View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5592-Insertion-4 (Length: 718)

Name: NF5592-Insertion-4
Description: NF5592
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5592-Insertion-4
NF5592-Insertion-4
[»] scaffold0074 (1 HSPs)
scaffold0074 (3-718)||(47304-48019)
[»] scaffold0264 (1 HSPs)
scaffold0264 (3-718)||(15919-16637)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (18-718)||(4822-5546)
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (3-718)||(20085970-20086688)
chr6 (250-718)||(22204725-22205193)
chr6 (383-718)||(24385068-24385405)
chr6 (244-709)||(20205299-20205767)
chr6 (244-709)||(22099322-22099790)
chr6 (511-718)||(20237883-20238093)
chr6 (511-718)||(22131867-22132077)
chr6 (255-709)||(21971860-21972317)
chr6 (32-149)||(18997338-18997455)
chr6 (3-149)||(20238455-20238601)
chr6 (3-149)||(22132439-22132585)
chr6 (31-205)||(24384710-24384890)
chr6 (3-71)||(20128333-20128401)
chr6 (3-71)||(22204469-22204537)
chr6 (388-422)||(20238182-20238216)
chr6 (388-422)||(22132166-22132200)


Alignment Details
Target: scaffold0074 (Bit Score: 672; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 672; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 718
Target Start/End: Original strand, 47304 - 48019
Alignment:
Q  3 caacaccacagtcaccacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgtgtcctttcaaatatgtgatgaatgcatagtt 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47304 caacaccacagtcaccacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgcaggggtgatgtctcctttcaaatatgtgatgaatgcatagtt 47403  T
Q  103 aatgcaattcaaaaaccgtccttagattgcccattatccaaagaagctattatttggtatgacaattgcatggttcgatactccaatgagtctttctttt 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47404 aatgcaattcaaaaaccgtccttagattgcccattatccaaagaagctattatttggtatgacaattgcatggttcgatactccaatgagtctttctttt 47503  T
Q  203 ccaagttttatgcatatccttgggttatacagtataggtatgccaacgtctcaaacacgaaaagcttcatgcctttattgttttcaaccgtgtacgaaac 302  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  47504 ccaaggtttatgcatatccttgggttatacagtataggtatgccaacgtctcaaacacgaaaagcttcatgcctttattgttttcaaccgggtacgaaac 47603  T
Q  303 tgcagatgaagcagcacgtccacttattggagacataaaaaagaagtttgcaacaaaagaagcacgagtttcgaaaaaacagaccctttactgtctagct 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47604 tgcagatgaagcagcacgtccacttattggagatataaaaaagaagtttgcaacaaaagaagcacgagtttcgaaaaaacagaccctttactgtctagct 47703  T
Q  403 cagtgcacgccagacttgtctcctaacaattgcagaacctgtctctatactgctattgattttcttgctcagctttttgatggaaagcagggtgggatgg 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47704 cagtgcacgccagacttgtctcctaacaattgcagaacctgtctctatactgctattgattttcttgctcagctttttgatggaaagcagggtgggatgg 47803  T
Q  503 nnnnnnnncctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaatacttcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaa 602  Q
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47804 ttttttttcctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaatacttcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaa 47903  T
Q  603 acaagattctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctct 702  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47904 acaagattctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctct 48003  T
Q  703 tatttgtcctccaacg 718  Q
    ||||||||||||||||    
T  48004 tatttgtcctccaacg 48019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0264 (Bit Score: 457; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0264
Description:

Target: scaffold0264; HSP #1
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 718
Target Start/End: Complemental strand, 16637 - 15919
Alignment:
Q  3 caacaccacagtcaccacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgtgtcctttcaaatatgtgatgaatgcatagtt 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16637 caacaccacagtcaccacaggaaacccctctgattctgtctatggattgttcatgtgcaggggtgatgtcacctttcaaatctgtgatgaatgcatagtt 16538  T
Q  103 aatgcaattcaaaaaccgtccttagattgcccattatccaaagaagctattatttggtatgacaattgcatggttcgatactccaatgagtctttctttt 202  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||  || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16537 aatgcaactcaaaaactttccttagattgcccattatccaaacaagctgtaatttattacgaaaattgcatggttcgatactccaatgagtctttctttt 16438  T
