View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5595-Insertion-4 (Length: 760)

Name: NF5595-Insertion-4
Description: NF5595
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5595-Insertion-4
NF5595-Insertion-4
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-760)||(42223139-42223891)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 657; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 657; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 42223891 - 42223139
Alignment:
Q  8 actctctcctccctttcgacaaattcatcactgtaaacaagctaaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctcgacatattgatgaaatagacgtaaagc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||                    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42223891 actctctcctccctttcgacaaattcatcactgtaaacaaactaaatccttttgctttttttcctttttcctcgacatattgatgaaatagacgtaaagc 42223792  T
Q  108 taatgaatgaccattgctgttgttctttgttaattctcagataccaaatggaattggaacattgttttctgtggcgcagctgattctatatgcaacctat 207  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42223791 taatgaatgaccattgttgttgttctttgttaactctcagataccaaatggaattggaacattgttttctgtggcgcagctgattctatatgcaacctat 42223692  T
Q  208 tacaaatccacgaagatgcaaatagctgccagaaaagccaacaaaatagaggtggacctgtcgcaggttgtggttgctaatggtaaccaacggtccaagt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  42223691 tacaaatccacgaagatgcaaatagctgccagaaaagccaacaaaatagaggtggacctgtcgcaggttgtggttgctaatggtaacaaacagtccaagt 42223592  T
Q  308 aaaattattgatcatgatggattaatgtggaaggccgacagactcgtctaacctcccatttcatcattgctactataaaattatgggaaatgctaattta 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42223591 aaaattattgatcatgatggattaatgtggaaggccgacagactcgtctaacctcccatttcatcattgctactataaaattatgggaaatgctaattta 42223492  T
Q  408 tccttatcatctttcgttttccatccaaccttgttgggatgttttgtttttaaagatgcaattttatcattgcctaaagcaatgcctgaagtttattaag 507  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42223491 tccttatcatttttcgttttccatccaatcttgttgggatgttttgtttttaaagatgcaattttatcattgcctaaagcaatgcctgaagtttattaag 42223392  T
Q  508 cagcacacttctcttacagagttgcacttgcatcttttgggctgaaatgtaatcagatcgcatccacccaccagaattttaatttataaatatcttctta 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42223391 cagcacacttctcttacagagttgcacttgcatcttttgggctgaaatgtaatcagatcacatccacccaccagaattttaatttataaatatcttctta 42223292  T
Q  608 gtcaatttcatttcaccatattaattgttatttaccaagtaacagtcttcaggagcacattatgttatagaatacgttattcacgactttgatgttgagg 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42223291 gtcaatttcatttcaccatattaattgttatttaccaagtaacagtcttcaggagcacattatgttatagaatacgttattcacgactttgatgttgaga 42223192  T
Q  708 tgggtgggaaaaaatttacattccaaaaagccccttacacagagaataataac 760  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42223191 tgggtgggaaaaaatttacattccaaaaagccccttacacagagaataataac 42223139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University