View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5603-Insertion-2 (Length: 1170)

Name: NF5603-Insertion-2
Description: NF5603
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5603-Insertion-2
NF5603-Insertion-2
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (8-1109)||(36230571-36231677)
chr4 (176-967)||(36205450-36206224)
chr4 (918-1064)||(36221603-36221746)
chr4 (1011-1079)||(36206271-36206339)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (181-972)||(25474814-25475603)
chr6 (1011-1103)||(25474684-25474778)
chr6 (358-472)||(29133796-29133910)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (181-882)||(9765247-9765945)
chr1 (915-961)||(9765988-9766034)
chr1 (1011-1109)||(9766084-9766184)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 989; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 989; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1109
Target Start/End: Original strand, 36230571 - 36231677
Alignment:
Q  8 ggttgatgactgataagtttgaattactactctgctggattatgagaaaattgtaattacagaaatttatatacagaagcagaaggccaattaattgaga 107  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36230571 ggttgatgactggtaagtttgaattactactccgctggattatgagaaaattgtaattacagaaatttatatacagaagcagaaggccaattaattgaga 36230670  T
Q  108 gtaaagaaattcagattttttcaacttcttaaattcacttgaataatagtttaatactactactct--ataagtctaggacatagcaaggttggaataat 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  36230671 gtaaagaaattcagattttttcaacttcttaaattcacttgaataatagtttaatactactactctctataagtttaggacgtagcaaggttggaataat 36230770  T
Q  206 tgtgtcatcccactctaaattgtcccaccactctgtctcaccttggattgcaatcaagttaatcttgaaagcaaacctggaattgaaaggaagcttcctc 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36230771 tgtgtcatcccactctaaattgtcccaccactctgtctcaccttggattgcaatcaagttaatcttgaaagcaaacctggaattgaaaggaagcttcctc 36230870  T
Q  306 agattggggcaatcagttaccttaatacgttttagggaaggaaaatccaaagctctcctgtggatgctcactagttttggcataccataaaggcaaagat 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36230871 agattggggcaatcagttaccttaatacgttttagggaaggaaaatccaaagctctcttgtggatgctcactagttttggcataccataaaggcaaagat 36230970  T
Q  406 ctctaagatttgcaaatatcatatcatttttggagtcagatccagcttgttcgttatctttaccttctttcaccacctcttcaattgaatcacaaagacc 505  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36230971 ctgtaagatttgcaaatatcatatcatttttggagtcagatccagcttgttcgttatctttaccttctttcaccacctcttcaattgaatcacaaagacc 36231070  T
Q  506 aacaataaggatctcaagaagcggagcatacatcaaccatgtcaaatgatttattgaatggcaacttcttatgtgcacgcggcgaagatttccaagatcg 605  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36231071 aacaacaaggatctcaagaagcggagcatacatcaaccatgtcaaatgatttattgaatgacaactacttatgtgcactcggcgaagatttccaagatcg 36231170  T
Q  606 catttgtcagcaatcgatgaaccatccacgaggttgtttctagcccaaagacgtatgctgtccaaatgcctcatttttgacatggatgttaataatgaag 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36231171 catttgtcagcaatcgatgaaccatccatgaggttgtttctagcccaaagacgtatgctgtccaaatgcctcatttttgacatggattttaataatgaag 36231270  T
Q  706 acatttcaagtgactgtgacccctccttgtttaaaaaagaaatcccaaggcatctagagcaatctcgtaatttggtggattgaaatagtctctgcacact 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36231271 acatttcaagtgactgtgacccctccttgtttgaaaaagaaatcccaaggcatctagagcaatctcgtaatttggtggattgaaatagtctctgcacact 36231370  T
Q  806 agtgaagtttcttaattccaggctcagttcctccaattttggtaatgattccagcttctctaataatgatatctctttttgtactggaat-gaacataaa 904  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  36231371 agtgaagtttcttaattccaggctcagttcctccaattttggtaatgattccagcttctctaataatgatatctctttttgtactggactggaacataaa 36231470  T
Q  905 tcacgtgtactaaatctaaacacctttaattgttcaagactttctatcacttccaaaggaatgattttagcataatcgtagtaattacatatcatccat- 1003  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  36231471 tcacgtgtactaaatctaaacacctttaattgttcaagactttctatcacttccaaaggaatgattttagcataatcgtagtaa-tacatatcatccata 36231569  T
