View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5591-Insertion-3 (Length: 831)

Name: NF5591-Insertion-3
Description: NF5591
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5591-Insertion-3
NF5591-Insertion-3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-831)||(2927152-2927971)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 701; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 701; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 831
Target Start/End: Original strand, 2927152 - 2927971
Alignment:
Q  8 ttgagtttatagatgagatgatcaaggtttgatctctacaagataaagtacgtttagtttatgaattaaatgatcgaaggttgataaaacacttatccaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2927152 ttgagtttatagatgagatgatcaaggtttgatctctacaagataaagtacgtttagtttatgaattaaatgatcgaaggttgataaaacacttatccaa 2927251  T
Q  108 atactgttactacacttttacaaggcttgaaaacgtgagagagaaaagcattactcagacgtgatcatagaacaacttggaaatttaaaatacaggttat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2927252 atactgttactacacttttacaaggcttgaaaacgtgagagagaaaagcattactcagacgtgatcatagaacaacttggaaatttaaaatacaggttat 2927351  T
Q  208 tgacagatattaattgcaaaatactacaaagaaattatttataacatcacaggaaaaaacaactttgtgatttcctgaataatgttgttggaagaggaaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2927352 tgacagatattaattgcaaaatactacaaagaaattatttataacatcacaggaaaaaacaactttgtgatttcctgaataatgttgttggaagaggaaa 2927451  T
Q  308 taataaccaataagtacaaaataatttacacacaatgttaatgctaccatgaagcatagataaaccaaggagcagcagggttatatattttattagataa 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2927452 taataaccaataagtacaaaataatttacacacaatgttaatgctaccatcaagcatagataaaccaaggagcagcagggttatatattttattagataa 2927551  T
Q  408 atttattgttaacaaaattagtcattagataacctttcaattaaacagatagatatttggagacgaaaaacatgtgaagtccttcagggtgcaagcccat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2927552 atttattgttaacaaaattagtcattagataacctttcaattaaacagataaatatttggagacgaaaaacatgtgaagtccttcagggtgcaagcccat 2927651  T
Q  508 cagtgaatagagtcaacttggagtgactagcacaggcagaagcagtgtccgaatgagtatctgttgccatcgggg-aaaagggattcaattagaatctgc 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  2927652 cagtgaatagagtcaacttggagtgactagcacagacagaagcagtgtcagaacgagtatctgttgccatcggggaaaaagggattcaattagaatccgc 2927751  T
Q  607 gcccnnnnnnngaaacctaattttgttatgagacttctttttccgccctacgtttctgaaaaatcacacatgtgtccaaaaatatacttttcgggtgggg 706  Q
    ||||       ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  2927752 gcccaaaaaaagaaaccttatttggttatgagacttctttttccgccctacgtttcttaaaaatcacacatgtgtccaaaaatatac-tttcgggt-ggg 2927849  T
Q  707 aaaagaagttcccttctgttatacaattgccactaacccagtgcctcac-aaaggagcacattacgagtcaacaacataacctctagtcgcccttaaaca 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2927850 aaaagaagttcccttctgttatacaattgccactaa-ccagt-cctcacaaaaggagcacattacgagtcaacaacataacctctagtcg-ccttaaaca 2927946  T
Q  806 gcaaattgtatcctaaagtcacttgt 831  Q
    | |||||||||||| |||||||||||    
T  2927947 gaaaattgtatcct-aagtcacttgt 2927971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University