View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5590_high_9 (Length: 347)

Name: NF5590_high_9
Description: NF5590
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5590_high_9
NF5590_high_9
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (81-336)||(7010315-7010570)
chr6 (81-336)||(7007237-7007492)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (72-300)||(1350657-1350885)
chr7 (72-300)||(1384311-1384539)
chr7 (72-300)||(1390416-1390644)
chr7 (72-300)||(1358563-1358791)
chr7 (72-300)||(1394662-1394890)
chr7 (74-300)||(1374117-1374343)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 81 - 336
Target Start/End: Original strand, 7010315 - 7010570
Alignment:
Q  81 agaaaggatttgtgtaccgtgagaaccacagttcaccaggatattatgacggacgttactggacaatgtggaagttgcctttgtttggagcaactgatgc 180  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  7010315 agaaaggatttgtctaccgtgagaaccacagttcaccaggatactatgatggacgttactggacaatgtggaagttgcctttgtttggagccactgattc 7010414  T
Q  181 ttctcaagtgttgaaggagcttgctgaagctaaagctgcttacccagaatcattcatcagaatcattggatttgacaatgttcgtcaagtgcagtgcatt 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7010415 ttctcaagtgttgaaggagcttgctgaagctaaagctgcttacccagaatcattcatcagaatcattggatttgacaatgttcgtcaagtgcagtgcatt 7010514  T
Q  281 agtttcattgctcacacaccagcaacctactaagtttgatatatgcaccacccttt 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7010515 agtttcattgctcacacaccagcaacctactaagtttgatatatgcaccacccttt 7010570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 81 - 336
Target Start/End: Original strand, 7007237 - 7007492
Alignment:
Q  81 agaaaggatttgtgtaccgtgagaaccacagttcaccaggatattatgacggacgttactggacaatgtggaagttgcctttgtttggagcaactgatgc 180  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |    
T  7007237 agaaaggatttgtctaccgtgagaaccacagttcaccaggatactatgatggacgttactggacaatgtggaagttgcctttgttcggagccaccgattc 7007336  T
Q  181 ttctcaagtgttgaaggagcttgctgaagctaaagctgcttacccagaatcattcatcagaatcattggatttgacaatgttcgtcaagtgcagtgcatt 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7007337 ttctcaagtgttgaaggagcttgctgaagctaaagctgcttacccagaatcattcatcagaatcattggatttgacaatgttcgtcaagtgcagtgcatt 7007436  T
Q  281 agtttcattgctcacacaccagcaacctactaagtttgatatatgcaccacccttt 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7007437 agtttcattgctcacacaccagcaacctactaagtttgatatttgcaccacccttt 7007492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 141; Significance: 7e-74; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 72 - 300
Target Start/End: Original strand, 1350657 - 1350885
Alignment:
Q  72 tctacttgcagaaaggatttgtgtaccgtgagaaccacagttcaccaggatattatgacggacgttactggacaatgtggaagttgcctttgtttggagc 171  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1350657 tctacttgcagaaaggatttgtgtaccgtgagaaccacagttcaccaggatattatgacggacgttactggacaatgtggaagttgcctttgtttggagc 1350756  T
Q  172 aactgatgcttctcaagtgttgaaggagcttgctgaagctaaagctgcttacccagaatcattcatcagaatcattggatttgacaatgttcgtcaagtg 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |   | |||||||||  |  | ||  || | ||||| ||||| ||||| |||||||||||     
T  1350757 aactgatgcttctcaagtgttgaaggagcttgatgaagttgttgttgcttaccctaatgcctttgtccgtatcatcggattcgacaacgttcgtcaagtt 1350856  T
Q  272 cagtgcattagtttcattgctcacacacc 300  Q
    || ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  1350857 caatgcatcagtttcattgcacacacacc 1350885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 72 - 300
Target Start/End: Original strand, 1384311 - 1384539
Alignment:
Q  72 tctacttgcagaaaggatttgtgtaccgtgagaaccacagttcaccaggatattatgacggacgttactggacaatgtggaagttgcctttgtttggagc 171  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1384311 tctacttgcagaaaggatttgtgtaccgtgagaaccacagttcaccaggatattatgacggacgttactggacaatgtggaagttgcctttgtttggagc 1384410  T
Q  172 aactgatgcttctcaagtgttgaaggagcttgctgaagctaaagctgcttacccagaatcattcatcagaatcattggatttgacaatgttcgtcaagtg 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |   | |||||||||  |  | ||  || | ||||| ||||| ||||| |||||||||||     