Q  1004 aggagtgccctcaactttttcaacttcttcaatgcaataggcaactcaaatacttttgatcctgaaaggtcaagg-attcc-agttcactaactcgccta 1101  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  36231570 aggagtaccctcaactttttcaacttcttcaatgcaataggcaactcaaatacttttgatcctgagaggttaaggaattccaagttcactaactcgccta 36231669  T
Q  1102 ttcctgag 1109  Q
    ||||||||    
T  36231670 ttcctgag 36231677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 176 - 967
Target Start/End: Original strand, 36205450 - 36206224
Alignment:
Q  176 aagtctaggacatagcaaggttggaataattgtgtcatcccactctaaattgtcccaccactctgtctcaccttggattgcaatcaagttaatcttgaaa 275  Q
    |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| |||| |||    
T  36205450 aagtttaggacgtagtaaggttggaataattgtgtcatcccactctaatttgtcccaccactccgtctctcctttgattgcaatcaagttattctttaaa 36205549  T
Q  276 gcaaacctggaattgaaaggaagcttcctcagattggggcaatcagttaccttaatacgttttagggaaggaaaatccaaagctctcctgtggatgctca 375  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | || ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36205550 gcaaagctggaattcaaaggaagcttcctcagattggggcatttagctacctcaaaacgttttaaggaaggaaaatccaaagctctcttgtggatgctca 36205649  T
Q  376 ctagttttggcataccataaaggcaaagatctctaagatttgcaaatatcatatcatttttggagtcagatccagcttgttcgttatctttaccttcttt 475  Q
    ||||||||||||||  | |||||| ||||  | |||||||||  |||||  |||                  ||||||| |||| ||||||| |||||||    
T  36205650 ctagttttggcatataaaaaaggccaagaattttaagatttgtgaatatattat------------------cagcttgctcgtcatctttagcttcttt 36205731  T
Q  476 caccacctcttcaattgaatcacaaagaccaacaataaggatctcaagaagcggagcatacatcaaccatgtcaaatgatttattgaatggcaacttctt 575  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||| |   |||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||   |||    ||    
T  36205732 cacaacctcttcgattgaatcacaaacagacacaacaaggacctcgagaagcggagcatacctcaaccatgtcaaatgagttattgaaccacaaaaattt 36205831  T
Q  576 atgtgcacgcggcgaagatttccaagatcgcatttgtcagcaatcgatgaaccatccacgaggttgtttctagcccaaagacgtatgctgtccaaatgcc 675  Q
    |||  |||  |||||||  | ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||| | |     |||||  |||||| ||||||||      
T  36205832 atgcacacttggcgaagcatgccaagatggcatttgtcagtaatcgaggaaccatccacaaggctgtctgtgcttgaaagatatatgctttccaaatgat 36205931  T
Q  676 tcatttttgacatggatgttaataatgaagacatttcaagtgactgtgacccctccttgtttaaaaaagaaatcccaaggcatctagagcaatctcgtaa 775  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||      ||||||| ||  ||  |||||| | || || ||||| |||| |||||||    
T  36205932 tcatttctgacatggatgttaataatgaaaacatttcaactgacttattgtcctcctttttccaaccagaaatactaatgcgtctagtgcaacctcgtaa 36206031  T
Q  776 tttggtggattgaaatagtctctgcacactagtgaagtttcttaattccaggctcagttcctccaattttggtaatgattccagcttctctaataatgat 875  Q
    ||||||||| |||| || ||||||||||||||||| | |  ||||||| | ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  36206032 tttggtggagtgaagtaatctctgcacactagtgatgctagttaattcaatgctcagtgcctccaattttggtaaggattccagcttctctagtaatgat 36206131  T
Q  876 atctctttttgtac--tggaatgaacataaatcacgtgtactaaatctaaacacctttaattgttcaagactttctatcacttccaaaggaatg 967  Q
    ||||||| ||||||  ||   | ||  |  ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36206132 atctcttcttgtacagtgttctcaatgt-catcacctcgactaaatctaaacacctttaattgttcaagactttctatcacttccaaaggaatg 36206224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 918 - 1064
Target Start/End: Original strand, 36221603 - 36221746
Alignment:
Q  918 atctaaacacctttaattgttcaagactttctatcacttccaaaggaatgattttagcataatcgtagtaattacatatcatcc-ataggagtgccctca 1016  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||  ||  ||   |||||||||| | |||||| ||||||    
T  36221603 atctaaacacctttaattgttcaagactatcgaacacttccaaaggaataattttagcataat--tataaa--gcatatcatccaaaaggagtaccctca 36221698  T
Q  1017 actttttcaacttcttcaatgcaataggcaactcaaatacttttgatc 1064  Q
    | |||||||||||||| ||||| || ||||||| |||||| |||||||    
T  36221699 agtttttcaacttcttaaatgctattggcaactgaaatacgtttgatc 36221746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 1011 - 1079
