View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5597-Insertion-2 (Length: 1081)

Name: NF5597-Insertion-2
Description: NF5597
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5597-Insertion-2
NF5597-Insertion-2
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (85-1006)||(43987082-43988017)
chr4 (16-85)||(43988097-43988166)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 784; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 784; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 85 - 1006
Target Start/End: Complemental strand, 43988017 - 43987082
Alignment:
Q  85 acttgatcattattggagagtaaaagctctatttatacaaaagtacaatcacatatcatacggactaaatgaagcagaaatataaaagggagcagtccaa 184  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  43988017 acttgatcattattggagagcaaaagctctatttatacaaaagtacaatcacatatcatacgaacaaaatgaaacagaaatataaaagggagcagtccaa 43987918  T
Q  185 agacccaatacagtgacaataagatggttgctctatgtatctttatattgtgccaaccttaaaataaatcgattagattgcatcttaataaagtttgtgc 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  43987917 agacccaatacagtgacaataagatggttgctctatgtatctttatattgtgccaaccttaaaataaatcgattagactgcatcttaataaattttgtgc 43987818  T
Q  285 aaccgaaagttacattatgataaatcaaagagcttttgaataaaattgagggttgaatcgtatctcctaatagctttcgagcaaaaatgtctaaaaatag 384  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43987817 aaccgaaagttacattatgaaaaatcaaagagcttt-gaataaaattgagggttgaatcgtatctcctaatagctttcgagcaaaaatgtctaaaaatag 43987719  T
Q  385 cctaacacctacaatttgattacctataatttgattgtaccatcttgctgctttgtggcgttctataaccattttattgtggtaatttcttatgttaaaa 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43987718 cctaacacctacaatttgattacctataatttgattgtaacatcttgctgctttgtggcgttctataaacattttattgtggtaatttcttatgttaaaa 43987619  T
Q  485 cccatattttgttatgttctagagcaacaatttattttcttgttcatg-----------agattccctaataaaaagatcgttgaacccgtaaacacacg 573  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43987618 cccatattttgttatgttctagagcaaaaattgattttcttgttcttgtgttattcatcagattccctaataaaaagatcgttgaacccgtaaacacacg 43987519  T
Q  574 caattaaaattcatgtacctttctttctaaattattcaggtcagcagcttgatagacagcaacatcaaatttccagatacacacgtcaatacacaataac 673  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43987518 caattaaaattcatgtacctttctttctaaattattcaggtcagaagcttgatagacagcaacatcaaatttccagatacacacgtcaatacacaataac 43987419  T
Q  674 tccacctgtaatgtcggccaagagggacccataatccatcatcatttcaaatcttttcctcactcctccttcc----ttcccccaattacatttacaaat 769  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||    
T  43987418 tccacctgtaatgtcggccaagagggacccataatccatcatcatttcaaatcttttcctcactcctccttccttccttcccccaattacatttacaaat 43987319  T
Q  770 ccacaaaaacagataaataaatttagttacagcaaccgtaatcctccacgtgtccttaacgaatcttccccagttcctactcatttcctctaaatcctag 869  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43987318 ccacaaaaacagataaataaatttagttacagcaaccgtaatcctccacgtgtccataacgaatcttccccagttcctactcatttcctctaaatcctag 43987219  T
Q  870 tcaaccaaatatcttaacacgtgtccactatattccacagtcagcaacaacacacgctcatgtccttctcttcctcctatatataaccttaccttacact 969  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  43987218 tcaaccaaatatcttaacacgtgtccactatattccacagtcagcaacaacacacgctcatgtccttctcttcct-ata-atataaccttaccttacact 43987121  T
Q  970 atccaa-ttcaactcaactc-aaacaaaacaactatagt 1006  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43987120 atccaagttcaactcaactcaaaacaaaacaactatagt 43987082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 43988166 - 43988097
Alignment:
Q  16 atttgatcaataaatctcatcatagatcatttaatcttatagggaggtttacgctcccaatgataaaaaa 85  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43988166 atttgatcaataaatctcatcatagatcatttaatcttatagggaggtttatgctcccaatgataaaaaa 43988097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University