View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5595_low_57 (Length: 210)

Name: NF5595_low_57
Description: NF5595
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5595_low_57
NF5595_low_57
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (1-210)||(30748858-30749067)
chr5 (5-210)||(30677851-30678056)
chr5 (1-210)||(30714113-30714322)
chr5 (1-210)||(29871401-29871610)
chr5 (1-210)||(30482619-30482828)
chr5 (1-210)||(30435037-30435246)
chr5 (1-210)||(30243051-30243260)
chr5 (1-210)||(30339204-30339413)
chr5 (1-210)||(30399280-30399489)
chr5 (1-154)||(29852570-29852723)
chr5 (1-210)||(30059572-30059781)
chr5 (1-210)||(17418848-17419057)
chr5 (80-210)||(4380873-4381003)
chr5 (1-156)||(30205782-30205937)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-210)||(20297282-20297491)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-210)||(26706547-26706756)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 165; Significance: 2e-88; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 30749067 - 30748858
Alignment:
Q  1 cttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaatgactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749067 cttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttg 30748968  T
Q  101 aactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattatttggtatgaataatctgaaatactt 200  Q
    |||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       || ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30748967 aacttgagatttgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactaagattatatggtatgaataatctgaaatactt 30748868  T
Q  201 ggatgatgat 210  Q
    ||||||||||    
T  30748867 ggatgatgat 30748858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 5 - 210
Target Start/End: Original strand, 30677851 - 30678056
Alignment:
Q  5 aacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaatgactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttgaact 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30677851 aacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaagattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttgaact 30677950  T
Q  105 ttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattatttggtatgaataatctgaaatacttggat 204  Q
    |  | | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||       |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  30677951 tgaggaatgcaacaaaattgtgcggcttccgttacgtggtaaactaccatctctaaaaagactgagattatctcgtatgaataatctgaaatacttggat 30678050  T
Q  205 gatgat 210  Q
    ||||||    
T  30678051 gatgat 30678056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 30714113 - 30714322
Alignment:
Q  1 cttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaatgactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30714113 cttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcattaccaagttggataattattcttagtaatttagtttctcttg 30714212  T
Q  101 aactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattatttggtatgaataatctgaaatactt 200  Q
     ||||    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  30714213 tacttctccattgcaagaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactgagattatatggtatcaataatctgaaatactt 30714312  T
Q  201 ggatgatgat 210  Q
    ||||||||||    
T  30714313 ggatgatgat 30714322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 29871610 - 29871401
Alignment:
Q  1 cttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaatgactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  29871610 cttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctctta 29871511  T
Q  101 aactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattatttggtatgaataatctgaaatactt 200  Q
    |||||  | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||  ||||| |  |||| ||||||||||||||||    
T  29871510 aacttgaggattgcaacaagattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactggaattatcttatatggataatctgaaatactt 29871411  T
Q  201 ggatgatgat 210  Q
    ||||||||||    
T  29871410 ggatgatgat 29871401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 30482828 - 30482619
Alignment:
Q  1 cttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaatgactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  30482828 cttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattacaatgaagggttatcgttaccaagttggataagccttcttagtaatttaatttctcttg 30482729  T
Q  101 aactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattatttggtatgaataatctgaaatactt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||  ||||| |  |||| ||||||||||||||||    
T  30482728 aacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactggaattatcttatatggataatctgaaatactt 30482629  T
Q  201 ggatgatgat 210  Q
    ||||||||||    
T  30482628 ggatgatgat 30482619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 30435246 - 30435037
Alignment:
Q  1 cttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaatgactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30435246 cttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctctta 30435147  T
Q  101 aactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattatttggtatgaataatctgaaatactt 200  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30435146 aacttggggattgcaacaaaattgtgcggcttccgttatttggtaaactaccatctctaaaaaaacttagagtatatggtatgaataatctgaaatactt 30435047  T
Q  201 ggatgatgat 210  Q
    ||||||||||    
T  30435046 ggatgatgat 30435037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 30243051 - 30243260
Alignment:
Q  1 cttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaatgactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |  |||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30243051 cttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataagtttctatgagggattatccttaccaagttggataattcttcttagtaatttaatttctcttg 30243150  T
Q  101 aactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattatttggtatgaataatctgaaatactt 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       |||  |||||| |  ||| ||||||||||||||||    
T  30243151 aacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatatctaaaaaaactggaattattcgaaatggataatctgaaatactt 30243250  T
Q  201 ggatgatgat 210  Q
    ||||||||||    
T  30243251 ggatgatgat 30243260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 30339204 - 30339413
Alignment:
Q  1 cttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaatgactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||     
T  30339204 cttcaacctcactcaaatctcaattccttgacagtaaatttctatgaaggattatcgttaccaagttggataagccttcttagtaatttaatttctctta 30339303  T
