View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5589_low_2 (Length: 742)

Name: NF5589_low_2
Description: NF5589
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5589_low_2
NF5589_low_2
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (10-724)||(39460389-39461106)
chr5 (14-708)||(39486608-39487305)
chr5 (11-716)||(39451140-39451848)
chr5 (155-716)||(39463882-39464440)
chr5 (161-695)||(39457641-39458173)
chr5 (11-716)||(39475646-39476360)
chr5 (14-702)||(39470099-39470783)
chr5 (11-716)||(39472176-39472878)
chr5 (82-714)||(39454850-39455473)
chr5 (16-293)||(39483405-39483685)
chr5 (427-716)||(39483819-39484111)
chr5 (14-117)||(39464457-39464560)
chr5 (154-256)||(43312318-43312420)
chr5 (607-708)||(43311863-43311964)
chr5 (430-491)||(43312083-43312144)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 648; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 648; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 724
Target Start/End: Original strand, 39460389 - 39461106
Alignment:
Q  10 gacatcatcaaccttccagaagtttctcttcccccaaacatcgaaccaagttccagaatgaaggctttcctcgaagctcagaaaccaaacatcaaacaag 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  39460389 gacatcatcaaccttccagaagtttctcttcccccaaacatcgaaccaacttccagaatgatggctttcctcgaagctcagaaatcaaacgtcaaacaag 39460488  T
Q  110 ccgtctctgatctcacta---ctagagaacaacatggaaccctcacagcctttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatattgccaaagaatt 206  Q
    |||| ||| |||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  39460489 ccgtatctaatctcactactactagagaaaaacatggaaccctcacagcctttgttgttgacatgttctgcactaaaatgattgatattgccaaagaatt 39460588  T
Q  207 ttcagtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcttcccttggttcaaatcttcatatccacactcttcgtgaaagagacaacgtagattcaaat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39460589 ttcagtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcttcccttggttcaaatcttcatatccacactcttcgtgaaagagacaacgtagattcaaat 39460688  T
Q  307 cagttgcagcagcagactgaattggccataccaactttcgccaactcggttcctatatactcgctgcccagttccatgctaaacaaggaatgggaatcct 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39460689 cagttgcagcagcagactgaattggccataccaactttcgccaactcggttcctatatactcgctgcccagttccatgctaaacaaggaatgggaatcct 39460788  T
Q  407 tttttatgaactatgctggtggcctcaagaaagcaaatggtattatagtaaattcatttgaagagctagaatcccatgcagttcaatcctttttctctca 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39460789 tttttatgaactatgctggtggcctcaagaaagcaaatggtattatagtaaattcatttgaagagctagaatcccatgcagttcaatcatttttctctca 39460888  T
Q  507 ccctgatctagctagtttaccggttatttatccggcaggacccattataaacccagagctcaaaaccaagggaacagttggttcagacgatatcatcaag 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39460889 ccctgatctagctagtttaccggttatttatccggcaggacccattataaaccctgagcccaaaaccaagggaacagttggttcagatgatatcatcaag 39460988  T
Q  607 tggcttgatgatcaacctctttcctccgtagttttcctctgctttgggactaggggtaccttcgatgaggatcagattaaggagatcgcacatgctattg 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39460989 tggcttgatgatcaacctctttcctccgtagttttcctctgctttgggactaggggtaccttcgatgaggatcagattaaggagatcgcacatgccattg 39461088  T
Q  707 aggatagtggcgtccatt 724  Q
    ||||||||||||||||||    
T  39461089 aggatagtggcgtccatt 39461106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 14 - 708
Target Start/End: Original strand, 39486608 - 39487305
Alignment:
