View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5606-Insertion-7 (Length: 787)

Name: NF5606-Insertion-7
Description: NF5606
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5606-Insertion-7
NF5606-Insertion-7
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (8-787)||(8410366-8411143)
chr4 (8-542)||(8041455-8041983)
chr4 (8-500)||(8036041-8036522)
chr4 (8-608)||(9138639-9139245)
chr4 (239-588)||(8416228-8416567)
chr4 (632-787)||(9139733-9139888)
chr4 (644-787)||(8042122-8042265)
chr4 (332-572)||(8356472-8356721)
chr4 (632-726)||(8416064-8416158)
chr4 (333-476)||(8403626-8403769)
chr4 (8-135)||(8416620-8416745)
chr4 (340-476)||(43144839-43144975)
chr4 (239-476)||(8359437-8359662)
chr4 (644-721)||(8036693-8036770)
chr4 (8-139)||(8354651-8354777)
chr4 (8-139)||(8359205-8359325)
chr4 (639-694)||(8359981-8360036)
chr4 (262-310)||(8403783-8403831)
chr4 (239-312)||(8356391-8356464)
chr4 (75-108)||(8403992-8404025)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (210-476)||(5476165-5476422)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (8-361)||(33083958-33084295)
chr2 (8-52)||(24845330-24845374)
chr2 (75-135)||(24844593-24844651)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 745; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 745; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 8411143 - 8410366
Alignment:
Q  8 gcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgcatgcccatcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtgaga 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8411143 gcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacactttgcatgcccgtcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtgaga 8411044  T
Q  108 gagccaaagattaaagagagtaactcagattttggacactttccatacccattaattttcaaagagagtagtggatttatattaatgagtttgcatagct 207  Q
    |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8411043 g--ccaaagattaaagggagtaactcagattttggacactttccatacccattaattttcaaagagagtagtggatttatattaatgagtttgcatagct 8410946  T
Q  208 cttcttcttcatcttcctgtatccaagcattaatagtaagattaagcaatgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttcttaaa 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8410945 cttcttcttcatcttcctgtatccaagcattaatagtaagattaagcagtgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttcttaaa 8410846  T
Q  308 actttcatccgaatatgtatgtatagacggagtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaaca 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8410845 actttcatccgaatatgtatgtatagacggagtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaaca 8410746  T
Q  408 gcatctagtgcttcaagaaaactcaatatctagagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattttcccgcatctgtgtcttcagttccataagaa 507  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8410745 gcatctcgtgcttcaagaaaactcaatatctagagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattttcccgcatctgtgtcttcagttccataagaa 8410646  T
Q  508 gttcctggtttgataaacaacttataaatatttatgccattagcactgaaaatataagtatttatgtatgaaaattagagatcaaatttaagtgagaatt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8410645 gttcctggtttgataaacaacttataaatatttatgccattagcactgaaaatataagtatttatgtatgaaaattagagatcaaatttaagtgagaatt 8410546  T
Q  608 atatttattccattaattaataactaccttatggtttgtgattgggggaacccaattgtgattaatccacttgcgatgaaccctaagaaggtcttttgga 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8410545 atatttattccattaattaataactaccttatggtttgtgattgggggaacccaattgtgattaatccacttgcgatgaaccctaagaaggtcttttgga 8410446  T
Q  708 aacacaatctcttctgagtctgtaaaacacacacgaaaacttccattccctaaatcttcgctaacacggccttcccacca 787  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8410445 aacacaatctctcctgagtctgtaaaacacacacgaaaacttccattccctaaatcttcgctaacacggccttcccacca 8410366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 542
Target Start/End: Original strand, 8041455 - 8041983
Alignment:
Q  8 gcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgcatgcccatcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtgaga 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8041455 gcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacactttgcatacccgtcataccaactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtgaga 8041554  T
Q  108 gagccaaagattaaagagagtaactcagattttggacactttccatacccattaattttcaaagagagtagtggatttatattaatgagtttgcatagct 207  Q
    |  |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  8041555 g--ccaaagattaaaggaagtaactcagattttggacaccttccatacccattaattttcaaagagagtagcggatttatattaatgagtttacatagct 8041652  T
Q  208 cttcttcttcatcttcctgtatccaagcattaatagtaagattaagcaatgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttcttaaa 307  Q