Q  203 ccaagttttatgcatatccttgggttatacagtataggtatgccaacgtctcaaacacgaaaagcttcatgcctttattgttttcaaccgtgtacgaaac 302  Q
    |||   ||| | ||  |||||||  |  ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  16437 ccactgtttctacaagtccttggtatgcacagtgtacatatgccaacgtctcaaacacgaaaagcttcatgcctttattgttttcaacctggtacgaaac 16338  T
Q  303 tgcagatgaagcagcacgtccacttattggagacataaaaaagaagtttgcaacaaaagaagcacgagtttcgaaaaaacagaccctttactgtctagct 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  16337 tgcagatgaagcagcacgtccacttattggagacataaaaaagaagtttgcaacaaaagaagcacgagtttcgaaaaatcagaccctatactgtctagct 16238  T
Q  403 cagtgcacgccagacttgtctcctaacaattgcagaacctgtctctatactgctattgattttcttgctcagctttttgatggaaagcagggtgggatgg 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |  |  | ||||||||  ||||||||       
T  16237 cagtgcacgccagacttgtctcctaacaattgcagaacctgtctctatactgctattgatcttcttcctctgtgtggttatggaaaggtgggtgggagat 16138  T
Q  503 nnnnnnnncctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaa---tacttcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattc 599  Q
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   | |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16137 ttcttttgcctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctattaatgctccttcgccaaatgagcttgttcctcaaacaaatcattc 16038  T
Q  600 aaaacaagattctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctc 699  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  16037 aaaccaagattctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgctcaagaaacaacagtacaatcactaacaataacttcaaattacttctc 15938  T
Q  700 tcttatttgtcctccaacg 718  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  15937 tcttatctgtcctccaacg 15919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 297; Significance: 1e-166; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 18 - 718
Target Start/End: Original strand, 4822 - 5546
Alignment:
Q  18 cacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgtgtcctttcaaatatgtgatgaatgcatagttaatgcaattcaaaaa 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4822 cacaggaaacccctctgattctgtctatggattgttcatgtgcaggggtgatgtcacctttcaaatctgtgatgaatgcatagttaatgcaactcaaaaa 4921  T
Q  118 ccgtccttagattgcccattatccaaagaagctattatttggtatgacaattgcatggttcgatactccaatgagtctttcttttccaagttttatgcat 217  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||  || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || || ||     
T  4922 ctgtccttagattgcccattatccaaacaagctgtaatttattacgaaaattgcatggttcgatactccaatgagtctttcttttccactgttgatacaa 5021  T
Q  218 atccttgggttatacagtataggtatgccaacgtctcaaacacgaaaagcttcatgcctttattgttttcaaccgtgtacgaaactgcag--------at 309  Q
    |||||| | || ||  || || ||  ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||||  || |  |||||||||        |     
T  5022 atccttcgtttgtaatgtgtaagtccgccaacgtctcaaacacgacaagcttcgagcctttattgtcttcaactatgcatcaaactgcagacatgtacaa 5121  T
Q  310 gaagcag-------------cacgtccacttattggagacataaaaaagaagtttgcaacaaaagaagcacgagtttcgaaaaaacagaccctttactgt 396  Q
    |||||||             |||||| ||||||||||  |||||| ||||| |||||||||| ||||||||  ||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  5122 gaagcaggcaacaaaagatgcacgtcgacttattggaaccataaacaagaactttgcaacaagagaagcac--gtttc-aaaaatcagaccctgtactgt 5218  T
Q  397 ctagctcagtgcacgccagacttgtctcctaacaattgcagaacctgtctctatactgctattgattttcttgctcagctttttgatggaaagcagggtg 496  Q
    ||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||| | |||| ||  | ||| |||||||||| ||||||    
T  5219 ctagaacagtgcacgccggacttgtcccctaacaattgcagaacctgtctccatagagctattgaatatcttcctatggtttgtgatggaaaggagggtg 5318  T
Q  497 ggatggnnnnnnnncctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaata------cttcaccaaatgagcttgttcctcaaac 590  Q
    |||  |        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5319 ggagagttgtttttcctagctgtaatattaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaatactacttcttcaccaaatgagcttgttcctcaaac 5418  T
Q  591 aaaacattcaaaacaagattctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaa 690  Q
    |||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5419 aaactattcaaaacaagatactagattttcaaaagatcccttttatctttcctataattgctcaagaaaccaaagtacaatcactaagaaaaacttcaaa 5518  T
Q  691 ttacttctctcttatttgtcctccaacg 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5519 ttacttctctcttatttgtcctccaacg 5546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 282; Significance: 1e-157; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 3 - 718