Q  14 tcatcaaccttccagaagtttctcttcccccaaacatcgaaccaagttccagaatgaaggctttcctcgaagctcagaaaccaaacatcaaacaagccgt 113  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| |||     ||||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  39486608 tcatcaaccttccagaatgttctcttcccccaaacaccgaaccacgttttgtcatgaacgctctccttgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagctgt 39486707  T
Q  114 ctctgatctcactactagagaacaaca------tggaaccctcacagcctttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatattgccaaagaattt 207  Q
     ||  | |||||||||||||||  |||      ||||  |||  | ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  39486708 atccaacctcactactagagaaggacaaccacctggacaccttgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatattgccaaagaattt 39486807  T
Q  208 tcagtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcttcccttggttcaaatcttcatatccacactcttcgtgaaagagacaacgtagattcaaatc 307  Q
    ||  ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||  |||||||  |  || ||| | ||||||||   |||| |||||||| | ||||||| ||    
T  39486808 tccatccctgcgctcatcttcttcacttccggtgttgcttttcttggtttgatgctccatcttcacactctgtttgaacgagacaacatcgattcaactc 39486907  T
Q  308 agttgcagcagcagactgaattggccataccaactttcgccaactcggttcctatatactcgctgcccagttccatgctaaacaaggaatgggaatcctt 407  Q
    |||||| ||||||||  ||  | ||||| |||| ||| ||||||||| |||| ||  ||||| ||||||||| | ||||| |||||||||  ||||| ||    
T  39486908 agttgctgcagcagaacgaggtagccatcccaagttttgccaactcgattccaattaactcgttgcccagtttcctgctacacaaggaatatgaatcgtt 39487007  T
Q  408 ttttatgaactatgctggtggcctcaagaaagcaaatggtattatagtaaattcatttgaagagctagaatcccatgcagttcaatcctttttctctcac 507  Q
    ||| ||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||     
T  39487008 tttcatgaactttgccggtggcatcaaaaaagcaaatgccattatagtaaattcatttgaagagttagaatcacatgctgttcaatcctttttctctcat 39487107  T
Q  508 cctgatctagctagtttaccggttatttatccggcaggacccattataaacccagagctcaaaaccaagggaacagttggttcagacgatatcatcaagt 607  Q
    |||||||||||    |||||||   | ||||| |  |||||| |  ||||||| |||| |||||| ||||| || | ||  || || |||||||||||||    
T  39487108 cctgatctagcagaattaccgg---tatatccagtgggacccttattaaaccccgagcccaaaactaagggcaccgatgagtctgatgatatcatcaagt 39487204  T
Q  608 ggcttgatgatcaacctctttcctccgtagttttcctctgctttgggactaggggtaccttcgatgaggatcagattaaggagatcgcacatgctattga 707  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||  | ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  39487205 ggcttgatgatcaacctccttcctcggtagttttcctctgcttcgggagcaggggctctttcgatgaggatcaggttaaagagattgcacatgctattga 39487304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 11 - 716
Target Start/End: Original strand, 39451140 - 39451848
Alignment:
Q  11 acatcatcaaccttccagaagtttctcttcccccaaacatcgaaccaagttccaga---atgaaggctttcctcgaagctcagaaaccaaacatcaaaca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||| ||| |      |||   ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  39451140 acatcatcaaccttccagaagtttctcttcctccaaacaccaatccaggtttcgcttccatgcctgctctcctcgaagctcagaaaccaaatgtcaaaca 39451239  T
Q  108 agccgtctctgatctcactactagagaac---aacatggaaccctcacagcctttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatattgccaaagaa 204  Q
    |||||| ||| | ||||||||| ||| |    || |||||  |||| |  || | |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  39451240 agccgtttctaacctcactactggaggaggagaaaatggagtcctcgccaccatcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatattgccaaagaa 39451339  T
Q  205 ttttcagtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcttcccttggttcaaatcttcatatccacactcttcgtgaaagagacaacgtagattcaa 304  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||  ||||||||||| || || || |||||| |||||||||| |||||||    
