View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5610-Insertion-4 (Length: 1060)

Name: NF5610-Insertion-4
Description: NF5610
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5610-Insertion-4
NF5610-Insertion-4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-992)||(40758606-40759590)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 877; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 877; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 992
Target Start/End: Complemental strand, 40759590 - 40758606
Alignment:
Q  8 agtagaatgttctgcaatcatccgagagactgcaattaagtagagatgggtgaaaaataccgtatgcataatgcgatattatgtttttgtaatggtgggc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  40759590 agtagaatgttctgcaatcatccgagagactgcaattaagtagagatgggtgaaaaataccgtatgcataatgtgatattatgtttttgtaatggtgggc 40759491  T
Q  108 gtaaaaagctggatgatatccaagctcatagaagccatatccacatcgcttcacattagataccagaatgaaaattaaagtcagcatttggcttaaaaaa 207  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40759490 gtaaaaagctggatgatatcaaagctcatagaagccatatccacatcgcttcacatgtgataccagaatgaaaattaaagtcagcatttggcttaaaaaa 40759391  T
Q  208 ttgatgttgaagaaggaatttagtgaagtgatcaatgctgaatcataaagacattacaagaagacaaatatagcattataatcgaaggagtggcagtgaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  40759390 ttgatgttgaagaaggaatttagtgaagtgatcaatgctgaatcataaagacattacaagaagacaaatatagcattataatcgaaggagtggtagtgaa 40759291  T
Q  308 gaagacaaatgggaaggagaacgattgtgagtttgcggttaaatctacctaactgctgcttgaaaaacttcatttgtcccaactggataggtcccctcta 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40759290 gaagacaaatgggaaggagaacgattgtgggtttgcggttaaatctacctaactactgcttgaaaaacttcatttgtcccaactggataggtcccctcta 40759191  T
Q  408 gagtactannnnnnncaaaatatttggatgggtttggctccatccaaggtttaggcttttcttggcaactttgagttaaacaactgtttgatgtgtggtc 507  Q
    ||||||||       ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40759190 gagtactatttttttcaaaatatttggaagagtttggctccatccaaggtttaggcttttcttggcaactttgagttaaacaactgtttgatgtgtggtc 40759091  T
Q  508 agtcagtggaaaatttgttccgtttatttttaaattgtcattttgggtcagatatttggcgtgcagcgtctcgttggtcagggatagtcctcattatccc 607  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40759090 agtcggtggaaaattttttccgtttatttttaaattgtcattttgggtcagatatttggcgtgcagcgtctcgttggtcagggatagtcctcattatccc 40758991  T
Q  608 accaaaccttttcatatcctttactaatttaatagggttggaatgatcgccttttcaataatctaaggcgggttgaagctaatttgatacgtagtcttct 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40758990 accaaaccttttcatatcctttactaatttaatagggttggaatgatcgccttttcaataatctaaggcgggttgaagctaatttgatacgtagtcttct 40758891  T
Q  708 ggtttatatggagggcaaggaatgattgccttttcaataatactgtcgtgtctgctgaagaggtgatagatagaactaaggtgttggcttggccttggta 807  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40758890 ggttgatatggagggcaaggaatgattgccttttcaataatactgtcgtgtctgctgaagaggtgatagatagaactaaggtgttggcttggccttggta 40758791  T
Q  808 tcttggaagagtagtggaatcgaatttgcgtatgtattatgaatggtcttgggactcttggagttgtttggagaggataatcatttaatgctctatggtg 907  Q
    |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  40758790 tcttggaag---agtggaatcgaatttgcgtatgtattatgaatggtcttgggactcttggagttgtttggaaaggataatcatttaatgctctatggtg 40758694  T
Q  908 tgcctcgctttgttgtgc-tttggatg-tttagcctctg-tcagatcagctgtgattatgtctcttttgctgtctgttttggcttttt 992  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40758693 tgcctcgctttgttgtgcttttggatgttttagcctctgttcagatcagctgtgattatgtctcttttgctgtctgttttggcttttt 40758606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University