View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5589_low_26 (Length: 353)

Name: NF5589_low_26
Description: NF5589
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5589_low_26
NF5589_low_26
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (13-343)||(22876030-22876360)
chr7 (13-343)||(22815141-22815471)
chr7 (13-343)||(22889406-22889736)
chr7 (13-343)||(22898377-22898707)
chr7 (13-343)||(22805423-22805753)
chr7 (13-343)||(22809758-22810088)
chr7 (13-343)||(22840166-22840496)
chr7 (13-343)||(22831145-22831475)
chr7 (16-344)||(22880681-22881009)
chr7 (13-337)||(22894058-22894382)
chr7 (13-340)||(22842266-22842605)
chr7 (14-239)||(22885709-22885930)
chr7 (157-340)||(22858677-22858860)
chr7 (14-343)||(22913783-22914112)
chr7 (16-102)||(22858579-22858665)
chr7 (309-341)||(22885937-22885969)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (13-343)||(21150270-21150600)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 13 - 343
Target Start/End: Original strand, 22876030 - 22876360
Alignment:
Q  13 caccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaac 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22876030 caccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaac 22876129  T
Q  113 aacaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgttt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22876130 aacaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgttt 22876229  T
Q  213 ttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccat 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22876230 ttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtatcattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccat 22876329  T
Q  313 caatatataaatgtgatgattggaatccatt 343  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  22876330 caagatataaatttgatgattggaatccatt 22876360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 13 - 343
Target Start/End: Original strand, 22815141 - 22815471
Alignment:
Q  13 caccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaac 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  22815141 caccaaaaacatggttgttactgtttccattgttggaatcgttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaag 22815240  T
Q  113 aacaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgttt 212  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||| || |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22815241 aacaaaaacaattccttggccactaaaaggtggatattgaggtcttattgcaaacacaaaagtagttgagaaagaagacacactttcattggaagtgttt 22815340  T
Q  213 ttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22815341 ttgaaaactataggatttggatagaaagcatatcctttggctctttctgtatcattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccat 22815440  T
Q  313 caatatataaatgtgatgattggaatccatt 343  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  22815441 caagatttaaatgtgatgattggaatccatt 22815471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 13 - 343
Target Start/End: Original strand, 22889406 - 22889736
Alignment:
Q  13 caccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaac 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||     
T  22889406 caccaaaaacatggttgctactgtttccactgttggaatcgttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatctggtagcccttttgttggagaaat 22889505  T
Q  113 aacaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgttt 212  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||    
T  22889506 aacaaaaacaattccatggccaccaatatttgcatattgaggtattatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacgctttcactggaagtgttt 22889605  T
Q  213 ttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccat 312  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  22889606 ttgaaaactattggatttggatagaaaccatgtcctttgtctctttctgtatcattggtgagttttagtaagccatttgtagttaactcagcaataccat 22889705  T
Q  313 caatatataaatgtgatgattggaatccatt 343  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22889706 caagatataaatgtgatgattggaatccatt 22889736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 13 - 343
Target Start/End: Original strand, 22898377 - 22898707
Alignment:
Q  13 caccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaac 112  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  22898377 caccaaaaacatggttgctactatttccattgttggatttgttaaagagaccaaggtattgactttgtagtgaatttggtagcccttttgtaggagagac 22898476  T
Q  113 aacaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgttt 212  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||     
T  22898477 aacaaaaacaattccatggccactaagagttggatattgaggtcttatggcaaacacaaaagtagttgagaaagaagaaacacttccattagaagtgttc 22898576  T
Q  213 ttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |  |  |||| |||||||||| | ||||||||||| |||||||| | |||||||||||    
T  22898577 ttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgctttttcttgcttggtatcattggtgagtctaagtaagccattggaggttaaattagcaataccat 22898676  T
Q  313 caatatataaatgtgatgattggaatccatt 343  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  22898677 caagatataaatgtgatgattggaaaccatt 22898707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 13 - 343
Target Start/End: Original strand, 22805423 - 22805753
Alignment:
Q  13 caccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaac 112  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||     
T  22805423 caccaaaaacatggttgccactgtttccattgttggaatcattaaagagaccaaggtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgttggagaaag 22805522  T
Q  113 aacaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgttt 212  Q
    |||||||||||||||||  ||| ||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  22805523 aacaaaaacaattccatggccagtaaaaggtggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacactttcactggaagtgttt 22805622  T
Q  213 ttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccat 312  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| || | | |||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  22805623 ttgaaaactattggatttggatagaaagcatgacctattacttgttctgtatcattggtgagtcttagtatgccatctgaggttaactcagcaaaaccat 22805722  T