T  39451340 ttttcagttcctatgctcgtcttcttcacttctggcgttgcttcccttggtttgaatcttcatattcataccctccgtgaacgagacaacgttgattcaa 39451439  T
Q  305 atcagttgcagcagcagactgaattggccataccaactttcgccaactcggttcctatatactcgctgcccagttccatgctaaacaaggaatgggaatc 404  Q
     |||||||||||||||||  || || ||||| || ||||||||  ||| | |||||  |  |||  ||||  ||||| | |||| ||||||||||||| |    
T  39451440 ctcagttgcagcagcagaaagagttagccatcccgactttcgctcacttgtttccttcaagctcattgcctggttccgtcctaagcaaggaatgggaacc 39451539  T
Q  405 cttttttatgaactatgctggtggcctcaagaaagcaaatggtattatagtaaattcatttgaagagctagaatcccatgcagttcaatcctttttctct 504  Q
     ||||| |||| ||     |  ||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||  |    
T  39451540 gtttttcatgagcttcatagaaggcctcaagaatgccgatggcattatagtaaattcatttgaagagctagaatcacacgcggttcactcctttttcaat 39451639  T
Q  505 caccctgatctagctagtttaccggttatttatccggcaggacccattataaacccagagctcaaaaccaagggaacagttggttcagacgatatcatca 604  Q
    || |||||  || | ||||||||  |||| ||||||| |||||| ||  |||  || |||| |||||||||||     ||||||||    ||||||||||    
T  39451640 catcctgaattaacaagtttaccaattatatatccggtaggacctatattaagtcctgagcccaaaaccaaggacgttgttggttc---tgatatcatca 39451736  T
Q  605 agtggcttgatgatcaacctctttcctccgtagttttcctctgctttgggactaggggtaccttcgatgaggatcagattaaggagatcgcacatgctat 704  Q
    | ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||  ||||||   ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  39451737 actggcttgatgatcaacctctttcttctgttgttttcctctgctttgggagcaggggttgtttcgatgaggaccaggttaaggagatcgcacatgctat 39451836  T
Q  705 tgaggatagtgg 716  Q
    |||| |||||||    
T  39451837 tgagaatagtgg 39451848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 155 - 716
Target Start/End: Complemental strand, 39464440 - 39463882
Alignment:
Q  155 cctttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatattgccaaagaattttcagtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcttcccttgg 254  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| || |||| |||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  39464440 ccttcgttgttgacatgttctgcaccaacatgattgatgttgccaaggaattttccgtccctgcgtttgtgttcttcacttcgagtgttgctttccttgg 39464341  T
Q  255 ttcaaatcttcatatccacactcttcgtgaaagagacaacgtagattcaaatcagttgcagcagcagactgaattggccataccaactttcgccaactcg 354  Q
    ||  ||||||||||| |||||| |   |||| |||||||||| ||||||| |||| || |||| | |||||||||| || | || | |||||| |||||     
T  39464340 tttgaatcttcatattcacactttgtttgaacgagacaacgtcgattcaactcagctggagcaactgactgaattgtccctcccgagtttcgctaactcc 39464241  T
Q  355 gttcctatatactcgctgcccagttccatgctaaacaaggaatgggaatccttttttatgaactatgctggtggcctcaagaaagcaaatggtattatag 454  Q
    ||||||| | | ||| |||||||| |  |  ||  ||||||||  || || ||||| |||| ||||||    ||||||||||| ||  ||||| ||||||    
T  39464240 gttcctacaaaatcgttgcccagtgcagtaatacgcaaggaatccgagtcgtttttcatgagctatgcaaaaggcctcaagaaggctgatggttttatag 39464141  T
Q  455 taaattcatttgaagagctagaatcccatgcagttcaatcctttttctctcaccctgatctagctagtttaccggttatttatccggcaggacccattat 554  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |  ||  ||||||| |||||| |   || ||||| |  ||||||||  |    
T  39464140 taaattcatttgaagagctagaatcccatgcagttcattcatttttatctgatactattctagctggtttacgg---atatatcctgtgggacccatatt 39464044  T
Q  555 aaacccagagctcaaaaccaagggaacagttggttcagacgatatcatcaagtggcttgatgatcaacctctttcctccgtagttttcctctgctttggg 654  Q
    ||||||||||| |||||||||||   |  ||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||    
T  39464043 aaacccagagcccaaaaccaaggaccccattgattatgatgatatcatcaagtggcttgatgatcaacctccttcctcagtagttttcctctgcttcggg 39463944  T
