View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5610-Insertion-2 (Length: 1105)

Name: NF5610-Insertion-2
Description: NF5610
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5610-Insertion-2
NF5610-Insertion-2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-999)||(41627415-41628417)
[»] chr2 (24 HSPs)
chr2 (292-665)||(8379528-8379901)
chr2 (423-665)||(30384409-30384651)
chr2 (365-665)||(30468857-30469157)
chr2 (389-665)||(30437070-30437346)
chr2 (485-664)||(30394905-30395084)
chr2 (384-643)||(30424777-30425036)
chr2 (384-665)||(30483799-30484080)
chr2 (386-665)||(23783712-23783991)
chr2 (384-643)||(30430810-30431069)
chr2 (290-665)||(30475744-30476119)
chr2 (7-102)||(30475320-30475415)
chr2 (386-665)||(23768080-23768359)
chr2 (7-102)||(30482923-30483018)
chr2 (7-113)||(30394155-30394261)
chr2 (7-103)||(30384026-30384122)
chr2 (7-84)||(30424198-30424275)
chr2 (7-102)||(30436449-30436544)
chr2 (15-102)||(30468199-30468286)
chr2 (37-103)||(23767777-23767843)
chr2 (37-103)||(23784236-23784302)
chr2 (37-103)||(23796946-23797012)
chr2 (15-101)||(8380056-8380142)
chr2 (18-84)||(30430242-30430308)
chr2 (535-622)||(30403919-30404006)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (487-629)||(15859283-15859425)
chr8 (487-599)||(15852326-15852438)
chr8 (487-599)||(15845119-15845231)
chr8 (487-599)||(15866019-15866131)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 854; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 854; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 999
Target Start/End: Complemental strand, 41628417 - 41627415
Alignment:
Q  7 atttggcgagtgatgttatttctcgaacaacattcggaagtagttatgaagaaggaagaagaatatttcaacttcaaattgagcaagctgaacttatgac 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41628417 atttggcgagtgatgttatttctcgaacaacattcggaagtagttatgaagaaggaagaagaatatttcaacttcaaattgagcaagctgaacttatgac 41628318  T
Q  107 aaaagttcaaatgaatttttacattcctctatggaggtaattaagactattctttatatcat---atatagtgtttaactattgaagtctattcattttt 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41628317 aaaagttcaaatgaatttttacattcctctatggaggtaattaagactaatctttatatcatcatatatagtgtttaactattaaagtctattcattttt 41628218  T
Q  204 tatgtctctaatatttgtaattaatcactaggaggccagttacacgaatgacatgtttatttgcaggtttgtacctactatggtcaataggaggattaat 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41628217 tatgtctctaatatttgtaattaatcactaggaggccagttacacgaatgacatgtttatttgcaggtttgtacctactatggtcaataggaggattaat 41628118  T
Q  304 gaaattgggaaagatataaaatcttcacttaaggatatgatcaacaaaagggtgaaaatattaaaggaaggtggagaaaataagaatgatttattaggta 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41628117 gaaattgggaaagatataaaatcttcacttaaggatatgatcaacaaaagggtgaaaatattaaaggaaggtggagaaaataagaatgatttattaggta 41628018  T
Q  404 ttcttatagagacaaaccacaaggaaattaaagaacatggaaacaacgtgaatgtgggaatgaatattgaagatgtaattcaggaatgcaagttgttcta 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41628017 ttcttatagagacaaaccacaaggaaattaaagaacatggaaacaacgtgaatgtgggaatgaatattgaagatgtaattcaggaatgcaagttgttcta 41627918  T
Q  504 ctttgcagggcaagagactacttcaactttacttgtttggacaatggtattattgagtaggtaccctgagtggcaagcaagggcaagggaggaagtatta 603  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41627917 ctttgcagggcaagagactacttcaactttacttgtttggacaatggtattattgagtaggtaccctgagtggcaagcaagggcaagggaggaagtatta 41627818  T
Q  604 caaatctttggcaacaaaaaacctaattttgatgggctaaataacttgaagattgtaagtatatattgtgttattatcttcatatcgtacgagtttga-- 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||      
T  41627817 caaatctttggcaacaaaaaacctaattttgatgggctaaataacttgaagattgtaagtatatattgtgttattatcttcatatcgtatgagtttgatt 41627718  T
