcacttatgcagtgaatgttgtgagtcagtttatgcatgatccgc 40454246  T
Q  101 gtaagcctcatatggatgttgtagagaggatattaagatatttgaaatccactccaggtaaaggaatattgttctcaaacaatggtcacttgagggtaga 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40454245 gtaagcctcatatggatgatgtagagaggatattaagatatttgaaatccactccaggtaaaggaatattgttctcaaacaatggtcacttgagggtaga 40454146  T
Q  201 aggatacacagatgccgattgggcaggttcagcagatgatagaagatctacctcaggatatttcacttttgtaggaggaaaccttgtaacttggaggagt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40454145 aggatacacagatgccgattgggcaggttcagcagatgatagaagatctacctcaggatatttcacttttgtaggaggaaaccttgtaacttggaggagt 40454046  T
Q  301 aagaagcagccagtagtagctagatcaagtgctgaagcagagtttagaggtatggcacttggaatgtgtgaactgttatgggtaaaaagtgtgttgtcag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40454045 aagaagcagccagtagtagctagatcaagtgctgaagaagagtttagaggtatggcacttggaatgtgtgaactgttatgggtaaaaagtgtgttgtcag 40453946  T
Q  401 acttgggttttgagccaaaagaagctatgagtttgtattgtgataatacatctg 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40453945 acttgggttttgagccaaaagaagctatgagtttgtattgtgataatacatctg 40453892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 7 - 381
Target Start/End: Original strand, 40091996 - 40092370
Alignment:
Q  7 caaagtttggttgggaagctgatttatctctctcatacacgaccagacatcacttatgcagtgaatgttgtgagtcagtttatgcatgatccgcgtaagc 106  Q
    ||||| || ||||||||| | |||||| | ||||||||  | ||||||||  | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||  | || |    
T  40091996 caaagattagttgggaagttaatttatttgtctcatactaggccagacatagcgtatgcagttaatgttgtgagccaatttatgcatgacccaagaaaac 40092095  T
Q  107 ctcatatggatgttgtagagaggatattaagatatttgaaatccactccaggtaaaggaatattgttctcaaacaatggtcacttgagggtagaaggata 206  Q
    | ||||||||||  || ||  | ||| | || || || |||||  ||||||| |||||  | || ||||||||| |||||||| | |  || ||||| ||    
T  40092096 cgcatatggatgcggttgaacgaatactgaggtacttaaaatctgctccaggaaaaggtttgttattctcaaaccatggtcacctcaaagtcgaaggtta 40092195  T
Q  207 cacagatgccgattgggcaggttcagcagatgatagaagatctacctcaggatatttcacttttgtaggaggaaaccttgtaacttggaggagtaagaag 306  Q
     || ||||| |||||||| || || || ||||| ||||  |||||  |||| || || |||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||| ||     
T  40092196 taccgatgctgattgggccggatctgcggatgacagaaagtctactgcaggctacttaacttttgtgggaggaaatttagtaacttggaggagtaaaaaa 40092295  T
Q  307 cagccagtagtagctagatcaagtgctgaagcagagtttagaggtatggcacttggaatgtgtgaactgttatgg 381  Q
    || | |||||| |||||||||||||| |||||||| || || || |||||| | ||||| ||||||||| |||||    
T  40092296 caacaagtagttgctagatcaagtgccgaagcagaattcagggggatggcagtaggaatatgtgaactgctatgg 40092370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 157; Significance: 3e-83; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 28 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 27514596 - 27514172
Alignment:
Q  28 atttatctctctcatacacgaccagacatcacttatgcagtgaatgttgtgagtcagtttatgcatgatccgcgtaagcctcatatggatgttgtagaga 127  Q
    |||||| | ||||||||||| || || || || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  27514596 atttatttgtctcatacacgtcctgatattacctatgcagtaaatgttgttagtcaatttatgcatgatccacgcaagcctcatatggatgttgttgaga 27514497  T
Q  128 ggatattaagatatttgaaatccactccaggtaaaggaatattgttctcaaacaatggtcacttgagggtagaaggatacacagatgccgattgggcagg 227  Q
    |||| || ||||||||||| || ||||| || |||||||| || ||||||||  ||||  ||||   ||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  27514496 ggattttgagatatttgaagtctactcctggaaaaggaattttattctcaaatcatggaaacttagaggttgaagggtacaccgatgctgattgggcagg 27514397  T
Q  228 ttcagcagatgatagaagatctacctcaggatatttcacttttgtaggaggaaaccttgtaacttggaggagtaagaagcagccagtagtagctagatca 327  Q
     |||  | |||||||||| |||||||| || || || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||     
