View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5606-Insertion-8 (Length: 786)

Name: NF5606-Insertion-8
Description: NF5606
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5606-Insertion-8
NF5606-Insertion-8
[»] chr4 (22 HSPs)
chr4 (7-786)||(8410366-8411145)
chr4 (7-541)||(8041453-8041983)
chr4 (7-607)||(9138637-9139245)
chr4 (7-499)||(8036039-8036522)
chr4 (238-587)||(8416228-8416567)
chr4 (631-786)||(9139733-9139888)
chr4 (643-786)||(8042122-8042265)
chr4 (7-134)||(8416620-8416747)
chr4 (331-571)||(8356472-8356721)
chr4 (332-475)||(8403626-8403769)
chr4 (631-725)||(8416064-8416158)
chr4 (339-475)||(43144839-43144975)
chr4 (7-138)||(8354649-8354777)
chr4 (238-475)||(8359437-8359662)
chr4 (7-138)||(8359203-8359325)
chr4 (643-720)||(8036693-8036770)
chr4 (638-693)||(8359981-8360036)
chr4 (7-138)||(8356154-8356282)
chr4 (76-134)||(8403967-8404025)
chr4 (245-309)||(8403783-8403847)
chr4 (238-311)||(8356391-8356464)
chr4 (89-138)||(43144592-43144641)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (209-475)||(5476165-5476422)
chr7 (76-138)||(5476502-5476564)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (7-360)||(33083958-33084297)
chr2 (76-134)||(24844593-24844651)
chr2 (7-53)||(24845330-24845376)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 772; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 772; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 786
Target Start/End: Complemental strand, 8411145 - 8410366
Alignment:
Q  7 atgcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacactttgcatgcccgtcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8411145 atgcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacactttgcatgcccgtcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtga 8411046  T
Q  107 gagccaaagattaaagggagtaactcagattttggacactttccatacccattaattttcaaagagagtagtggatttatattaatgagtttgcatagct 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8411045 gagccaaagattaaagggagtaactcagattttggacactttccatacccattaattttcaaagagagtagtggatttatattaatgagtttgcatagct 8410946  T
Q  207 cttcttcttcatcttcctgtatccaagcattaatagtaagattaagcagtgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttcttaaa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8410945 cttcttcttcatcttcctgtatccaagcattaatagtaagattaagcagtgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttcttaaa 8410846  T
Q  307 actttcatccgaatatgtatgtatagacggagtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaaca 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8410845 actttcatccgaatatgtatgtatagacggagtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaaca 8410746  T
Q  407 gcatctcgtgcttcaagaaaactcaatatctagagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattttcccgcatctgtgtcttcagttccataagaa 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8410745 gcatctcgtgcttcaagaaaactcaatatctagagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattttcccgcatctgtgtcttcagttccataagaa 8410646  T
Q  507 gttcctggtttgataaacaacttataaatatttatgccattagcactgaaaatataagtatttatgtatgaaaattagagatcaaatttaagtgagaatt 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8410645 gttcctggtttgataaacaacttataaatatttatgccattagcactgaaaatataagtatttatgtatgaaaattagagatcaaatttaagtgagaatt 8410546  T
Q  607 atatttattccattaattaataactaccttatggtttgtgattgggggaacccaattgtgattaatccacttgcgatgaaccctaagaaggtcctttgga 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8410545 atatttattccattaattaataactaccttatggtttgtgattgggggaacccaattgtgattaatccacttgcgatgaaccctaagaaggtcttttgga 8410446  T
Q  707 aacacaatctcttctgagtctgtaaaacacacacgaaaacttccattccctaaatcttcgctaacacggccttcccacca 786  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8410445 aacacaatctctcctgagtctgtaaaacacacacgaaaacttccattccctaaatcttcgctaacacggccttcccacca 8410366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 541
Target Start/End: Original strand, 8041453 - 8041983
Alignment:
Q  7 atgcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacactttgcatgcccgtcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtga 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8041453 atgcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacactttgcatacccgtcataccaactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtga 8041552  T
Q  107 gagccaaagattaaagggagtaactcagattttggacactttccatacccattaattttcaaagagagtagtggatttatattaatgagtttgcatagct 206  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  8041553 gagccaaagattaaaggaagtaactcagattttggacaccttccatacccattaattttcaaagagagtagcggatttatattaatgagtttacatagct 8041652  T
Q  207 cttcttcttcatcttcctgtatccaagcattaatagtaagattaagcagtgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttcttaaa 306  Q
    |||      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  8041653 ctt------catcttcctgtatccaagcatcaatagtaagattaagtagggaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaatttcttaga 8041746  T
