View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5604_low_5 (Length: 284)

Name: NF5604_low_5
Description: NF5604
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5604_low_5
NF5604_low_5
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (65-284)||(6594333-6594552)
chr7 (66-284)||(6592116-6592334)
chr7 (66-284)||(32060098-32060316)
chr7 (66-284)||(18388536-18388754)
chr7 (65-284)||(18391971-18392190)
chr7 (66-274)||(1560441-1560651)
chr7 (95-250)||(20344104-20344255)
chr7 (122-228)||(24790230-24790333)
chr7 (122-215)||(43503991-43504080)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (65-284)||(40380265-40380484)
chr5 (66-284)||(40382476-40382694)
chr5 (64-284)||(25078295-25078515)
chr5 (64-284)||(25136264-25136484)
chr5 (74-261)||(10593456-10593642)
chr5 (65-284)||(16544583-16544805)
chr5 (65-284)||(16546805-16547027)
chr5 (93-274)||(22536101-22536275)
chr5 (97-250)||(29720571-29720721)
chr5 (97-250)||(29722731-29722881)
chr5 (96-231)||(29750969-29751102)
chr5 (16-65)||(21839039-21839088)
chr5 (100-232)||(9789042-9789167)
chr5 (100-215)||(18441462-18441570)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (65-284)||(7122857-7123076)
chr4 (66-284)||(7125076-7125294)
chr4 (66-284)||(8395777-8395996)
chr4 (65-284)||(8393568-8393788)
chr4 (65-284)||(5136239-5136460)
chr4 (66-284)||(5138464-5138684)
chr4 (169-215)||(31495188-31495234)
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (65-284)||(25421480-25421699)
chr6 (65-284)||(6027421-6027639)
chr6 (66-284)||(34167254-34167472)
chr6 (65-284)||(13154089-13154309)
chr6 (65-284)||(33341877-33342099)
chr6 (65-284)||(34165032-34165252)
chr6 (66-203)||(6136079-6136216)
chr6 (95-274)||(16555053-16555228)
chr6 (95-274)||(16578327-16578502)
chr6 (95-274)||(16616878-16617053)
chr6 (95-274)||(16631609-16631784)
chr6 (95-274)||(16653296-16653471)
chr6 (65-178)||(13159051-13159165)
chr6 (95-228)||(27648082-27648210)
[»] scaffold0565 (1 HSPs)
scaffold0565 (65-284)||(2379-2598)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (66-284)||(12647162-12647380)
chr2 (64-281)||(13655803-13656022)
chr2 (122-274)||(6266875-6267023)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (66-284)||(44203806-44204024)
chr1 (95-274)||(9036599-9036775)
chr1 (96-250)||(21054165-21054314)
chr1 (96-230)||(9987428-9987558)
chr1 (122-250)||(40282584-40282711)
chr1 (122-250)||(20622072-20622198)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (66-284)||(3617624-3617842)
chr3 (65-274)||(25637611-25637823)
chr3 (65-284)||(4598298-4598517)
chr3 (65-284)||(4600519-4600738)
chr3 (63-284)||(10067480-10067702)
chr3 (66-284)||(10211569-10211788)
chr3 (65-284)||(10056393-10056613)
chr3 (65-284)||(10058615-10058835)
chr3 (65-284)||(10060837-10061057)
chr3 (65-284)||(10063059-10063279)
chr3 (65-284)||(10065281-10065501)
chr3 (65-284)||(10209349-10209569)
chr3 (95-274)||(45283169-45283345)
chr3 (118-250)||(54635332-54635462)
chr3 (95-274)||(6716683-6716859)
chr3 (100-222)||(7779821-7779937)
chr3 (169-222)||(801321-801376)
[»] scaffold0137 (1 HSPs)
scaffold0137 (65-277)||(6453-6668)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (65-284)||(15290698-15290918)
chr8 (65-284)||(15471067-15471287)
chr8 (66-284)||(42575100-42575318)
chr8 (95-281)||(25690132-25690313)
chr8 (95-250)||(3439711-3439861)
chr8 (196-233)||(32902096-32902133)
[»] scaffold1808 (1 HSPs)
scaffold1808 (109-284)||(39-214)
[»] scaffold0674 (1 HSPs)
scaffold0674 (109-284)||(3545-3720)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Original strand, 6594333 - 6594552
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagt 164  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6594333 ttgttgtgaatccccgagcctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaacaaagt 6594432  T
Q  165 gtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggagagaag 264  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  6594433 ttattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagataaacaaggagggaag 6594532  T
Q  265 aagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  6594533 aagaaaacaataaacacaaa 6594552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 66 - 284
Target Start/End: Original strand, 6592116 - 6592334
Alignment:
Q  66 tgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtg 165  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||     
T  6592116 tgttgtgaatccccgagcctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaacaaagtt 6592215  T
Q  166 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggagagaaga 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    
T  6592216 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagaaaaacaaggagggaaga 6592315  T
Q  266 agaaaacaataaacacaaa 284  Q
    |||||||||||||||||||    
T  6592316 agaaaacaataaacacaaa 6592334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 66 - 284
Target Start/End: Original strand, 32060098 - 32060316
Alignment:
Q  66 tgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtg 165  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||     
T  32060098 tgttgtgaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatataaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccgaacaaagtt 32060197  T
Q  166 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggagagaaga 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  32060198 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagataaacaaggagggaaga 32060297  T
Q  266 agaaaacaataaacacaaa 284  Q
    |||||||||||||||||||    
T  32060298 agaaaacaataaacacaaa 32060316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 66 - 284
Target Start/End: Original strand, 18388536 - 18388754
Alignment:
Q  66 tgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtg 165  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||     
T  18388536 tgttgtgaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccgaacaaagtt 18388635  T
Q  166 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggagagaaga 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  ||| |||||    
T  18388636 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaacaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatacaaagagagggaaga 18388735  T
Q  266 agaaaacaataaacacaaa 284  Q
    |||||||||||||||||||    
T  18388736 agaaaacaataaacacaaa 18388754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Original strand, 18391971 - 18392190
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagt 164  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| ||||||||    
T  18391971 ttgttgtgaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacagagagtggtaaccaccgaacaaagt 18392070  T
Q  165 gtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--ga 262  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  ||    
T  18392071 ttattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaacaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagat--acaaggagaggga 18392168  T
Q  263 agaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  18392169 agaagaaaacaataaacacaaa 18392190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 66 - 274
Target Start/End: Original strand, 1560441 - 1560651
Alignment:
Q  66 tgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtg 165  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||     
T  1560441 tgttgtgaatccccgagcctccaaggtcggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccgaacagagta 1560540  T
Q  166 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--gaa 263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||    