Q  702 nnnnnnnnctttatagtattttacttaagagttgcaacttttgtccaacaaatttaaggctttgtcacaatcatgaggtctaagctttagaaaatggctc 801  Q
            |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41627717 ttttttttctttttagtattttacttaagagttgcaacttttgtccaacaaatttaaggctttgtcacaatcatgaggtctaagctttagaaaatggctc 41627618  T
Q  802 tagatccctcaaatggctctagggatcctggatcatattgtaactcccgatctg--tcagta-cgaggtnnnnnnngcagaaatg-aaatatgatccatt 897  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |   ||       ||||||||| ||||||||||||||    
T  41627617 tagatccctcaaatggctctagggatcctggatcatattgtaactcccgatctgtctcggtacctttgtaaaaaaagcagaaatgaaaatatgatccatt 41627518  T
Q  898 t-aaagatgcattgcttttcgtcgctaaggatgaaagtcggtcgctaatacgattagcgacagaaagtgtgactgatatttcggtcactaacatataaaa 996  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  41627517 taaaagatgcattgcttttcgtcgctaaggatgaaagtcggtcgctaataccattagcgacagaaagtgtgactgataattcggtcgctaacatataaaa 41627418  T
Q  997 tat 999  Q
    |||    
T  41627417 tat 41627415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 118; Significance: 1e-59; HSPs: 24)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 292 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 8379901 - 8379528
Alignment:
Q  292 aggaggattaatgaaattgggaaagatataaaatcttcacttaaggatatgatcaacaaaagggtgaaaatattaaaggaaggtggagaaaataagaatg 391  Q
    ||||||||  |||||||||  ||||||||| | ||||| ||||   |||| || |||||||| | ||||  | | |||| ||||| || || | ||||||    
T  8379901 aggaggatgcatgaaattgaaaaagatatagattcttctcttagatatataattaacaaaagagagaaagcaatgaaggcaggtgaagcaactgagaatg 8379802  T
Q  392 atttattaggtattcttatagagacaaaccacaaggaaattaaagaacatggaaacaacgtgaatgtgggaatgaatattgaagatgtaattcaggaatg 491  Q
    | || |||||| ||||| ||||| |||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||  |||| ||||||||| | ||||||||||| |   ||||||    
T  8379801 acttgttaggtcttcttctagagtcaaaccaccaagaaattagagatcatggaaacaacaagaatatgggaatgagtcttgaagatgtagtgggggaatg 8379702  T
Q  492 caagttgttctactttgcagggcaagagactacttcaactttacttgtttggacaatggtattattgagtaggtaccctgagtggcaagcaagggcaagg 591  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| | | || |||    
T  8379701 caagttattctacttggcagggcaagaatctacttcaactatgcttgtttggacaatgatattgttgagtaggtaccctgattggcaagaacgtgctagg 8379602  T
Q  592 gaggaagtattacaaatctttggcaacaaaaaacctaattttgatgggctaaataacttgaagattgtaagtat 665  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | | ||| || ||||||||  | ||||||||||||||    
T  8379601 gaggaagtattacaaatatttggcaacaaaaaaccagactatgaaggactaaataaacttaagattgtaagtat 8379528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 423 - 665
Target Start/End: Original strand, 30384409 - 30384651
Alignment:
Q  423 caaggaaattaaagaacatggaaacaacgtgaatgtgggaatgaatattgaagatgtaattcaggaatgcaagttgttctactttgcagggcaagagact 522  Q
    |||||||||| | ||| ||| |||||||  | |||||||||||| | |||| |||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  30384409 caaggaaattgacgaaaatgaaaacaacaaggatgtgggaatgagtcttgatgatgtagtcgaggaatgcaagttgttccactttgcaggtcaagagact 30384508  T
Q  523 acttcaactttacttgtttggacaatggtattattgagtaggtaccctgagtggcaagcaagggcaagggaggaagtattacaaatctttggcaacaaaa 622  Q
    |||||   ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |  | |||||||||||||| |||||  |||||||||||| ||    
T  30384509 acttcggttttgcttgtttggacaatgatattattgagtaggtaccctgattggcaaacccgtgcaagggaggaagtgttacatgtctttggcaacagaa 30384608  T
Q  623 aacctaattttgatgggctaaataacttgaagattgtaagtat 665  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||    
T  30384609 aaccagattttgatgggctaaataacctaaagatcgtaagtat 30384651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 365 - 665
Target Start/End: Original strand, 30468857 - 30469157