T  1384411 aactgatgcttctcaagtgttgaaggagcttgatgaagttgttgttgcttaccctaatgcctttgtccgtatcatcggattcgacaacgttcgtcaagtt 1384510  T
Q  272 cagtgcattagtttcattgctcacacacc 300  Q
    || ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  1384511 caatgcatcagtttcattgcacacacacc 1384539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 72 - 300
Target Start/End: Original strand, 1390416 - 1390644
Alignment:
Q  72 tctacttgcagaaaggatttgtgtaccgtgagaaccacagttcaccaggatattatgacggacgttactggacaatgtggaagttgcctttgtttggagc 171  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1390416 tctacttgcagaaaggatttgtgtaccgtgagaaccacagttcaccaggatattatgacggacgttactggacaatgtggaagttgcctttgtttggagc 1390515  T
Q  172 aactgatgcttctcaagtgttgaaggagcttgctgaagctaaagctgcttacccagaatcattcatcagaatcattggatttgacaatgttcgtcaagtg 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |   | |||||||||  |  | ||  || | ||||| ||||| ||||| |||||||||||     
T  1390516 aactgatgcttctcaagtgttgaaggagcttgatgaagttgttgttgcttaccctaatgcctttgtccgtatcatcggattcgacaacgttcgtcaagtt 1390615  T
Q  272 cagtgcattagtttcattgctcacacacc 300  Q
    || ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  1390616 caatgcatcagtttcattgcacacacacc 1390644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 72 - 300
Target Start/End: Original strand, 1358563 - 1358791
Alignment:
Q  72 tctacttgcagaaaggatttgtgtaccgtgagaaccacagttcaccaggatattatgacggacgttactggacaatgtggaagttgcctttgtttggagc 171  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1358563 tctacttgcagaaaggatttgtgtaccgtgagaaccacagttcaccaggatactatgacggacgttactggacaatgtggaagttgcctttgtttggagc 1358662  T
Q  172 aactgatgcttctcaagtgttgaaggagcttgctgaagctaaagctgcttacccagaatcattcatcagaatcattggatttgacaatgttcgtcaagtg 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |   | |||||||||  |  | ||  || | ||||| ||||| ||||| |||||||||||     
T  1358663 aactgatgcttctcaagtgttgaaggagcttgatgaagttgttgttgcttaccctaatgcctttgtccgtatcatcggattcgacaacgttcgtcaagtt 1358762  T
Q  272 cagtgcattagtttcattgctcacacacc 300  Q
    || ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  1358763 caatgcatcagtttcattgcacacacacc 1358791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 72 - 300
Target Start/End: Original strand, 1394662 - 1394890
Alignment:
Q  72 tctacttgcagaaaggatttgtgtaccgtgagaaccacagttcaccaggatattatgacggacgttactggacaatgtggaagttgcctttgtttggagc 171  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1394662 tctacttgcagaaaggatttgtgtaccgtgagaaccacagttcaccaggatactatgacggacgttactggacaatgtggaagttgcctttgtttggagc 1394761  T
Q  172 aactgatgcttctcaagtgttgaaggagcttgctgaagctaaagctgcttacccagaatcattcatcagaatcattggatttgacaatgttcgtcaagtg 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |   | |||||||||  |  | ||  || | ||||| ||||| ||||| |||||||||||     
T  1394762 aactgatgcttctcaagtgttgaaggagcttgatgaagttgttgatgcttaccctaatgcctttgtccgtatcatcggattcgacaaagttcgtcaagtt 1394861  T
Q  272 cagtgcattagtttcattgctcacacacc 300  Q
    || ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  1394862 caatgcatcagtttcattgcacacacacc 1394890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 74 - 300
Target Start/End: Original strand, 1374117 - 1374343
Alignment:
Q  74 tacttgcagaaaggatttgtgtaccgtgagaaccacagttcaccaggatattatgacggacgttactggacaatgtggaagttgcctttgtttggagcaa 173  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1374117 tacttgcagaaaggatttgtgtaccgtgagaaccacagttcaccaggatactatgacggacgttactggacaatgtggaagttgcctttgtttggagcaa 1374216  T
Q  174 ctgatgcttctcaagtgttgaaggagcttgctgaagctaaagctgcttacccagaatcattcatcagaatcattggatttgacaatgttcgtcaagtgca 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |   | |||||||||  |  | ||  || | ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||    
T  1374217 ctgatgcttctcaagtgttgaaggagcttgatgaagttgttgttgcttaccctaatgcctttgtccgtatcatcggattcgacaacgttcgtcaagttca 1374316  T
Q  274 gtgcattagtttcattgctcacacacc 300  Q
     ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  1374317 atgcatcagtttcattgcacacacacc 1374343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University