Q  655 actaggggtaccttcgatgaggatcagattaaggagatcgcacatgctattgaggatagtgg 716  Q
    |  || ||| | |||||||| |||||| |||||||||| |||| |||||||||| |||||||    
T  39463943 agcagaggttctttcgatgaagatcaggttaaggagattgcacttgctattgagaatagtgg 39463882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 161 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 39458173 - 39457641
Alignment:
Q  161 ttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatattgccaaagaattttcagtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcttcccttggttc-aa 259  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  39458173 ttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatgttgtaaaagaattttctgtccctacgctcgtcttcttcacttccggtgttgctttccttggtttgaa 39458074  T
Q  260 atcttcatatccacactcttcgtgaaagagacaacgtagattcaaatcagttgcagcagcagactgaattggccataccaactttcgccaactcggttcc 359  Q
    |||||||||| || | | |   |||| |||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||| | |  |||||| ||||| |||||    
T  39458073 atcttcatattcataatatgtttgaacgagacaacgttgattccactcagttgctgcagcagactgagttggccatccgaggtttcgctaactcagttcc 39457974  T
Q  360 tatatactcgctgcccagttccatgctaaacaaggaatgggaatccttttttatgaactatgctggtggcctcaagaaagcaaatggtattatagtaaat 459  Q
    |  | || |  ||||||||||  |||||  |||||||||||| ||||| || |||| ||||||    || |||||||| ||  |||  ||||| ||||||    
T  39457973 ttcaaacactttgcccagttcagtgctacgcaaggaatgggagtccttcttcatgagctatgcgaaaggtctcaagaatgctgatgccattattgtaaat 39457874  T
Q  460 tcatttgaagagctagaatcccatgcagttcaatcctttttctctcaccctgatctagctagtttaccggttatttatccggcaggacccattataaacc 559  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||||  |||||||    || ||||||| |||||| ||  ||||||    
T  39457873 tcatttgaagagctagaatcctatgccgttcactcctttgtctctcatcctgatctagcaggtttacc---catatatccggtaggaccaatattaaacc 39457777  T
Q  560 cagagctcaaaaccaagggaacagttggttcagacgatatcatcaagtggcttgatgatcaacctctttcctccgtagttttcctctgctttgggactag 659  Q
    |  ||| |||||||||| |  |  ||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||  ||    
T  39457776 ccaagcccaaaaccaagagcgccattgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcaacctccttcctcggaagttttcctctgcttcgggagcag 39457677  T
Q  660 gggtaccttcgatgaggatcagattaaggagatcgc 695  Q
    |||    ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39457676 ggggtttttcgatgaggatcaggttaaggagatcgc 39457641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 11 - 716
Target Start/End: Original strand, 39475646 - 39476360
Alignment:
Q  11 acatcatcaaccttccagaagtttctcttcccccaaacatcgaaccaagttccaga---atgaaggctttcctcgaagctcagaaaccaaacatcaaaca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |      ||||  ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  39475646 acatcatcaaccttccagaagtttctcttcccccaaacaccgatccaggtttctcttccatgacagctctcctcgaagctcagaaaccaaacgtaaaaca 39475745  T
Q  108 agccgtctctgatctcactactagaga---acaacatggaaccctcacagcctttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatattgccaaagaa 204  Q
    ||| |||||  | ||||||||||||||   ||||||||||  |||| | ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||  || ||||||| ||     
T  39475746 agctgtctccaacctcactactagagaaggacaacatggacacctcgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgatcaatgttgccaatgag 39475845  T
Q  205 ttttcagtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcttcccttggttcaaatcttcatatccacactcttcgtgaaagagacaacgtagattcaa 304  Q
    ||    ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| |  |  |||||||||||||| ||||||| || ||||| |    