Q  307 actttcatccgaatatgtatgtatagacggagtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaaca 406  Q
     ||||||| |||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8041747 tctttcatacgaagatgtaagtggagacggagtatatgtgagagtagtgacgcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatacaagtccgaaca 8041846  T
Q  407 gcatctcgtgcttcaagaaaactcaatatctagagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattttcccgcatctgtgtcttcagttccataagaa 506  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| ||  ||||  |||||||||| || |||    
T  8041847 gcatctcgtgcttcaagaaaacccaatgtgtggagcaatatgcagtcaggcaaatcactaatcctatcttcctgccgctgtcgcttcagttccctacgaa 8041946  T
Q  507 gttcctggtttgataaacaact--tataaatatttat 541  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  8041947 gttcctggtttgataaacaacttgtataaatatttat 8041983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 7 - 607
Target Start/End: Original strand, 9138637 - 9139245
Alignment:
Q  7 atgcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacactttgcatgcccgtcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtga 106  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  | | |||   ||||| |||| |||||||||||||||||| ||    
T  9138637 atgcaaggttcttaatgctggtatgtgaagagattttggacactttgcatacccgtttttcatac---aataagaaaggtcaagaaatgtcaaagagcga 9138733  T
Q  107 gagccaaagattaaagggagtaa---ctcagattttggacactttccatacccattaattttcaaagagagtagtggatttatattaatgagtttgcata 203  Q
    |||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  |||    
T  9138734 gagccaaagagtaaagggagtaataactcagattttggacactttgcatacccaaaaattttcaaagagagaagtggatttattttaatgagtttatata 9138833  T
Q  204 gctcttcttcttcatcttcctgtatccaagcattaatagtaagattaagcagtgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttctt 303  Q
    | ||||||||  |  | |||   || |||||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||     
T  9138834 ggtcttcttccgctccgtcc---atacaagcatggatagtaagattaagtagtgaagatgagtgatctctactcgacagaacccaagacataaattgctc 9138930  T
Q  304 aaaactttcatccgaatatgtatgtatagacggagtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccga 403  Q
    |||||| |||| |||| ||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9138931 aaaactatcattcgaagatgtaagtaaaaccggagtatatgtgagagtagtgaggcatttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccga 9139030  T
Q  404 acagcatctcgtgcttcaagaaaactcaatatctagagcaataagcagtcaggcaactcactaatcc---------tattttcccgcatctgtgtcttca 494  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||         |||||||| |   |||| |||||     
T  9139031 acagcatcttgtgcttcaagaaaactcaatatgtggagcaatatgcagtcaggcaactcacaaatcctatttcttttattttcctgtgactgtctcttct 9139130  T
Q  495 gttccataagaagttcctggtttgataaacaact--tataaatatttatgccattagcactgaaaatataagtatttatgtatgaaaattagagatcaaa 592  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||   ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||  |||    
T  9139131 gttccctacgaagttcctggttggataaacaacttgtataaatatttaaagcattaacactgataatataagtatttatgtatgagacttagagactaaa 9139230  T
Q  593 tttaagtgagaatta 607  Q
    |||||||||||||||    
T  9139231 tttaagtgagaatta 9139245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 7 - 499
Target Start/End: Original strand, 8036039 - 8036522
Alignment:
Q  7 atgcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacactttgcatgcccgtcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtga 106  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |  || || ||||||   ||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  8036039 atgcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtatccgtgttattcctact---ataacaaagatcaagaaatgtcaaagaatga 8036135  T
Q  107 gagccaaagattaaagggagtaactcagattttggacactttccatacccattaattttcaaagagagtagtggatttatattaatgagtttgcatagct 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||     
T  8036136 gagccaaagattaaagggagtaactcagattttggacacttcccatacccattaattttcaaagagagtagtggatttatattaatgagtttatatagc- 8036234  T
Q  207 cttcttcttcatcttcctgtatccaagcattaatagtaagattaagcagtgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttcttaaa 306  Q
      ||||||||| |  |  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | || |||    
T  8036235 --tcttcttcaccaccacgcatccaagcattaatagtaagattaagcagtgaatatgagtgatctctattggacagaacccaagacataaattgctcaaa 8036332  T
Q  307 actttcatccgaatatgtatgtatagacggagtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaaca 406  Q
    |    |||  ||| |||||  |  |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  8036333 a---gcatttgaagatgtaactccagaccgagtatatgtgagagtagtgacgcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatacaagtctgaaca 8036429  T
Q  407 gcatctcgtgcttcaagaaaactcaatatctagagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattttcccgcatctgtgtcttcagttcc 499  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||  ||||||||||    
T  8036430 gcatcttgtgcttcaagaaacctcagtatgtggagcaatatgcagtcaggcaactcactaatcctattttcctgccgctgtcgcttcagttcc 8036522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 9e-97
