View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5606-Insertion-5 (Length: 964)

Name: NF5606-Insertion-5
Description: NF5606
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5606-Insertion-5
NF5606-Insertion-5
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (8-964)||(38608519-38609476)
chr8 (8-964)||(38793302-38794259)
chr8 (8-890)||(38120719-38121604)
chr8 (735-845)||(34592844-34592957)
chr8 (913-964)||(34592970-34593022)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (8-890)||(28730296-28731178)
chr4 (867-964)||(33078558-33078650)
chr4 (777-848)||(33078483-33078557)
[»] scaffold0082 (2 HSPs)
scaffold0082 (150-250)||(33897-33997)
scaffold0082 (13-106)||(34038-34131)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (506-569)||(18224363-18224426)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 890; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 890; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 964
Target Start/End: Original strand, 38608519 - 38609476
Alignment:
Q  8 tgttgttcacggccttcaaggtttcgtctctacactttctccgttttcttgtgacgttgagagaatgacttcactctcctttccgtttcatcctgatcac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608519 tgttgttcacggccttcaaggtttcgtctctacactttctccgttttcttgtgacgttgagagaatgacttcactctcctttccgtttcatcctgatcac 38608618  T
Q  108 cgttccagtgctcacgttcacactcacggcgtcaccgtgctccctgctataatgcgcctcatgctacgagatgcaatgctcaggctccgtaataacggtt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608619 cgttccagtgctcacgttcacactcacggcgtcaccgtgctccctgctataatgcgcctcatgctacgagatgcaatgctcaggctccgtaataacggtt 38608718  T
Q  208 tcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccgg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608719 tcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccgg 38608818  T
Q  308 ttctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtctatcgctgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcct 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608819 ttctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaattattacttgtcgatcgccgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcct 38608918  T
Q  408 acattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtggcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608919 acattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacg 38609018  T
Q  508 tcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaagg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609019 tcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaagg 38609118  T
Q  608 agcgtcggaaggagcaggtgttagagccggatcatctactttattagattctccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtggt 707  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609119 agcgtcggaaggagcaggtgttggagccggagcatcaactttattagattctccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtggt 38609218  T
Q  708 ggttgtgctgctggagtcactactacagcaggtgtgtctcccatgcctgaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcggt 807  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38609219 ggttgtgctgctggtgtcactactacagcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgat 38609318  T
Q  808 gcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctattaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcat 907  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609319 gcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctatgaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcat 38609418  T
Q  908 atactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgttg-ttagtttgtggct 964  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  38609419 gtactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcgcattgttgtttagtttgtggct 38609476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 890; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 964
Target Start/End: Original strand, 38793302 - 38794259
Alignment:
Q  8 tgttgttcacggccttcaaggtttcgtctctacactttctccgttttcttgtgacgttgagagaatgacttcactctcctttccgtttcatcctgatcac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793302 tgttgttcacggccttcaaggtttcgtctctacactttctccgttttcttgtgacgttgagagaatgacttcactctcctttccgtttcatcctgatcac 38793401  T
Q  108 cgttccagtgctcacgttcacactcacggcgtcaccgtgctccctgctataatgcgcctcatgctacgagatgcaatgctcaggctccgtaataacggtt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793402 cgttccagtgctcacgttcacactcacggcgtcaccgtgctccctgctataatgcgcctcatgctacgagatgcaatgctcaggctccgtaataacggtt 38793501  T
Q  208 tcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccgg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793502 tcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccgg 38793601  T
Q  308 ttctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtctatcgctgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcct 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793602 ttctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaattattacttgtcgatcgccgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcct 38793701  T
Q  408 acattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtggcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793702 acattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacg 38793801  T
