View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5614-Insertion-7 (Length: 751)

Name: NF5614-Insertion-7
Description: NF5614
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5614-Insertion-7
NF5614-Insertion-7
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (8-751)||(32814541-32815280)
chr8 (489-603)||(8800147-8800261)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (457-601)||(7986393-7986537)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (489-602)||(49126665-49126778)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 723; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 723; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 32815280 - 32814541
Alignment:
Q  8 aaaatataaaggctgtttcttttaagggaatcatataataatttacaatttctacaattctgccaaattaattgtgaagacttattttcctttgcaagca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32815280 aaaatataaaggctgtttcttttaagggaatcatataataatttacaatttctacaattctgccaaattaattgtgaagacttattttcctttgcaagca 32815181  T
Q  108 ccagattttacatgtctaagtttttacgagtaagattgataatgtttaatgtttaggttgcaaagtggtttgatttatagtatagacagatagaagttca 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32815180 ccagattttacatgtctaagtttttacgagtaagattgataatgtttaatgtttaggttgcaaagtggtttgatttatagtatagacagatagaagttca 32815081  T
Q  208 aaagataattcaaatactttcaattcgttgtggtttcatattatgtgttattgagctatgtactttagattgaaggtgtgttcaatgtccaatacatcgg 307  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32815080 aaagataatgcaaatactttcaattcgttgtggtttcatattatgtgttattgagctatgtactttagattgaaggtgtgttcaatgtccaatacatcgg 32814981  T
Q  308 tgtttgacatgatcttaaatcatttgttaggtgtctttgatagtgtttcatagttattgagctataggatgtttcaatgtatttgtgtgtcctgctttat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32814980 tgtttgacatgatcttaaatcatttgttaggtgtctttgatagtgtttcatagttattgagctataggatgtttcaatgtatttgtgtgtcctgctttat 32814881  T
Q  408 gtagataatgctttggtttctggatgtaaaatttgtgtttgtttgttctgaagcaaaactaacaaatgggctgaataacttaggttgatcggattcttta 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32814880 gtagataatgctttggtttctggatgtaaaatttgtgtttgtttgtt----agcaaaactaacaaatgggctgaataacttaggttgatcggattcttta 32814785  T
Q  508 ctcatcagttgtctatccacataactatggttttattccaagaaccctttgtgaagatgaagatcccttggatgtcctagttctgatgcaggtaataatg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32814784 ctcatcagttgtctatccacataactatggttttattccaagaaccctttgtgaagatgaagatcccttggatgtcctagttctgatgcaggtaataatg 32814685  T
Q  608 cttaaagaactcattttaaagctattttatggaaatagctgtttattgtgaaatttgcaactgtatttaaattgaaacttgtgttttgaataggagcctg 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32814684 cttaaagaactcattttaaagctattttatggaaatagctgtttattgtgaaatttgcaactgtatttaaattgaaacttgtgttttgaataggagcctg 32814585  T
Q  708 tgatacctggttgtttccttcgtgcccgtgctattggattgatg 751  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32814584 tgatacctggttgtttccttcgtgcccgtgctattggattgatg 32814541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 489 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 8800261 - 8800147
Alignment:
Q  489 aggttgatcggattctttactcatcagttgtctatccacataactatggttttattccaagaaccctttgtgaagatgaagatcccttggatgtcctagt 588  Q
    |||||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||  | |||||  | |||||| | ||    
T  8800261 aggttgatcggattctgtattcgtcagttgtttatcctcataactatggttttatccctcgaactctatgtgaagacaatgatccactcgatgtcttggt 8800162  T
Q  589 tctgatgcaggtaat 603  Q
    ||| |||||||||||    
T  8800161 tctcatgcaggtaat 8800147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 61; Significance: 8e-26; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 457 - 601
Target Start/End: Original strand, 7986393 - 7986537
Alignment:
Q  457 gaagcaaaactaacaaatgggctgaataacttaggttgatcggattctttactcatcagttgtctatccacataactatggttttattccaagaaccctt 556  Q
    |||||| |||||||  ||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||| ||||| ||    
T  7986393 gaagcataactaactcatgggctaaataccttaggttgatcgtattctttactcatcggttgtctacccacacaactacggttttatcccacgaaccatt 7986492  T
Q  557 tgtgaagatgaagatcccttggatgtcctagttctgatgcaggta 601  Q
    ||||||||    |||||  ||||||| || |||||||||||||||    
T  7986493 tgtgaagacagtgatcctatggatgttctggttctgatgcaggta 7986537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 489 - 602
Target Start/End: Original strand, 49126665 - 49126778
Alignment:
Q  489 aggttgatcggattctttactcatcagttgtctatccacataactatggttttattccaagaaccctttgtgaagatgaagatcccttggatgtcctagt 588  Q
    |||||||||| ||| | || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  | || || ||||||||  | |||||  | |||||||| ||    
T  49126665 aggttgatcgaattttgtattcttcagttgtttatcctcataactatggttttatccctcgtacactctgtgaagacaatgatccaattgatgtcctggt 49126764  T
Q  589 tctgatgcaggtaa 602  Q
    ||| ||||||||||    
T  49126765 tctcatgcaggtaa 49126778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University