T  39475846 ttcaatgtccctacgctcgttttcttcacttctggtgttgcttcccttggtttgaatctttacctttacactcttcgtgaacgagacaatgtcgattcga 39475945  T
Q  305 atcagttgcagcagcagactgaattggccataccaactttcgccaactcggttcctatatactcgctgcccagttccatgctaaacaaggaatgggaatc 404  Q
     |||| ||| || |||||  ||  | ||||| || | |||||||||| | ||||||  | | ||  |||||||||   ||||| ||||||||||||| ||    
T  39475946 ctcagctgctgctgcagaacgaggtagccatcccgagtttcgccaaccccgttccttcaaaatcattgcccagttttgtgctacacaaggaatgggagtc 39476045  T
Q  405 cttttttatga-actatgctggtggcctcaagaaagcaaatggtattatagtaaattcatttgaagagctagaatcccatgcagttcaatcctttttctc 503  Q
     ||||| |||| ||| |||  | ||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||    
T  39476046 gtttttcatgagact-tgcaagaggcctcaagaaagtaaatggcattatagtaaactcatttgaagagctagaatcacatgcggttcactcttttttctc 39476144  T
Q  504 tcaccctgatctagctagtttaccggttatttatccggcaggacccattataaacccagagctcaaaaccaagggaacagt------tggttcagacgat 597  Q
    ||| ||||||||| |   | |||   | || |||||||  |||||  |  ||||||  |||| |||||| ||||| || ||      || ||| || |||    
T  39476145 tcatcctgatctatcggatatac---tgatatatccggtgggacctttattaaaccttgagcccaaaacaaagggcactgttgacgctgattctgatgat 39476241  T
Q  598 atcatcaagtggcttgatgatcaacctctttcctccgtagttttcctctgctttgggactaggggtaccttcgatgaggatcagattaaggagatcgcac 697  Q
     | || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||   || ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  39476242 gtaatgaagtggcttgatgatcaacctccttcctccgtagttttcctctgcttcgggagtaggggttattttgatgaagatcaggttaaggagatcgcac 39476341  T
Q  698 atgctattgaggatagtgg 716  Q
    ||||| ||||| |||||||    
T  39476342 atgctgttgagaatagtgg 39476360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 14 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 39470783 - 39470099
Alignment:
Q  14 tcatcaaccttccagaagtttctcttcccccaaacatcgaaccaagttccagaatgaaggctttcctcgaagctcagaaaccaaacatcaaacaagccgt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |   || ||| ||||    ||||| ||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||  |    
T  39470783 tcatcaaccttccagaagtttctgttctcccaacctctgatccaggttcggatatgaacgctctcctcgaagctcataaagcaaacgtcaaacaagctat 39470684  T
Q  114 ctctgatctcactactagagaacaacatggaaccctcacagcctttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatattgccaaagaattttcagtc 213  Q
    |||  | ||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||  |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||    
T  39470683 ctccaacctcactactggagaacaacatggacccctcgccgctgtcattgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaattttccctc 39470584  T
Q  214 cctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcttcccttggttcaaatcttcatatccacactcttcgtgaaagagacaacgtagattcaaatcagttgc 313  Q
    ||| || |||| || |||||||||||  |||||| ||||||||  |||||  |||| ||   |||   |||| |||||| |   ||||| | |||||||     
T  39470583 cctgcgtttgtgttgttcacttccggcattgctttccttggtttgaatctctatattcaatatctgtttgaacgagacagcaccgattcgactcagttga 39470484  T
Q  314 agcagcagactgaattggccataccaactttcgccaactcggttcctatatactcgctgcccagttccatgctaaacaaggaatgggaatccttttttat 413  Q
     ||| |  || ||  || |||| || | ||| || ||  || ||||| || ||||| ||||||||||  ||||| |||||||||   ||||| | || ||    
T  39470483 tgcaactcacagagctgcccattccgagttttgctaatccgtttcctttaaactcgttgcccagttcagtgctacacaaggaatacaaatccgtcttcat 39470384  T
Q  414 gaactatgctggtggcctcaagaaagcaaatggtattatagtaaattcatttgaagagctagaatcccatgcagttcaatcctttttctctcaccctgat 513  Q
    || ||  ||    ||||||||||| ||  |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| || ||     