T  1560541 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagataaacaaggagagggaa 1560640  T
Q  264 gaagaaaacaa 274  Q
    |||||||||||    
T  1560641 gaagaaaacaa 1560651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 95 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 20344255 - 20344104
Alignment:
Q  95 gatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacac 194  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||| | | |||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||| || | |||||| ||    
T  20344255 gatcgaaccacaccaatgcaaagaat---gatgtgtggagcaaaggagagtggtaaccaccaaacaaagtgt---gtgcaagcaacaatcgacaaaaaac 20344162  T
Q  195 ca---cctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagata 250  Q
    ||   ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||||||||||||||    
T  20344161 cagcacctagatctaatctaggaaacaagtgagaaacacaaaac-acaatcacaagata 20344104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 122 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 24790333 - 24790230
Alignment:
Q  122 atgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagt 221  Q
    |||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||    ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  24790333 atgatgtgtggagcaacggaaagtggtaaccaccaaacaaagtgc---gtgcaagtaataatcaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaacaggt 24790237  T
Q  222 gtgaaac 228  Q
    | |||||    
T  24790236 gagaaac 24790230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 122 - 215
Target Start/End: Original strand, 43503991 - 43504080
Alignment:
Q  122 atgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaa 215  Q
    |||||||||||| | | |||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||||| || |||||||  | || ||||||||||||||||||    
T  43503991 atgatgtgtggagcaaaggagagtggtaaccacc-aacaaagtgt-gtgtgcaagcaataatcaacaaa--aacagctagatctaatctaggaa 43504080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 40380484 - 40380265
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagt 164  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  40380484 ttgttgtgaatccccgagcctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaacaaagt 40380385  T
Q  165 gtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggagagaag 264  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  40380384 ttattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagataaacaaggagggaag 40380285  T
Q  265 aagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  40380284 aagaaaacaataaacacaaa 40380265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 66 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 40382694 - 40382476
Alignment:
Q  66 tgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtg 165  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||     
T  40382694 tgttgtgaatccccgagcctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcggcggagagtggtaaccaccaaacaaagtt 40382595  T
Q  166 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggagagaaga 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  40382594 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagataaacaaggagggaaga 40382495  T
Q  266 agaaaacaataaacacaaa 284  Q
    |||||||||||||||||||    
T  40382494 agaaaacaataaacacaaa 40382476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 64 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 25078515 - 25078295
Alignment:
Q  64 tttgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaag 163  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  25078515 tttgttgtgaatccccaaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaagaatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccgaacaaag 25078416  T
Q  164 tgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--g 261  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  |    
T  25078415 tttattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaacaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagat--acaaggagaggg 25078318  T
Q  262 aagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  25078317 aagaagaaaacaataaacacaaa 25078295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 64 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 25136484 - 25136264
Alignment:
Q  64 tttgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaag 163  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  25136484 tttgttgtgaatccccaaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaagaatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccgaacaaag 25136385  T
Q  164 tgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--g 261  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  |    
T  25136384 tttattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaacaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagat--acaaggagaggg 25136287  T
Q  262 aagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  25136286 aagaagaaaacaataaacacaaa 25136264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 74 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 10593642 - 10593456
Alignment:
Q  74 atccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgc 173  Q
    ||||||| | |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10593642 atccccgtatctccaagatcggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaacaaagtgtattgtgc 10593543  T
Q  174 aagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggagag 261  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  10593542 aagcaacaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaacaagtgtgaaacacaaagc-acaatcacaagataaacaaggagag 10593456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 16544805 - 16544583
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaagg-ccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaag 163  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16544805 ttgttgtgaatccccgagcctccaaggaccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaacaaag 16544706  T
Q  164 tgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaac-aatcacaagatagac-aaggaga- 260  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||| || ||||||||| || |||||||     
T  16544705 cttattgagcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatccaatctaggaaacaagtgtgaa--acaaagcaactaaacacaagataaacaaaggagag 16544608  T
Q  261 -gaagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  16544607 ggaagaagaaaacaataaacacaaa 16544583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 16547027 - 16546805
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaagg-ccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaag 163  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  16547027 ttgttgtgaatccccgagcctccaaggaccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtgataaccaccaaacaaag 16546928  T
Q  164 tgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaac-aatcacaagatagac-aaggaga- 260  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||| || ||||||||| || |||||||     
T  16546927 cttattgagcaagcaagaaacaacaaaacaccacctaaatccaatctaggaaacaagtgtgaa--acaaagcaactaaacacaagataaacaaaggagag 16546830  T
Q  261 -gaagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  16546829 ggaagaagaaaacaataaacacaaa 16546805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 93 - 274
Target Start/End: Original strand, 22536101 - 22536275
Alignment:
Q  93 cggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaa-caaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaa 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||   ||||||||| || ||||||||    