Alignment:
Q  365 taaaggaaggtggagaaaataagaatgatttattaggtattcttatagagacaaaccacaaggaaattaaagaacatggaaacaacgtgaatgtgggaat 464  Q
    |||||| ||||| || || |||| ||||||| |||||||| ||| ||||| |||| ||||| |||||  |||||||||| |||||   | |||| |||||    
T  30468857 taaaggcaggtgaagcaactaaggatgatttgttaggtatacttttagagtcaaatcacaaagaaatggaagaacatggcaacaataaggatgtcggaat 30468956  T
Q  465 gaatattgaagatgtaattcaggaatgcaagttgttctactttgcagggcaagagactacttcaactttacttgtttggacaatggtattattgagtagg 564  Q
    || | |||| ||||| ||  ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||   ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30468957 gagtcttgatgatgtgatagaggaatgcaagctattctactttgcaggccaagagaccacttctgttttgcttgtttggacaatggtgttattgagtagg 30469056  T
Q  565 taccctgagtggcaagcaagggcaagggaggaagtattacaaatctttggcaacaaaaaacctaattttgatgggctaaataacttgaagattgtaagta 664  Q
    ||||| || ||||||||  | |||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| | |  | |||||||||||||    
T  30469057 taccccgattggcaagcgcgtgcaagggaagaagtattacaggtctttggcaacaataaacctgattttgacgggctaagtcatcttaagattgtaagta 30469156  T
Q  665 t 665  Q
    |    
T  30469157 t 30469157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 389 - 665
Target Start/End: Original strand, 30437070 - 30437346
Alignment:
Q  389 atgatttattaggtattcttatagagacaaaccacaaggaaattaaagaacatggaaacaacgtgaatgtgggaatgaatattgaagatgtaattcagga 488  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||||| |||| ||||| |||||  |||||||||  |||||   |||||| ||||||| | |||| ||||||||  ||||    
T  30437070 atgatttgttaggtatacttttagagtcaaatcacaaagaaatggaagaacatgacaacaataagaatgttggaatgagtcttgacgatgtaatagagga 30437169  T
Q  489 atgcaagttgttctactttgcagggcaagagactacttcaactttacttgtttggacaatggtattattgagtaggtaccctgagtggcaagcaagggca 588  Q
    ||||||| | ||||||||||||||   |||||| |||||   ||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||| | |||    
T  30437170 atgcaagctattctactttgcaggtgcagagacaacttctgttttgcttgtttggacaatagtgttgttgagtaggtaccctgattggcaagcacgtgca 30437269  T
Q  589 agggaggaagtattacaaatctttggcaacaaaaaacctaattttgatgggctaaataacttgaagattgtaagtat 665  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||  ||||||||||||||| | |  | ||||||||||||||    
T  30437270 agggaggaagtattacaagtatttggcaacaataaacccgattttgatgggctaagtcatcttaagattgtaagtat 30437346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 485 - 664
Target Start/End: Original strand, 30394905 - 30395084
Alignment:
Q  485 aggaatgcaagttgttctactttgcagggcaagagactacttcaactttacttgtttggacaatggtattattgagtaggtaccctgagtggcaagcaag 584  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||   ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| || |    
T  30394905 aggaatgcaagttgttccattttgcagggcaagaaactacttcggttttgcttgtttggacaatgatattgttgagtaggtaccctgattggcaaacacg 30395004  T
Q  585 ggcaagggaggaagtattacaaatctttggcaacaaaaaacctaattttgatgggctaaataacttgaagattgtaagta 664  Q
     || ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  30395005 tgctagggaggaagtgttacatgtctttggcaacaaaaaaccagattttgatgggctaaataacctaaagattgtaagta 30395084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 384 - 643
Target Start/End: Original strand, 30424777 - 30425036
Alignment:
Q  384 taagaatgatttattaggtattcttatagagacaaaccacaaggaaattaaagaacatggaaacaacgtgaatgtgggaatgaatattgaagatgtaatt 483  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||| ||||| |||| ||||| |||||  ||||||| || |||||   |||||| ||||||| | |||| ||||||||     
T  30424777 taaggatgacttattaggtatacttttagagtcaaatcacaaagaaatggaagaacacggcaacaataagaatgttggaatgagtcttgatgatgtaata 30424876  T
Q  484 caggaatgcaagttgttctactttgcagggcaagagactacttcaactttacttgtttggacaatggtattattgagtaggtaccctgagtggcaagcaa 583  Q
     ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||   ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |     
T  30424877 gaggaatgcaagctcttctactttgcaggccaagagaccacttctgttttgcttgtttggacaatggtgttgttgagtaggtaccctgattggcaagaac 30424976  T
Q  584 gggcaagggaggaagtattacaaatctttggcaacaaaaaacctaattttgatgggctaa 643  Q
    | |||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||| | ||||| |||||||    
T  30424977 gtgcaagggaagaagtattacaagtttttggcaacaataaacctgactttgacgggctaa 30425036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 384 - 665
Target Start/End: Original strand, 30483799 - 30484080
Alignment:
Q  384 taagaatgatttattaggtattcttatagagacaaaccacaaggaaattaaagaacatggaaacaacgtgaatgtgggaatgaatattgaagatgtaatt 483  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||||||||||  |    |||||   |||||| ||||||||| |||| ||||||||     
T  30483799 taagaatgacttattaggtattcttcttgagtcaaatcacaaggaaattaaagataacaacaacaataagaatgttggaatgaatcttgatgatgtaatc 30483898  T
Q  484 caggaatgcaagttgttctactttgcagggcaagagactacttcaactttacttgtttggacaatggtattattgagtaggtaccctgagtggcaagcaa 583  Q
     ||||||||||| | |||||| |||||||| |||| || ||||||  ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||     
T  30483899 aaggaatgcaagctattctaccttgcaggggaagaaaccacttcagttttgcttgtttggacaattgtattattgagtaggcaccctaattggcaagcac 30483998  T
Q  584 gggcaagggaggaagtattacaaatctttggcaacaaaaaacctaattttgatgggctaaataacttgaagattgtaagtat 665  Q
    | ||||| ||||||||  ||||| | |||||||||||| ||||  ||||||| || |||||  |  | ||||||||||||||    
T  30483999 gtgcaagagaggaagtgctacaagtttttggcaacaaacaaccagattttgaaggactaaaccatcttaagattgtaagtat 30484080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 386 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 23783991 - 23783712
Alignment:
Q  386 agaatgatttattaggtattcttatagagacaaaccacaaggaaattaaagaacatggaaacaacgtgaatgtgggaatgaatattgaagatgtaattca 485  Q
    ||||||| ||||||||| | ||  ||||| | |||||||  |||||||||||||||||||||  |  |||| ||||| ||| | ||||||| ||| |       
T  23783991 agaatgacttattaggtctcctcctagagtcgaaccacagagaaattaaagaacatggaaacgtcaagaatatgggattgagtcttgaagaagtagtcgg 23783892  T
Q  486 ggaatgcaagttgttctactttgcagggcaagagactacttcaactttacttgtttggacaatggtattattgagtaggtaccctgagtggcaagcaagg 585  Q
    |||||||| ||| ||| |  |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||| | |     
T  23783891 ggaatgcaggttattccatgttgcagggcaagagactacttcagatttgcttgtttggacgatggtgttgttgagtaggtaccctgattggcaagaacgt 23783792  T
Q  586 gcaagggaggaagtattacaaatctttggcaacaaaaaacctaattttgatgggctaaataacttgaagattgtaagtat 665  Q
    |||||| ||||||||||| | || ||||||||  |||||||  | |||||||| ||||||||  | ||||||||||||||    
T  23783791 gcaaggaaggaagtattagagatatttggcaatgaaaaacccgactttgatggactaaataaacttaagattgtaagtat 23783712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 384 - 643
Target Start/End: Original strand, 30430810 - 30431069
Alignment:
Q  384 taagaatgatttattaggtattcttatagagacaaaccacaaggaaattaaagaacatggaaacaacgtgaatgtgggaatgaatattgaagatgtaatt 483  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||| ||||| |||| || || |||||  ||||||| || |||||   |||||| ||||||| | |||| ||||||||     
T  30430810 taaggatgacttattaggtatacttttagagtcaaatcaaaaagaaatggaagaacaaggcaacaataagaatgttggaatgagtcttgatgatgtaata 30430909  T
Q  484 caggaatgcaagttgttctactttgcagggcaagagactacttcaactttacttgtttggacaatggtattattgagtaggtaccctgagtggcaagcaa 583  Q
     ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||   ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || || ||||||| |     
T  30430910 gaggaatgcaagctcttctactttgcaggacaagagaccacttctgttttgcttgtttggacaatggtgttgttgagtaggtaaccagattggcaagaac 30431009  T
