View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5602-Insertion-4 (Length: 830)

Name: NF5602-Insertion-4
Description: NF5602
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5602-Insertion-4
NF5602-Insertion-4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (7-830)||(47933305-47934126)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 734; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 734; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 47934126 - 47933305
Alignment:
Q  7 agaagagtctcactccaaagttgggagcataatcagagagccgttctagtaaatgagccgttctaggaagggggtccaatcaattggtatattgtgcgct 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47934126 agaagagtctcactccaaagttgggaacataatcagagagccattctagtaaatgagccgttctaggaagggggtccaatcaattggtatattgtgcgct 47934027  T
Q  107 gcttccgtgttgtttacaccagagggtgttctcaagacctaaatacccttttagttacgtgacagcaactttaccattgcatcaaaactggtatattcga 206  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  47934026 gcttccgtgatgtttacaccagagggtgttctcaagacttaaatacctttttagttacgtgacaacaactttaccattgcatcaaagctggtatattcga 47933927  T
Q  207 aaataactgtcagggataatggcgaggtagtagcactaacaatgacgaaaccctcaaccgatgttctagaagggcaacaaatggttaattagaaggcaaa 306  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47933926 aaataactgtcaggggtattggcgaggtagtagcactaacaatgacgaaaccctcaaccgatgttctagaagggcaacaaatggttaattagaaggcaaa 47933827  T
Q  307 atagaagaatccaatggcgggctcactgacaagaacccataaacaaaggtaacagaggagcttttccgttcaaaatattttacaaacacactaaatcagt 406  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47933826 agagaagaatccaatggcgggctcactgacaagaaaccataaacaaaggtaacagaggagcttttccgttcaaaatattttacaaacacactaaatcagt 47933727  T
Q  407 gctagagtgtagtcttagggtgaaaaagagttaaggtcgccaacagtgctgaaaactctatacaaggctttcactattgatgatacagtgtaaggaacaa 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  47933726 gctagagtgtagtcttagggtgaaaaagagttaaggtcgccaacagtgctgaaaactctatgtaaggctttcactattgatgatacagtgtaatgaacaa 47933627  T
Q  507 agggtaggaatgtgaaagaatttgaaacaatatggtatgcaagaacttgaggcacttccaaactataatatattatagcttctcatgtcctgacctcaca 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47933626 agggtaggaatgtgaaagaatttgaaacaat-tggtatgcaagaacttgaggcacttccgaactataatatattatagcttctcatgtcctgacctcaca 47933528  T
Q  607 tcattaaaataaggtgaatttgatagtcaacttgattgccaagacgattctatcttagacttgttcaacgaagaagaagatcatctcatggaggcaacgg 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  47933527 tcattaaaataaggtgaatttgatagtcaacttgattgcctagacgattctatcttagacttgttcaacgaagaagcagatcatctcatggaggcaatgg 47933428  T
Q  707 ccacttggtttcattcycttggaattttcggaaaaaaggtcaatttttcaaactgatcctacagaatatacgcggaagtaatgaccatcagaaaaataca 806  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  47933427 ccacttggtttcattcccttggaattttcggaaaaaaggtcaatttttcaaactgatcctacagaatatacgc-gaagtaatgaccatcagaaaaataca 47933329  T
Q  807 tgattcaaaccctgtaatttttct 830  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  47933328 tgattcaaaccctgtaatttttct 47933305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University