View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5613-Insertion-3 (Length: 615)

Name: NF5613-Insertion-3
Description: NF5613
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5613-Insertion-3
NF5613-Insertion-3
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (10-615)||(47197801-47198406)
chr1 (323-615)||(47184919-47185211)
chr1 (8-205)||(47185672-47185869)
chr1 (109-197)||(47212308-47212396)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 550; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 550; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 47198406 - 47197801
Alignment:
Q  10 acacatgcttccaatagaagtacctttctcccaactttgtccacaaaatagacagacactaaagtgcagaggacattcacacctcctgtgatcactgatg 109  Q
    ||||||||||||||||  || ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47198406 acacatgcttccaataagagcacccttctcccagctttgtccacaaaatatacagacactaaagtgcataggacattcacacctcctgtgatcactgatg 47198307  T
Q  110 agtaaagtgaagcatcattgtgaaatcccagagtgctgaacaatactggagcatagaacatgattgcattgatgccggtgcattgctggaagacctgtac 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47198306 agtaaagtgaagcatcattgtgaaatcccagagtgctgaacaatactggagcatagaacatgattgcattgatgccggtgcattgctggaagacctgtac 47198207  T
Q  210 ataattaaacataataaaaattcatgtatttggtttaatattttaacattgattcggctgcattatgcattaaaatgattcattattaataattaatgct 309  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  47198206 ataattaaacataataaaaatttatgtatttggtttaatattttaacattgattcgactgcattatgcattaaaatgattcatgattaataattaatgct 47198107  T
Q  310 attataattattgagtagtgacctgcatacagatggcaatgatcaatggaggacgattgtgggacttaacgagatccttgaagggactcttaacctcatt 409  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47198106 attatagttattgagtagtgacctgcatacagatggcaatgatcaatggaggacgattgtgggacttaacgagatccttgaagggactcttaacctcatt 47198007  T
Q  410 agccactttactagctctgagtatgtcttcaaactcgggctcaatattttcaacaccacgaatctttcttagaacggctttccctttctcctcgaaaccc 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47198006 agccactttactagctctgagtatgtcttcaaactcgggctcaatattttcaacaccacgaatctttgtaagaacggctttccctttctcctcgaaaccc 47197907  T
Q  510 ctttcaatgagactgttgggagtatcatccactatgagagaccccattgtaagcataactgctggaatgattgctccagccaatgataatctccacccat 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  47197906 ctttcaatgagactgttgggagtatcatccactatgagagaccccattgtaagcataactgctggaatgattgctccagccaatgatactctccacccat 47197807  T
Q  610 atccac 615  Q
    ||||||    
T  47197806 atccac 47197801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 323 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 47185211 - 47184919
Alignment:
Q  323 agtagtgacctgcatacagatggcaatgatcaatggaggacgattgtgggacttaacgagatccttgaagggactcttaacctcattagccactttacta 422  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  47185211 agtagttacctgcatacatatggcaattatcaaaggagggagattgtgggacttaacaagatccttgaaggggctcttgacctcattagccactttacta 47185112  T
Q  423 gctctgagtatgtcttcaaactcgggctcaatattttcaacaccacgaatctttcttagaacggctttccctttctcctcgaaacccctttcaatgagac 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47185111 gctctgagtatgtcttcaaactcgggctcaatattttcaacaccacgaatctttcttagaacggctttccctttctcctcgaaacccctttcaatgagac 47185012  T
Q  523 tgttgggagtatcatccactatgagagaccccattgtaagcataactgctggaatgattgctccagccaatgataatctccacccatatccac 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  47185011 tgttgggagtatcatccactatgagagaccccactgtaagcataactgctggaatgattgctccggccaatgatattctccacccatatccac 47184919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 8 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 47185869 - 47185672
Alignment:
Q  8 gtacacatgcttccaatagaagtacctttctcccaactttgtccacaaaatagacagacactaaagtgcagaggacattcacacctcctgtgatcactga 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47185869 gtacacatgcttccaatagaagtacccttctcccaactttgtccacaaaatatacagacactaaggtgcagaggacattcacacctcctgtgatcactga 47185770  T
Q  108 tgagtaaagtgaagcatcattgtgaaatcccagagtgctgaacaatactggagcatagaacatgattgcattgatgccggtgcattgctggaagacct 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  47185769 tgagtaaagtgaagcatcattgtgaaatcccaaagtgttgaacaatactggagcatagaacatgattgcattgatgccggtgaattgttggaagacct 47185672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 47212396 - 47212308
Alignment:
Q  109 gagtaaagtgaagcatcattgtgaaatcccagagtgctgaacaatactggagcatagaacatgattgcattgatgccggtgcattgctg 197  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||| |  ||| ||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||    
T  47212396 gagtaaagtgcagcatcattcttaaatcctaaggtgttgaacagaactggagcatagaacattatcgcattgatgccagtgaattgctg 47212308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University