Q  313 caatatataaatgtgatgattggaatccatt 343  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22805723 caagatataaatgtgatgattggaatccatt 22805753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 13 - 343
Target Start/End: Original strand, 22809758 - 22810088
Alignment:
Q  13 caccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaac 112  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||||| || |  ||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  22809758 caccgaaaacatggttactactgtttccattgttggattggttaaagagaccaagatattgacttgcttttgaatttggcagcccttttgtaggtgaaac 22809857  T
Q  113 aacaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgttt 212  Q
    |||||| ||||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||  |||||||    
T  22809858 aacaaatacaattccatgggaactaagagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagatacactttcactgatagtgttt 22809957  T
Q  213 ttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccat 312  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  22809958 ttgaaaactacaggatttggatagaaagcatgtcctttttcatgttctgtatcattggtgagtcttagtaagccatctggggttaactcagcaataccat 22810057  T
Q  313 caatatataaatgtgatgattggaatccatt 343  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  22810058 caagatataaatgtgatgattggaaaccatt 22810088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 13 - 343
Target Start/End: Original strand, 22840166 - 22840496
Alignment:
Q  13 caccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaac 112  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||| || | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  22840166 caccaaaaacatggttgccaccgtttccaatgttggattggttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaat 22840265  T
Q  113 aacaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgttt 212  Q
    ||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||||  || | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||    
T  22840266 aacgaaaacaattccatggccactaagagttggatatgaagattttatggaaaatacaaaagtagttgagaaagaagaaacacttccgctggaagtgttt 22840365  T
Q  213 ttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | || ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||  ||||||    
T  22840366 ttgaaaactataggatttggatagaaagcttgtcctttttcttgttttgtatcattggtgagtcttagtaagccagttgaggctaactcagcggtaccat 22840465  T
Q  313 caatatataaatgtgatgattggaatccatt 343  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  22840466 caagatataaatttgatgattggaatccatt 22840496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 13 - 343
Target Start/End: Original strand, 22831145 - 22831475
Alignment:
Q  13 caccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaac 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  22831145 caccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaag 22831244  T
Q  113 aacaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgttt 212  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||    | | |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  22831245 aacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaatacaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcattcgaagtgttt 22831344  T
Q  213 ttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccat 312  Q
    || ||||||||| |||||||||||||| ||| | || | ||     | |||| |||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  22831345 ttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactcagcaataccat 22831444  T
Q  313 caatatataaatgtgatgattggaatccatt 343  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  22831445 caagatataaatgtgatgattggaaaccatt 22831475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 16 - 344
Target Start/End: Original strand, 22880681 - 22881009
Alignment:
Q  16 caaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaacaac 115  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||  || ||| ||||||||||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  22880681 caaaaacatggttgctaatgtttccagtgttgaaagtgtcaaagagaccaaggtatttacttggtagcgaatttggtagcccttttgttggtgaaacaac 22880780  T
Q  116 aaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgtttttg 215  Q
    |||||||| |||||  |||| | ||| || |||   || | | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  22880781 aaaaacaagtccatggccacaagtagctgtatacctagatttgatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaatacacactttcattggaagtgtttttg 22880880  T
Q  216 aaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccatcaa 315  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |   |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||    
T  22880881 aaaactataggatttggatagaaagcatatcctttggctctttctgtgtcattggtgagtcttagtaagccatttgagtttaccttagcaataccatcaa 22880980  T
Q  316 tatataaatgtgatgattggaatccattg 344  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22880981 gatataaatgtgatgaatggaatccattg 22881009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 337
Target Start/End: Original strand, 22894058 - 22894382
Alignment:
Q  13 caccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaac 112  Q
    |||||||||| |||||||||   ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||  || | | ||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  22894058 caccaaaaacgtggttgctaggatttccattgttggaatcgtcaaagagaccaaggtatgaaccttggagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaag 22894157  T
Q  113 aacaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgttt 212  Q
    |||||||||||||||||  ||||||  |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||     
T  22894158 aacaaaaacaattccatggccactataagttggaccttgatgtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaatgaagaaacacttccattggaagtgttc 22894257  T
Q  213 ttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccat 312  Q
    || ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| | ||  || | |||||||||| ||||||||||||| |||||||| | |||||||||||    
T  22894258 ttcaaaactatagggtttggatagaaagcatgtgctttttcttgtttggtgtcattggtgagtcttagtaagccattggaggttaaattagcaataccat 22894357  T
Q  313 caatatataaatgtgatgattggaa 337  Q
    ||| ||| ||||| |||||||||||    