Query Start/End: Original strand, 238 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 8416567 - 8416228
Alignment:
Q  238 aatagtaagattaagcagtgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttcttaaaactttcatccgaatatgtatgtatagacgga 337  Q
    |||||| |||||||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | |  | || |||| |||||  || |||||||    
T  8416567 aatagttagattaagtagggaatatgaatgatctctaatggacagaacccaagacataaatttcttatacccataatacgaagatgtaaatagagacgga 8416468  T
Q  338 gtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaacagcatctcgtgcttcaagaaaactcaatatct 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8416467 gtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatacaagtccgaacagcatctcgtgcttcaagaaaactcaatatat 8416368  T
Q  438 agagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattttcccgcatctgtgtcttcagttccataagaagttcctggtttgataaacaact--tataaat 535  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||            ||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  8416367 ggagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattttcccgccgctgtcgcttc------------agttcctggttggataaacaacttgtataaat 8416280  T
Q  536 atttatgccattagcactgaaaatataagtatttatgtatgaaaattagaga 587  Q
    ||||||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  8416279 atttatagcattaacactgataatataagtatttatgtatgagagttagaga 8416228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 631 - 786
Target Start/End: Original strand, 9139733 - 9139888
Alignment:
Q  631 taccttatggtttgtgattgggggaacccaattgtgattaatccacttgcgatgaaccctaagaaggtcctttggaaacacaatctcttctgagtctgta 730  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  9139733 taccttatggtttgtgattgggggaacccaattgtgattaatccactggcgatgaatcctaagaaggtcttttggaaacaccatctcttccgagtctgta 9139832  T
Q  731 aaacacacacgaaaacttccattccctaaatcttcgctaacacggccttcccacca 786  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  9139833 aaacacacaagaaatcttccattccctaaatctgcgctaacgcggccttcccacca 9139888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 643 - 786
Target Start/End: Original strand, 8042122 - 8042265
Alignment:
Q  643 tgtgattgggggaacccaattgtgattaatccacttgcgatgaaccctaagaaggtcctttggaaacacaatctcttctgagtctgtaaaacacacacga 742  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  8042122 tgtgattggcggaacccaattgtgatttatccactggcgatgaaccctaagaaggtcttttggaaacacaatctcttccgagtctgtaaaacacacacgg 8042221  T
Q  743 aaacttccattccctaaatcttcgctaacacggccttcccacca 786  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  8042222 aaacttccattccctaaatcttcaataacgcggccttcccacca 8042265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 7 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 8416747 - 8416620
Alignment:
Q  7 atgcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacactttgcatgcccgtcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8416747 atgcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacacttcgcataccagtcatacctactataataagaaagctcaagaaatgtcaaagagtga 8416648  T
Q  107 gagccaaagattaaagggagtaactcag 134  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||    
T  8416647 gagccaaagattaacgggagtatctcag 8416620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 331 - 571
Target Start/End: Original strand, 8356472 - 8356721
Alignment:
Q  331 agacggagtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaacagcatctcgtgcttcaagaaaactc 430  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  8356472 agacggaatatatgtgagaatagggaggcgtttgcaaagatccttccatcgtttagacaagatgcaagtccgaacaacatcttctgcttcaagaaaactc 8356571  T
Q  431 aatatctagagcaataagcagtcaggcaactcactaatcc---------tattttcccgcatctgtgtcttcagttccataagaagttcctggtttgata 521  Q
    ||||| | || |||||||||||| ||||||||||||||||         |||||||||||| |||| |||||| |||| || |||||||||||||  |||    
T  8356572 aatatgtggaccaataagcagtctggcaactcactaatcctatttcttttattttcccgcaactgtctcttcaattccctacgaagttcctggtt--ata 8356669  T
Q  522 aacaactt--ataaatatttatgccattagcactgaaaatataagtatttat 571  Q
    ||||||||   ||||  |||||  ||| |||||| | |||||||||||||||    
T  8356670 aacaacttgattaaacgtttatagcataagcactaataatataagtatttat 8356721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 332 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 8403769 - 8403626
Alignment:
Q  332 gacggagtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaacagcatctcgtgcttcaagaaaactca 431  Q
    |||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8403769 gacggaatatatgcgagagtagtgagacgtttgcaaagatccttccatcgtttagacaagatgcaagtccgaacagcgtctcgtgcttcaagaaaactca 8403670  T
Q  432 atatctagagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattt 475  Q
     ||| | ||| | || ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  8403669 ttatgtggaggagtatgcagtcaggtaactcaccaatcctattt 8403626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 631 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 8416158 - 8416064
