View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5598-Insertion-5 (Length: 986)

Name: NF5598-Insertion-5
Description: NF5598
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5598-Insertion-5
NF5598-Insertion-5
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (8-981)||(37046527-37047492)
chr3 (869-933)||(37047465-37047529)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 864; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 864; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 981
Target Start/End: Original strand, 37046527 - 37047492
Alignment:
Q  8 ttttcttctgccctagtttgtttgaaaactcatattgatcaaatttggctatgaattcaaacaaaaaattcactctgcccattgcatgtgtgggacccac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37046527 ttttcttctgccctagtttgtttgaaaactcatattgatcaaatttggctatgaattcaaacaaaaaattcactctgcccattgcatgtgtgggacccac 37046626  T
Q  108 atataaatccatgaaggatttcaatgtccatccaagtcaatgattcaacatataacattgaataatttaattccaatttgcagtattatgatttagattg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37046627 atataaatccatgaaggatttcaatgtccatccaagtcaatgattcaacatataacattgaataatttaattccaatttgcagtattatgatttagattg 37046726  T
Q  208 attgctgcaatacggtccgtgaatgtaactcacgagaaagaggt--------attttattttatttttaacaaataaaatttcaaggtcttgttcaccat 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37046727 attgctgcaatacggtccgtgaatgtaactcacgagaaagaggtatcaaggtattttattttatttttaacaaataaaatttcaaggtcttgttcaccat 37046826  T
Q  300 ataaacctcctcactctcactcaattctcttaagtgtatgacttcatagtaaactacactactttctttaaaacatggctaactatgctatagccaatgt 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37046827 ataaacctcctcactctcactcaattctcttaagtgtatgacttcatagtaaactacactactttctttaaaacatggctaactatgctatagccaatgt 37046926  T
Q  400 tttgatccttctcttgaacttgagtaccttactcaatgttcttgcttgcccttattgtccttacccaagccctaaaccaccttcacaccaccctcctatt 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37046927 tttgatccttctcttgaacttgagtaccttactcaatgttcttgcttgcccttattgtccttacccaagccctaaaccaccttcacaccaccctcctatt 37047026  T
Q  500 gttaagccaccagttcacaaaccaccaaagtattctcctactcctaaaccaccagttcataaaccaccaagatatcctcctaaaccatcaccttgtccac 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37047027 gttaagccaccagttcacaaaccaccaaagcattctcctactcctaaaccaccagttcataaaccaccaagatatcctcctaaaccatcaccttgtccac 37047126  T
Q  600 ccccatcatcaacaccaaaaccaccacatgttccaaaaccacctcatcatcccaaacccccagcagtacacccaccacatgttccaaaaccacatccacc 699  Q
    ||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37047127 ccccatcatcaacacc------------------aaaaccacctcatcatcccaaacccccagcagtacacccaccacatgttccaaaaccacatccacc 37047208  T
Q  700 ttatgttccaaaaccaccaattgttaaacctccaatagtacatccaccttacgtaccaaaacccccagttgtgaaaccaccaccatatgtccctaaacca 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37047209 ttatgttccaaaaccaccaattgttaaacctccaatagtacatccaccttacgtaccaaaacccccagttgtgaaaccaccaccatatgtccctaaacca 37047308  T
Q  800 cctgttgtgagaccaccctatgtccctaaaccaccagttgtgcctgtaacaccaccttatcttcctaagccaccaattgttttcccaccacatgttcctc 899  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37047309 cctgttgtgagaccaccctatgttcctaaaccaccagttgtacctgtaacaccaccttatgttcctaagccaccaattgttttcccaccacatgttcctc 37047408  T
Q  900 tacctccagttgtaccatcaccaccaccttatgtaccaacacctccaattgtg-aaccaccaattgtttttcca-cacatgttc 981  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37047409 tacctccagttgtaccatcaccaccaccttatgtaccaacacctccaattgtgaaaccaccaattgtttttccaccacatgttc 37047492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 869 - 933
Target Start/End: Original strand, 37047465 - 37047529
Alignment:
Q  869 ccaccaattgttttcccaccacatgttcctctacctccagttgtaccatcaccaccaccttatgt 933  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||    
T  37047465 ccaccaattgtttttccaccacatgttcctctacctccagttgtgcctgtaacaccaccttatgt 37047529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University