Q  584 gggcaagggaggaagtattacaaatctttggcaacaaaaaacctaattttgatgggctaa 643  Q
    | |||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||  | ||||| |||||||    
T  30431010 gtgcaagggaagaagtattacaagtatttggcaacaataaaccagaatttgacgggctaa 30431069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 290 - 665
Target Start/End: Original strand, 30475744 - 30476119
Alignment:
Q  290 ataggaggattaatgaaattgggaaagatataaaatcttcacttaaggatatgatcaacaaaagggtgaaaatattaaaggaaggtggagaaaataagaa 389  Q
    |||||||||| || |||||||  | ||| |||||| |||||||||  |||||||| ||||| || | ||    | ||||||  |||| || || |||| |    
T  30475744 ataggaggatgaaggaaattgacagagaaataaaagcttcacttactgatatgattaacaagagagagatcgcactaaaggcgggtgaagcaactaagga 30475843  T
Q  390 tgatttattaggtattcttatagagacaaaccacaaggaaattaaagaacatggaaacaacgtgaatgtgggaatgaatattgaagatgtaattcaggaa 489  Q
    ||||||||||||||| ||| | |||   || ||||| |||||  ||||||| |  |||||   | |||| ||||||| | |||| ||||||||  | |||    
T  30475844 tgatttattaggtatacttttggagttgaatcacaaagaaatggaagaacacgacaacaataaggatgtcggaatgagtcttgacgatgtaatagaagaa 30475943  T
Q  490 tgcaagttgttctactttgcagggcaagagactacttcaactttacttgtttggacaatggtattattgagtaggtaccctgagtggcaagcaagggcaa 589  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||   ||| ||||||||| ||||| | || ||||||||||| ||||| ||||||||  | ||||    
T  30475944 tgcaagctattctactttgcagggcaagagaccacttctgttttgcttgtttgggcaatgatgttgttgagtaggtatcctgattggcaagctcgtgcaa 30476043  T
Q  590 gggaggaagtattacaaatctttggcaacaaaaaacctaattttgatgggctaaa-taacttgaagattgtaagtat 665  Q
    ||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||  |||||||||| |||||  ||||| ||||||||||||||    
T  30476044 gggaggaagtattgcaagtcttcggcaataaaaaaccagattttgatggactaaaccaactt-aagattgtaagtat 30476119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 7 - 102
Target Start/End: Original strand, 30475320 - 30475415
Alignment:
Q  7 atttggcgagtgatgttatttctcgaacaacattcggaagtagttatgaagaaggaagaagaatatttcaacttcaaattgagcaagctgaactta 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30475320 atttggcgagtgatgttatttctagaacagcatttggaagtagttatgaagagggaaaaagaatatttcaacttcaaatcgagcaagctgaactta 30475415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 386 - 665
Target Start/End: Original strand, 23768080 - 23768359
Alignment:
Q  386 agaatgatttattaggtattcttatagagacaaaccacaaggaaattaaagaacatggaaacaacgtgaatgtgggaatgaatattgaagatgtaattca 485  Q
    ||||||| ||||||||| | ||  ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||  |  |||| ||||| ||| | ||||||| ||| |       
T  23768080 agaatgacttattaggtctcctcctagagtcgaaccacaaagaaattaaagaacatggaaacttcaagaatatgggattgagtcttgaagaagtagtcgg 23768179  T
Q  486 ggaatgcaagttgttctactttgcagggcaagagactacttcaactttacttgtttggacaatggtattattgagtaggtaccctgagtggcaagcaagg 585  Q
    |||||||| ||| ||| |  |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||| || ||||||||| |||| || ||||||| | |     
T  23768180 ggaatgcatgttattccatattgcagggcaagagactacttcagatttgcttgtttggacgatggtgttgttgagtaggcacccagattggcaagaacgt 23768279  T
Q  586 gcaagggaggaagtattacaaatctttggcaacaaaaaacctaattttgatgggctaaataacttgaagattgtaagtat 665  Q
    ||  || ||||||||||| | || ||||||||  |||||||  | |||||||| ||||||||  | ||||||||||||||    
T  23768280 gcccggaaggaagtattagagatatttggcaatgaaaaaccagactttgatggactaaataaacttaagattgtaagtat 23768359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 7 - 102
Target Start/End: Original strand, 30482923 - 30483018
Alignment:
Q  7 atttggcgagtgatgttatttctcgaacaacattcggaagtagttatgaagaaggaagaagaatatttcaacttcaaattgagcaagctgaactta 102  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  30482923 atttggctagtgatgttattgctcgaacagcatttggaagtagttatgaagaaggaataaaaatatttcaacttcaaaaggagcaagctgaactta 30483018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 7 - 113