Alignment:
Q  631 taccttatggtttgtgattgggggaacccaattgtgattaatccacttgcgatgaaccctaagaaggtcctttggaaacacaatctcttctgagt 725  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8416158 taccttatggtttgtgattgggggaacccaattgtgattaatccactggcgatgaaccctaagaaggtcttttggaaacacaatctcttctgagt 8416064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 339 - 475
Target Start/End: Original strand, 43144839 - 43144975
Alignment:
Q  339 tatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaacagcatctcgtgcttcaagaaaactcaatatcta 438  Q
    ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |     
T  43144839 tatatttgagagtagtgacacgtttgcaaagatccttccatcgcttagacaagatgcaagttcgaacaacgtctcgtgcttcaagaaaactcattatatg 43144938  T
Q  439 gagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattt 475  Q
    ||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  43144939 gagcagtatgcagtcgggcaactcactaatccaattt 43144975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 7 - 138
Target Start/End: Original strand, 8354649 - 8354777
Alignment:
Q  7 atgcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacactttgcatgcccgtcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtga 106  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  | |  || || ||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||    
T  8354649 atgcaaggttcttactgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtctccgtgttattcctactataa---caaagatcaagaaatgtcaaagagtga 8354745  T
Q  107 gagccaaagattaaagggagtaactcagattt 138  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8354746 gagccaaagattaaagggagtaactcggattt 8354777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 238 - 475
Target Start/End: Original strand, 8359437 - 8359662
Alignment:
Q  238 aatagtaagattaagcagtgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttcttaaaactttcatccgaatatgtatgtatagacgga 337  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||||||   | ||| |||            ||    
T  8359437 aatagtaagattaagtagggaacatgagtgatctctactagaccgaacccaagagctaaagttcttaaaactttgggcagaagatg------------ga 8359524  T
Q  338 gtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaacagcatctcgtgcttcaagaaaactcaatatct 437  Q
     ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||  | |||||||| ||| |    
T  8359525 atatatgtgagagtagggagacgtttgcaaagatccttccatcgtttagacaagatgcaagttcgaacagcgtctcgagctttcaaaaaactcattatgt 8359624  T
Q  438 agagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattt 475  Q
     ||||| || ||||||||| |||| ||| ||| |||||    
T  8359625 ggagcagtatgcagtcaggtaacttactgatcatattt 8359662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 7 - 138
Target Start/End: Original strand, 8359203 - 8359325
Alignment:
Q  7 atgcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacactttgcatgcccgtcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtga 106  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |     ||||    || ||||||||||||||||||||||||||    
T  8359203 atgcaaggttcttaatgcaggcaggtgaagagattttggacacttcgcatacccgtta-----acta----aagaaagctcaagaaatgtcaaagagtga 8359293  T
Q  107 gagccaaagattaaagggagtaactcagattt 138  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  8359294 gagccaaagattaaagggaggaactcatattt 8359325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 643 - 720
Target Start/End: Original strand, 8036693 - 8036770
Alignment:
Q  643 tgtgattgggggaacccaattgtgattaatccacttgcgatgaaccctaagaaggtcctttggaaacacaatctcttc 720  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8036693 tgtgactggcggaacccaattgtgattaatccactggcgatgaaccctaagaaggtcttttggaaacaccatctcttc 8036770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 638 - 693
Target Start/End: Original strand, 8359981 - 8360036
Alignment:
Q  638 tggtttgtgattgggggaacccaattgtgattaatccacttgcgatgaaccctaag 693  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  8359981 tggtttgtgattcggggaacccaattgtgattaatccatttacgatgaaccctaag 8360036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 138
Target Start/End: Original strand, 8356154 - 8356282
Alignment:
Q  7 atgcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacactttgcatgcccgtcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtga 106  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||  | ||  || | ||| |||||||||  ||   ||||  ||||||||||||||||||    
T  8356154 atgcaaagttcttaatgcaggaaattgaagagattttggacacactacaacccagccatgcctactatatgaa---agcttgagaaatgtcaaagagtga 8356250  T
Q  107 gagccaaagattaaagggagtaactcagattt 138  Q
    |||    |||||||||||||||||||||||||    
T  8356251 gaggtcgagattaaagggagtaactcagattt 8356282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 76 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 8404025 - 8403967
Alignment:
Q  76 ataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtgagagccaaagattaaagggagtaactcag 134  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||    
