View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5590-Insertion-2 (Length: 1130)

Name: NF5590-Insertion-2
Description: NF5590
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5590-Insertion-2
NF5590-Insertion-2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-1015)||(30516074-30517101)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (603-746)||(38894480-38894629)
chr2 (349-423)||(38894237-38894312)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 819; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 819; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1015
Target Start/End: Original strand, 30516074 - 30517101
Alignment:
Q  7 acttaataattctttttcctctccaacttcagtttcatttcatccaccttttctttttattcacagtggagatattagtgaacattcgattaagattaga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  30516074 acttaataattctttttcctctccaacttcagtttcatttcatccaccttttctttttactcacggtggagatattagtggccattcgattaagattaga 30516173  T
Q  107 cgattctgattcaaatttgctaatttaaaaagaaattaaaattttgcgttttaaatggaatggttcaaattcaagtttgatattttaaatagtaaattaa 206  Q
    | || || ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30516174 ctatcctaattcaaatttgctaatttaaaaaca--ttaaaattttgcattttaaattgaatggttcaaattcaagtttaatattttaaatagtaaattaa 30516271  T
Q  207 aaatatgcatttttggaatcataatccgaagtaaacctagatctcaatttgaaacagattgtgc-------at----------ttaagatcttgacatag 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||       ||          ||||||||||||| |||    
T  30516272 aaatatgcatttttggaatcataatccgaagtaaacctagatctcaatttagaaaagattgtgcgattaagatcagacgaccattaagatcttgacctag 30516371  T
Q  290 tgaatccgaattnnnnnnnn--ggatcataattaataagtgaatatatatacatgatgataaaatcaaatccaaccgttgattgatgaagggtgacaaat 387  Q
     |||||||||||          ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30516372 ggaatccgaattaaaaaaaaaaggatcataattgataagtgaatatatatacatgatgataaaatcaaatccaaccgttgattgatgaagggtgacaaat 30516471  T
Q  388 ggtttgcacaccaacaccaagaaaatccctagtttggcctcctcctccattctcttcaccttgcacatgtctacgtttagaagggtgcatttgtgaaaaa 487  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30516472 ggtttgcacaccaacaccaagaaaatccctagtttgccctcctcctccattctcttcaccttgcacatgtctacgtttagaagggtgcatttgtgaaaaa 30516571  T
Q  488 tcacatgcattattatgatcttcctcattgccaagactaatgagtaatgaacttgaagtaccatacataccagtaccaccaaacttgttcacatcattag 587  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30516572 tcacatgcattattatgatcttcctcattgccaagactaatgagtaatgaacttgaagtaccatacataccagtaccaccaaacttgttcacatcattag 30516671  T
Q  588 tactattattattactgcatttcaaacctaaacttccaaggaatgatgtatcagttgaagttgatccaatttgagcagctttttgtaacaaagctgtagc 687  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30516672 tactattattattactgcatttcaaacctaaacttccaaggaatgatgtatcagttgaagttgatccaatttgagcagctttttgtaacaaagctgtagc 30516771  T
Q  688 tgacatgtttgctgaagatgtttgatgtgatatttggtgttgtgagctgtacaaggaagaaatttgttgacttgtagcatcatgagaaacatccttaaca 787  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30516772 tgacatgtttgctgaagatgtttgatgtgatatttggtgttgtgagctgtacaaggaagaaatttgttgacttgtagcatcatgagaaacatccttaaca 30516871  T
Q  788 ttaacattaatgtttcctagtggaagtgaagttgtagtactagtaattaattcttggctgcaattgtttgaaagtttagttccaaaaacccaatttagct 887  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30516872 ttaacattaatgtttcctagtggaagtgaagttgtagtactagtaattaattcttggctgcaattgtttgaaagtttagttccaaaaacccaatttagct 30516971  T
Q  888 gataattattagaatatggtggagggttctcatttccaccatacataatttctcttgaagatgagtcaatttgttgatgaatctcatgcaaactagaatt 987  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30516972 gataattattagaatatggtggagggttctcatttccaccatacataatttctcttgatgatgagtcaagttgttgttgaatctcatgcaaactagaatt 30517071  T
Q  988 tccattagtggt-gttatca-tgtttcatg 1015  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||||||||    
T  30517072 tccattggtggtggttatcattgtttcatg 30517101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 70; Significance: 5e-31; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 603 - 746
Target Start/End: Original strand, 38894480 - 38894629
Alignment:
Q  603 tgcatttcaaacctaaacttccaaggaatgatgtatcagttgaagttgatccaatttgagcagctttttgtaacaaagctgtagctgacatgtttgctga 702  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||| |||  |||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38894480 tgcatctcaaacctaagcttccaaggaataatgattcagttgaagttgtcccaatttgagcagctttttgcaacaaagctgttgctgacatgtttgctga 38894579  T
Q  703 agatgtttgatg-tgatat-----ttggtgttgtgagctgtacaaggaag 746  Q
     | ||||||||| ||| ||     ||||||||||||||| ||||||||||    
T  38894580 ggttgtttgatgatgagattgtgattggtgttgtgagctatacaaggaag 38894629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 349 - 423
Target Start/End: Original strand, 38894237 - 38894312
Alignment:
Q  349 aaatcaaatccaaccgttgattgatgaagggtgacaaatggtttgcac-accaacaccaagaaaatccctagtttg 423  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||  ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38894237 aaatcaaatccatccgtcgattgatgaactgtggcaaatggttagcaccaccaacaccaagaaaatccctagtttg 38894312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University