T  27514396 gtcaaaaaatgatagaaggtctacctctggttactttacgtttgtaggaggaaatcttgtaacctggaggagtaaaaaacaaccggtggtagcaagatct 27514297  T
Q  328 agtgctgaagcagagtttagaggtatggcacttggaatgtgtgaactgttatgggtaaaaagtgtgttgtcagacttgggttttgagccaaaagaagcta 427  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||| || ||||||  || ||| ||||||||  |||||||| | ||||| |||||||    
T  27514296 agtgctgaagcagagtttagaggcatggcacttggggtatgtgaacttttgtgggtacgaaatgttttgtcagatatgggttttaaaccaaaggaagcta 27514197  T
Q  428 tgagtttgtattgtgataatacatc 452  Q
    |||| ||||||||||||||||||||    
T  27514196 tgaggttgtattgtgataatacatc 27514172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 28 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 9718031 - 9717607
Alignment:
Q  28 atttatctctctcatacacgaccagacatcacttatgcagtgaatgttgtgagtcagtttatgcatgatccgcgtaagcctcatatggatgttgtagaga 127  Q
    |||||| | ||||||||||| || || || || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| ||| ||||    
T  9718031 atttatttgtctcatacacgtcctgatattacctatgcagtaaatgttgttagtcaatttatgcatgatccacgcaagcctcatatggatgctgttgaga 9717932  T
Q  128 ggatattaagatatttgaaatccactccaggtaaaggaatattgttctcaaacaatggtcacttgagggtagaaggatacacagatgccgattgggcagg 227  Q
    |||| || ||||||||||| || |||||  | |||||||| || ||||||||  ||||  ||||   ||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  9717931 ggattttgagatatttgaagtctactcctagaaaaggaattttattctcaaatcatggaaacttagaggttgaagggtacaccgatgctgattgggcagg 9717832  T
Q  228 ttcagcagatgatagaagatctacctcaggatatttcacttttgtaggaggaaaccttgtaacttggaggagtaagaagcagccagtagtagctagatca 327  Q
     |||  | |||||||||| |||||||| || || || |  |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||     
T  9717831 gtcaaaaaatgatagaaggtctacctctggttactttatgtttgtaggaggaaatcttgtaacctggaggagtaaaaaacaaccggtggtagcaagatct 9717732  T
Q  328 agtgctgaagcagagtttagaggtatggcacttggaatgtgtgaactgttatgggtaaaaagtgtgttgtcagacttgggttttgagccaaaagaagcta 427  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||| || ||||||  || ||| ||||||||  |||||||| | ||||| |||||||    
T  9717731 agtgctgaagcagagtttagaggcatggcacttggggtatgtgaacttttgtgggtacgaaatgttttgtcagatatgggttttaaaccaaaggaagcta 9717632  T
Q  428 tgagtttgtattgtgataatacatc 452  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||    
T  9717631 tgaggttgtactgtgataatacatc 9717607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 16 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 8190156 - 8189791
Alignment:
Q  16 gttgggaagctgatttatctctctcatacacgaccagacatcacttatgcagtgaatgttgtgagtcagtttatgcatgatccgcgtaagcctcatatgg 115  Q
    ||||||||| | |||||| | ||||||||  | ||||||||  | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||  | || || |||||||    
T  8190156 gttgggaagttaatttatttgtctcatactaggccagacatagcgtatgcagttaatgttgtgagccaatttatgcatgacccaagaaaaccgcatatgg 8190057  T
Q  116 atgttgtagagaggatattaagatatttgaaatccactccaggtaaaggaatattgttctcaaacaatggtcacttgagggtagaaggatacacagatgc 215  Q
    |||  || ||  | ||| | || || || |||||  ||||||| |||||  | || ||||||||| |||||||| | |  || || || || || || ||    
T  8190056 atgcggttgaacgaatactgaggtacttaaaatctgctccaggaaaaggtttgttattctcaaaccatggtcacctcaaagtcgatggttataccgacgc 8189957  T
Q  216 cgattgggcaggttcagcagatgatagaagatctacctcaggatatttcacttttgtaggaggaaaccttgtaacttggaggagtaagaagcagccagta 315  Q
     |||||||| || || || ||||| ||||  |||||  |||| || ||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||| || || | ||||    
T  8189956 tgattgggccggatctgcggatgacagaaagtctactgcaggctacttcacttttgtgggaggaaatttagtaacttggaggagtaaaaaacaacaagta 8189857  T
Q  316 gtagctagatcaagtgctgaagcagagtttagaggtatggcacttggaatgtgtgaactgttatgg 381  Q
    || |||||||||||||| |||||||| || || || |||||| | ||||| ||||||||| |||||    