Target Start/End: Original strand, 36206271 - 36206339
Alignment:
Q  1011 ccctcaactttttcaacttcttcaatgcaataggcaactcaaatacttttgatcctgaaaggtcaagga 1079  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||    
T  36206271 ccctcaactttttcaacttcttcaatgcaataggcaactcaagtacttttgatcctgagaggttaagga 36206339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 252; Significance: 1e-139; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 181 - 972
Target Start/End: Complemental strand, 25475603 - 25474814
Alignment:
Q  181 taggacatagcaaggttggaataattgtgtcatcccactctaaattgtcccaccactctgtctcaccttggattgcaatcaagttaatcttgaaagcaaa 280  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||| ||    | ||  ||| ||||| |||||||    
T  25475603 taggacgtagtaaggttggaataatattgtcatcccactctaaattgtcccaccacttggtccctccttgaatcaagaccagattattcttggaagcaaa 25475504  T
Q  281 cctggaattgaaaggaagcttcctcagattggggcaatcagtt---accttaatacgttttagggaaggaaaatccaaagctctcctgtggatgctcact 377  Q
     | |||||| |||||||||||||||||||||||||| | |  |   ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  25475503 gccggaattcaaaggaagcttcctcagattggggcagtgacctttaaccataatacgttttagggaaggaaaattcaaagctctcttgtggatgctcact 25475404  T
Q  378 agttttggcataccataaaggcaaagatctctaagatttgcaaatatcatatcatttttggagtcagatccagcttgttcgttatctttaccttctttca 477  Q
    || ||| |||||  || ||||||||||||| ||||||||   |||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||   ||||||| |||||||||    
T  25475403 agatttcgcatattatgaaggcaaagatctttaagatttttgaatatcatgtcattgttggagtcatagccagcttgttcaccatctttagcttctttca 25475304  T
Q  478 ccacctcttcaattgaatcacaaagaccaacaataaggatctcaagaagcggagcatacatcaaccatgtcaaatgatttattgaatggcaacttcttat 577  Q
    |||||||||||||||||| ||||  |  ||||  ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||   |||     |||    
T  25475303 ccacctcttcaattgaataacaatcagaaacagaaaggacctcgagaagcggagcatacctcaaccatgtcaaatgagttattgaacaacaataatgtat 25475204  T
Q  578 gtgcacgcggcgaagatttccaagatcgcatttgtcagcaatcgatgaaccatccacgaggttgtttctagcccaaagacgtatgctgtccaaatgcctc 677  Q
    |  |||  ||||||| || | ||||  | |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||   |     |||||  ||||| ||||||||| |||    
T  25475203 gcacacttggcgaagcttgctaagaaggtatttgtcagcaatcgatgaaccatccataaggtggtgaatgcatgaaagatatatgcggtccaaatgtctc 25475104  T
Q  678 atttttgacatggatgttaataatgaagacatttcaagtgactgtgacccctccttgtttaaaaaagaaatcccaaggcatctagagcaatctcgtaatt 777  Q
    ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||  | |||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  25475103 atttccgtcatggatgttaataatgaagacatttcaagtgagtgtgacccctccttttccaaatcataaatcataaggtatctagagcaatctcgtaatt 25475004  T
Q  778 tggtggattgaaatagtctctgcacactagtgaagtttcttaattccaggctcagttcctccaattttggtaatgattccagcttctctaataatgatat 877  Q
    ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||    
T  25475003 tggtggagtcaaataatctctgcacactagtgaagtttcttaattggacgctcagtgcctccaattttggtaatgattcaagcttctccagtaatgatat 25474904  T
Q  878 ctctttttgtactggaatgaacataaatcacgtgtactaaatctaaacacctttaattgttcaagactttctatcacttccaaaggaatgatttt 972  Q
    ||||| || |  || || || |   ||| ||   ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||    
T  25474903 ctcttcttct--tgtaaagatctgtaataac---tactaaatctaaatacctttaattgttctagactctctatcacttccataggaatgttttt 25474814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 1011 - 1103
Target Start/End: Complemental strand, 25474778 - 25474684
Alignment:
Q  1011 ccctcaactttttcaacttcttcaatgcaataggcaactcaaatacttttgatcctgaaaggtcaagg-attcc-agttcactaactcgcctatt 1103  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||  || |||||| |||| |||| ||||| |||| | |||||||||||||    
T  25474778 ccctcaagtttttcaacttcttcaatgcaataggcagcgcaaatactcctgttcctgagaggttaaggaattccaagttgattaactcgcctatt 25474684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 358 - 472
Target Start/End: Original strand, 29133796 - 29133910
Alignment:
Q  358 ctctcctgtggatgctcactagttttggcataccataaaggcaaagatctctaagatttgcaaatatcatatcatttttggagtcagatccagcttgttc 457  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| | |||| |  |||||||||  |||||  ||||||| | ||||| | | |||||||||||    
T  29133796 ctctcttgtggatgctcactagtttttgcataccaaaaagccgaagaaccttaagatttgtgaatatattatcattgtcggagtgatagccagcttgttc 29133895  T
Q  458 gttatctttaccttc 472  Q
     | ||||||| ||||    
T  29133896 ctcatctttagcttc 29133910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 181 - 882
Target Start/End: Original strand, 9765247 - 9765945
Alignment:
Q  181 taggacatagcaaggttggaataattgtgtcatcccactctaaattgtcccaccactctgtctcaccttggattgcaatcaagttaatcttgaaagcaaa 280  Q
    |||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    ||||||||| || |||||||  ||||| ||| |||    
T  9765247 taggacgtagtaagcttggaatgattgtgtcatcccactctaaattgtcccaccacttcgttgatccttggattacagtcaagttgttcttggaagtaaa 9765346  T
Q  281 cctggaattgaaaggaagcttcctcagattggggcaatcagttaccttaatacgttttagggaaggaaaatccaaagctctcctgtggatgctcactagt 380  Q
     ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  9765347 gctggaattgaaaggaagcttctttagattggggcactcaaataccctaatacgttttagggaaggaaaatccaaagctctcttgtggatgctcactagc 9765446  T
Q  381 tttggcataccataaaggcaaagatctctaagatttgcaaatatcatatcatttttggagtcagatccagcttgttcgttatctttaccttctttcacca 480  Q
    || | ||||  | |||||| |||| || ||||||||   ||||| |||||||| ||||||||| |  ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||    
T  9765447 ttagacatattagaaaggcgaagaactttaagatttctgaatataatatcattgttggagtcatagtcagcttgctcgtcatctttaacttctttcacca 9765546  T
Q  481 cctcttcaattgaatcacaaagaccaacaataaggatctcaagaagcggagcatacatcaaccatgtcaaatgatttattgaatggcaacttcttatgtg 580  Q
    | ||||||||||||  ||||  |  ||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||     ||||||    
T  9765547 cttcttcaattgaactacaagaagaaacaacaagcttctcaagaagcggagcatacctcaaccatgtcaaatgagttattgaataacaatgatatatgtg 9765646  T
Q  581 cacgcggcgaagatttccaagatcgcatttgtcagcaatcgatgaaccatccacgaggttgtttctagcccaaagacgtatgctgtccaaatgcctcatt 680  Q
    |||  ||||||| || || |||| |||||||||||||||| ||||| |||||| |||| | ||| |  ||||||||  ||||  |||||||||| |||||    
T  9765647 cacttggcgaagcttgcccagatggcatttgtcagcaatcaatgaagcatccatgaggctttttatgccccaaagatatatgaggtccaaatgcatcatt 9765746  T
Q  681 tttgacatggatgttaataatgaagacatttcaagtgactgtgacccctccttgtttaaaaaagaaatcccaaggcatctagagcaatctcgtaatttgg 780  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    || |||| || ||   |||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||    
T  9765747 tccgacatggatgttaataatgaagacatttcaagtga--gttttgccacctt-ttaaattcagaaatccaaagccctctagagcaatctcgtaatttgg 9765843  T
Q  781 tggattgaaatagtctctgcacactagtgaagtttcttaattccaggctcagttcctccaattttggtaatgattccagcttctctaataatgatatctc 880  Q
    | || ||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||   |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9765844 ttgagtgaaatagtgtctgcacactagcgaagtttgttaatgagacactcagttcctccagttttggtaatgattccagcttctctagtaatgatatctc 9765943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 915 - 961
Target Start/End: Original strand, 9765988 - 9766034
Alignment:
Q  915 taaatctaaacacctttaattgttcaagactttctatcacttccaaa 961  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9765988 taaatctaaacacctttaattgttcaagactttctatcacttccaaa 9766034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 1011 - 1109
Target Start/End: Original strand, 9766084 - 9766184
Alignment:
Q  1011 ccctcaactttttcaacttcttcaatgcaataggcaactcaaatacttttgatcctgaaaggtcaagg-attcc-agttcactaactcgcctattcctga 1108  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||| ||||   ||||||| |||| ||||| |||| | ||||||||||||| ||||    
T  9766084 ccctcaagtttttcaacttcttcattgcaataggcaatgtaaatacttctgatttggaaaggttaaggaattccaagttgattaactcgcctatttctga 9766183  T
Q  1109 g 1109  Q
    |    
T  9766184 g 9766184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University