T  8404025 ataagaaagctcaagaaatgtcaaagagtgagaggttaagattaaaggtagtaactcag 8403967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 245 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 8403847 - 8403783
Alignment:
Q  245 agattaagcagtgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttcttaaaact 309  Q
    |||||| |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  8403847 agattacgcagggaacatgattgatctctactagacagaacccaagactgaaagttcttaaaact 8403783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 238 - 311
Target Start/End: Original strand, 8356391 - 8356464
Alignment:
Q  238 aatagtaagattaagcagtgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttcttaaaacttt 311  Q
    |||||||||||| || || ||| |||| ||||||||||  ||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  8356391 aatagtaagatttagtagggaacatgaatgatctctacaagacagaacccaagaataaaagttcttaaaacttt 8356464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 89 - 138
Target Start/End: Original strand, 43144592 - 43144641
Alignment:
Q  89 agaaatgtcaaagagtgagagccaaagattaaagggagtaactcagattt 138  Q
    ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||    
T  43144592 agaaatgtcaaagagtgagagactgagattaaagggagtaaatcagattt 43144641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 209 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 5476422 - 5476165
Alignment:
Q  209 tcttcttcatcttcctgtatccaagcattaatagtaagattaagcagtgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagttcttaaaac 308  Q
    ||||||||| ||||||| | |  || || ||||||||||||   ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5476422 tcttcttcaccttcctgaaactgagtatcaatagtaagattccacagtgaacatgattgatctctactagacagaacccaagacttaaagttcttaaaac 5476323  T
Q  309 t---ttcatccgaatatgtatgtatagacggagtatatgtgagagtagtgaggcgtttgcaaagatccttccaccgtttagacaagatgcaagtccgaac 405  Q
    |   ||||||| |             |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5476322 tattttcatcccac------------gacggaatatatgtgagagtagtgagacgtttgcaaagatccttccatcgtttagacaagatgcaagtccgaac 5476235  T
Q  406 agcatctcgtgcttcaagaaaactcaatatctagagcaataagcagtcaggcaactcactaatcctattt 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| | || ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5476234 agcatctcgtgcttcaagaaaactcattatgtggaggagtatgcagtcaggtaactcactaatcctattt 5476165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 76 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 5476564 - 5476502
Alignment:
Q  76 ataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtgagagccaaagattaaagggagtaactcagattt 138  Q
    |||| |||||||||| |||||||| |||| |||| | || |||||||||||||| ||||||||    
T  5476564 ataagaaagctcaaggaatgtcaaggagttagaggctaaaattaaagggagtaaatcagattt 5476502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 7 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 33084297 - 33083958
Alignment:
Q  7 atgcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacactttgcatgcccgtcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtga 106  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||     ||||       |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33084297 atgcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgcattcc-----tacc-------ataagaaagctcaagaaatgtcaaagagtga 33084210  T
Q  107 gagccaaagattaaagggagta----actcagattttggaca---ctttccatacccattaattttcaaagagagtagtggatttatattaatgagtttg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||   |   | |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||     
T  33084209 gagccaaagattaaagggagtacgtaactcagattttggacagcacgaccgacgcccattaattttcaaagagagaagtggatttattttaacgagttta 33084110  T
Q  200 catagctcttcttcttcatcttcctgtatccaagcattaatagtaagattaagcagtgaatatgagtgatctctactggacagaacccaagacataaagt 299  Q
    ||||| ||| ||||         | | |||||| ||| || |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  33084109 cataggtctccttc---------cagcatccaaccatcaacagtaagattaagtagtgaacaggagtgatctctactggacagaatccaagacataaatt 33084019  T
Q  300 tcttaaaactttcatccgaatatgtatgtatagacggagtatatgtgagagtagtgaggcg 360  Q
    | |||||||| | |  | || ||||| | | |||||||||||||||||||||  |||||||    
T  33084018 tattaaaactattaatcaaagatgtaagaaaagacggagtatatgtgagagttatgaggcg 33083958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 76 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 24844651 - 24844593
Alignment:
Q  76 ataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtgagagccaaagattaaagggagtaactcag 134  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  24844651 ataagaaagatcaagaaatgtcaaagaatgagagccaaagattgaagagagtaactcag 24844593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 24845376 - 24845330
Alignment:
Q  7 atgcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacactttg 53  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24845376 atgcaaggttcttactgcaggcaagtgaagagattttggacactttg 24845330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University