Q  101 aactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattatttggtatgaataatctgaaatactt 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||       || ||| ||| | ||||||||||||||||||||||    
T  30339304 atctttggaattgcaacaaaattgtgctgcttcagttacttggtaaactaccatctctaaaaaatcttagagtatatcgtatgaataatctgaaatactt 30339403  T
Q  201 ggatgatgat 210  Q
    ||||||||||    
T  30339404 ggatgatgat 30339413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 30399489 - 30399280
Alignment:
Q  1 cttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaatgactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30399489 cttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataaattactatgacggattatcattaccaagttggataattattcttagtaatttagtttctcttg 30399390  T
Q  101 aactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattatttggtatgaataatctgaaatactt 200  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||       |||  ||||| || |||| ||||||||||||||||    
T  30399389 aacttgggaattgcaagaaagttgtgcgacttcagttaattggtaaactaccgtctctaaaaaaactggaattatctgatatggataatctgaaatactt 30399290  T
Q  201 ggatgatgat 210  Q
    ||||||||||    
T  30399289 ggatgatgat 30399280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 29852723 - 29852570
Alignment:
Q  1 cttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaatgactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||    
T  29852723 cttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggacataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataagccttcttagtagtttaatttctcttg 29852624  T
Q  101 aactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccat 154  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29852623 aacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttactttgtaaactaccat 29852570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 30059781 - 30059572
Alignment:
Q  1 cttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaatgactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |  |||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  30059781 cttcaacctcactcaaatctcaactgcttgaaaataagtttctatgagggattatccttgccaagttggataattattcttagtaatttagtttctctta 30059682  T
Q  101 aactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattatttggtatgaataatctgaaatactt 200  Q
    |||||  |  ||| || ||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |       |||  ||||| |  |||| ||||||||||||||||    
T  30059681 aacttaagcgttgtaagaaagttgtgcggcttcagttacttggtatactaccatctttaaaaaacctggaattatcttatatggataatctgaaatactt 30059582  T
Q  201 ggatgatgat 210  Q
    ||||||||||    
T  30059581 ggatgatgat 30059572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 17418848 - 17419057
Alignment:
Q  1 cttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaatgactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  | |||    
T  17418848 cttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagtaatttagttaatgttg 17418947  T
Q  101 aactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattatttggtatgaataatctgaaatactt 200  Q
     |||| | |||||  | ||   |||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||       |||  ||||| |   ||||| ||||||||||||||    
T  17418948 cacttagtaattgtgagaactgtgtgcggctttcgtcatttggtaaactacaatctctaaaattactggaattatcttacatgaaaaatctgaaatactt 17419047  T
Q  201 ggatgatgat 210  Q
    ||||||||||    
T  17419048 ggatgatgat 17419057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 80 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 4381003 - 4380873
Alignment:
Q  80 ttagtaatttaatttctcttgaactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattatttgg 179  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||        ||  ||||||| |    
T  4381003 ttagtaatttaatttctcttaaactttgtgtttgcaacaaagttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaacatctctaaaaaaattggaattatttcg 4380904  T
Q  180 tatgaataatctgaaatacttggatgatgat 210  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||    
T  4380903 tacggataatctgaaatacttggatgatgat 4380873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 30205937 - 30205782
Alignment:
Q  1 cttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaatgactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  | |||| |||   | ||||| |  ||||||  |||||||||||||||| |||||| ||||||||| || ||||||    
T  30205937 cttcaacctcactcaaatctcaagaggttgataatttgtcactataacagattattcttaccaagttggataagtattctcagtaatttagttgctcttg 30205838  T
Q  101 aactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatct 156  Q
     ||||||||||||  | |||  |||||||||||||| | |||||||||||| ||||    
T  30205837 tactttggaattgtgagaaatgtgtgcggcttccgtcatttggtaaactacaatct 30205782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 109; Significance: 5e-55; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 20297282 - 20297491
Alignment:
Q  1 cttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaatgactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttg 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||  |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  20297282 cttcaacctcagtcaaatctcaagtgcttggaaataaattgctatgatggattgtggttaccaagttggataattattcttagtaatttagtttcttttg 20297381  T
Q  101 aactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattatttggtatgaataatctgaaatactt 200  Q
    |||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||       |||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  20297382 aacttgagaattgcaacgaaattgtgcagcttccgttaattggtaaactaccatctctaaaaaaactgacaatatctggtatgtataatctgaaatactt 20297481  T
Q  201 ggatgatgat 210  Q
    ||||||||||    
T  20297482 ggatgatgat 20297491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 101; Significance: 3e-50; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 26706756 - 26706547
Alignment:
Q  1 cttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaatgactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||  |||| || |||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  26706756 cttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggaaataaagtactacgacggattatcattaccaagttgggtaagtattcttagtaatttagtttctcttg 26706657  T
Q  101 aactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattatttggtatgaataatctgaaatactt 200  Q
    ||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||  ||||| |  ||||  |||||||||||||||    
T  26706656 aacttggggattgcaagaaatttgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctagaaaaactggaattatcttctatggttaatctgaaatactt 26706557  T
Q  201 ggatgatgat 210  Q
    ||||||||||    
T  26706556 ggatgatgat 26706547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University