T  8189856 gttgctagatcaagtgccgaagcagaattcagggggatggcagtaggaatatgtgaactgctatgg 8189791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 153; Significance: 7e-81; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 28 - 452
Target Start/End: Original strand, 39745106 - 39745530
Alignment:
Q  28 atttatctctctcatacacgaccagacatcacttatgcagtgaatgttgtgagtcagtttatgcatgatccgcgtaagcctcatatggatgttgtagaga 127  Q
    |||||| | ||||||||||| || || || || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  39745106 atttatttgtctcatacacgtcctgatattacctatgcagtaaatgttgttagtcaatttatgcatgatccacgcaagcctcatatggatgttgttgaga 39745205  T
Q  128 ggatattaagatatttgaaatccactccaggtaaaggaatattgttctcaaacaatggtcacttgagggtagaaggatacacagatgccgattgggcagg 227  Q
    |||| || ||||||||||| || ||||| || |||||||| || ||||||||  ||||  ||||   ||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  39745206 ggattttgagatatttgaagtctactcctggaaaaggaattttattctcaaatcatggaaacttagaggttgaagggtacaccgatgctgattgggcagg 39745305  T
Q  228 ttcagcagatgatagaagatctacctcaggatatttcacttttgtaggaggaaaccttgtaacttggaggagtaagaagcagccagtagtagctagatca 327  Q
     |||  | |||||||||| |||||||| || || || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||     
T  39745306 gtcaaaaaatgatagaaggtctacctctggttactttacgtttgtaggaggaaatcttgtaacctggaggagtaaaaaacaaccggtggtagcaagatct 39745405  T
Q  328 agtgctgaagcagagtttagaggtatggcacttggaatgtgtgaactgttatgggtaaaaagtgtgttgtcagacttgggttttgagccaaaagaagcta 427  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||| || ||||||  || ||| ||||||||  |||||||| | ||||| |||||||    
T  39745406 agtgctgaagcagagtttagaggcatggcacttggggtatgtgaacttttgtgggtacgaaatgttttgtcagatatgggttttaaaccaaaggaagcta 39745505  T
Q  428 tgagtttgtattgtgataatacatc 452  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||    
T  39745506 tgaggttgtactgtgataatacatc 39745530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 7 - 381
Target Start/End: Original strand, 12462353 - 12462727
Alignment:
Q  7 caaagtttggttgggaagctgatttatctctctcatacacgaccagacatcacttatgcagtgaatgttgtgagtcagtttatgcatgatccgcgtaagc 106  Q
    ||||| || ||||||||| | |||||| | ||||||||  | ||||||||  | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||  | || |    
T  12462353 caaagattagttgggaagttaatttatttgtctcatactaggccagacatagcgtatgcagttaatgttgtgagccaatttatgcatgacccaagaaaac 12462452  T
Q  107 ctcatatggatgttgtagagaggatattaagatatttgaaatccactccaggtaaaggaatattgttctcaaacaatggtcacttgagggtagaaggata 206  Q
    | ||||||||||  || ||  | ||| | || || || |||||  ||||||| |||||  | || ||||||||| |||||||| | |  || ||||| ||    
T  12462453 cgcatatggatgcggttgaacgaatactgaggtacttaaaatctgctccaggaaaaggtttgttattctcaaaccatggtcacctcaaagtcgaaggtta 12462552  T
Q  207 cacagatgccgattgggcaggttcagcagatgatagaagatctacctcaggatatttcacttttgtaggaggaaaccttgtaacttggaggagtaagaag 306  Q
     || ||||| |||||||| || || || ||||| ||||  |||||  |||| || || |||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||| ||     
T  12462553 taccgatgctgattgggccggatctgcggatgacagaaagtctactgcaggctacttaacttttgtgggaggaaatttagtaacttggaggagtaaaaaa 12462652  T
Q  307 cagccagtagtagctagatcaagtgctgaagcagagtttagaggtatggcacttggaatgtgtgaactgttatgg 381  Q
    || | |||||| |||||||||||||| |||||||| || || || |||||| | ||||| ||||||||| |||||    
T  12462653 caacaagtagttgctagatcaagtgccgaagcagaattcagggggatggcagtaggaatatgtgaactgctatgg 12462727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 138; Significance: 6e-72; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 28 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 56390353 - 56389929
Alignment:
Q  28 atttatctctctcatacacgaccagacatcacttatgcagtgaatgttgtgagtcagtttatgcatgatccgcgtaagcctcatatggatgttgtagaga 127  Q
    |||||| | ||||||||||| || || || || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  56390353 atttatttgtctcatacacgtcctgatattacctatgcagtaaatgttgttagtcaatttatgcatgatccacgcaagcctcatatggatgttgttgaga 56390254  T