Target Start/End: Complemental strand, 20086688 - 20085970
Alignment:
Q  3 caacaccacagtcaccacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgtgtcctttcaaatatgtgatgaatgcatagtt 102  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20086688 caacaccacagtcaccacaggagaccactctaattctgtctatggattgttcatgtgcaggggtgatgtcacctttcaaatctgtgatgaatgcatagtt 20086589  T
Q  103 aatgcaattcaaaaaccgtccttagattgcccattatccaaagaagctattatttggtatgacaattgcatggttcgatactccaatgagtctttctttt 202  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||  || || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  20086588 aatgcaactcaaaaactttccttagattgcccattatccaaacaagctgtaatttattacgaaaattgcatggttcgatactccagcgagtctttctttt 20086489  T
Q  203 ccaagttttatgcatatccttgggttatacagtataggtatgccaacgtctcaaacacgaaaagcttcatgcctttattgttttcaaccgtgtacgaaac 302  Q
    |||   || || || ||| | |  || |   ||  ||   |  ||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||  || |  ||||    
T  20086488 ccactgttgatacacatcatagtctttttatgtcgagcattctcaatgtctcaaacacagaaagcttcatgcctttattgttttcgacgatggataaaac 20086389  T
Q  303 tgcagatgaagcagcacgtccacttattggagacataaaaaagaagtttgcaacaaaagaagcacgagtttcgaaaaaacagaccctttactgtctagct 402  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| |   ||||  || ||||||||||| |||||||||||| |  ||||  ||   |||||||||||||||||||||    
T  20086388 tgcagaggaagcagcaggtccacttactactgacaacaacaagaagtttgccacaaaagaagcaaggatttctgaatctcagaccctttactgtctagct 20086289  T
Q  403 cagtgcacgccagacttgtctcctaacaattgcagaacctgtctctatactgctattgattttcttgctcagctttt-tgatggaaagcagggtgggatg 501  Q
    ||||||||||| |||||||| ||     ||||||||||||||||| ||| |||||||||    ||| || |||| || ||||||||||  ||||||||      
T  20086288 cagtgcacgccggacttgtcacccggtgattgcagaacctgtctcaatagtgctattgagaaacttcct-agctgttgtgatggaaaggtgggtgggaga 20086190  T
Q  502 gnnnnnnnncctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaatact---tcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacatt 598  Q
    |        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||   || |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20086189 gttctttttcctagctgtaatgttaggtatgaattatatcctttttataggtctattaatgctccttcgccaaatgagcttgttcctcaaacaaatcatt 20086090  T
Q  599 caaaacaagattctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttct 698  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  20086089 caaaccaagattctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgctcaagaaacaacagtacaatcactaacaataacttcaaattacttct 20085990  T
Q  699 ctcttatttgtcctccaacg 718  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  20085989 ctcttatctgtcctccaacg 20085970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 250 - 718
Target Start/End: Original strand, 22204725 - 22205193
Alignment:
Q  250 gtctcaaacacgaaaagcttcatgcctttattgttttcaaccgtgtacgaaactgcagatgaagcagcacgtccacttattggagacataaaaaagaagt 349  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||  || |  |||||||||| ||||||||| ||||||||| ||  ||||   | ||||| |    
T  22204725 gtctcaaacacagaaagcttcatgcctttattgttttcgacgatgaataaaactgcagaggaagcagcaggtccacttactgctgaca---acaagaaat 22204821  T
Q  350 ttgcaacaaaagaagcacgagtttcgaaaaaacagaccctttactgtctagctcagtgcacgccagacttgtctcctaacaattgcagaacctgtctcta 449  Q
    |||| ||||||||||||    ||||  ||   |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||     ||||||||||||||||  |    
T  22204822 ttgccacaaaagaagcaaagatttctgaatctcagaccctttactgcctagctcagtgcacgccggacttgtcacccggtgattgcagaacctgtcttaa 22204921  T
Q  450 tactgctattgattttcttgctcagctttt-tgatggaaagcagggtgggatggnnnnnnnncctagctgtaatgttaggtatgaactatatccttttta 548  Q
    || |||||||||    ||| || |||| || ||||||||||  ||||| ||  |        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22204922 tagtgctattgaggaacttcct-agctgttgtgatggaaaggtgggtgcgagagttgtttttcctagctgtaatattaggtatgaactatatccttttta 22205020  T
Q  549 taggtctatcaatact---tcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaacaagattctagattttcacaagatccaatttatctttcctat 645  Q
    ||||||||| ||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22205021 taggtctattaatgctccttcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaatcattcaacccaagattctagattttcacaagatccattttatctttcctat 22205120  T