T  22536101 cggatcgaaccacaccaatacaaag---aatgatgtgtggagcgacggagagcggtaaccaccaaagcaaagtgta---tgcaagcaacaatcaacaaaa 22536194  T
Q  192 caccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggagagaagaagaaaacaa 274  Q
     | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| | |||||||||||||| |   |||| ||||||||||||||    
T  22536195 -aacacctagatctaatctaggaaacaagtgagaaactcaaaac-acaatcacaagataaaaggggagggaagaagaaaacaa 22536275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 97 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 29720721 - 29720571
Alignment:
Q  97 tcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacacca 196  Q
    |||||||||||||||||||  |||| || |||||||| | | |||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||| || |||||||||||||    
T  29720721 tcgaaccacaccaatacaagaaata-tgttgtgtggagcaaaggagagtggtaaccaccaaacaaagtgtgt-gtacaagcaataatcaacaaaacacca 29720624  T
Q  197 cctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagata 250  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  | ||||||||||||||    
T  29720623 cctagatctaatctaggaaacaagtgagaaacacaatac-acaatcacaagata 29720571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 97 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 29722881 - 29722731
Alignment:
Q  97 tcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacacca 196  Q
    |||||||||||||||||||  |||| || |||||||| | | | |||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||| || |||||||||||||    
T  29722881 tcgaaccacaccaatacaagaaata-tggtgtgtggagcaaagtagagtggtaaccaccaaacaaagtgtgt-gtacaagcaataatcaacaaaacacca 29722784  T
Q  197 cctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagata 250  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  | ||||||||||||||    
T  29722783 cctagatctaatctaggaaacaagtgagaaacacaatac-acaatcacaagata 29722731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 96 - 231
Target Start/End: Original strand, 29750969 - 29751102
Alignment:
Q  96 atcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacacc 195  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| | | |||||||||||| |||||||||| |||| | |||||||||| || ||||||||||||    
T  29750969 atcgaaccacaccaatacaagaaata-tgatgtgtggagcaaaggagagtggtaaccaccaaacaatgtgtgt-gtgcaagcaataatcaacaaaacacc 29751066  T
Q  196 acctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacaca 231  Q
    |||||||| |||||||| || |||||| ||||||||    
T  29751067 acctagatataatctagaaaacaagtgagaaacaca 29751102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 16 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 21839088 - 21839039
Alignment:
Q  16 atcaaaagatacttcaaaacccattatttctatctcagactaaacccatt 65  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21839088 atcaaaagatacttctaaacccattatttctatctcagactaaacccatt 21839039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 100 - 232
Target Start/End: Original strand, 9789042 - 9789167
Alignment:
Q  100 aaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacct 199  Q
    |||||||||||||||||| ||   |||||||||| | | ||| ||| |||| |||||| ||||||||   |||||||||| || |||||||||| |||||    
T  9789042 aaccacaccaatacaaagtat---gatgtgtggagcaaaggaaagtagtaaccaccaa-caaagtgt---gtgcaagcaaaaatcaacaaaacagcacct 9789134  T
Q  200 agatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaa 232  Q
    ||||||||||||||||  |||||  ||||||||    
T  9789135 agatctaatctaggaaagaagtgaaaaacacaa 9789167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 100 - 215
Target Start/End: Original strand, 18441462 - 18441570
Alignment:
Q  100 aaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacct 199  Q
    ||||||||||||||||||  ||| |||||||||| | | ||| ||| |||| |||||| ||||||||   |||||||||| || |||||||||| |||||    
T  18441462 aaccacaccaatacaaag--taa-gatgtgtggagcaaaggaaagtagtaaccaccaa-caaagtgt---gtgcaagcaataatcaacaaaacagcacct 18441554  T
Q  200 agatctaatctaggaa 215  Q
    ||||||||||||||||    
T  18441555 agatctaatctaggaa 18441570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 7123076 - 7122857
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagt 164  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  7123076 ttgttgtgaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccgaacaaagt 7122977  T
Q  165 gtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggagagaag 264  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  7122976 ttattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagataaacaaggagggaag 7122877  T
Q  265 aagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  7122876 aagaaaacaataaacacaaa 7122857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 66 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 7125294 - 7125076
Alignment:
Q  66 tgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtg 165  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||     
T  7125294 tgttgtgaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatataaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccgaacaaagtt 7125195  T
Q  166 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggagagaaga 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  7125194 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagataaacaaggagggaaga 7125095  T
Q  266 agaaaacaataaacacaaa 284  Q
    |||||||||||||||||||    
T  7125094 agaaaacaataaacacaaa 7125076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 66 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 8395996 - 8395777
Alignment:
Q  66 tgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtg 165  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||     
T  8395996 tgttgtgaatccccggacctccaagaccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaacaaagtt 8395897  T
Q  166 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--gaa 263  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||  |||    
T  8395896 tattgtgcaagcaaaaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagataca-atggagagggaa 8395798  T
Q  264 gaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  8395797 gaagaaaacaataaacacaaa 8395777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 8393788 - 8393568
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagt 164  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  8393788 ttgttgtgaatccccggacctcaaagaccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaacgaagt 8393689  T
Q  165 gtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--ga 262  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||  ||    
T  8393688 ttattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagataca-atggagaggga 8393590  T
Q  263 agaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  8393589 agaagaaaacaataaacacaaa 8393568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 5136460 - 5136239
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggcc-ggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaag 163  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5136460 ttgttgtgaatccccggacctccaagacccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaacaaag 5136361  T
Q  164 tgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaac--aatcacaagatagacaaggaga- 260  Q
      ||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  || ||||||||| |||||||||     
T  5136360 cttattgagcaagcaagagacaacaaaacatca-ctagatctaatctaggaaccaagtgtgaa--acaaagcaaccaaaacacaagataaacaaggagag 5136264  T
Q  261 -gaagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  5136263 ggaagaagaaaacaataaacacaaa 5136239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 66 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 5138684 - 5138464