Q  128 ggatattaagatatttgaaatccactccaggtaaaggaatattgttctcaaacaatggtcactt-gagggtagaaggatacacagatgccgattgggcag 226  Q
    |||| || ||||||||||| || ||||| || |||||||| || ||||||||  ||||  |||| |||| || |||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  56390253 ggattttgagatatttgaagtctactcctggaaaaggaattttattctcaaatcatggaaacttagaggtta-aagggtacaccgatgctgattgggcag 56390155  T
Q  227 gttcagcagatgatagaagatctacctcaggatatttcacttttgtaggaggaaaccttgtaacttggaggagtaagaagcagccagtagtagctagatc 326  Q
    | |||  | |||||||||| |||||||| || || || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || || || ||| | |||||    
T  56390154 ggtcaaaaaatgatagaaggtctacctctggttactttacatttgtaggaggaaatcttgtaacctggaggagtaaaaaacaaccggtggtaacaagatc 56390055  T
Q  327 aagtgctgaagcagagtttagaggtatggcacttggaatgtgtgaactgttatgggtaaaaagtgtgttgtcagacttgggttttgagccaaaagaagct 426  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  | |||||||| || ||||||  || ||| ||||||||  || ||||| | ||||| ||||||    
T  56390054 tagtgctgaagcagagtttagaggcatgacacttggggtatgtgaacttttgtgggtacgaaatgttttgtcagatatgagttttaaaccaaaggaagct 56389955  T
Q  427 atgagtttgtattgtgataatacatc 452  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  56389954 atgaggttgtactgtgataatacatc 56389929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 211 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 3275858 - 3275773
Alignment:
Q  211 gatgccgattgggcaggttcagcagatgatagaagatctacctcaggatatttcacttttgtaggaggaaaccttgtaacttggag 296  Q
    |||||||||||||| || ||   |||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| || |||||    
T  3275858 gatgccgattgggctggatctatagatgatagaagatctacttcaggttacttcacctttgtaggaggtaaccttgttacatggag 3275773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 211 - 296
Target Start/End: Original strand, 28600894 - 28600979
Alignment:
Q  211 gatgccgattgggcaggttcagcagatgatagaagatctacctcaggatatttcacttttgtaggaggaaaccttgtaacttggag 296  Q
    |||||||||||||| || ||   |||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| || |||||    
T  28600894 gatgccgattgggctggatctatagatgatagaagatctacttcaggttacttcacctttgtaggaggtaaccttgttacatggag 28600979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 59; Significance: 8e-25; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 7 - 381
Target Start/End: Original strand, 4245556 - 4245930
Alignment:
Q  7 caaagtttggttgggaagctgatttatctctctcatacacgaccagacatcacttatgcagtgaatgttgtgagtcagtttatgcatgatccgcgtaagc 106  Q
    ||||| || ||||||||| | |||||| | ||||||||  | ||||||||  | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||  | || |    
T  4245556 caaagattagttgggaagttaatttatttgtctcatactaggccagacatagcgtatgcagttaatgttgtgagccaatttatgcatgacccaagaaaac 4245655  T
Q  107 ctcatatggatgttgtagagaggatattaagatatttgaaatccactccaggtaaaggaatattgttctcaaacaatggtcacttgagggtagaaggata 206  Q
    | ||||||||||  || ||  | ||| | || || || |||||  ||||||| |||||  | || ||||||||| |||||||| | |  || ||||| ||    
T  4245656 cgcatatggatgcggttgaacgaatactgaggtacttaaaatctgctccaggaaaaggtttgttattctcaaaccatggtcacctcaaagtcgaaggtta 4245755  T
Q  207 cacagatgccgattgggcaggttcagcagatgatagaagatctacctcaggatatttcacttttgtaggaggaaaccttgtaacttggaggagtaagaag 306  Q
     || ||||| |||||||| || || || ||||| ||||  |||||  |||| || || |||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||| ||     
T  4245756 taccgatgctgattgggccggatctgcggatgacagaaagtctactgcaggctacttaacttttgtgggaggaaatttagtaacttggaggagtaaaaaa 4245855  T
Q  307 cagccagtagtagctagatcaagtgctgaagcagagtttagaggtatggcacttggaatgtgtgaactgttatgg 381  Q
    || | |||||| |||||||||||||| |||||||| || || || |||||| | ||||| ||||||||| |||||    
T  4245856 caacaagtagttgctagatcaagtgccgaagcagaattcagggggatggcagtaggaatatgtgaactgctatgg 4245930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University