    |||      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  8041653 ctt------catcttcctgtatccaagcatcaatagtaagattaagtagggaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaatttcttaga 8041746  T
Q  308 actttcatccgaatatgtatgtatagacggagtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaaca 407  Q
     ||||||| |||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8041747 tctttcatacgaagatgtaagtggagacggagtatatgtgagagtagtgacgcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatacaagtccgaaca 8041846  T
Q  408 gcatctagtgcttcaagaaaactcaatatctagagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattttcccgcatctgtgtcttcagttccataagaa 507  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| | | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| ||  ||||  |||||||||| || |||    
T  8041847 gcatctcgtgcttcaagaaaacccaatgtgtggagcaatatgcagtcaggcaaatcactaatcctatcttcctgccgctgtcgcttcagttccctacgaa 8041946  T
Q  508 gttcctggtttgataaacaact--tataaatatttat 542  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  8041947 gttcctggtttgataaacaacttgtataaatatttat 8041983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 8 - 500
Target Start/End: Original strand, 8036041 - 8036522
Alignment:
Q  8 gcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgcatgcccatcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtgaga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |   | || ||||||||||   ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  8036041 gcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtatccgtgttattcctactataa---caaagatcaagaaatgtcaaagaatgaga 8036137  T
Q  108 gagccaaagattaaagagagtaactcagattttggacactttccatacccattaattttcaaagagagtagtggatttatattaatgagtttgcatagct 207  Q
    |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  8036138 g--ccaaagattaaagggagtaactcagattttggacacttcccatacccattaattttcaaagagagtagtggatttatattaatgagtttatatagct 8036235  T
Q  208 cttcttcttcatcttcctgtatccaagcattaatagtaagattaagcaatgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttcttaaa 307  Q
    |||||||  || |   |   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | || |||    
T  8036236 cttcttcaccaccacgc---atccaagcattaatagtaagattaagcagtgaatatgagtgatctctattggacagaacccaagacataaattgctcaaa 8036332  T
Q  308 actttcatccgaatatgtatgtatagacggagtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaaca 407  Q
    |    |||  ||| |||||  |  |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  8036333 ag---catttgaagatgtaactccagaccgagtatatgtgagagtagtgacgcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatacaagtctgaaca 8036429  T
Q  408 gcatctagtgcttcaagaaaactcaatatctagagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattttcccgcatctgtgtcttcagttcc 500  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||  ||||||||||    
T  8036430 gcatcttgtgcttcaagaaacctcagtatgtggagcaatatgcagtcaggcaactcactaatcctattttcctgccgctgtcgcttcagttcc 8036522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 8 - 608
Target Start/End: Original strand, 9138639 - 9139245
Alignment:
Q  8 gcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgcatgcccatcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtgaga 107  Q
    |||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| ||| |  | | |||   ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||    
T  9138639 gcaaggttcttaatgctggtatgtgaagagattttggacactttgcatacccgtttttcatac---aataagaaaggtcaagaaatgtcaaagagcgaga 9138735  T
Q  108 gagccaaagattaaagagagtaa---ctcagattttggacactttccatacccattaattttcaaagagagtagtggatttatattaatgagtttgcata 204  Q
    |  ||||||| ||||| ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  |||    
T  9138736 g--ccaaagagtaaagggagtaataactcagattttggacactttgcatacccaaaaattttcaaagagagaagtggatttattttaatgagtttatata 9138833  T
Q  205 gctcttcttcttcatcttcctgtatccaagcattaatagtaagattaagcaatgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttctt 304  Q
    | ||||||||  |  | |||   || |||||||  |||||||||||||| | |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||     
T  9138834 ggtcttcttccgctccgtcc---atacaagcatggatagtaagattaagtagtgaagatgagtgatctctactcgacagaacccaagacataaattgctc 9138930  T
Q  305 aaaactttcatccgaatatgtatgtatagacggagtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccga 404  Q
    |||||| |||| |||| ||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9138931 aaaactatcattcgaagatgtaagtaaaaccggagtatatgtgagagtagtgaggcatttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccga 9139030  T
Q  405 acagcatctagtgcttcaagaaaactcaatatctagagcaataagcagtcaggcaactcactaatcc---------tattttcccgcatctgtgtcttca 495  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||         |||||||| |   |||| |||||     
T  9139031 acagcatcttgtgcttcaagaaaactcaatatgtggagcaatatgcagtcaggcaactcacaaatcctatttcttttattttcctgtgactgtctcttct 9139130  T