Target Start/End: Original strand, 30394155 - 30394261
Alignment:
Q  7 atttggcgagtgatgttatttctcgaacaacattcggaagtagttatgaagaaggaagaagaatatttcaacttcaaattgagcaagctgaacttatgac 106  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||  | || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||    
T  30394155 atttggcaagtgatgctatttctcgaactgcgtttggaagtagttatgaagaaggaaaaagaatatttcaacttcaaagagagcaagctgaacttataac 30394254  T
Q  107 aaaagtt 113  Q
    || ||||    
T  30394255 aacagtt 30394261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 7 - 103
Target Start/End: Original strand, 30384026 - 30384122
Alignment:
Q  7 atttggcgagtgatgttatttctcgaacaacattcggaagtagttatgaagaaggaagaagaatatttcaacttcaaattgagcaagctgaacttat 103  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  30384026 atttggcaagtgatgctatttctcgaaccgcatttggaagtagctatgaagaaggaaaaagaatatttcaacttcaaagagagcaagctgaacttat 30384122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 7 - 84
Target Start/End: Original strand, 30424198 - 30424275
Alignment:
Q  7 atttggcgagtgatgttatttctcgaacaacattcggaagtagttatgaagaaggaagaagaatatttcaacttcaaa 84  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  30424198 atttggcgagtgatgttatttctcgagctgcatttggaagtagttatgaagagggaaaaagaatatttcaacttcaaa 30424275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 7 - 102
Target Start/End: Original strand, 30436449 - 30436544
Alignment:
Q  7 atttggcgagtgatgttatttctcgaacaacattcggaagtagttatgaagaaggaagaagaatatttcaacttcaaattgagcaagctgaactta 102  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| || | || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||    
T  30436449 atttggccagtgatcttatttctcgagcagcgtttggaagtagttatgaagagggaaaaagaatatttcaacttcaaaccgaacaagctgaactta 30436544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 15 - 102
Target Start/End: Original strand, 30468199 - 30468286
Alignment:
Q  15 agtgatgttatttctcgaacaacattcggaagtagttatgaagaaggaagaagaatatttcaacttcaaattgagcaagctgaactta 102  Q
    |||||||||||||||||| || | || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||    
T  30468199 agtgatgttatttctcgagcagcgtttggaagtagttatgaagagggaaaaagaatatttcaacttcaaaccgaacaagctgaactta 30468286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 37 - 103
Target Start/End: Original strand, 23767777 - 23767843
Alignment:
Q  37 cattcggaagtagttatgaagaaggaagaagaatatttcaacttcaaattgagcaagctgaacttat 103  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  23767777 catttggaagtagttatgaagaaggaagaaaagtatttcaacttcaaatagagcaaggtgaacttat 23767843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 37 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 23784302 - 23784236
Alignment:
Q  37 cattcggaagtagttatgaagaaggaagaagaatatttcaacttcaaattgagcaagctgaacttat 103  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  23784302 catttggaagtagttatgaagaaggaagaaaagtatttcaacttcaaatagagcaaggtgaacttat 23784236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 37 - 103
Target Start/End: Original strand, 23796946 - 23797012
Alignment:
Q  37 cattcggaagtagttatgaagaaggaagaagaatatttcaacttcaaattgagcaagctgaacttat 103  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  23796946 catttggaagtagttatgaagaaggaagaaaagtatttcaacttcaaatagagcaaggtgaacttat 23797012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 15 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 8380142 - 8380056
Alignment:
Q  15 agtgatgttatttctcgaacaacattcggaagtagttatgaagaaggaagaagaatatttcaacttcaaattgagcaagctgaactt 101  Q