Q  508 tcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaagg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793802 tcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaagg 38793901  T
Q  608 agcgtcggaaggagcaggtgttagagccggatcatctactttattagattctccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtggt 707  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793902 agcgtcggaaggagcaggtgttggagccggagcatcaactttattagattctccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtggt 38794001  T
Q  708 ggttgtgctgctggagtcactactacagcaggtgtgtctcccatgcctgaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcggt 807  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38794002 ggttgtgctgctggtgtcactactacagcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgat 38794101  T
Q  808 gcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctattaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcat 907  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38794102 gcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctatgaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcat 38794201  T
Q  908 atactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgttg-ttagtttgtggct 964  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  38794202 gtactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcgcattgttgtttagtttgtggct 38794259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 692; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 890
Target Start/End: Complemental strand, 38121604 - 38120719
Alignment:
Q  8 tgttgttcacggccttcaaggtttcgtctctacactttctccgttttcttgtgacgttgagagaatgacttcactctcctttccgtttcatcctgatcac 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38121604 tgttgttcacggccttcaaggtttcgcctctaagctttctccgttttcttgcgacgttgagagaatgagttctctctcctttccgtttcatcctgatcac 38121505  T
Q  108 cgttccagtgctcacgttcacactcacggcgtcaccgtgctccctgctataatgcgcctcatgctacgagatgcaatgctcaggctccgtaataacggtt 207  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  38121504 cgttccggtgctcatgttcacactcccggcgccaccgtgctccctgctattatgcgcctcatgctacgagatgcaatggtaaggctccgtaataacggtt 38121405  T
Q  208 tcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccgg 307  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38121404 tcagcatcctctcccttgctatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgctgttgatgatctttctatattctccgg 38121305  T
Q  308 ttctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtctatcgctgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcct 407  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38121304 ttctcaatcgtatatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtcaatcgccgatcttgagaagcttccggttggaactgctctgcct 38121205  T
Q  408 acattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtggcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121204 acattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacg 38121105  T
Q  508 tcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaagg 607  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38121104 tcatccgcaatgtgaagattgttgtgcacagcgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaagg 38121005  T
Q  608 agcgtcggaaggagcaggtgttagagccggatcatctactttattagattctccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtggt 707  Q
    ||| ||||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| ||| ||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38121004 agcatcggaaggagcgggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattctgctggtcaggccacggaagaaacctgctctgctcctgatggacgtggt 38120905  T
Q  708 ggttgtgctgctggagtcactactacagcaggtgtgtctcccatgcctgaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcggt 807  Q
    |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38120904 ggttgtgctgctgatgtcactactgcagcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgat 38120805  T
Q  808 gcttcgatgatg---atgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctattaaatttgtagttaataagtttaca 890  Q
    ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38120804 gcttcgatgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctatgaaatttgtagttaataagtttaca 38120719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 735 - 845
Target Start/End: Original strand, 34592844 - 34592957
Alignment:
Q  735 gcaggtgtgtctcccatgcctgaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcggtgcttc---gatgatgatgaagattgcg 831  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||   |||||||||||||||||||    
T  34592844 gcaggtgtgtctcccgtgcctcgggtcaggccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgtgatgcttcaatgatgatgatgaagattgcg 34592943  T
Q  832 gtttagttctttct 845  Q
    ||||| ||||||||    
T  34592944 gtttacttctttct 34592957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 913 - 964
Target Start/End: Original strand, 34592970 - 34593022
Alignment:
Q  913 aaagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgttg-ttagtttgtggct 964  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  34592970 aaagtgaaactctgaatttgtagttaacttgcattgttgtttagtttgtggct 34593022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 635; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 635; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 890
Target Start/End: Complemental strand, 28731178 - 28730296
Alignment:
Q  8 tgttgttcacggccttcaaggtttcgtctctacactttctccgttttcttgtgacgttgagagaatgacttcactctcctttccgtttcatcctgatcac 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28731178 tgttgttcacggccttcaaggtttcgcctctacgctttctccgttttcttgcgacgttgagagaatgacttcactctcctttccgtttcatcctgatcac 28731079  T
Q  108 cgttccagtgctcacgttcacactcacggcgtcaccgtgctccctgctataatgcgcctcatgctacgagatgcaatgctcaggctccgtaataacggtt 207  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||    
T  28731078 cgttccagtgctcatgttcacactcccggcgccaccgtgcttcctgctattatgcgcctcatgctacgagacacaacgctcaggctccgtaataacggtt 28730979  T
Q  208 tcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccgg 307  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28730978 tcagcatcctctcccttgcaatgaaggtaaaatacgaagagctcataactctcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccgg 28730879  T
Q  308 ttctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtctatcgctgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcct 407  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28730878 ttctcaatcgtatatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcgttacttgtcaatcgccgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcct 28730779  T
Q  408 acattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtggcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  28730778 acattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtgacattagcaccgatgaggattaactatgttagggtgaaggttgctgacg 28730679  T
Q  508 tcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaagg 607  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28730678 tcatccgtaatgtgaagatagttgtgcatagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggatgcttatgatactatcttaggaggtgaagg 28730579  T
Q  608 agcgtcggaaggagcaggtgttagagccggatcatctactttattagattctccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtggt 707  Q
    ||| |||||||||||||||||  ||||| || |  ||||| ||| ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28730578 agcatcggaaggagcaggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattctgctggtcaggcgactgaagaaacctgctctgctcttgatgggcgtggt 28730479  T
Q  708 ggttgtgctgctggagtcactactacagcaggtgtgtctcccatgcctgaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcggt 807  Q
    || ||||||||||  |||||| || || |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  28730478 ggctgtgctgctgatgtcactgctgcaacaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaggccaatgtttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgtgat 28730379  T
Q  808 gcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctattaaatttgtagttaataagtttaca 890  Q
    | || ||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28730378 ggtttgatcatgacgaagattgcgatttacttctttctctgctgaagtaaaactatatgaaatttgtagttaataagtttaca 28730296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 867 - 964
Target Start/End: Original strand, 33078558 - 33078650
Alignment:
Q  867 aaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcatatactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgttg-ttagtttgtggct 964  Q
    |||||||||||||||||||||||      |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  33078558 aaatttgtagttaataagtttac------actgttgttcatgtacaaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcgcattgttgtttagtttgtggct 33078650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 777 - 848
Target Start/End: Original strand, 33078483 - 33078557
Alignment:
Q  777 attgaagatcaccatggcctgtgagtgcggtgcttc---gatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctg 848  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||   ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  33078483 attgaagatcaccatgggctgtgactgcgatgcttcaatgatgatgatgaagatcgcggtttacttctttctctg 33078557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0082 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000009; HSPs: 2)
Name: scaffold0082
Description:

Target: scaffold0082; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 150 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 33997 - 33897
Alignment:
Q  150 cctgctataatgcgcctcatgctacgagatgcaatgctcaggctccgtaataacggtttcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagc 249  Q
    ||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||| |||||||||| || || |||||||||||  |||| || |||||||| || ||||| ||||    
T  33997 cctgctataatgcgcctgatgctcagagatgccatgctccggctccgtaacaatggcttcagcatcctagccctcgctatgaaggtgaagtacgccgagc 33898  T
Q  250 t 250  Q
    |    
T  33897 t 33897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0082; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 34131 - 34038
Alignment:
Q  13 ttcacggccttcaaggtttcgtctctacactttctccgttttcttgtgacgttgagagaatgacttcactctcctttccgtttcatcctgatca 106  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| | || |||||||||| ||| ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| |||||    
T  34131 ttcatggccttcaaggtttcatctctccgctctctccgttttattgcgacgtggagaggatgacctcgctctcgttcccgttccatccagatca 34038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 506 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 18224426 - 18224363
Alignment:
Q  506 cgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcct 569  Q
    |||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||    
T  18224426 cgtcatccgcaacgtcaagatcgtcgtgcacagtgtgtacttgccatttccacatattaatcct 18224363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University