View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5616-Insertion-8 (Length: 640)

Name: NF5616-Insertion-8
Description: NF5616
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5616-Insertion-8
NF5616-Insertion-8
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-640)||(3521909-3522541)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 625; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 625; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 640
Target Start/End: Original strand, 3521909 - 3522541
Alignment:
Q  8 aaaagaataaaagaaagtatggaagagagtgggtttagggttaatgaggttcatgatcatgaccaagatatatctgtgtgccgagttaggattaaaggaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3521909 aaaagaataaaagaaagtatggaagagagtgggtttagggttaatgaggttcatgatcatgaccaagatatatctgtgtgccgagttaggattaaaggaa 3522008  T
Q  108 tggcttgtacaagttgttctgagtctgttgagaaagcacttcaaatgattgatggagtgaaaagggcaatagttggtttagctttagaggaggcaaaagt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3522009 tggcttgtacaagttgttctgagtctgttgagaaagcacttcaaatgattgatggagtgaaaagggcaatagttggtttagctttagaggaggcaaaagt 3522108  T
Q  208 gcactatgatcctaaccttgccaatcctgaaaagataattgaatcgatagaagatgcgggatttggagcagagcttattagctctgggaatgacgcaaat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3522109 gcactatgatcctaaccttgccaatcctgaaaagataattgaatcgatagaagatgcgggatttggagcagagcttattagctctgggaatgacgcaaat 3522208  T
Q  308 aaagttcatcttaaagttgaagggattgattctgaagaagatgctaatgtcttggtgtcttatcttgagttagttgcgggtgtaaaccgtgttgaaattg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3522209 aaagttcatcttaaagttgaagggattgattctgaagaagatgctaatgtcttggtgtcttatcttgagttagttgcgggtgtaaaccgtgttgaaattg 3522308  T
Q  408 acttttcagaacgtatagttacggttagctatgttcccgatattacaggtccgagaactctcattcattgtgttcaagaagctagccgtggctccaaggt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3522309 acttttcagaacgtatagttacggttagctatgttcccgatattacaggtccgagaactctcattcaatgtgttcaagaagctagccgtggctccaaggt 3522408  T
Q  508 gtatcgagcaactttgtattctccttcggggcgaagagaaagggataaggttaatgaaattcacatgtatagggatcagtttttgttaagctgcttgttt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3522409 gtatcgagcaactttgtattctccttcggggcgaagagaaagggataaggttaatgaaattcacatgtatagggatcagtttttgttaagctgcttgttt 3522508  T
Q  608 tctgttcctgtttttgtgtttgccatggtgctt 640  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3522509 tctgttcccgtttttgtgtttgccatggtgctt 3522541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University