View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5601-Insertion-2 (Length: 1018)

Name: NF5601-Insertion-2
Description: NF5601
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5601-Insertion-2
NF5601-Insertion-2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-982)||(26285968-26286965)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 728; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 728; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 982
Target Start/End: Complemental strand, 26286965 - 26285968
Alignment:
Q  8 tatgtatgtgtcaaggtaagattatattttggtgatcaaaaataccttaacactcttccatcttctttatatatcatttgtgtataatacttattcatgc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  26286965 tatgtatgtgtcaaggtaagattatattttggtgatcaaaaataccttaacactcttccatcttctttatat--catttgtgtataatacttattcatgc 26286868  T
Q  108 attatat--gcatgtgacattatgttatgtatttgtaattgtatcactcaaatgtgttcttaatgtgaaagcttcttctaatacaataccttcatattca 205  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26286867 attatatatgcatgtgacattatgttatgtatttgtaattgtatcactcaaatgtgttcttaatgtgaaagcttcttctaatacaataccttcatattca 26286768  T
Q  206 gaattttattcctcttcctagcatatataatcttgtctc-nnnnnnnnnatgcatttatgttatggttttat-----------------acaatataaa- 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||                 |||||| |||     
T  26286767 gaattttattcctcttcctagcatatataatcttgtctcttttttttttatgcatttatgttatggttttatcttaccccatctatatgacaatacaaaa 26286668  T
Q  287 ----tcgaagatttacatcaaaataagtttagataagttgtacaaagaaaaaatttagagatgtgtttttcctagagctttctttacaagttctggaaat 382  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26286667 tgaatcgaagatttacatcaaaataagtttagataagttgtacaaagaaaaaatttagagatgtgtttttcctagagctttctttacaagttctggaaat 26286568  T
Q  383 gccaattttcctatagagctttttgtttatctagttggattaa-ttttttgttttaatttcaagatgtgtaagcttaatagttattgggatgatatgttg 481  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26286567 gccaattttcctatagagctttttgtttatctagttggattaatttttttgttttaatttcaagatgtgtaagcttaatagttattgggatgatatgttg 26286468  T
Q  482 acgagaatacaaagccacaaatgttagagatataatcttttaaaaataattagatgaagttgaaagtattattaaataagaaattttgattaatagtttc 581  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26286467 acgagaatacaaagccacaaatgttagagaaataatcttttaaaaacaattatatgaagttaaaagtattattaaataagaaattttgattaatagtttc 26286368  T
Q  582 aaccaccactaaagacctaaatggccatttgagctaccatgtacttatagcctagagaaagtttaataatgcatgaatgcgaaaatgacgttagttttcc 681  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26286367 aaccaccactaaagacctaaatggccatttgagctaccatgtacttatagcctagagaaagtttaataatgcatgaatgcgaaaatgacgttagttttcc 26286268  T
Q  682 cacaaacacacgattaaatacagtaggtagtttgttannnnnnnnnnnnnnnngacatcactgtaagtagtttcagcaaaacccacatttaaaaannnnn 781  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  26286267 cacaaacacacgattaaatacagtaggtagtttgtta-tttttatttatttttgacatcactgtaagtagtttcagcaaaacccacatttaaaaaaaaaa 26286169  T
Q  782 nnnnnnnnattaagcaaaacggtaaacaatgtcaaaatagaaaagaggctctgtctagggtgcacaggcctattagatcttgctctgtgagactattttc 881  Q
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26286168 taataataattaagcaaaacggtaaacaatgtcaaaatagaaaagaggctctgtctagggtgcacaagcctattagatcttgctctgtgagactattttc 26286069  T
Q  882 gtagtccttcctggtcagagtgtggagacgaaggttgatgccatcgtgccagagatggaccgtgaacgggagagtacaatgaggggaggatcgagagtga 981  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26286068 gtagtccttcctggtcagagtgtggagacgaaggttgatgccatcatgccagagatggaccgtggatgggagagtacaacgaggggaggatcgagagtga 26285969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University