T  39470383 gagcttcgccaaaggcctcaagaatgccgatggcattattgtcaattcatttgaagagctagaatcctatgcggttcactcctttttctctcatcccgaa 39470284  T
Q  514 ctagctagtttaccggttatttatccggcaggacccattataaacccagagctcaaaaccaagggaacagttggttcagacgatatcatcaagtggcttg 613  Q
    |||||| ||||| |    || |||||   |||||||||  |||||| ||||| |||||||||||| || |||| ||| ||||||||  ||||||||||||    
T  39470283 ctagctggtttatc---catatatccaataggacccatattaaacctagagcccaaaaccaagggcaccgttgattctgacgatattgtcaagtggcttg 39470187  T
Q  614 atgatcaacctctttcctccgtagttttcctctgctttgggactaggggtaccttcgatgaggatcagattaaggagatcgcacatgct 702  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||  | ||||   ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||    
T  39470186 atgatcagcctccttcctcggtagttttcctctgcttcgggagca-gggttttttcgatgaggatcaggttaaggggatcgcacttgct 39470099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 11 - 716
Target Start/End: Original strand, 39472176 - 39472878
Alignment:
Q  11 acatcatcaaccttccagaagtttctcttcccccaaacatcgaaccaagttccagaatgaaggctttcctcgaagctcagaaaccaaacatcaaacaagc 110  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||  || | | || ||   ||||  ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  39472176 acatcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggtccctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagt 39472275  T
Q  111 cgtctctgatctcactactagagaacaacatggaaccctcacagcctttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatattgccaaagaattttca 210  Q
     || ||| | |||| ||| |||  | || |||||  |||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||     
T  39472276 agtatctaacctcattaccagatcagaaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagagttctct 39472375  T
Q  211 gtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcttcccttggttcaaatcttcatatccacactcttcgtgaaagagacaacgtagattcaaatcagt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |  | | ||||| |  ||||||||||| || ||||||| ||  |||||| | |||    
T  39472376 gtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcgttccttggattgagttttcatctttacactcttcgtcaacgagacaatgtctattcaactaagt 39472475  T
Q  311 tgcagcagcagactgaattggccataccaactttcgccaactcggttcctatatactcgctgcccagttccatgctaaacaaggaatgggaatccttttt 410  Q
    ||   || |  ||||| |||||  | || | |||||| |||| |||||| | | |  |  |||||||| |  |||||| ||| |||||||| || ||| |    
T  39472476 tgttacaactcactgacttggctgtcccgagtttcgctaacttggttccaacaaaagcattgcccagtgctgtgctaagcaaagaatgggagtcgtttat 39472575  T
Q  411 tatgaactatgctggtggcctcaagaaagcaaatggtattatagtaaattcatttgaagagctagaatcccatgcagttcaatcctttttctctcaccct 510  Q
     |||  ||||      ||||||||||| ||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  |||  ||| | |||    
T  39472576 gatgggctattggaaaggcctcaagaacgctgatggctttatagtaaattcatttgaagagctagaatcccacgcagttcactcgatttcatctgatcct 39472675  T
Q  511 gatctagctagtttaccggttatttatccggcaggacccattataaacccagagctcaaaaccaagggaacagttggttcagacgatatcatcaagtggc 610  Q
    | || |||| |||||||   ||| ||||||| ||| |||||  | ||||  |||| |||||||||||| || |||| ||| || || |||||||||||||    
T  39472676 ggtccagctggtttacc---tatatatccggtagggcccatactgaacctggagcccaaaaccaagggcaccgttgattccgatgacatcatcaagtggc 39472772  T
Q  611 ttgatgatcaacctctttcctccgtagttttcctctgctttgggactaggggtaccttcgatgaggatcagattaaggagatcgcacatgctattgagga 710  Q
    ||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||| || | || |||| | ||||| ||||||||| ||| | |||| |||   ||||||||| |    
T  39472773 ttgatgatcaacctgcatcctcagtagttttcctctgcttcggaagtatgggttctttcgacgaggatcaggttacgcagattgcatgcgctattgagaa 39472872  T
Q  711 tagtgg 716  Q