    |||||||||||||||||||   |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| | |||||||  ||||||| |||||||    
T  8380142 agtgatgttatttctcgaaacgcatttggaagtagttacgaagaaggaaaaagaatatttgatcttcaaagagagcaaggtgaactt 8380056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 18 - 84
Target Start/End: Original strand, 30430242 - 30430308
Alignment:
Q  18 gatgttatttctcgaacaacattcggaagtagttatgaagaaggaagaagaatatttcaacttcaaa 84  Q
    ||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  30430242 gatgttatttctcgagctgcatttggaagtagttatgaagagggaaaaagaatatttcaacttcaaa 30430308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 535 - 622
Target Start/End: Original strand, 30403919 - 30404006
Alignment:
Q  535 cttgtttggacaatggtattattgagtaggtaccctgagtggcaagcaagggcaagggaggaagtattacaaatctttggcaacaaaa 622  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||| || ||||| ||||||||| | || || |||||||| || ||| | |||||| ||||||    
T  30403919 cttgtttggacaatgatattgttgagtagatatcctgattggcaagcacgagctagagaggaagttttgcaagtttttggcgacaaaa 30404006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 47; Significance: 3e-17; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 487 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 15859425 - 15859283
Alignment:
Q  487 gaatgcaagttgttctactttgcagggcaagagactacttcaactttacttgtttggacaatggtattattgagtaggtaccctgagtggcaagcaaggg 586  Q
    |||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||| || ||| || |||||||||||||| |||||  | ||||| ||||| ||||||||| | |    
T  15859425 gaatgcaaattgttttaccttgctgggcaagagacgacttaaagtttgctggtttggacaatggtgttattaggcaggtatcctgaatggcaagcacgtg 15859326  T
Q  587 caagggaggaagtattacaaatctttggcaacaaaaaacctaa 629  Q
    ||||||||||||| || ||| | ||||| ||| |||| |||||    
T  15859325 caagggaggaagttttgcaagtttttgggaaccaaaatcctaa 15859283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 487 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 15852438 - 15852326
Alignment:
Q  487 gaatgcaagttgttctactttgcagggcaagagactacttcaactttacttgtttggacaatggtattattgagtaggtaccctgagtggcaagcaaggg 586  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||| |||||  | ||||| ||||| ||||||| | | |    
T  15852438 gaatgcaaattgttttacttggcagggcaagagaccacttcaagtttgctggtttggacaatggtgttattaggcaggtatcctgaatggcaagaacgtg 15852339  T
Q  587 caagggaggaagt 599  Q
    ||||| |||||||    
T  15852338 caaggcaggaagt 15852326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 487 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 15845231 - 15845119
Alignment:
Q  487 gaatgcaagttgttctactttgcagggcaagagactacttcaactttacttgtttggacaatggtattattgagtaggtaccctgagtggcaagcaaggg 586  Q
    |||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||| |||||  | ||||| ||||| ||||||| | | |    
T  15845231 gaatgcaaattgttttaccttgctgggcaagagaccacttcaagtttgctggtttggacaatggtgttattaggcaggtatcctgaatggcaagaacgtg 15845132  T
Q  587 caagggaggaagt 599  Q
    ||||| |||||||    
T  15845131 caaggcaggaagt 15845119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 487 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 15866131 - 15866019
Alignment:
Q  487 gaatgcaagttgttctactttgcagggcaagagactacttcaactttacttgtttggacaatggtattattgagtaggtaccctgagtggcaagcaaggg 586  Q
    |||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| || |||| ||| || |||||||||||||| |||||  | ||||| ||||| ||||||||| | |    
T  15866131 gaatgcaaattgttttacattgctgggcaagagaccacctcaagtttgctggtttggacaatggtgttattaggcaggtatcctgaatggcaagcacgtg 15866032  T
Q  587 caagggaggaagt 599  Q
    ||||| |||||||    
T  15866031 caaggcaggaagt 15866019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University