Q  646 aattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgtcctccaacg 718  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22205121 aattgctcaagaaaccacagtaaaatcactaacaaaaacttcaaattacttctctcttatttgtcctccaacg 22205193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 383 - 718
Target Start/End: Original strand, 24385068 - 24385405
Alignment:
Q  383 agaccctttactgtctagctcagtgcacgccagacttgtctcctaacaattgcagaacctgtctctatactgctattgattttcttgctcagctttttga 482  Q
    |||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||| | |    || |||    
T  24385068 agacgctttactatttagctcagtgcacgccagacttgtcccctaatgattgcagaacctgtctcaatagtgctattgaatctcttccactatgttgtga 24385167  T
Q  483 tggaaagcagggtgggatggnnnnnnnncctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaatact---tcaccaaatgagctt 579  Q
    ||||||||||||||| |  |        |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||  ||||| | | ||   ||| |||||||||||    
T  24385168 tggaaagcagggtgg-agagttccttttcctagctgtaacattaggtatgaactatttcctttttataaatctattattgctccttcatcaaatgagctt 24385266  T
Q  580 gttcctcaaacaaaacattcaaaacaagattctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaaga 679  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| ||      
T  24385267 gttcctcaaacaaatgattcaaaacaagattctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgctcaagaaaccacaatataatcacaaacg 24385366  T
Q  680 aaaacttcaaattacttctctcttatttgtcctccaacg 718  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24385367 ataacttcaaattacttctctcttatctgtcctccaacg 24385405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 244 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 20205767 - 20205299
Alignment:
Q  244 gccaacgtctcaaacacgaaaagcttcatgcctttattgttttcaaccgtgtacgaaactgcagatgaagcagcacgtccacttattggagacataaaaa 343  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||  || ||||||||||| ||||| || |   ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||      
T  20205767 gccaatgtcacaaacacgaagagctttgtgtctttattgtttacaaccatgaatcgaactgtagatgaagcagcaagtccacttattggtgacaaaaacg 20205668  T
Q  344 agaagtttgcaacaaaagaagcacgagtttcgaaaaaacagaccctttactgtctagctcagtgcacgccagacttgtctcctaacaattgcagaacctg 443  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||  |||||||||||||    
T  20205667 agaagtttgcaaccaaagaagcacaagattcggaaaatcagaccctttactgtctagctcagtgcacgccggatttgtcgcctaatgattgcagaacctg 20205568  T
Q  444 tctctatactgctattgattttcttgctcagctttttgatggaaagcagggtgggatggnnnnnnnncctagctgtaatgttaggtatgaactatatcct 543  Q
    ||||  || |||||||||     || |  ||  || ||||||||||  ||| ||||           |||||||||||||| ||||||||| |||||||     
T  20205567 tctcagtagtgctattgagaaagtttcaaagagttgtgatggaaaggtgggagggagatttctttatcctagctgtaatgtaaggtatgaattatatcca 20205468  T
Q  544 ttttataggtctatca---atacttcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaacaagattctagattttcacaagatccaatttatcttt 640  Q
    |||||||||||||| |    |  ||||||||||||||| | ||||| ||||||  |||| ||||||||||||| | ||||| ||||  || |||||||||    
T  20205467 ttttataggtctattactgttctttcaccaaatgagctagctcctcgaacaaatgattccaaacaagattctaaactttcagaagaatcattttatcttt 20205368  T
Q  641 cctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgt 709  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  20205367 cctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgacaaaaacatcaaattacttctgtcttatttgt 20205299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 244 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 22099790 - 22099322
Alignment:
Q  244 gccaacgtctcaaacacgaaaagcttcatgcctttattgttttcaaccgtgtacgaaactgcagatgaagcagcacgtccacttattggagacataaaaa 343  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||  || ||||||||||| ||||| || |   ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||      
T  22099790 gccaatgtcacaaacacgaagagctttgtgtctttattgtttacaaccatgaatcgaactgtagatgaagcagcaagtccacttattggtgacaaaaacg 22099691  T
Q  344 agaagtttgcaacaaaagaagcacgagtttcgaaaaaacagaccctttactgtctagctcagtgcacgccagacttgtctcctaacaattgcagaacctg 443  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||  |||||||||||||    
T  22099690 agaagtttgcaaccaaagaagcacaagattcggaaaatcagaccctttactgtctagctcagtgcacgccggatttgtcgcctaatgattgcagaacctg 22099591  T
Q  444 tctctatactgctattgattttcttgctcagctttttgatggaaagcagggtgggatggnnnnnnnncctagctgtaatgttaggtatgaactatatcct 543  Q