    ||||||    
T  39472873 tagtgg 39472878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 82 - 714
Target Start/End: Original strand, 39454850 - 39455473
Alignment:
Q  82 gaagctcagaaaccaaacatcaaacaagccgtctctgatctcactactagagaacaacatggaaccctcacagcctttgttgttgacatgttctgcacaa 181  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | |||| |||| | |||  |  ||||  |||| |||| || ||||||||||||| |||||||     
T  39454850 gaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagccgtatctaacctcattactggtgaagcaagtggagtcctcgcagctttcgttgttgacatgtcctgcacag 39454949  T
Q  182 acatgattgatattgccaaagaattttcagtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcttcccttggttcaaatcttcatatccacactcttcg 281  Q
     |||||||||| |||||||||| || ||  ||||||| || ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||  | |||  || | |||| | |       
T  39454950 ccatgattgatgttgccaaagagttctccatccctacactcgtcttcttcacttccagtgtagctttccttggtttgactctctatcttcacaatatgtt 39455049  T
Q  282 tgaaagagacaacgtagattcaaatcagttgcagcagcagactgaattggccataccaactttcgccaactcggttcctatatactcgctgcccagttcc 381  Q
    ||||     ||| |||||||||| |||||||| ||||||||  || || ||||| || |||||| |||| | | |||||  | ||||  ||||  |||||    
T  39455050 tgaa-----caa-gtagattcaactcagttgctgcagcagaacgagttagccattccgactttcaccaatttgtttccttcaaactcattgccacgttcc 39455143  T
Q  382 atgctaaacaaggaatgggaatccttttttatgaactatgctggtggcctcaagaaagcaaatggtattatagtaaattcatttgaagagctagaatccc 481  Q
     |||||| |||||||||| || |  |||| | || ||||||  | ||||||||||| ||  |||| || |||||||||||||||||||| || ||||| |    
T  39455144 ctgctaagcaaggaatggaaaccggttttcaagagctatgcaagaggcctcaagaatgccgatggaatcatagtaaattcatttgaagatcttgaatctc 39455243  T
Q  482 atgcagttcaatcctttttctctcaccctgatctagctagtttaccggttatttatccggcaggacccattataaacccagagctcaaaaccaagggaac 581  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| |||||  || | ||||||||  |||| ||||||| |||||| ||  |||  || |||| |||||||||||  |     
T  39455244 atgcggttcactcctttttctctcatcctgaattaacaagtttaccaattatatatccggtaggacctatattaagtcctgagcccaaaaccaaggacat 39455343  T
Q  582 agttggttcagacgatatcatcaagtggcttgatgatcaacctctttcctccgtagttttcctctgctttgggactaggggtaccttcgatgaggatcag 681  Q
     ||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |  |  |||   || ||||||||||||    
T  39455344 tgttggttc---tgatatcatcaagtggcttgatgatcaacctctttcctccgtcgttttcctttgcttcggaagcaaaggttgttttgatgaggatcag 39455440  T
Q  682 attaaggagatcgcacatgctattgaggatagt 714  Q
     ||||||||||||||  |||||||||| |||||    
T  39455441 gttaaggagatcgcatgtgctattgagaatagt 39455473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 16 - 293
Target Start/End: Original strand, 39483405 - 39483685
Alignment:
Q  16 atcaaccttccagaagtttctcttcccccaaacatcgaaccaagttccagaatgaaggctttcctcgaagctcagaaaccaaacatcaaacaagccgtct 115  Q
    |||||||||||||||  || ||||||||||||| |||| | |  |||    || || ||| |||| |||||||||||||||||||| | |||||| ||||    
T  39483405 atcaaccttccagaatgttatcttcccccaaacttcgatctagtttctgccatcaacgctctccttgaagctcagaaaccaaacataatacaagctgtct 39483504  T
Q  116 ctgatctcactactagagaa---caacatggaaccctcacagcctttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatattgccaaagaattttcagt 212  Q
    |  | |||||||||||||||   |||||||||  |||| | ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| || ||    ||    
T  39483505 ccaacctcactactagagaaggacaacatggacacctctccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatgttgccaatgagttcaatgt 39483604  T
Q  213 ccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcttcccttggttcaaatcttcatatccacactcttcgtgaaagagacaa 293  Q