Alignment:
Q  66 tgttgtaaatccccgaacctccaaggcc-ggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagt 164  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||     
T  5138684 tgttgtgaatccccggacctccaagacccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaacaaagc 5138585  T
Q  165 gtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaac--aatcacaagatagacaaggaga-- 260  Q
     ||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  || ||||||||| |||||||||      
T  5138584 ttattgagcaagcaagagacaacaaaacatca-ctagatctaatctaggaaccaagtgtgaa--acaaagcaaccaaaacacaagataaacaaggagagg 5138488  T
Q  261 gaagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  5138487 gaagaagaaaacaataaacacaaa 5138464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 169 - 215
Target Start/End: Original strand, 31495188 - 31495234
Alignment:
Q  169 tgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaa 215  Q
    ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31495188 tgtgcaagcaataatcaacaaaacagcacctagatctaatctaggaa 31495234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 25421699 - 25421480
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagt 164  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  25421699 ttgttgtgaatccccgagcctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccgaacaaagt 25421600  T
Q  165 gtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggagagaag 264  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  25421599 ttattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagataaacaaggagggaag 25421500  T
Q  265 aagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  25421499 aagaaaacaataaacacaaa 25421480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 6027639 - 6027421
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagt 164  Q
    ||||||| |||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||| ||||| ||    
T  6027639 ttgttgtgaatccccggatctccaagactggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagaggggtaaccacctaacaaggt 6027540  T
Q  165 gtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggagagaag 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| ||||    
T  6027539 gtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagata-aaatggagggaag 6027441  T
Q  265 aagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  6027440 aagaaaacaataaacacaaa 6027421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 66 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 34167472 - 34167254
Alignment:
Q  66 tgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtg 165  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||       
T  34167472 tgttgtgaatccccgagcctccaaggtcggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaacaaaaaa 34167373  T
Q  166 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--gaa 263  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  |||    
T  34167372 tattgagcaagcaaaaaacaacaaaacaccacctagatcaaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagat--acaaggagagggaa 34167275  T
Q  264 gaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  34167274 gaagaaaacaataaacacaaa 34167254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 13154309 - 13154089
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggcc-ggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaag 163  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  13154309 ttgttgtgaatcctcggacctccaagacccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccacctaacaaag 13154210  T
Q  164 tgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--g 261  Q
      ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  |    
T  13154209 cttattgagcaagcaagaaacaacaatacaccacctagatcgaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagat--acaaggagaggg 13154112  T
Q  262 aagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  13154111 aagaagaaaacaataaacacaaa 13154089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Original strand, 33341877 - 33342099
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggcc-ggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaag 163  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33341877 ttgttgtgaatccccggacctccaagacccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaacaaag 33341976  T
Q  164 tgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaac-aatcacaagatagac-aaggaga- 260  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||| || |||||||     
T  33341977 cttattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaa--acaaagcaactaaacacaagataaacaaaggagag 33342074  T
Q  261 -gaagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  33342075 ggaagaagaaaacaataaacacaaa 33342099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 34165252 - 34165032
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaagg-ccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaag 163  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  34165252 ttgttgtgaatccccgaacctccaaggtccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaaccaag 34165153  T
Q  164 tgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaac-aatcacaagatagacaaggaga-- 260  Q
      ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||| || ||||||||| |||||||||      
T  34165152 cttattgagcaagcaagaaacaac-aaacaccacctagatccaatctaggaaacaagtgtgaa--acaaagcaactaaacacaagataaacaaggagagg 34165056  T
Q  261 gaagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  34165055 gaagaagaaaacaataaacacaaa 34165032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 66 - 203
Target Start/End: Original strand, 6136079 - 6136216
Alignment:
Q  66 tgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtg 165  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6136079 tgttgtgaatccccggacctccaaggccggatcgaaccataccaatacaaagaataatgatgtgtggagcaacggagagtggtaaccaccaaacaaagtg 6136178  T
Q  166 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagat 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6136179 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagat 6136216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 95 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 16555228 - 16555053
Alignment:
Q  95 gatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacac 194  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| | | |||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||    
T  16555228 gatcgaaccacaccaatactaa--ataatgatgtgtggagccaaggagagtggtaaccaccaaacaaagtgt---gtgcaagcaacaaacaacaaaacac 16555134  T
Q  195 cacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--gaagaagaaaacaa 274  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  16555133 cacctagatctaatctaggaaacaagtgtgaaacacaaagc-acaatcacaagataaacaaggagagggaagaagaaaacaa 16555053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 95 - 274
Target Start/End: Original strand, 16578327 - 16578502
Alignment:
Q  95 gatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacac 194  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| | | |||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||    
T  16578327 gatcgaaccacaccaatactaa--ataatgatgtgtggagccaaggagagtggtaaccaccaaacaaagtgt---gtgcaagcaacaaacaacaaaacac 16578421  T
Q  195 cacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--gaagaagaaaacaa 274  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  16578422 cacctagatctaatctaggaaacaagtgtgaaacacaaagc-acaatcacaagataaacaaggagagggaagaagaaaacaa 16578502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 95 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 16617053 - 16616878