    ||||  || |||||||||     || |  ||  || ||||||||||  ||| ||||           |||||||||||||| ||||||||| |||||||     
T  22099590 tctcagtagtgctattgagaaagtttcaaagagttgtgatggaaaggtgggagggagatttctttatcctagctgtaatgtaaggtatgaattatatcca 22099491  T
Q  544 ttttataggtctatca---atacttcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaacaagattctagattttcacaagatccaatttatcttt 640  Q
    |||||||||||||| |    |  ||||||||||||||| | ||||| ||||||  |||| ||||||||||||| | ||||| ||||  || |||||||||    
T  22099490 ttttataggtctattactgttctttcaccaaatgagctagctcctcgaacaaatgattccaaacaagattctaaactttcagaagaatcattttatcttt 22099391  T
Q  641 cctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgt 709  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  22099390 cctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgacaaaaacatcaaattacttctgtcttatttgt 22099322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 511 - 718
Target Start/End: Complemental strand, 20238093 - 20237883
Alignment:
Q  511 cctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaa---tacttcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaacaag 607  Q
    ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||   | |||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  20238093 cctagttgtaatattaggtatgagctatatcctttttatagatctactaatgctccttcactaaatgagcttgttcctcaaacaaatgattcaaaacaag 20237994  T
Q  608 attctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttattt 707  Q
    ||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20237993 attctaattttacacaagatccagtttatctttccgataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaacaaaaacttcaaattacttctctcttattt 20237894  T
Q  708 gtcctccaacg 718  Q
    ||| |||||||    
T  20237893 gtcttccaacg 20237883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 511 - 718
Target Start/End: Complemental strand, 22132077 - 22131867
Alignment:
Q  511 cctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaa---tacttcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaacaag 607  Q
    ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||   | |||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  22132077 cctagttgtaatattaggtatgagctatatcctttttatagatctactaatgctccttcactaaatgagcttgttcctcaaacaaatgattcaaaacaag 22131978  T
Q  608 attctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttattt 707  Q
    ||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22131977 attctaattttacacaagatccagtttatctttccgataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaacaaaaacttcaaattacttctctcttattt 22131878  T
Q  708 gtcctccaacg 718  Q
    ||| |||||||    
T  22131877 gtcttccaacg 22131867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 255 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 21972317 - 21971860
Alignment:
Q  255 aaacacgaaaagcttcatgcctttattgttttcaaccgtgtacgaaactgcagatgaagcagcacgtccacttattggagacataaaaaagaagtttgca 354  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |   ||||||||| ||||||||| |||| |||| ||| ||||   | || |||||||||    
T  21972317 aaacacgaaaagcttcgtgtctttattgttttcaaccatgaatcgaactgcagacgaagcagcaagtccgcttagtggtgaca---agaacaagtttgca 21972221  T
Q  355 acaaaagaagcacgagtttcgaaaaaacagaccctttactgtctagctcagtgcacgccagacttgtctcctaacaattgcagaacctgtctctatactg 454  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||| |||||  |||||||||||||||||  || ||    
T  21972220 acaaaagaagcacgagtttcggaaaatcagaccctttacagtctagctcagtgcacgctggatttgtcgcctaatgattgcagaacctgtctcactagtg 21972121  T
Q  455 ctattgattttcttgctcagctttttgatggaaagcagggtgggatggnnnnnnnncctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtc 554  Q
    |||||||    ||| | ||    | || |||||||   |||||||           |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  21972120 ctattgagacactttcacaaagctgtgttggaaaggttggtgggagatttctttatcctagctgtaatgttaggtatgaattatatccattttataggtc 21972021  T
Q  555 tatcaa---tacttcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaacaagattct---agattttcacaagatccaatttatctttcctataat 648  Q
    ||   |   |  ||| ||||||||||||| ||||||||||||  |||| | ||||||||||   | | ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  21972020 tacttatgttctttccccaaatgagcttgctcctcaaacaaatgattccatacaagattctaaaatactttcagaagatccattttatctttcctataat 21971921  T
Q  649 tgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgt 709  Q