    ||||||||| || |||| ||||| | ||||||||||||||||||  |||||| || | ||||||||||||||| |||||||    
T  39483605 ccctacgctcgttttctacactttcagtgttgcttcccttggtttgaatctttatcttcacactcttcgtgaacgagacaa 39483685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 427 - 716
Target Start/End: Original strand, 39483819 - 39484111
Alignment:
Q  427 ggcctcaagaaagcaaatggtattatagtaaattcatttgaagagctagaatcccatgcagttcaatcctttttctctcaccctgatctagctagtttac 526  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| || || ||||| || |||||| |||| || |||||| |   | |||    
T  39483819 ggcctcaagaaagtaaatggcattatagtaaattcattttaagagctagaatctcacgcggttcactcttttttcactcatccagatctatcggatatac 39483918  T
Q  527 cggttatttatccggcaggacccattataaacccagagctcaaaaccaagggaacagttgg------ttcagacgatatcatcaagtggcttgatgatca 620  Q
     |   || |||||||  |||||  |  ||||||| ||||  ||||| ||||| || ||||       ||| || ||||| || ||||||||| || ||||    
T  39483919 ag---atatatccggtgggacctttattaaaccctgagcctaaaacaaagggcactgttgacgctgattctgatgatataatgaagtggcttcataatca 39484015  T
Q  621 acctctttcctccgtagttttcctctgctttgggactaggggtaccttcgatgaggatcagattaaggagatcgcacatgctattgaggatagtgg 716  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   || ||||| |||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  39484016 acctccttcctccgtagttttcctctgctttgggagtaggggttattttgatgaagatcaggttaaggagatcgcacatgttgttgagaatagtgg 39484111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 14 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 39464560 - 39464457
Alignment:
Q  14 tcatcaaccttccagaagtttctcttcccccaaacatc-gaaccaagttccagaatgaaggctttcctcgaagctcagaaaccaaacatcaaacaagccg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || ||| |||||   ||||| ||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  39464560 tcatcaaccttccagaagtttctcttcccc-aaacctctgatccaggttccgctatgaacgctctccttgatgctcacaaaccaaacgtcaaacaagccg 39464462  T
Q  113 tctct 117  Q
    |||||    
T  39464461 tctct 39464457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 43312420 - 43312318
Alignment:
Q  154 gcctttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatattgccaaagaattttcagtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcttcccttg 253  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||| | || || || |||   |||||| | || |||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  43312420 gccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatgtagctaatgactttggtgtcccttccctcgtctacttcacttccggtgttgctttccttg 43312321  T
Q  254 gtt 256  Q
    |||    
T  43312320 gtt 43312318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 607 - 708
Target Start/End: Complemental strand, 43311964 - 43311863
Alignment:
Q  607 tggcttgatgatcaacctctttcctccgtagttttcctctgctttgggactaggggtaccttcgatgaggatcagattaaggagatcgcacatgctattg 706  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||  | |||| | |||||||||||||| |||| |||||| ||  |||||||||    
T  43311964 tggctcgatgaccaacctctttcgtccgtagtttatctttgctttgggagcaagggttctttcgatgaggatcaaattagggagattgcgtatgctattg 43311865  T
Q  707 ag 708  Q
    ||    
T  43311864 ag 43311863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 430 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 43312144 - 43312083
Alignment:
Q  430 ctcaagaaagcaaatggtattatagtaaattcatttgaagagctagaatcccatgcagttca 491  Q
    ||||||||||||| |||  | ||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  43312144 ctcaagaaagcaagtggggtcatagtaaattcgtttcaggagctagaatctcatgcagttca 43312083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University