Alignment:
Q  95 gatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacac 194  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| | | |||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||    
T  16617053 gatcgaaccacaccaatactaa--ataatgatgtgtggagccaaggagagtggtaaccaccaaacaaagtgt---gtgcaagcaacaaacaacaaaacac 16616959  T
Q  195 cacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--gaagaagaaaacaa 274  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  16616958 cacctagatctaatctaggaaacaagtgtgaaacacaaagc-acaatcacaagataaacaaggagagggaagaagaaaacaa 16616878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 95 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 16631784 - 16631609
Alignment:
Q  95 gatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacac 194  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| | | |||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||    
T  16631784 gatcgaaccacaccaatactaa--ataatgatgtgtggagccaaggagagtggtaaccaccaaacaaagtgt---gtgcaagcaacaaacaacaaaacac 16631690  T
Q  195 cacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--gaagaagaaaacaa 274  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  16631689 cacctagatctaatctaggaaacaagtgtgaaacacaaagc-acaatcacaagataaacaaggagagggaagaagaaaacaa 16631609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 95 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 16653471 - 16653296
Alignment:
Q  95 gatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacac 194  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| | | |||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||    
T  16653471 gatcgaaccacaccaatactaa--ataatgatgtgtggagccaaggagagtggtaaccaccaaacaaagtgt---gtgcaagcaacaaacaacaaaacac 16653377  T
Q  195 cacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--gaagaagaaaacaa 274  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  16653376 cacctagatctaatctaggaaacaagtgtgaaacacaaagc-acaatcacaagataaacaaggagagggaagaagaaaacaa 16653296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 65 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 13159165 - 13159051
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggcc-ggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaag 163  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  13159165 ttgttgtgaatcctcggacctccaagacccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccacctaacaaag 13159066  T
Q  164 tgtattgtgcaagca 178  Q
      ||||| |||||||    
T  13159065 cttattgagcaagca 13159051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 95 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 27648210 - 27648082
Alignment:
Q  95 gatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacac 194  Q
    |||||||||||||||||||||     ||||||||||||| | | |||||||||||| |||| |||||||||| | |||||||||| || |||||||||||    
T  27648210 gatcgaaccacaccaatacaag----aatgatgtgtggagcaaaggagagtggtaaccaccgaacaaagtgtgt-gtgcaagcaataatcaacaaaacac 27648116  T
Q  195 cacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaac 228  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  27648115 cacctagatctaatctaggaaacaagtgagaaac 27648082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0565 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0565
Description:

Target: scaffold0565; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Original strand, 2379 - 2598
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagt 164  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2379 ttgttgtgaatccccgagcctccaaggtcggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaacaaagt 2478  T
Q  165 gtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--ga 262  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  ||    
T  2479 ttattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaacaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagat--acaaggagaggga 2576  T
Q  263 agaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  2577 agaagaaaacaataaacacaaa 2598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 171; Significance: 7e-92; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 66 - 284
Target Start/End: Original strand, 12647162 - 12647380
Alignment:
Q  66 tgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtg 165  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||     
T  12647162 tgttgtgaatccccgagcctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccgaacaaagtt 12647261  T
Q  166 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--gaa 263  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  |||    
T  12647262 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaacaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagat--acaaggagagggaa 12647359  T
Q  264 gaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  12647360 gaagaaaacaataaacacaaa 12647380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 64 - 281
Target Start/End: Original strand, 13655803 - 13656022
Alignment:
Q  64 tttgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaag 163  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||| ||    
T  13655803 tttgttgtgaatccccggacctccaaggtcggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccgaacagag 13655902  T
Q  164 tgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--g 261  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |    
T  13655903 tatattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaacaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagataaacaaggagaggg 13656002  T
Q  262 aagaagaaaacaataaacac 281  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  13656003 aagaagaaaacaacaaacac 13656022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 122 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 6267023 - 6266875
Alignment:
Q  122 atgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagt 221  Q
    |||||||||||| | | |||||||||||| |||||||||||||||   ||| |||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||    
T  6267023 atgatgtgtggagcaaaggagagtggtaaccaccaaacaaagtgt---gtgtaagcaaaaatcaacaaaacaacacctagatctaatctaggaaagaagt 6266927  T
Q  222 gtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggagagaagaagaaaacaa 274  Q
    |  ||||||||  | |||| ||||||||| ||   ||| ||||||||||||||    
T  6266926 gaaaaacacaatac-acaagcacaagataaacggagagggaagaagaaaacaa 6266875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 171; Significance: 7e-92; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 66 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 44204024 - 44203806
Alignment:
Q  66 tgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtg 165  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||     
T  44204024 tgttgtgaatccccgagcctccaaggtcggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaacaaagtt 44203925  T
Q  166 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--gaa 263  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  |||    
T  44203924 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaacaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagat--acaaggagagggaa 44203827  T
Q  264 gaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  44203826 gaagaaaacaataaacacaaa 44203806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 95 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 9036775 - 9036599
Alignment:
Q  95 gatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacac 194  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||   |||||||||| | | |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  9036775 gatcgaaccacaccaatgcaaaggat---gatgtgtggagctaaggagagtggtaaccaccaaacaaagtgt-ttgtgcaagcaacaaacaacaaaacac 9036680  T
Q  195 cacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--gaagaagaaaacaa 274  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  9036679 cacctagatctaatctaggaaacaagtgtgaaacacaaagc-acaatcacaagataaacaaggagagggaagaagaaaacaa 9036599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 96 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 21054314 - 21054165
Alignment:
Q  96 atcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacacc 195  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| | | |||||||||||| |||||||| ||||||   |||||||||| || ||||||||||||    
T  21054314 atcgaaccacaccaatacaagaaata-tgatgtgtggagcaaaggagagtggtaaccaccaaactaagtgt---gtgcaagcaataatcaacaaaacacc 21054219  T
Q  196 acctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagata 250  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  | ||||||||||||||    
T  21054218 acctagatctaatctaggaaacaagtgagaaacacaatac-acaatcacaagata 21054165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 96 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 9987558 - 9987428
Alignment:
Q  96 atcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacacc 195  Q
    |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| | | |||||||||||| |||||| ||||||||   |||||||||| || ||||||||||||    
T  9987558 atcgaaccacaccaatacgaaaaata-tgatgtgtggagcaaaggagagtggtaaccaccaatcaaagtgt---gtgcaagcaataatcaacaaaacacc 9987463  T
Q  196 acctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacac 230  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  9987462 acctagatctaatctaggaaacaagtgagaaacac 9987428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 122 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 40282711 - 40282584
Alignment:
Q  122 atgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaa-caaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaag 220  Q
    |||||||||||| | | |||||||||||| ||||||| |||||||| | |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40282711 atgatgtgtggagcaaaggagagtggtaaccaccaaaacaaagtgtgt-gtgcaagcaataatcaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaacaag 40282613  T
Q  221 tgtgaaacacaaagcaacaatcacaagata 250  Q
    || |||||||||  | ||||||||||||||    
T  40282612 tgagaaacacaatac-acaatcacaagata 40282584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 122 - 250
Target Start/End: Original strand, 20622072 - 20622198
Alignment:
Q  122 atgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagt 221  Q
    |||||||||||| | | ||| ||| |||| ||||||||||||||| | |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20622072 atgatgtgtggagcaaaggaaagtagtaaccaccaaacaaagtgtgt-gtgcaagcaataatcaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaacaagt 20622170  T
Q  222 gtgaaacacaaagcaacaatcacaagata 250  Q
    | |||||||||  | ||||||||||||||    
T  20622171 gagaaacacaatac-acaatcacaagata 20622198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 159; Significance: 1e-84; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 66 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 3617842 - 3617624
Alignment:
Q  66 tgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtg 165  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||     
T  3617842 tgttgtgaatccccgagcctccaaggtcggatcgaaccacaccaatacaaataagaatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccgaacaaagtt 3617743  T
Q  166 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--gaa 263  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  |||    
T  3617742 tattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaacaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagat--acaaggagagggaa 3617645  T
Q  264 gaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  3617644 gaagaaaacaataaacacaaa 3617624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 65 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 25637823 - 25637611
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagt 164  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  25637823 ttgttgtgaatccccggacctccaaggtcggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccacctaacaaagt 25637724  T
Q  165 gtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagc-aacaatcacaagatagacaaggaga--g 261  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |    
T  25637723 gtattgtgcaagcaggaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaacaagtgtgaaacacaaagcaaacaatcacaagataaacaaggagaggg 25637624  T
Q  262 aagaagaaaacaa 274  Q
    |||||||||||||    
T  25637623 aagaagaaaacaa 25637611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Original strand, 4598298 - 4598517
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagt 164  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||     
T  4598298 ttgttgtgaatccccgaacctccaaggtcggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaacaaagc 4598397  T
Q  165 gtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--ga 262  Q
     ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||    
T  4598398 ttattgagcaagcaagaaacaataaaacaccacctagatccaatctaggaaacaagtgtgaa--acaaagcaacaatcacaagataaacaaggagaggga 4598495  T
Q  263 agaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  4598496 agaagaaaacaataaacacaaa 4598517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Original strand, 4600519 - 4600738
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagt 164  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||     
T  4600519 ttgttgtgaatccccgaacctccaaggtcggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaacaaagc 4600618  T
Q  165 gtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--ga 262  Q
     ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||  ||    
T  4600619 ttattgagcaagccagaaacaacaaaacaccacctagatccaatctaggaaacaagtgtgaa--acaaatcaacaatcacaagataaacaaggagaggga 4600716  T
Q  263 agaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  4600717 agaagaaaacaataaacacaaa 4600738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 63 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 10067702 - 10067480
Alignment:
Q  63 atttgttgtaaatccccgaacctccaagg-ccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaa 161  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |    
T  10067702 atttgttgtgaatccccgaacctccaaggtccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaacca 10067603  T
Q  162 agtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaac-aatcacaagatagacaaggaga 260  Q
    ||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  10067602 agcttattgagcaagcaagaaacaac-aaacaccacctagatccaatctaggaaacaagtgtgaa--acaaagcaactaaacacaagataaacaaggaga 10067506  T
Q  261 --gaagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
      ||||||||||||||||||||||||    
T  10067505 gggaagaagaaaacaataaacacaaa 10067480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 66 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 10211788 - 10211569
Alignment:
Q  66 tgttgtaaatccccgaacctccaaggcc-ggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagt 164  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||     
T  10211788 tgttgtgaatccccggacctccaagacccggatcgaaccacaccaatacagagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaatcaaagc 10211689  T
Q  165 gtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--ga 262  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||    