    ||| |||||||  ||| |||||||||| | |||||| ||||| ||||||| ||||||||||    
T  21971920 tgctcaagaaattacaatacaatcactgacaaaaacatcaaactacttctgtcttatttgt 21971860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 32 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 18997455 - 18997338
Alignment:
Q  32 ctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgtgtcctttcaaatatgtgatgaatgcatagttaatgcaattcaaaaaccgtccttagattg 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||| |||| ||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||    
T  18997455 ctgattctgtctatggattgttcatgtgcaggggtgacgtctcctctcaaatctgtgttgaatgcatagttcatgcaactaaaaaactgtccttagattg 18997356  T
Q  132 cccattatccaaagaagc 149  Q
    ||| ||||||||| ||||    
T  18997355 ccctttatccaaacaagc 18997338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 3 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 20238601 - 20238455
Alignment:
Q  3 caacaccacagtcaccacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgtgtcctttcaaatatgtgatgaatgcatagtt 102  Q
    ||||||||||||||| |  | ||| | | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | || |||| | ||| |||||||| |||||    
T  20238601 caacaccacagtcactagtgtaaatcccactgattctgtctatggattgttcatgtgcaggggtgacgtctactctcaactctgtcatgaatgcgtagtt 20238502  T
Q  103 aatgcaattcaaaaaccgtccttagattgcccattatccaaagaagc 149  Q
    ||||| | |||||||  ||||||||| ||||| ||||| ||| ||||    
T  20238501 aatgctactcaaaaattgtccttagactgccctttatcaaaacaagc 20238455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 3 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 22132585 - 22132439
Alignment:
Q  3 caacaccacagtcaccacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgtgtcctttcaaatatgtgatgaatgcatagtt 102  Q
    ||||||||||||||| |  | ||| | | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | || |||| | ||| |||||||| |||||    
T  22132585 caacaccacagtcactagtgtaaatcccactgattctgtctatggattgttcatgtgcaggggtgacgtctactctcaactctgtcatgaatgcgtagtt 22132486  T
Q  103 aatgcaattcaaaaaccgtccttagattgcccattatccaaagaagc 149  Q
    ||||| | |||||||  ||||||||| ||||| ||||| ||| ||||    
T  22132485 aatgctactcaaaaattgtccttagactgccctttatcaaaacaagc 22132439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 31 - 205
Target Start/End: Original strand, 24384710 - 24384890
Alignment:
Q  31 tctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgtgtcctttcaaatatgtgatgaatgcatagttaatgcaattcaaaaaccgtc------ct 124  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  | | || |||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||      ||    
T  24384710 tctgattttgtctatggattgttcatgtgcaggggtgacatttactctcaactttgtcatgaatgcatagttaatgcaactcaaaaactgtcctcagact 24384809  T
Q  125 tagattgcccattatccaaagaagctattatttggtatgacaattgcatggttcgatactccaatgagtctttcttttcca 205  Q
     ||||||| | || ||||||  |||||| |||||||||||  | |||||||||| |||||||||  | | |||||||||||    
T  24384810 cagattgctctttctccaaacgagctatcatttggtatgaggagtgcatggttcaatactccaactattatttcttttcca 24384890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 20128401 - 20128333
Alignment:
Q  3 caacaccacagtcaccacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgt 71  Q
    ||||||||||||||| |    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  20128401 caacaccacagtcactagtataaacccctctgattctgtctatggattgttcatgtgcagaggtgatgt 20128333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 71
Target Start/End: Original strand, 22204469 - 22204537
Alignment:
Q  3 caacaccacagtcaccacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgt 71  Q
    ||||||||||||||| |    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  22204469 caacaccacagtcactagtataaacccctctgattctgtctatggattgttcatgtgcagaggtgatgt 22204537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 388 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 20238216 - 20238182
Alignment:
Q  388 ctttactgtctagctcagtgcacgccagacttgtc 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20238216 ctttactgtctagctcagtgcacgccagacttgtc 20238182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 388 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 22132200 - 22132166
Alignment:
Q  388 ctttactgtctagctcagtgcacgccagacttgtc 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22132200 ctttactgtctagctcagtgcacgccagacttgtc 22132166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University