Q  496 gttccataagaagttcctggtttgataaacaact--tataaatatttatgccattagcactgaaaatataagtatttatgtatgaaaattagagatcaaa 593  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||   ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||  |||    
T  9139131 gttccctacgaagttcctggttggataaacaacttgtataaatatttaaagcattaacactgataatataagtatttatgtatgagacttagagactaaa 9139230  T
Q  594 tttaagtgagaatta 608  Q
    |||||||||||||||    
T  9139231 tttaagtgagaatta 9139245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 239 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 8416567 - 8416228
Alignment:
Q  239 aatagtaagattaagcaatgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttcttaaaactttcatccgaatatgtatgtatagacgga 338  Q
    |||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | |  | || |||| |||||  || |||||||    
T  8416567 aatagttagattaagtagggaatatgaatgatctctaatggacagaacccaagacataaatttcttatacccataatacgaagatgtaaatagagacgga 8416468  T
Q  339 gtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaacagcatctagtgcttcaagaaaactcaatatct 438  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  8416467 gtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatacaagtccgaacagcatctcgtgcttcaagaaaactcaatatat 8416368  T
Q  439 agagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattttcccgcatctgtgtcttcagttccataagaagttcctggtttgataaacaact--tataaat 536  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||            ||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  8416367 ggagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattttcccgccgctgtcgcttc------------agttcctggttggataaacaacttgtataaat 8416280  T
Q  537 atttatgccattagcactgaaaatataagtatttatgtatgaaaattagaga 588  Q
    ||||||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  8416279 atttatagcattaacactgataatataagtatttatgtatgagagttagaga 8416228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 632 - 787
Target Start/End: Original strand, 9139733 - 9139888
Alignment:
Q  632 taccttatggtttgtgattgggggaacccaattgtgattaatccacttgcgatgaaccctaagaaggtcttttggaaacacaatctcttctgagtctgta 731  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  9139733 taccttatggtttgtgattgggggaacccaattgtgattaatccactggcgatgaatcctaagaaggtcttttggaaacaccatctcttccgagtctgta 9139832  T
Q  732 aaacacacacgaaaacttccattccctaaatcttcgctaacacggccttcccacca 787  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  9139833 aaacacacaagaaatcttccattccctaaatctgcgctaacgcggccttcccacca 9139888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 644 - 787
Target Start/End: Original strand, 8042122 - 8042265
Alignment:
Q  644 tgtgattgggggaacccaattgtgattaatccacttgcgatgaaccctaagaaggtcttttggaaacacaatctcttctgagtctgtaaaacacacacga 743  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  8042122 tgtgattggcggaacccaattgtgatttatccactggcgatgaaccctaagaaggtcttttggaaacacaatctcttccgagtctgtaaaacacacacgg 8042221  T
Q  744 aaacttccattccctaaatcttcgctaacacggccttcccacca 787  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  8042222 aaacttccattccctaaatcttcaataacgcggccttcccacca 8042265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 332 - 572
Target Start/End: Original strand, 8356472 - 8356721
Alignment:
Q  332 agacggagtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaacagcatctagtgcttcaagaaaactc 431  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  8356472 agacggaatatatgtgagaatagggaggcgtttgcaaagatccttccatcgtttagacaagatgcaagtccgaacaacatcttctgcttcaagaaaactc 8356571  T
Q  432 aatatctagagcaataagcagtcaggcaactcactaatcc---------tattttcccgcatctgtgtcttcagttccataagaagttcctggtttgata 522  Q
    ||||| | || |||||||||||| ||||||||||||||||         |||||||||||| |||| |||||| |||| || |||||||||||||  |||    
T  8356572 aatatgtggaccaataagcagtctggcaactcactaatcctatttcttttattttcccgcaactgtctcttcaattccctacgaagttcctggtt--ata 8356669  T
Q  523 aacaactt--ataaatatttatgccattagcactgaaaatataagtatttat 572  Q
    ||||||||   ||||  |||||  ||| |||||| | |||||||||||||||    
T  8356670 aacaacttgattaaacgtttatagcataagcactaataatataagtatttat 8356721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 632 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 8416158 - 8416064
Alignment:
Q  632 taccttatggtttgtgattgggggaacccaattgtgattaatccacttgcgatgaaccctaagaaggtcttttggaaacacaatctcttctgagt 726  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8416158 taccttatggtttgtgattgggggaacccaattgtgattaatccactggcgatgaaccctaagaaggtcttttggaaacacaatctcttctgagt 8416064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 333 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 8403769 - 8403626
Alignment:
Q  333 gacggagtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaacagcatctagtgcttcaagaaaactca 432  Q
    |||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  8403769 gacggaatatatgcgagagtagtgagacgtttgcaaagatccttccatcgtttagacaagatgcaagtccgaacagcgtctcgtgcttcaagaaaactca 8403670  T
Q  433 atatctagagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattt 476  Q
     ||| | ||| | || ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  8403669 ttatgtggaggagtatgcagtcaggtaactcaccaatcctattt 8403626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 8 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 8416745 - 8416620
Alignment:
Q  8 gcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgcatgcccatcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtgaga 107  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |    
T  8416745 gcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacacttcgcataccagtcatacctactataataagaaagctcaagaaatgtcaaagagtg--a 8416648  T
Q  108 gagccaaagattaaagagagtaactcag 135  Q
    |||||||||||||| | ||||| |||||    
T  8416647 gagccaaagattaacgggagtatctcag 8416620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 340 - 476
Target Start/End: Original strand, 43144839 - 43144975
Alignment:
Q  340 tatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaacagcatctagtgcttcaagaaaactcaatatcta 439  Q
    ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||||||||||||||| ||| |     
T  43144839 tatatttgagagtagtgacacgtttgcaaagatccttccatcgcttagacaagatgcaagttcgaacaacgtctcgtgcttcaagaaaactcattatatg 43144938  T
Q  440 gagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattt 476  Q
    ||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  43144939 gagcagtatgcagtcgggcaactcactaatccaattt 43144975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 239 - 476
Target Start/End: Original strand, 8359437 - 8359662
Alignment:
Q  239 aatagtaagattaagcaatgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttcttaaaactttcatccgaatatgtatgtatagacgga 338  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||||||   | ||| |||            ||    
T  8359437 aatagtaagattaagtagggaacatgagtgatctctactagaccgaacccaagagctaaagttcttaaaactttgggcagaagatg------------ga 8359524  T
Q  339 gtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaacagcatctagtgcttcaagaaaactcaatatct 438  Q
     ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||  | |||||||| ||| |    
T  8359525 atatatgtgagagtagggagacgtttgcaaagatccttccatcgtttagacaagatgcaagttcgaacagcgtctcgagctttcaaaaaactcattatgt 8359624  T
Q  439 agagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattt 476  Q
     ||||| || ||||||||| |||| ||| ||| |||||    
T  8359625 ggagcagtatgcagtcaggtaacttactgatcatattt 8359662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 644 - 721
Target Start/End: Original strand, 8036693 - 8036770
Alignment:
Q  644 tgtgattgggggaacccaattgtgattaatccacttgcgatgaaccctaagaaggtcttttggaaacacaatctcttc 721  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8036693 tgtgactggcggaacccaattgtgattaatccactggcgatgaaccctaagaaggtcttttggaaacaccatctcttc 8036770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 8 - 139
Target Start/End: Original strand, 8354651 - 8354777
Alignment:
Q  8 gcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgcatgcccatcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtgaga 107  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |   | || ||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||  ||    
T  8354651 gcaaggttcttactgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtctccgtgttattcctactataa---caaagatcaagaaatgtcaaagagt--ga 8354745  T
Q  108 gagccaaagattaaagagagtaactcagattt 139  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  8354746 gagccaaagattaaagggagtaactcggattt 8354777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 8 - 139
Target Start/End: Original strand, 8359205 - 8359325
Alignment:
Q  8 gcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgcatgcccatcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtgaga 107  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| |  || |||       || ||||||||||||||||||||||||  ||    
T  8359205 gcaaggttcttaatgcaggcaggtgaagagattttggacacttcgcatacccgt--taacta-------aagaaagctcaagaaatgtcaaagagt--ga 8359293  T
Q  108 gagccaaagattaaagagagtaactcagattt 139  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||| ||||    
T  8359294 gagccaaagattaaagggaggaactcatattt 8359325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 639 - 694
Target Start/End: Original strand, 8359981 - 8360036
Alignment:
Q  639 tggtttgtgattgggggaacccaattgtgattaatccacttgcgatgaaccctaag 694  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  8359981 tggtttgtgattcggggaacccaattgtgattaatccatttacgatgaaccctaag 8360036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 262 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 8403831 - 8403783
Alignment:
Q  262 atgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttcttaaaact 310  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  8403831 atgattgatctctactagacagaacccaagactgaaagttcttaaaact 8403783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 239 - 312
Target Start/End: Original strand, 8356391 - 8356464
Alignment:
Q  239 aatagtaagattaagcaatgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttcttaaaacttt 312  Q
    |||||||||||| || |  ||| |||| ||||||||||  ||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  8356391 aatagtaagatttagtagggaacatgaatgatctctacaagacagaacccaagaataaaagttcttaaaacttt 8356464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 75 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 8404025 - 8403992
Alignment:
Q  75 ataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtgagag 108  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8404025 ataagaaagctcaagaaatgtcaaagagtgagag 8403992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 103; Significance: 8e-51; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 210 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 5476422 - 5476165
Alignment:
Q  210 tcttcttcatcttcctgtatccaagcattaatagtaagattaagcaatgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttcttaaaac 309  Q
    ||||||||| ||||||| | |  || || ||||||||||||   || |||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5476422 tcttcttcaccttcctgaaactgagtatcaatagtaagattccacagtgaacatgattgatctctactagacagaacccaagacttaaagttcttaaaac 5476323  T
Q  310 t---ttcatccgaatatgtatgtatagacggagtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaac 406  Q
    |   ||||||| |             |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5476322 tattttcatcccac------------gacggaatatatgtgagagtagtgagacgtttgcaaagatccttccatcgtttagacaagatgcaagtccgaac 5476235  T
Q  407 agcatctagtgcttcaagaaaactcaatatctagagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattt 476  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||| | ||| | || ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5476234 agcatctcgtgcttcaagaaaactcattatgtggaggagtatgcagtcaggtaactcactaatcctattt 5476165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 89; Significance: 2e-42; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 8 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 33084295 - 33083958
Alignment:
Q  8 gcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgcatgcccatcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtgaga 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     ||||       |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33084295 gcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgcattcc-----tacc-------ataagaaagctcaagaaatgtcaaagagtgaga 33084208  T
Q  108 gagccaaagattaaagagagta----actcagattttggaca---ctttccatacccattaattttcaaagagagtagtggatttatattaatgagtttg 200  Q
    |  ||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||   |   | |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||     
T  33084207 g--ccaaagattaaagggagtacgtaactcagattttggacagcacgaccgacgcccattaattttcaaagagagaagtggatttattttaacgagttta 33084110  T
Q  201 catagctcttcttcttcatcttcctgtatccaagcattaatagtaagattaagcaatgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagt 300  Q
    ||||| ||| ||||         | | |||||| ||| || |||||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  33084109 cataggtctccttc---------cagcatccaaccatcaacagtaagattaagtagtgaacaggagtgatctctactggacagaatccaagacataaatt 33084019  T
Q  301 tcttaaaactttcatccgaatatgtatgtatagacggagtatatgtgagagtagtgaggcg 361  Q
    | |||||||| | |  | || ||||| | | |||||||||||||||||||||  |||||||    
T  33084018 tattaaaactattaatcaaagatgtaagaaaagacggagtatatgtgagagttatgaggcg 33083958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 8 - 52
Target Start/End: Complemental strand, 24845374 - 24845330
Alignment:
Q  8 gcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttg 52  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24845374 gcaaggttcttactgcaggcaagtgaagagattttggacactttg 24845330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 75 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 24844651 - 24844593
Alignment:
Q  75 ataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtgagagagccaaagattaaagagagtaactcag 135  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  24844651 ataagaaagatcaagaaatgtcaaagaatgagag--ccaaagattgaagagagtaactcag 24844593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University