T  10211688 ttattgagcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatccaatctaggaaacaagtgtgaa--acaaagcaacaatcacaagataaacaaggagaggga 10211591  T
Q  263 agaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||| ||||||||||||||||||    
T  10211590 agatgaaaacaataaacacaaa 10211569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 10056613 - 10056393
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaagg-ccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaag 163  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  10056613 ttgttgtgaatccccgaacctccaaggtccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaaccaag 10056514  T
Q  164 tgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaac-aatcacaagatagacaaggaga-- 260  Q
      ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||| || ||||||||| |||||||||      
T  10056513 cttattgagcaagcaagaaacaac-aaacaccacctagatccaatctaggaaacaagtgtgaa--acaaagcaactaaacacaagataaacaaggagagg 10056417  T
Q  261 gaagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  10056416 gaagaagaaaacaataaacacaaa 10056393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 10058835 - 10058615
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaagg-ccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaag 163  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  10058835 ttgttgtgaatccccgaacctccaaggtccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaaccaag 10058736  T
Q  164 tgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaac-aatcacaagatagacaaggaga-- 260  Q
      ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||| || ||||||||| |||||||||      
T  10058735 cttattgagcaagcaagaaacaac-aaacaccacctagatccaatctaggaaacaagtgtgaa--acaaagcaactaaacacaagataaacaaggagagg 10058639  T
Q  261 gaagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  10058638 gaagaagaaaacaataaacacaaa 10058615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 10061057 - 10060837
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaagg-ccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaag 163  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  10061057 ttgttgtgaatccccgaacctccaaggtccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaaccaag 10060958  T
Q  164 tgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaac-aatcacaagatagacaaggaga-- 260  Q
      ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||| || ||||||||| |||||||||      
T  10060957 cttattgagcaagcaagaaacaac-aaacaccacctagatccaatctaggaaacaagtgtgaa--acaaagcaactaaacacaagataaacaaggagagg 10060861  T
Q  261 gaagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  10060860 gaagaagaaaacaataaacacaaa 10060837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 10063279 - 10063059
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaagg-ccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaag 163  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  10063279 ttgttgtgaatccccgaacctccaaggtccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaaccaag 10063180  T
Q  164 tgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaac-aatcacaagatagacaaggaga-- 260  Q
      ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||| || ||||||||| |||||||||      
T  10063179 cttattgagcaagcaagaaacaac-aaacaccacctagatccaatctaggaaacaagtgtgaa--acaaagcaactaaacacaagataaacaaggagagg 10063083  T
Q  261 gaagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  10063082 gaagaagaaaacaataaacacaaa 10063059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 10065501 - 10065281
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaagg-ccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaag 163  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  10065501 ttgttgtgaatccccgaacctccaaggtccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaaccaag 10065402  T
Q  164 tgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaac-aatcacaagatagacaaggaga-- 260  Q
      ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||| || ||||||||| |||||||||      
T  10065401 cttattgagcaagcaagaaacaac-aaacaccacctagatccaatctaggaaacaagtgtgaa--acaaagcaactaaacacaagataaacaaggagagg 10065305  T
Q  261 gaagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  10065304 gaagaagaaaacaataaacacaaa 10065281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 10209569 - 10209349
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggcc-ggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaag 163  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| |||||    
T  10209569 ttgttgtgaatccccggacctccaagacccggatcgaaccacaccaatacagagaataatgatgtgtggagtgacggagagtggtaaccaccaatcaaag 10209470  T
Q  164 tgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--g 261  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||  |    
T  10209469 cttattgagcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatccaatctaggaaacaagtgtgaa--acaaagcaacaatcacaagataaacaaggagaggg 10209372  T
Q  262 aagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    |||| ||||||||||||||||||    
T  10209371 aagatgaaaacaataaacacaaa 10209349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 95 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 45283345 - 45283169
Alignment:
Q  95 gatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacac 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||    
T  45283345 gatcgaaccacaccaatacaaagaat---gatgtgtggagcgacggagagcggtaaccaccaaacaaagtgt-ttgtgcaagcaataatcaacaaaacac 45283250  T
Q  195 cacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--gaagaagaaaacaa 274  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||  | |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  45283249 cacctagatctaatctaggaaactagtgagaaacacaatac-acaatcacaagataaacaaggagagggaagaagaaaacaa 45283169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 118 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 54635462 - 54635332
Alignment:
Q  118 aataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaacc 217  Q
    |||||||||||||||| | | |||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  54635462 aataatgatgtgtggagcaaaggagagtggtaaccaccaaacaaagtgtgt-gtgcaagcaataatcaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaac 54635364  T
Q  218 aagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagata 250  Q
    ||||| |||||||||  | ||||||||||||||    
T  54635363 aagtgagaaacacaatac-acaatcacaagata 54635332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 95 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 6716859 - 6716683
Alignment:
Q  95 gatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaac-aaaaca 193  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |   |||||||||| | ||||| || ||||| ||||||||||||||| | |||||||||| || |||| ||||||    
T  6716859 gatcgaaccacaccaatgcaaagagt---gatgtgtggagcaacggaaagcggtaaccaccaaacaaagtgtgt-gtgcaagcaataatcaaccaaaaca 6716764  T
Q  194 ccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggagagaagaagaaaacaa 274  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||   |||||||||||||| |   |||| ||||||||||||||    
T  6716763 ccacctagatctaatctaggaaacaagtgtgaaactcaaaaatacaatcacaagataaaaggggagggaagaagaaaacaa 6716683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 100 - 222
Target Start/End: Original strand, 7779821 - 7779937
Alignment:
Q  100 aaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaa-caccacc 198  Q
    |||||||||||||| |||  ||| |||||||||| | | |||||||||||| |||||| ||||||||   |||||||||| || |||||||| || ||||    