T  22894358 caagatacaaatgagatgattggaa 22894382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 340
Target Start/End: Original strand, 22842266 - 22842605
Alignment:
Q  13 caccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaac 112  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||     
T  22842266 caccaaaaacatggttgctactatttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatttggttgcccttttgtaggtgaaag 22842365  T
Q  113 ----aacaa--aaacaattccatcaccactaatagtt------ggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttcca 200  Q
        |||||  ||||||| || |  ||||||| ||||      |||| | ||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22842366 ttgaaacaacaaaacaatcccgtggccactaagagttagttctggatctggagattttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacactttca 22842465  T
Q  201 ttggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaact 300  Q
     | |||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||| ||||| |  | || ||||| |||||||||| || ||||||||  |||||||||||    
T  22842466 ctagaagtgtttttgaaaactattggttttggatataaagcatgacctttgtattgttttgtatcattggtgagtcttggtaagccacctgaggttaact 22842565  T
Q  301 cagcaataccatcaatatataaatgtgatgattggaatcc 340  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||    
T  22842566 cagcaataccatcaagatacaaatgaaatgattggaatcc 22842605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 14 - 239
Target Start/End: Original strand, 22885709 - 22885930
Alignment:
Q  14 accaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaaca 113  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| |  | ||||||| |||||||||||||||||||| |||| |    
T  22885709 accaaaaacatggctgctactgtttccattgttggaattgtta--gagaccaaggtattaatattgtagtgaatttggtagcccttttgtaggtgaaata 22885806  T
Q  114 acaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgtttt 213  Q
    ||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||| || | |||| ||||||| | || ||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||    
T  22885807 acaaaaacaattccatggccactatgagttggatattaagattttatagcaaataaagaattagttgagaaagaagacacactttcactg--agtgtttt 22885904  T
Q  214 tgaaaactataggatttggatagaaa 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  22885905 tgaaaactataggatttggatagaaa 22885930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 157 - 340
Target Start/End: Original strand, 22858677 - 22858860
Alignment:
Q  157 ttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcata 256  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || | || |     
T  22858677 ttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgctgtatcttg 22858776  T
Q  257 ttctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccatcaatatataaatgtgatgattggaatcc 340  Q
      |  ||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22858777 cccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatcc 22858860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 14 - 343
Target Start/End: Original strand, 22913783 - 22914112
Alignment:
Q  14 accaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaaca 113  Q
    |||||||||||||||  |  |||||||||||||||| |  || || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| |    
T  22913783 accaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgattcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaacccttttgttggagaaaga 22913882  T
Q  114 acaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgtttt 213  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| | | ||| | | || | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| | | | |       || |    
T  22913883 acaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaagatacattactactacttccattgt 22913982  T
Q  214 tgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccatc 313  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||  | |  || || |||||| | | ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  22913983 tgaaaactatagggtttggatagaaagcatgacccttttgttgtcttgaatcattggttaatcttagtaaaccatttgaggttaattcagcaacaccatc 22914082  T
Q  314 aatatataaatgtgatgattggaatccatt 343  Q
    || ||||||||||||||||| ||| |||||    
T  22914083 aagatataaatgtgatgatttgaaaccatt 22914112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 102
Target Start/End: Original strand, 22858579 - 22858665
Alignment:
Q  16 caaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttg 102  Q
    |||| |||||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||| |||||||||||||   ||| ||||| | ||||||||||||||    
T  22858579 caaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatcgttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatctggtagcccttttg 22858665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 309 - 341
Target Start/End: Original strand, 22885937 - 22885969
Alignment:
Q  309 ccatcaatatataaatgtgatgattggaatcca 341  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22885937 ccatcaagatataaatgtgatgattggaatcca 22885969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 13 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 21150600 - 21150270
Alignment:
Q  13 caccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaac 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||     
T  21150600 caccaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgtgttggtagtgaatttggtagctcttttgtaggagaaat 21150501  T
Q  113 aacaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgttt 212  Q
    |||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |   ||||||||||    
T  21150500 aacaaaaacaattccatggccaccaagagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgaaaaagaaaacacactttcgccggaagtgttt 21150401  T
Q  213 ttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccat 312  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||  ||||||| | | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150400 tcgaaaactataggatttggatagaaagcatgccctatttcatgatctgtatcactagtgagtcttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccat 21150301  T
Q  313 caatatataaatgtgatgattggaatccatt 343  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21150300 caagatataaatgtgatgattggaatccatt 21150270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University