T  7779821 aaccacaccaatacgaag--taa-gatgtgtggagcaaaggagagtggtaaccaccaa-caaagtgt---gtgcaagcaataatcaacaaaaacagcacc 7779913  T
Q  199 tagatctaatctaggaaccaagtg 222  Q
    ||||||||||||||||| ||||||    
T  7779914 tagatctaatctaggaaacaagtg 7779937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 169 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 801376 - 801321
Alignment:
Q  169 tgtgcaagcaagaaacaacaaaacac--cacctagatctaatctaggaaccaagtg 222  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  801376 tgtgcaagcaataatcaacaaaaaacagcacctagatctaatctaggaaacaagtg 801321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0137 (Bit Score: 149; Significance: 9e-79; HSPs: 1)
Name: scaffold0137
Description:

Target: scaffold0137; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 65 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 6668 - 6453
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagt 164  Q
    ||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6668 ttgttgtgaatccccgagtctccaagaccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatatgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaacaaagt 6569  T
Q  165 gtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagat-agacaaggaga--g 261  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |    
T  6568 ttattgtgcaagcaagaaacaacaatacaccacctagatccaatctaggaaacaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagataaaacaaggagaggg 6469  T
Q  262 aagaagaaaacaataa 277  Q
    ||||||||||||||||    
T  6468 aagaagaaaacaataa 6453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 149; Significance: 9e-79; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 15290918 - 15290698
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggcc-ggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaag 163  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  15290918 ttgttgtgaatccccggacctccaagacccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccacctaacaaag 15290819  T
Q  164 tgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--g 261  Q
      ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  |    
T  15290818 cttattgagcaagcaagaaacaacaatacaccacctagatcgaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagat--acaaggagaggg 15290721  T
Q  262 aagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  15290720 aagaagaaaacaataaacacaaa 15290698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 65 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 15471287 - 15471067
Alignment:
Q  65 ttgttgtaaatccccgaacctccaaggcc-ggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaag 163  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  15471287 ttgttgtgaatccccggacctccaagacccggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccacctaacaaag 15471188  T
Q  164 tgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--g 261  Q
      ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  |    
T  15471187 cttattgagcaagcaagaaacaacaatacaccacctagatcgaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagat--acaaggagaggg 15471090  T
Q  262 aagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  15471089 aagaagaaaacaataaacacaaa 15471067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 66 - 284
Target Start/End: Original strand, 42575100 - 42575318
Alignment:
Q  66 tgttgtaaatccccgaacctccaaggcc-ggatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagt 164  Q
    |||||| ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||     
T  42575100 tgttgtgaatccccgagcctccaagacccggatcgaaccacaccaatacaaactataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccaaacaaagc 42575199  T
Q  165 gtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaa-caatcacaagatagacaaggaga--g 261  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||| ||||||||  |||||||||  |    
T  42575200 ttattgagcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatccaatctaggaaacaagtgtgaa--acaaagcaaccaaacacaagat--acaaggagaggg 42575295  T
Q  262 aagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  42575296 aagaagaaaacaataaacacaaa 42575318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 95 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 25690313 - 25690132
Alignment:
Q  95 gatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacac 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| | | |||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  25690313 gatcgaaccacaccaatacaaagaat---gatgtgtggagcaaaggagagtggtaaccaccaaacaaagtgtgt-gtgcaagcaagaatcaacaaaacac 25690218  T
Q  195 cacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggagagaagaagaaaacaataaacac 281  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||| |||||||||| |   |||| |||||||||||||| ||||||    
T  25690217 cacctagatctaatctaggaaacaagtgagaaacacaaaac-acactcacaagataaaaggggagggaagaagaaaacaacaaacac 25690132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 95 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 3439861 - 3439711
Alignment:
Q  95 gatcgaaccacaccaatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacac 194  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||   |||||||||| || |||||||||||    
T  3439861 gatcgaaccacaccaatactaaaaa-aatgatgtgtggagcgacggagagcggtaaccaccaaacaaagtgt---gtgcaagcaacaatcaacaaaacac 3439766  T
Q  195 cacctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagata 250  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||    
T  3439765 cacctagatctaatctaggaaacaagtgagaaactcaaaac-acaatcacaagata 3439711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 196 - 233
Target Start/End: Original strand, 32902096 - 32902133
Alignment:
Q  196 acctagatctaatctaggaaccaagtgtgaaacacaaa 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  32902096 acctagatctaatctaggaaccaagtgaaaaacacaaa 32902133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1808 (Bit Score: 136; Significance: 5e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold1808
Description:

Target: scaffold1808; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 109 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 214 - 39
Alignment:
Q  109 aatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaat 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  214 aatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccacctaacaaagtttattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaat 115  T
Q  209 ctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--gaagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  114 ctaggaaacaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagat--acaaggagagggaagaagaaaacaataaacacaaa 39  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0674 (Bit Score: 136; Significance: 5e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0674
Description:

Target: scaffold0674; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 109 - 284
Target Start/End: Original strand, 3545 - 3720
Alignment:
Q  109 aatacaaagaataatgatgtgtggaccgacggagagtggtaatcaccaaacaaagtgtattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaat 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3545 aatacaaagaataatgatgtgtggagcgacggagagtggtaaccaccgaacaaagtttattgtgcaagcaagaaacaacaaaacaccacctagatctaat 3644  T
Q  209 ctaggaaccaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagatagacaaggaga--gaagaagaaaacaataaacacaaa 284  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  3645 ctaggaaacaagtgtgaaacacaaagcaacaatcacaagat--acaaggagagggaagaagaaaacaataaacacaaa 3720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University